국외특수관계법인으로부터 정상가격보다 높은 가액으로 주식을 취득한 경우 정상가격을 증권거래세 과세표준으로 할 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 1996.10.29.부터 소프트웨어 개발 및 판매업을 영위하는 법인으로서, 2012.9.28. 국외 특수관계인인 OOO 소재 법인 OOO(이하 “양도법인”이라 한다) 소유의 주식회사 OOO 발행주식 OOO주(총 발행주식의 OOO%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 OOO원에 양수하면서, 2012.11.14. 법인세법제98조 제1항 제5호에 따라 OOO%의 세율을 적용하여 관련 법인세 OOO원을 원천징수․납부하고, 같은 날 증권거래세 과세표준을 주식매수계약서의 양도가액 OOO원 으로 하여 증권거래세 OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. OOO장은 2015년 4월 청구법인에 대하여 세무조사한 결과, 국제조세조정에 관한 법률(이하 “국조법”이라 한다) 제4조에 따라 쟁점주식의 정상가격을 OOO원으로 평가하여 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 쟁점주식 양도 관련 법인세(원천세) 과세표준을 감액결정OOO하고, 양도가액과 정상가격의 차액인 OOO원을 양도법인의 배당소득으로 보아 법인세법제98조 제1항 제3호 및 대한민국 정부와 OOO 정부간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약제10조 제2항 나)목에 따른 세율OOO을 적용하여 청구법인에게 관련 법인세(원천세) OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 2015.9.1. 쟁점주식 양도에 따른 증권거래세 과세표준도 거래가격인 OOO원이 아니라 정상가격인 OOO원을 적용하여 기 납부한 증권거래세 OOO원을 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 제기하였고, 처분청은 주권이 정상가격보다 높은 가격으로 양도된 경우 해당 주권의 양도가액을 증권 거래세 과세표준으로 적용해야 한다고 보아 2015.11.3. 이를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2016.1.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 증권거래세법 제7조 에서 주권이 양도된 경우 양도가액을 과세표준으로 한다고 규정하면서, 다만 ‘주권이 정상가격보다 낮은 가격으로 양도된 경우’에만 정상가격을 과세표준으로 한다고 정하고 있고, 이 건과 같이 ‘주권이 정상가격보다 높은 가격으로 양도된 경우’에는 과세표준을 정상가격으로 하는지 여부에 대하여 명시적인 규정이 없다. 그러나, 이 경우에도 정상가격을 증권거래세 과세표준으로 한다고 해석하여야 한다. ‘정상가격보다 높은 가격으로 양도된 경우’에 과세표준을 정상가격 으로 한다고 규정하지 아니한 이유는 납세의무자가 정상가격 보다 높은 가액으로 거래한 것이 세법상 문제가 된다면 거래당사자간 합의에 의해 일부 거래를 취소하면 될 것이어서 거래가액대로 과세할 실익이 없기 때문이다. 반면, ‘거래가액이 정상가격보다 낮은 가격으로 양도된 경우’에 과세표준을 정상가격으로 하기 위하여는 취소할 거래가 없으므로 위와 같은 특별한 규정이 필요한 것이다. 처분청에서는 ‘거래가액이 정상가격보다 높은 가격으로 양도된 경우’에 관하여 ‘증권거래세법제7조 제1항 제2호 가목에 따라 해당 주권의 양도가액을 증권거래세 과세표준으로 한다’고 회신한바 있다고 하나(국세청 법령해석과-2369, 2015.9.18.), 이는 처분청이 국세청에 의뢰한 과세기준자문회의 결과에 지나지 아니한 것으로서 아직 공개조차 되지 아니한 처분청 내부의견에 불과하다. 만약, ‘주권이 정상가격보다 낮은 가격으로 양도된 경우’에는 주식양도에 따른 법인세 원천세액을 정상가격에 따라 증액경정하게 될 것이고, 증권거래세 또한 정상가격에 따라 과세하게 될 것이므로 이 경 우 법인세 목적상 적용되는 가격과 증권거래세 목적으로 적용되는 가격이 “정상가격”으로 일치하므로 모순이 발생하지 않는다. 반면, 이 건과 같이 ‘주권이 정상가격보다 높은 가격으로 양도된 경우’에 법인세 목적상으로는 정상가격을 적용하고 증권거래세 목적 상으로는 거래가격을 적용한다면, 하나의 거래에 관하여 세법상 이중의 거래가격이 적용되는 모순이 발생되므로 법인세 목적상 정상가격을 적용하였다면, 증권거래세 과세표준도 정상가격을 적용하는 것이 논리상 타당하다. 