국세청이 발간한 책자에서 추계시에도 조특법 제7조의 중소기업특별세액감면을 받을 수 있는 것으로 기재되어 있는 점, 2016.7.13. 국세청장의 유권해석이 있기전까지 비과세관행이 성립된 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 처분은 신의성실의 원칙을 위반한 것으로 보임
국세청이 발간한 책자에서 추계시에도 조특법 제7조의 중소기업특별세액감면을 받을 수 있는 것으로 기재되어 있는 점, 2016.7.13. 국세청장의 유권해석이 있기전까지 비과세관행이 성립된 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 처분은 신의성실의 원칙을 위반한 것으로 보임
OOO 세무서장이 2016.10.13. 청구인 OOO에게 한 2011년 귀속 종합소득세 OOO원 및 청구인 OOO에게 한 2011년 귀속 종합소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
2. 청구인들 주장 및 처분청 의견
(1) 청구인들은 복식부기의무자이며 2001년 귀속 종합소득세 신고내용을 보면, 기장과 장부가 필요하지 않은 금융소득 OOO원, 재무제표와 조정계산서를 첨부한 부동산 임대소득 OOO원 및 경비율에 의거 추계신고한 부동산임대소득 OOO원, 경비율에 의거 추계로 신고한 이 건 사업소득 OOO으로 구성되어 있으며, 청구인들은 이러한 복합소득을 하나의 납세의무 주체로 하여 당해 과세기간의 다음연도 5월 31일까지 종합소득 과세표준확정신고를 하였다. 종합소득금액은 하나의 단일체이므로 종합소득금액 중 일부라도 납세자의 신고로 확정되는 소득이 있다면 신고된 종합소득금액 전체를 정당한 신고로 보아 전체의 납세의무가 확정된 것으로 보아야 한다고 판단된다. 따라서, 청구인들은 2011년 귀속 종합소득세를 법이 규정한 방법에 의하여 확정신고를 하였으므로 종합소득금액 전체에 대하여 납세의무가 확정되었기에 이 건 사업소득 부분이 무신고가 아니며, 추계로 소득금액을 계산하여 종합소득에 포함되어 있는 이 건 사업소득 부분에 대하여는 중소기업특별세액감면을 적용하여야 한다.
(2) 조특법 제128조의 규정을 살펴보면, 제1항은 추계조사결정시의 각종 세액공제 배제를 규정하고 있고, 제2항은 무신고결정시의 각종 세액감면 배제를 규정하고 있으며, 제3항은 부정과소신고 과세표준이 있어서 경정하는 경우 당해 부정과소신고 과세표준 금액에 대하여 각종 세액감면을 배제하는 것을 주된 내용으로 하고 있다. 청구인들의 2011년 귀속 과세표준에는 기장소득과 추계소득이 혼재되어 있으므로 청구인들의 과세표준은 신고로 결정된 것이고, 이후 이루어진 처분청의 부과처분은 결정이 아닌 경정이라고 판단되며, 과세관청의 부과처분을 경정으로 보면 청구인들에게는 조특법 제128조 제2항이 아닌 제3항이 적용되어야 하는데 청구인들은 세법이 정한 방법에 의해 과세표준확정신고를 하였으며 여기에는 부정과소신고과세표준이 없으므로 중소기업특별세액감면이 적용되어야 한다.
(3) 매년 국세청에서 발간하는 “종합소득세 신고서 작성요령” 책자의 내용을 보면, ‘복식부기의무자가 추계신고할 경우 수입금액의 0.07%와 산출세액의 20% 중 큰 금액이 무신고가산세로 적용됨’ 이라고 기술되어, 복식부기의무자의 추계신고도 세법상 정당한 신고방법으로 인정하고 있다. 즉, 복식부기의무자가 추계신고를 한 경우에도 정당한 신고로 보면서 무신고가산세를 적용하겠다는 것이다.
(4) 여러 차례의 행정해석(소득46011-526, 1993.3.4., 소득46011-1158, 1997.4.25., 소득46210-3666, 1998.11.28., 서일46011-111, 2002.9.2., 서면인 터넷방문상담1팀-1593, 2006.11.24.)을 보더라도 추계신고의 경우에는 중소기업특별세액감면을 인정하고 있는데 이러한 여러 해석들이 꼭 간편장부 대상자들만을 위한 행정해석이라고 이해하기에는 무리가 있다고 판단된다.
