각 자산별 기준시가로 안분계산하여 산정한 양도가액으로 양도소득세를 과세한 처분의 당부

OOO세무서장이 2015.11.18. 청구인에게 한 2014년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 1992.4.28. 취득한 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 건물 연면적 OOO㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 2014.7.16. OOO원에 양도한 후, 양도소득세 신고시 양도가액은 쟁점 부동산 매매계약서상 구분가액(매매가액 OOO원, 토지가액 OOO원, 건물가액 OOO원)으로 하고, 취득가액은 환산 가액으로 하여 양도소득세를 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 청구인의 쟁점부동산 양도에 대하여 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점부동산 매매계약서상 쟁점토지와 쟁점건물의 가액을 임의구분한 것으로 보아 ｢소득세법｣ 제100조 제2항 에 따라 기준시가에 의하여 토지와 건물 양도가액을 안분계산하여 2015.11.18. 청구인에게 2014년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정‧고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2016.2.15. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) (주위적 청구) ｢소득세법｣ 제100조 제2항 에서 말하는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때라 함은 실지거래가액이 확인되지 않는 경우 또는 매매계약서상 가액이 구분 기재되어 있지 아니하거나 구분 기재되어 있더라도 합당하다고 인정되지 않는 경우를 뜻하는바OOO, 청구인은 쟁점부동산의 매매계약서에 토지와 건물 각 양도가액을 구분 기재하였고, 이는 거래 당사자였던 청구인과 주식회사 OOO 간의 자유의사에 따른 진정한 합의 금액이었으며, 건물분 양도가액은 임의 가액이 아닌 ｢지방세법｣상 시가표준액을 적용한 것으로 2010.10.28.～2013.4.4. 기간 동안 쟁점부동산의 임대료를 통하여 ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제4항 에 따라 쟁점부동산의 시가를 계산하면 약 OOO원이 되고 여기에서 2013년 쟁점토지의 개별공시지가 OOO원을 차감하면 쟁점건물의 추정 시가는 OOO원으로 신고 양도가액보다 큰 점 등을 감안할 때 쟁점건물의 신고 양도가액이 과다하거나 합리‧타당성이 결여되었다고 보기 어렵다 할 것이다. 또한, 처분청은 매매계약서상의 토지 및 건물의 각 양도가액의 구분이 불분명한 사유에 대하여 근거를 제시하여야 하나, 건물의 신고 양도가액이 기준시가로 안분한 금액을 초과한다는 이유 외에는 별다른 사유를 제시하지 못하고 있으므로 토지와 건물의 구분 가액이 불분명한 때에 해당한다고 볼 수 없으므로 토지와 건물의 가액을 기준시가로 안분하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

(2) 처분청은 쟁점건물의 양도가액을 OOO원에서 OOO원으로 재산정하여 과세하였으므로 이에 따른 부가가치세 감소분 OOO원과 환급가산금을 환급하여야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점부동산의 토지, 건물가액을 ｢지방세법｣상 시가표준액을 근거로 산정하였으므로 정당한 것으로 주장하고 있으나, ｢소득세법｣ 제100조, ｢부가가치세법 시행령｣ 제64조 등에 토지와 건물 일괄양도시 토지와 건물가액이 불분명할 경우 취득 또는 양도 당시 기준시가를 고려하여 안분계산하도록 관련 법령에 규정되어 있음에도 전체 양도가액 OOO원 중 건물 지방세 시가표준액 OOO원을 임의로 적용하여 건물가액을 OOO원으로 하고 건물가액을 제외한 가액인 OOO원을 토지가액으로 산정하여 양도소득세를 신고하였으나, 청구인의 주장에 의하면 토지에 대한 지방세 시가표준액은 OOO원OOO임에도 건물가액은 지방세 시가표준액으로 의하여 신고하고 토지가액은 실거래가액으로 신고되는 모순이 있고, 일반적으로 건물은 기간경과시 감가상각 등으로 취득 당시보다 양도 당시 가액이 감소하므로 건물가액을 높게 산정하면 양도차익이 적게 되어 양도소득세 부담이 덜하다는 것은 상식적인 것으로 청구인의 양도가액 산정금액은 양도소득세 부담을 회피하기 위한 것으로 보인다. 또한, 청구인(세무대리인)은 처분청의 양도소득세 조사시 부동산중개업자의 권유에 따라 지방세 시가표준액을 근거로 건물가액을 산정하였다고 진술한 바 있어 건물 신고가액에 타당성이 의심스럽고, 토지와 건물 일괄 양도시 다수의 납세자가 기준시가를 기준으로 안분하여 가액을 구분하여 신고하고 있는 점에 비추어 청구주장을 인정할 경우 조세형평에 어긋나는 결과를 초래하게 되며, ｢소득세법｣ 제100조 및 ｢부가가치세법｣ 제64조 에 토지 및 건물의 일괄양도시 가액 구분에 관한 관련 규정이 있음에도 계약당사자간 건물가액을 아무 근거 없이 지방세 시가표준액을 적용하여 산정하고 차액을 토지가액으로 산정한 가액은 그 구분이 불분명한 경우에 해당되므로 청구주장을 받아들이기 어렵다.

(2) 부가가치세 과다 신고‧납부를 이유로 환급을 구하는 경정청구의 제기 없이 한 이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당한다.

