쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 양도소득세를 과세한 처분의 당부

OOO세무서장이 2016.1.26. 청구인에게 한 2014년 귀속 양도소득세OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 1971.8.4. 매매로 취득한 OOO 잡종지 410㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2014.7.30 양도하고 장기보유특별공제 OOO원을 적용하여 2014년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고하였다.
• 나. 처분청은 2015.10.1.부터 2015.10.20.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과 청구인이 그 소재지에 거주하지 아니한 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 부인하여 2016.1.26. 청구인에게 2014년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2016.2.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 당초 쟁점토지를 주택을 신축할 목적으로 취득하였으나 취득 이후 개발제한구역으로 지정되어 건축행위 등이 불가능하여 부득이하게 농사를 지을 수밖에 없었는바, 쟁점토지는 보유기간 중 거의 대부분의 기간이 법령에 의하여 그 사용이 제한된 상태로 있었다. 또한 소득세법제104조의3 제1항 제4호 나목에서 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지로서지방세법에 따른 재산세가 분리과세되는 토지는 비사업용 토지에서 제외하고 있는바, 쟁점토지는 공부상 지목이 잡종지로서 농지 등에 해당하지 아니하고 재산세가 분리과세(1993년～2014년)되었으므로 동 기간에 있어서는 비사업용 토지에서 제외되는 것으로 보아야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점토지를 취득하여 양도할 때까지 쟁점토지가 소재하는 시․군․구 또는 연접한 시·군·구에 거주한 사실이 없고, 청구인의 주소지와 쟁점토지와의 직선거리가 20킬로미터를 초과한 것으로 확인되어 재촌․자경요건을 충족하지 않는다. 또한, 쟁점토지는 2010.12.20 자연녹지지역에서 제2종 일반주거지역으로 편입된 것으로 확인되는 바, 이는 양도일 현재 편입일부터 2년이 경과하여 비사업용 토지에 해당하므로 처분청이 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 등: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점토지를 양도하고 재촌·자경한 사업용 토지에 대한 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세를 신고한데 대하여 처분청은 청구인이 재촌요건을 충족하지 아니하고 양도일 현재 주거지역 편입일부터 2년이 경과하여 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세를 과세하였다.

(2) 청구인은 주택신축 목적으로 쟁점토지를 취득하여 지목을 잡종지로 변경한바, 그 후 개발제한구역의 지정으로 인해 주택신축이 불가능하였던 기간 및 잡종지인 쟁점토지에 대하여 재산세가 비과세된 기간은 비사업용 토지에서 제외되는 기간에 해당하는 것으로 주장하며 그 증빙으로 토지이용계획 확인서, 토지지목변경 신청서, 토지대장 등을 제출하고 있으므로 이에 대하여 본다. (가) 토지지목변경 신청서, 토지대장 등에 의하면 청구인은 쟁점토지 취득 직후인 1971.11.30.을 등기원인일로 하여 쟁점토지의 지목을 답에서 잡종지로 변경하였고 1972.8.25. 쟁점토지 소재지인 OOO 일대가 개발제한구역으로 지정된 것으로 나타난다. (나) 토지이용계획 확인서 등에 의하면 쟁점토지 및 연접한 같은 동 485-21외 10여 필지 토지의 지목은 잡종지이고, 각 필지는 50㎡～499㎡의 면적으로 분할된 것으로 나타난다. (다) 처분청의 재산세 부과내역 조회자료(OOO 세정과-9078, 2015.3.31.)에 의하면 공부상 지목이 잡종지인 쟁점토지에 대하여 1993년부터 2014년까지 재산세가 분리과세된 것으로 나타난다.

(3) 청구인은 2016.4.14. 조세심판관회의에 출석하여 1971년경 OOO로부터 쟁점토지 소재지인 OOO 일대에 주택단지를 조성한다는 소문을 듣고 주택을 신축하기 위하여 쟁점토지를 취득한바, 취득 당시 쟁점토지 일대가 약 100여 평의 단위로 토지분할이 되어 있었고 쟁점토지 취득 직후 잡종지로 용도변경을 하였으나 그 다음 해에 개발제한구역으로 지정되었으며 개발제한구역 내에서는 직접 경작하는 사람이 토지 소유권을 주장할 수도 있다고 하여 불가피하게 청구인이 농사를 지었고 약 40년이 지난 2010년에 개발제한구역 해제와 동시에 보금자리주택 지구로 지정되었으나 사업추진이 불분명하여 쟁점토지를 양도하였다는 내용으로 진술하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 사실상 농지인 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당한다는 의견이나, 토지대장 등에 의하면 청구인이 취득하여 지목을 답에서 잡종지로 변경한 점, 토지이용계획 확인서에 의하면 쟁점토지 및 연접 토지의 지목은 잡종지로 각 필지는 50㎡～499㎡의 면적으로 분할되어 있는 점, 청구인이 쟁점토지를 취득한 직후 그 일대가 주택신축 등 개발행위가 제한되는 구역으로 지정된 점, 공부상 지목이 잡종지인 쟁점토지에 대하여 재산세가 분리과세된 점 등에 비추어 청구인이 주택신축 목적으로 쟁점토지를 취득한 것으로 보이므로 개발제한구역으로 지정된 기간(1972.8.25.～2010.5.26.)을소득세법제104조의3 제2항에 따른 비사업용 토지에서 제외되는 기간으로 보는 것이 타당하다 하겠다. 따라서 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 부인하여 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.