처분청 스스로 쟁점주식의 양도가액을 정상가격인 OOO원 으로 보고 나머지 소득은 양도법인의 배당소득으로 간주하여 이와 관련된 원천세를 과세한 점, 법인세와 관세의 국제거래가격이 상이한 경우 과세가격을 상호 조정하도록 한 점 등에 비추어 법인세 과세시적용한 정상가격을 증권거래세 과세표준으로 적용하지 아니하고 양도가액을 과세표준으로 적용하여야 한다고 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 국조법 제4조의 규정에 의하여 법인세 등을 정상가격으로 결정한 경우 증권거래세 과세표준도 정상가격으로 조정하여야 한다고 주장하나, 증권거래세법제7조 제1항에는 ‘증권거래세 과세표준은 양도가액으로 하여야 하고, 다만, 국조법 제4조에 따라 주권 등이 정상가격보다 낮은 가액으로 양도된 것으로 인정되는 경우에는 그 정상가격을 과세표준으로 한다’고 규정하고 있으므로 정상가격보다 높은 가액으로 양도된 경우 양도가액을 증권거래세 과세표준으로 보아야 한다. 국조법 제4조 제1항은 국제거래에서 그 거래가액이 정상가격보다 낮거나 높은 경우 정상가격으로 과세표준을 결정하거나 경정할 수 있다고 규정되어 있는바, 이는 국제거래에 있어서 여러 가지 사항을 고려하여 과세당국이 정상가격으로 결정할 수 있도록 한 임의규정 이므로 반드시 모든 세목을 정상가격으로 결정하여야 하는 것은 아니다. 과세관청이 국조법에 따라 양도법인이 얻은 양도소득을 감액경정하고 일부를 배당소득으로 재분류하였다 할지라도 이로 인해 사인간 약정한 ‘양도가액’ 자체가 감액된 것은 아니므로 거래세인 증권거래세 과세시 증권거래세법제7조 제1항에 따라 해당주식의 양도가액을 증권거래세 과세표준으로 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 국내사업자가 국외특수관계인인 양도법인으로부터 국제조세조정 에 관한 법률제4조에 따라 정상가격보다 높은 가액으로 주권을 양수한 경우 정상가격을 증권거래세 과세표준으로 적용해야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제시한 심리자료(경정청구서, 이전 소득금액 통지서, 주식평가 내역 등)의 주요내용은 다음과 같다. (가) 청구법인은 2012.9.28. 양도법인으로부터 쟁점주식을 OOO원에 양수하면서, 2012.11.14. 법인세법제98조 제1항 제5호에 따라 OOO%의 세율을 적용하여 관련 법인세 OOO원을 원천 징수․납부하고, 같은 날 증권거래세 과세표준을 주식매수계약서의 양도가액 OOO원으로 하여 증권거래세 OOO원을 신고․ 납부하였다. (나) OOO장은 2015년 4월 청구법인에 대하여 세무조 사한 결과, 국조법상 쟁점주식의 정상가격을 상속세 및 증여세법에 따른 보충적 평가방법을 적용하여 OOO원으로 평가하여 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 쟁점주식 양도 관련 법인세 (원천세) 과세표준을 감액결정OOO하고, 양도가액과 정상가격의 차액인 OOO원을 양도법인의 배당소득으로 보아 청구법인에게 관련 법인세(원천세, 제한세율 OOO%) OOO원을 경정․고지하였다. (다) 청구법인은 2015.9.1. 쟁점주식 양도에 따른 증권거래세 과세표준도 거래가격인 OOO원이 아니라 정상가격인 OOO원을 적용하여 기 납부한 증권거래세 OOO원을 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2015.11.3. 이를 거부하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 국내사업자가 국외특수관계인인 양도법인으로부터 국조법 제4조에 따른 정상가격보다 높은 가액으로 주권을 양수한 경우 정상가격을 증권거래세 과세표준으로 적용해야 한다고 주장하나, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는바, 증권거래세법제7조 제1항에서 외국법인이 주권 등을 금융투자업자를 통하지 아니하고 양도하는 경우 증권거래세 과세표준은 ‘주권 등의 양도가액을 알 수 있는 경우에는 해당 주권 등의 양도가액을 증권거래세의 과세표준으로 한다’고 규정하고 있고, 청구법인은 쟁점주식을 OOO원에 양수한 것으로 확인되며, 청구법인과 양도법인 간에 쟁점주식의 거래가격을 조정하거나 그 차액을 반환한 사실이 없는 점 등에 비추어 처분청이 증권거래세법 제7조 제1항 제2호 가목의 규정에 따라 청구법인에게 증권거래세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 증권거래세법(2010.12.27. 법률 제10401호로 개정된 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 "주권"이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 것을 말한다.