• 가. 쟁 점

① (주위적 청구) 쟁점부동산 매매계약서상 토지와 건물가액 구분기재가 임의적인 것으로 보아 기준시가로 안분하여 경정한 처분의 당부

② (예비적 청구) 처분청의 양도소득세 경정에 따라 건물의 양도 가액이 감액되었으므로 과다 납부한 쟁점건물분 부가가치세를 환급 하여야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료를 보면, 청구인은 2014.7.16. 쟁점 부동산을 OOO원에 양도하고, 양도소득세 신고시 양도가액은 쟁점 부동산 매매계약서상 구분가액OOO으로 하고, 취득가액은 환산가액으로 하여 양도소득세를 신고․납부한데 대하여 처분청은 청구인의 쟁점부동산 양도에 대한 양도소득세를 조사하여 쟁점부동산 매매계약서상 쟁점토지와 쟁점건물의 구분가액이 임의로 구분기재한 것으로 보아 ｢소득세법｣ 제100조 제2항 에 따라 기준시가에 의거 토지와 건물의 양도가액을 안분계산하여 이 건 처분을 하였다.

(2) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 청구인의 쟁점부동산 양도가액에 대한 신고내역과 처분청 경정내역은 아래 [표]와 같은 것으로, 쟁점부동산의 양도가액은 실지거래가액인 OOO원이고, 토지와 건물가액 구분은 청구인은 시가표준액으로 산정하였고 처분청은 기준시가로 산정하였다. [표1] 쟁점부동산 양도가액 산정내용 (단위: 원, %) ◯◯◯ (나) ｢소득세법｣ 제100조 제1․2항과 같은 법 시행령 제166조 제6항에 양도차익을 실지거래 가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 고려하여 부가가치세법 시행령 제64조 에 따라 안분 계산한다고 규정하고 있다. (다) 청구인이 청구주장에 대한 증빙으로 제출한 자료는 아래와 같다.

1. 매도인 청구인과 매수인 주식회사 OOO이 2014.6.4. 체결한 쟁점부동산 매매계약서 내역은 아래 [표2]와 같다. [표2] 쟁점부동산 매매계약서 내역 (단위: 원) ◯◯◯

2. 청구인이 쟁점부동산 양도당시의 시가를 참고하기 위해 주식회사 OOO에 의뢰하여 2016.3.8. 작성한 쟁점건물 감정평가표는 아래 [표3]과 같다. [표3] 양도시점(2014.6.4.) 쟁점건물 소급감정가액 (단위:원) ◯◯◯ (라) 처분청이 쟁점건물에 대하여 계산한 ｢소득세법｣상 기준시가는 OOO원이고, OOO시장이 재산세를 과세한 ｢지방세법｣상 시가표준액은 OOO원으로 확인된다. (마) 쟁점부동산의 양도가액 OOO원 중 청구인이 신고한 쟁점 건물의 양도가액 OOO원은 전체 양도가액의 1.49%에 해당하는 금액이고, 처분청이 경정한 쟁점건물의 양도가액 OOO원은 전체 양도가액의 0.5%에 해당한다. (사) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 건물 및 토지의 양도가액을 임의로 구분하여 그 구분이 불분명한 경우에 해당한다고 보아 기준시가에 따라 안분계산하여 이 건 처분을 하였으나, 거래당사자간 체결한 쟁점부동산 매매 계약서상 쟁점토지와 쟁점건물가액이 명확히 구분 기재되어 있고, 건물가액 산정기준도 시가표준액이어서 임의로 산정한 가액으로 보기 어려우며, 양도당시로 소급하여 평가한 쟁점건물 평가액 또한 청구인이 당초 신고한 가액과 거의 동일하고, 쟁점부동산 중 쟁점건물가액 비중이 1.49%에 불과하여 거래당사자들이 쟁점부동산을 거래함에 있어 조세회피 목적으로 임의 기재하였다고 보기 어려운 점, 당사자간의 사적자치에 대한 의사결정은 특별한 사정이 없는 한 존중되어야 하는 점 등에 비추어 볼 때, 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 경우에 해당한다 하여 쟁점부동산 토지와 건물의 양도가액을 기준시가로 안분계산하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. 위 (2)쟁점①에서 살펴본 바와 같이 청구인의 주장이 받아들여져 심리의 실익이 없으므로 심리를 생략한다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 소득세법 제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. (2) 소득세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 것) 제166조(양도차익의 산정 등) ⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 ｢부가가치세법 시행령｣ 제64조 에 따라 안분계산한다. (3) 부가가치세법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26071호로 개정되기 전의 것) 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

｢소득세법｣ 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 ｢부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률｣에 따른 OOO이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다. (4) 지방세법 제4조(부동산 등의 시가표준액) ① 이 법에서 적용하는 토지 및 주택에 대한 시가표준액은 ｢부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률｣에 따라 공시된 가액(價額)으로 한다. 다만, 개별공시지가 또는 개별주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 시장·군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 "시장·군수"라 한다)이 같은 법에 따라 국토교통부장관이 제공한 토지가격비준표 또는 주택가격비준표를 사용하여 산정한 가액으로 하고, 공동주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 대통령령으로 정하는 기준에 따라 시장·군수가 산정한 가액으로 한다.

② 제1항 외의 건축물(새로 건축하여 건축 당시 개별주택가격 또는 공동주택가격이 공시되지 아니한 주택으로서 토지부분을 제외한 건축물을 포함한다), 선박, 항공기 및 그 밖의 과세대상에 대한 시가표준액은 거래가격, 수입가격, 신축·건조·제조가격 등을 고려하여 정한 기준가격에 종류, 구조, 용도, 경과연수 등 과세대상별 특성을 고려하여 대통령령으로 정하는 기준에 따라 지방자치단체의 장이 결정한 가액으로 한다.

(5) 국세기본법(2014.12.23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

③ 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. 제55조(불복) ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다.