2012사업연도 가지급금 인정이자 계산시 당좌대출이자율을 적용하여 과세한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 OOO에서 건설업을 영위하는 법인으로, 2009사업연도부터 2011사업연도까지 법인세 신고시 당좌대출이자율을 적용하여 가지급금 인정이자를 계산하였으나, 2012사업연도 법인세 신고 시 가중평균차입이자율을 적용하여 가지급금 인정이자를 계산하여 법인세를 신고․납부하였다.
• 나. OOO지방국세청 감사관실은 OOO세무서에 대한 종합감사를 실시한 결과, 법인세법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22577호로 개정된 것) 제89조 제3항 제2호 및 부칙(제22577호, 2010.12.30.) 제1조, 제11조에 따라 청구법인은 OOO 이후 최초로 신고하는 사업연도인 2010사업연도와 이후 2개 사업연도에 당좌대출이자율을 적용하여야 하고 2012사업연도에 가중평균차입이자율을 적용할 수 없는바, 청구법인의 2012사업연도 가지급금 인정이자를 당좌대출이자율을 적용하여 재계산하라는 취지로 시정지시를 하였고, 이에 따라 처분청은 인정이자를 OOO원으로 재계산하여 당초 신고 시 인정이자와의 차액 OOO원을 추가로 익금에 산입하여, OOO 청구법인에게 2012사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였으며, 인정이자 차액 OOO원에 대하여 소득금액변동통지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2009사업연도부터 2011사업연도까지 3년 이상 당좌대출이자율을 적용하여 가지급금 인정이자를 계산하여 왔고, 종전 법률에서 당좌대출이자율을 가지급금 인정이자의 시가로 선택하여 적용한 경우 그 후의 사업연도에도 계속하여 당좌대출이자율만을 적용하도록 규정되어 있었으나, 2010.12.30. 시행령 개정 시 이러한 불합리를 개선하고자 당좌대출이자율 의무적용기간을 3년으로 개정하였는바, 2009사업연도부터 3년 이상 당좌대출이자율을 시가로 사용한 청구법인은 2012사업연도부터 가중평균차입이자율을 적용할 수 있다고 봄이 타당한바, 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 2010.12.30. 개정된 법인세법 시행령 제89조 제3항 제2호 는 법인이 과세표준 신고와 함께 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우에는 ‘당좌대출이자율을 시가로 하여 선택한 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 한다’고 규정하면서, 부칙 제1조 및 제11조에서 ‘2011.1.1. 이후 최초로 신고하는 사업연도 분부터 적용한다’고 규정하였고, 청구법인은 2011.1.1. 최초로 신고하는 2010사업연도 법인세 신고 시 제출한 “가지급금 등 인정이자 조정명세서(갑)” “1. 적용 이자율” 선택 시 법인세법 시행령제89조 제3항 제2호에 따른 당좌대출이자율을 선택하여 신고하였으므로, 2010.12.30. 법 개정 시 부칙 규정에 따라 2010사업연도부터 2012사업연도까지 가지급금 인정이자 계산 시 당좌대출이자율을 적용하여야 한다고 봄이 타당한바, 청구주장은 이유 없다.

• 가. 쟁점 청구법인이 가중평균차입이자율을 적용하여 2012사업연도 가지급금 인정이자를 계산할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 법인세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정된 것) 제89조【시가의 범위 등】 ③ 제88조 제1항 제6호 및 제7호에 따른 금전의 대여 또는 차용의 경우에는 제1항 및 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 비율 중 해당 법인이 법 제60조에 따른 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 선택하는 비율(선택하지 아니한 경우에는 제1호의 비율을 말한다)을 시가로 하되, 선택한 비율은 해당되는 모든 거래에 대하여 적용하고, 그 후의 사업연도에도 계속 적용하여야 한다. 다만, 제2호의 비율을 선택하였으나 그 이후 사업연도에 제2호의 비율의 적용이 불가능한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우에는 해당 사업연도에 한정하여 제1호의 비율을 시가로 할 수 있다.