또는 특별한 법률에 의하여 설립된 법인의 주권

2. 외국법인이 발행한 주권(株券)으로서 증권시장에 상장된 것

② 이 법에서 "지분"이라 함은 상법에 의하여 설립된 합명회사·합자회사 및 유한회사의 사원의 지분을 말한다.

③ 이 법에서 "양도"라 함은 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 유상으로 소유권이 이전되는 것을 말한다. 제3조(납세의무자) 증권거래세의 납세의무자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로 한다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주권을 계좌 간 대체로 매매결제하는 경우에는 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제294조 에 따라 설립된 한국예탁결제원(이하 "예탁결제원"이라 한다)

• 가. 증권시장에서 양도되는 주권
• 나. 증권시장의 밖에서 대통령령으로 정하는 방법에 따라 양도되는 주권

2. 제1호 외에 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제8조 제1항 에 따른 금융투자업자(이하 "금융투자업자"라 한다)를 통하여 주권등을 양도하는 경우에는 해당 금융투자업자

3. 제1호 및 제2호 외의 주권등의 양도의 경우에는 당해 주권등의 양도자. 다만, 국내사업장을 가지고 있지 아니한 비거주자 또는 국내사업장을 가지고 있지 아니한 외국법인이 주권등을 금융투자업자를 통하지 아니하고 양도하는 경우에는 당해 주권등의 양수인으로 한다. 제7조(과세표준) ① 증권거래세의 과세표준은 다음 각 호에 의한다.

1. 제3조 제1호 각목의 규정에 의한 주권을 양도하는 경우에는 당해 주권의 양도가액

2. 제1호 외의 주권등을 양도하는 경우에는 다음 각 목의 구분에 의한 가액

• 가. 주권등의 양도가액을 알 수 있는 경우: 해당 주권등의 양도가액. 다만, 다음의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음에 규정하는 가액으로 한다. (1) 소득세법 제101조, 법인세법 제52조 또는 상속세 및 증여세법 제35조 에 따라 주권등이 시가액보다 낮은 가액으로 양도된 것으로 인정되는 경우(국제조세조정에 관한 법률 제4조 의 규정이 적용되는 경우를 제외한다)에는 그 시가액 (2) 소득세법 제126조, 법인세법 제92조 또는 국제조세조정에 관한 법률 제4조 에 따라 주권등이 정상가격보다 낮은 가액으로 양도된 것으로 인정되는 경우에는 그 정상가격
• 나. 주권등의 양도가액을 알 수 없는 경우: 대통령령이 정하는 양도가액평가방법에 의하여 평가한 가액

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 시가 및 정상가격의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 국제조세조정에 관한 법률(2011.12.31. 법률 제11126호로 개정된 것) 제4조(정상가격에 의한 과세조정) ① 과세당국은 거래 당사자의 어느 한 쪽이 국외특수관계인인 국제거래에서 그 거래가격이 정상가 격보다 낮거나 높은 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다. 이하 이 장에서 같다)의 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정할 수 있다. 다만, 제5조에 따른 정상가격 산출방법 중 동일한 정상가격 산출방법을 적용하여 둘 이상의 과세연도에 대하여 정상가격을 산출하고 그 정상가격을 기준으로 일부 과세연도에 대한 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정하는 경우에는 나머지 과세연도에 대하여도 그 정상가격을 기준으로 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정하여야 한다. 제9조(소득금액 조정에 따른 소득처분 및 세무조정) ① 제4조나 제6조의2를 적용할 때 익금(益金)에 산입(算入)되는 금액이 국외특수관계인으로부터 내국법인에 대통령령으로 정하는 바에 따라 반환된 것임이 확인되지 아니하는 경우에는 그 금액은 법인세법 제67조 에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 국외특수관계인에 대한 배당 또는 기타사외유출로 처분하거나 출자로 조정한다.

② 제1항을 적용할 때 소득 처분의 방법 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제10조의2(국세의 정상가격과 관세의 과세가격 간 조정을 위한 경정청구) ① 국외특수관계인으로부터 물품을 수입하는 거래와 관련하여 납세의무자가 과세당국에 법인세 또는 소득세의 과세표준신고서를 제출한 후 관세법 제38조의3 제4항 에 따른 세관장의 경정처분으로 인하여 관세의 과세가격과 신고한 법인세 또는 소득세의 과세표준 및 세액의 산정기준이 된 거래가격 간에 차이가 발생한 경우에는 그 경정처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 2개월 내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세당국에 법인세 또는 소득세의 과세표준 및 세액의 경정을 청구할 수 있다.

