쟁점금액에 대하여 종합소득세를 부과한 처분의 국세부과제척기간이 5년간인지 아니면 10년간인지 여부

OOO장이 2015.6.9. 청구인에게 한 2005년 귀속 종합소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

• 가. 청구인은 1991.2.20.부터 2012.10.19.까지 가죽원단 도매업을 영위하던 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)의 대표이사로 재직하였다.
• 나. OOO장은 OOO장의 OOO 매입처인 OOO에 대한 거래질서관련조사 결과에 따라 OOO를 조사하여, OOO가 2005년 제2기～2006년 제2기 과세기간에 실물거래없이 OOO으로부터 합계 OOO원(공급대가)의 가공매입세금계산서를 수취하고, 주식회사 OOO 외 1개 업체에 합계 OOO원(공급대가)의 가공매출세금계산서를 발행한 사실을 확인하여, 2012.7.5. 관련 부가가치세 및 법인세를 경정․고지하는 한편, 가공매입금액에서 가공매출금액을 차감한 합계 OOO을 그 귀속이 불분명하다 하여 당시 OOO 대표이사인 청구인에 대한 상여로 소득처분하고, 처분청에 과세자료를 통보하였다. 이에, 처분청은 2015.6.9. 위 소득금액변동통지를 근거로 청구인에게 2005～2006년 귀속 종합소득세 합계 OOO을 각 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2015.8.28. 이의신청을 거쳐 2016.2.19. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 대법원 판례와 조세심판원의 심판결정례 등에서 법인이 가공경비를 계상하여 법인의 자금을 유출하는 경우 은닉된 법인의 소득이 사외유출되어 그 귀속이 밝혀지지 아니함에 따라 대표자가 당해 법인의 대표자로서 인정상여처분을 받을 것까지 모두 예상하여 그로 인해 부 과될 소득세를 포탈할 목적으로 행한 것으로 보기는 어렵다고 보아 5년의 국세부과제척기간을 적용하여야 한다(대법원 2010.4.29. 선고 2007두11382 판결 등)고 해석하여 왔다. 쟁점금액 중 2005년 귀속은 2011.6.1., 2006년 귀속은 2012.6.1. 각 5년의 부과제척기간이 도과되었고, 2011.12.31. 개정된 국세기본법제26조의2(이하 “쟁점규정”이라 한다)를 소급적용할 수 없으므로 5년의 국세부과제척기간을 도과하여 부과된 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 2011.12.31. 개정된국세기본법제26조의2 제1항 제1호에서 납세자가 부정행위로 법인세를 포탈한 경우 이와 관련하여 소득처분된 금 액에 대한 소득세도 10년의 부과제척기간을 적용한다고 규정되어 있다. 실물거래 없이 가공의 매입세금계산서를 수취하고, 그 결과 부당하게 법인의 소득을 감소시킨 행위는 조세범 처벌법제3조 제6항의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당하므로 10년의 부과제척기간을 적용하여 종합소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점금액에 대하여 종합소득세를 부과한 처분의 국세부과제척기간이 5년간인지 아니면 10년간인지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 국세기본법(2011.12.31. 법률 제11124호로 개정되기 이전의 것) 제26조의2(국세 부과의 제척기간) ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

(2) 국세기본법(2011.12.31. 법률 제11124호로 개정된 것) 제26조의2(국세 부과의 제척기간) ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조 에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 한다. 제2조(국세 부과의 제척기간에 관한 적용례) ① 제26조의2 제1항 제1호 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 법인세법 제67조 에 따라 처분하는 금액부터 적용한다.

(3) 법인세법(2004.12.31. 법률 제7317호로 개정된 것) 제67조(소득처분) 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. (4) 법인세법 시행령(2005.2.19. 대통령령 18706호로 개정된 것) 제106조(소득처분) ① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세특례제한법 제46조 제12항 의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주등인 임원중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.(각 목 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, OOO장의 OOO 매입처인 OOO에 대한 조사 결과, OOO가 지급한 매입대금 대부분이 계좌이체 즉시 OOO와 대표이사인 청구인 계좌로 입금되거나 OOO의 거래처로 송금되는 등 OOO가 사용한 것으로 조사되었고, 어음 이외에 실거래를 입증할만한 자료를 제출하지 못하고 있으므로 OOO가 2005년 제2기～2006년 제2기 과세기간에 OOO으로부터 수취한 공급대가 합계 OOO원의 매입 세금계산서는 가공세금계산서로 확정되었다. 또한, OOO가 주식회사 OOO 외 1개 업체에 교부한 공급대가 합계 OOO원의 매출세금계산서도 가공매출세금계산서로 확인되어 2012.7.5. 관련 부가가치세 및 법인세를 경정․고지하는 한편, 가공매 입금액에서 가공매출금액을 차감한 쟁점금액의 귀속이 불분명하다 하여 당시 OOO 대표이사인 청구인에 대한 상여로 소득처분하고, 관련 과세자료를 처분청에 통보한 것으로 나타난다.