1. 기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율

2. 기획재정부령으로 정하는 가중평균차입이자율 (2) 법인세법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22577호로 개정된 것) 제89조【시가의 범위 등】③ 제88조 제1항 제6호 및 제7호에 따른 금전의 대여 또는 차용의 경우에는 제1항 및 제2항에도 불구하고 기획재정부령으로 정하는 가중평균차입이자율(이하 "가중평균차입이자율"이라 한다)을 시가로 한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 해당 각 호의 구분에 따라 기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율(이하 "당좌대출이자율"이라 한다)을 시가로 한다.

1. 가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우: 해당 사업연도에 한정하여 당좌대출이자율을 시가로 한다.

2. 해당 법인이 법 제60조에 따른 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우: 당좌대출이자율을 시가로 하여 선택한 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 한다. 부칙(2010.12.30. 제22577호) 제1조【시행일】 이 영은 2011년 1월 1일부터 시행한다.(단서 생략) 제11조【특수관계자 간 금전대차 시 적용하는 시가 기준에 관한 적용례】 제89조 제3항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 신고하는 사업연도 분부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 법인세법 시행령 제89조 제3항 (이하 “쟁점규정”이라 한다)의 주요 개정 연혁을 살펴보면, 2007.2.28. 시행령 개정전에는 특수관계자간 금전대차 거래시 적용하는 시가로 보는 이자율을 당좌대출이자율을 원칙으로 하고, 예외적으로 당좌대출이자율보다 높은 이자율의 차입금이 있는 경우에는 특수한 경우를 제외하고는 당해 이자율을 적용하도록 하였으나, 2007.2.28. 시행령 개정 시 특수관계자간 금전대차 거래시 적용하는 시가로 보는 이자율은 원칙적으로 가중평균차입이자율로 하되, 가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우에 한하여 예외적으로 당좌대출이자율을 적용하도록 개정하였으며, 2009.2.4. 시행령 개정 시 가지급금과 가수금이 수시로 발생하는 기업의 경우 대여시점마다 일일이 가중평균차입이자율을 계산하는 것이 어려운 점을 감안하여, 금전대차거래시 부당행위계산 부인의 기준이 되는 시가를 가중평균차입이자율과 당좌대출이자율 중 법인이 선택할 수 있도록 하되, 선택한 이자율은 원칙적으로 모든 거래 및 그 후의 사업연도에도 계속하여 적용하도록 개정하였고, 2010.12.30. 시행령 개정 시 기업의 납세편의를 제고하기 위해 금전대차거래시 부당행위계산부인의 기준이 되는 시가를 가중평균차입이자율을 원칙으로 하되, 가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우 등이나 법인이 선택하는 경우에는 당좌대출이자율을 적용할 수 있도록 하는 한편, 법인의 선택에 의해 당좌대출이자율을 적용한 경우에는 3개 사업연도 동안 의무적으로 적용하도록 개정하였다. (2) 법인세법 시행령 (2010.12.30. 대통령령 제22577호로 개정된 것) 부칙 제1조 및 제11조는, 쟁점규정의 개정규정은 2011.1.1. 이후 최초로 신고하는 사업연도 분부터 적용한다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2009사업연도부터 2011사업연도까지 3개 사업연도 동안 당좌대출이자율을 사용하였으므로 2012사업연도부터 가중평균차입이자율을 적용할 수 있다고 주장하나, 2010.12.30. 법인세법 시행령 개정시 쟁점규정은 법인이 과세표준 신고와 함께 당좌대출이자율을 시가로 ‘선택’하는 경우 ‘선택한 사업연도’와 ‘이후 2개 사업연도’는 당좌대출이자율을 시가로 하도록 개정되었고, 개정 시행령 부칙에서 개정된 쟁점규정은 2011.1.1. 이후 신고분부터 적용한다고 규정한 점, 청구법인은 2011.1.1. 이후 최초로 신고하는 사업연도인 2010사업연도 법인세 신고 시 당좌대출이자율을 ‘선택’하여 신고하였는바, 개정된 쟁점규정 적용 시 당좌대출이자율을 ‘선택한 사업연도’는 2010사업연도로 봄이 타당한 점 등에 비추어 청구법인은 당좌대출이자율을 선택한 2010사업연도와 그 이후 2개 사업연도, 즉, 2012사업연도까지 가지급금 인정이자 계산 시 당좌대출이자율을 적용하여야 할 것인바, 당좌대출이자율을 적용하여청구법인의 2012사업연도 가지급금 인정이자를 재계산하고 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.