② 제1항에 따른 경정청구를 받은 과세당국은 그 청구를 받은 날부터 2개월 내에 과세표준 및 세액을 경정하거나 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. 제10조의3(국제거래가격에 대한 과세의 조정) ① 납세의무자는 제10조의2 제2항의 통지를 받은 날(2개월 내에 통지를 받지 못한 경우에는 2개월이 경과한 날)부터 30일 내에 기획재정부장관에게 국세의 정상가격과 관세의 과세가격 간 조정을 신청할 수 있다. 이 경우 기획재정부장관은 과세당국 또는 세관장에게 거래가격에 대한 과세의 조정을 권고할 수 있고, 그 조정권고에 대한 과세당국 또는 세관장의 이행계획(불이행 시 그 이유를 포함한다)을 받아 납세의무자에게 그 조정의 신청을 받은 날부터 90일 내에 통지하여야 한다.

② 제1항에 따른 조정의 신청, 조정 방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 제1항에 따라 조정을 신청한 날부터 통지를 받은 날까지의 기간은 국세기본법 제61조, 제66조, 제68조 및 관세법 제121조, 제131조, 제132조의 청구기간 또는 신청기간에 산입하지 아니한다. (3) 국제조세조정에 관한 법률 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22574호로 개정된 것) 제15조(임시유보 처분 등)① 과세당국은 법 제9조에 따른 소득처분 및 세무조정을 하는 경우에는 제15조의2에 따른 반환 여부를 확인하기 전까지는 임시유보로 처분한다.

② 과세당국은 제1항에 따라 임시유보로 처분하는 경우 그 사실을 기획재정부령으로 정하는 임시유보처분통지서에 의하여 소득세법 시행령 제192조 제1항 및 제4항을 준용하여 통지하여야 한다.

③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 임시유보로 처분하지 아니하고 제16조 제1항 각 호에 따라 처분하거나 조정한다.

1. 법 제4조 또는 제6조의2에 따라 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정한 날부터 4개월 이내에 부과제척기간이 만료되는 경우

2. 기획재정부령으로 정하는 이전소득금액처분요청서를 제출하는 경우 제15조의2(익금에 산입되는 금액의 반환 확인 등) 법 제9조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 반환된 것임이 확인되지 아니하는 경우"란 제15조에 따른 임시유보처분통지서를 받은 날 또는 과세표준 및 세액을 수정신고한 날부터 90일 이내에 국외특수관계자가 내국법인에게 법 제4조 또는 제6조의2에 따라 익금에 산입되는 금액 중 반환하려는 금액에 다음 산식에 따라 산출한 반환이자를 가산하여 반환하였음을 확인하는 서류(기획재정부령으로 정하는 이전소득금액반환확인서를 말한다)를 과세당국에 제출하지 아니한 경우를 말한다. 다만, 제15조제3항에 해당하는 경우에는 법 제4조 또는 제6조의2에 따라 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정할 당시 익금에 산입되는 금액이 국외특수관계자로부터 내국법인에게 반환되는 것임이 확인되지 아니한 경우를 말한다. 반환이자 = 반환하려는 금액 × 거래일이 속하는 사업연도 종료일의 다음 날부터 이전소득금액반환일까지의 기간 × 국제금융시장의 실세이자율을 고려하여 국세청장이 정하여 고시하는 이자율/365(윤년의 경우에는 366) 제16조(반환이 확인되지 아니한 금액에 대한 처분 및 조정 등)① 제15조의2에 따른 반환이 확인되지 아니하는 경우 그 반환이 확인되지 아니한 금액은 다음 각 호에 따라 처분하거나 조정한다.

1. 국제거래의 상대방인 국외특수관계자가 내국법인의 주주에 해당하는 경우(제2조 제1항 제1호에 해당하는 경우를 포함한다)에는 해당국외특수관계자에게 귀속되는 배당으로 할 것

2. 국제거래의 상대방인 국외특수관계자가 내국법인이 출자한 법인에 해당하는 경우(제2조 제1항 제2호에 해당하는 경우를 포함한다)에는 해당국외특수관계자에 대한 출자의 증가로 할 것

4. 국제거래의 상대방인 국외특수관계자가 제1호 및 제2호 외의 자인 경우에는 해당국외특수관계자에게 귀속되는 배당으로 할 것

② 과세당국은 제1항에 따라 처분 또는 조정을 하는 경우 그 사실을 제15조의2에 따른 이전소득금액반환확인서의 제출기한이 만료된 날(제15조 제3항에 해당하는 경우에는 법 제4조 또는 제6조의2에 따라 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정한 날)부터 15일 이내에 기획재정부령으로 정하는 이전소득금액통지서에 의하여 소득세법 시행령 제192조 제1항 및 제4항을 준용하여 통지하여야 한다. 이 경우 배당은 그 통지서를 받은 날에 지급한 것으로 본다.

③ 과세당국이 제15조 제3항에 따라 처분하거나 조정한 후 납세자가 제2항에 따른 통지서를 받은 날부터 90일 이내에 제15조의2에 따른 이전소득금액반환확인서를 제출한 경우에는 제15조 제3항에 따른 처분이나 조정이 없었던 것으로 본다.