(2) 청구인의 구체적인 주장은 다음과 같다. (가) 과세관청이 사외유출된 익금산입액을 대표자에게 귀속된 것 으로 보고 상여로 소득처분한 경우, 그 소득의 귀속자에 대해서는 당해 사업연도 중에 근로를 제공한 날이 수입시기가 되므로 이 건 대표자 상여처분에 따른 종합소득세 납세의무는 2005.12.31.(2005년 귀속분)과 2006.12.31.(2006년 귀속분)에 각 성립하고, 그 부과제척기간의 기산일은 종합소득세 신고기한의 익일인 2006.6.1.과 2007.6.1.이다. (나) 대법원 판례와 조세심판원 심판결정례 등에서 법인의 대표자가 허위의 세금계산서를 수취하여 장부상 매입액을 과다계상하여 소득을 은닉한 경우, 그 대표자가 장차 은닉된 소득이 사외유출되어 그 귀속자가 밝혀지지 아니함에 따라 자신이 그 법인의 대표자로서 인정상여처분을 받을 것까지 모두 예상하여 그로 인해 부과될 소득세를 포탈하기 위하여 이러한 행위를 한 것으로 보기 어려우므로 해당연도 귀속분 소득세에 대한 부과제척기간은 5년이 된다고 판시하였다(대법원 2010.4.29. 선고 2007두11382 판결, 같은 뜻임). 또한, 새로운 납세의무나 종전보다 가중된 납세의무를 규정하는 세법 조항의 소급적용은 허용되지 아니하는 것인바, 서울행정법원(2014.1.23. 선고 2013구합10700 판결)은 법인의 대표이사가 2002년부터 2006년까지 법인 재산을 횡령하였다는 이유로 과세관청이 대표이사의 2002년부터 2006년 귀속 근로소득에 대하여 2012.7.1., 같은 달 2. 소득금액변동통지를 한 사안에서 “피고 주장과 같이 쟁점규정을 근거로 대표이사의 2002년부터 2006년 귀속 종합소득세 납세의무에 대한 부과제척기간을 10년으로 인정할 수 있다고 해석한다면, 이는 쟁점규정이 사실상 이미 완성된 사실 또는 법률관계를 규율대상으로 하는 진정소급입법에 해당하는 것으로서 헌법적으로 용인될 수 없는 해석이며, 이 사건에서 쟁점규정을 통한 진정소급입법을 허용할 만한 중대한 공익상 필요 등 특별한 사정이 인정되지도 않으므로 쟁점규정을 근거로 대표이사에 대한 2002년부터 2006년 귀속 종합소득세의 부과제척기간을 10년으로 볼 수 없다”고 판시한바 있다. (다) 따라서, 청구인의 2005～2006년 귀속 종합소득세의 부과제척기간은 2011.5.31. 및 2012.5.31.에 만료되었고, 그 이후에 이루어진 이 건 처분(2015.6.9.)은 취소되어야 한다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 2011.12.31. 법률 제11124호로 개정된 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 후단에서 ‘부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조 에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 한다’고 규정하고, 부칙 제2조에서 그 시행시기를 ‘2012.1.1. 이후 최초로 법인세법제67조에 따라 처분하는 금액부터 적용’하도록 하였다. (나) 이 건은 쟁점금액이 청구인에게 귀속된 사실을 처분청이 객관적으로 확인하여 청구인에 대한 상여로 소득처분한 것이 아니라, 귀속이 불분명한 소득에 대하여 대표자인 청구인에게 상여로 소득처분한 것인 점, 그 동안(위 국세기본법 제26조의2 제1항 후단이 신설되기 전)의 대법원 판례 및 조세심판원의 심판결정례가 법인이 가공경비를 계상하여 법인의 자금을 유출하는 경우 은닉된 법인의 소득이 사외유출되어 그 귀속이 밝혀지지 아니함에 따라 대표자가 당해 법인의 대표자로서 인정상여처분을 받을 것까지 모두 예상하여 그로 인해 부과될 소득세를 포탈할 목적으로 행한 것으로 보기는 어렵다고 보아 5년의 부과제척기간을 적용하여야 한다고 판단해 온 점(대법원 2010.1.28. 선고 2007두20959 판결 등 다수) 등에 비추어 쟁점금액 중2005년 귀속분에 대한 소득세의 납세의무는 개정된 세법에 의하여 처분청이 청구인에게 이 건 종합소득세 부과처분을 한 날(2015.6.9.) 이전인 2011.6.1.에 이미 5년의 부과제척기간이 경과한 상태에 있었다고 볼 수 있으므로 이 금액에 대하여는 2011.12.31. 개정된 위 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 후단에 따라 10년의 부과제척기간을 적용하기 어렵다고 판단된다. 다만, 2006년 귀속분은 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 후단의 개정규정의 시행일(2012.1.1.) 전에 5년의 부과제척기간이 도과하지 아니하였으므로 10년의 부과제척기간을 적용하는 것이 타당하다고 판단된다. (다) 따라서, 2005년 귀속 종합소득세 과세처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.