(5) 한국세무사회에서 발간한 “2014소득세실무” 및 “2015귀속 종합소득세 신고실무” 책자에서도 추계신고시 중소기업특별세액감면이 적용된다고 기술되어 있으며, 한국세무사회는 복식부기의무자가 종합소득 과세표준을 추계로 신고한 경우에 중소기업특별세액감면을 배제한다는 국세청의 최근 해석(2016-법령해석 소득-0139, 2016.7.13.)에 대해 문제점이 있다고 보아 해석 개선(2016.10.17. 세무사 신문)을 추진하고 있다.
(6) 위와 같이 복식부기의무자가 추계로 종합소득 과세표준 확정신고를 한 경우에 중소기업특별세액감면을 적용해야 하는지 여부에 대하여 그 동안 명쾌한 행정해석 없이 중소기업특별세액감면이 적용되는 취지의 행정해석만 있고 2016.7.13. 국세청이 중소기업특별세액감면을 배제한다는 행정해석을 발하였으므로 2016.7.13. 이전에 추계로 확정신고한 부분에 대해서는 중소기업특별세액감면을 허용해야 한다고 판단되고, 세무전문서적이나 세무전문가 단체의 의견도 복식부기의무자가 추계로 신고한 경우에 중소기업특별세액감면은 허용되어야 한다는 의견이므로 세법의 규정 내용이 애매하면 납세자에게 유리하게 해석되어야 신의칙에 부합된다고 판단된다.
(1) 청구인들은 복식부기의무자라도 종합소득을 추계하여 신고한 경우는 순수한 무신고와는 다르므로 중소기업특별세액감면을 배제하는 것은 부당하다고 주장하나, ｢소득세법｣ 제70조 제4항 후단에서 복식부기의무자가 재무상태표, 손익계산서와 그 부속서류, 합계잔액시산표 및 조정계산서를 제출하지 아니한 경우에는 종합소득 과세표준 확정신고를 하지 아니한 것으로 보고, 조특법 제128조 제2항은 ｢소득세법｣ 제80조 제1항 (제70조에 따른 과세표준 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 해당 과세기간 과세표준과 세액을 결정한다)에 따라 결정을 하는 경우 중소기업에 대한 특별세액 감면을 배제하도록 규정하고 있으며, 국세청 과세기준자문(2016-법령해석 소득-0139, 2016.7.13.)도 복식부기의무자가 종합소득 과세표준을 추계하여 신고하는 경우 조특법 제128조 제2항에 따른 중소기업특별세액 감면을 적용 받을 수 없는 것으로 해석하고 있다. 한편, 조특법은 납세자가 세법상의 의무를 이행하지 아니한 경우에는 조세지원제도의 적용을 배제하여 성실한 납세의무를 간접적으로 강제하고 성실납세 이행을 담보하는 장치로서 복식부기의무자가 추계신고한 경우 그 신고 의무를 위반하였으므로 조세특례 적용을 배제함이 타당하다.
(2) 청구인들은 조특법 제128조 제2항의 해석이 애매하므로, 납세자에게 유리하게 해석되어야 신의칙에 부합된다고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는바(대법원 2011.12.13. 선고, 2011두20116 판결), 조세특례의 경우에도 납세자에게 유리하게 해석되어야 한다는 주장은 이유없다.
① 소득금액을 추계하여 신고한 복식부기의무자인 청구인이 무신고자로 중소기업특별세액감면의 배제대상자인지 여부
② 청구인에 대하여 중소기업특별세액감면을 배제한 처분이 비과세관행 또는 신의성실의 원칙에 반하는 것인지 여부
3. 사업소득금액을 제160조 및 제161조에 따라 비치·기록된 장부와 증명서류에 의하여 계산한 경우에는 기업회계기준을 준용하여 작성한 재무상태표·손익계산서와 그 부속서류, 합계잔액시산표(合計殘額試算表) 및 대통령령으로 정하는 바에 따라 작성한 조정계산서. 다만, 제160조 제2항에 따라 기장(記帳)을 한 사업자의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 간편장부소득금액 계산서 제80조[결정과 경정] ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 해당 과세기간 과세표준과 세액을 결정한다.
② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다.
1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우
③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다. (2) 소득세법 시행령 제143조 [추계결정 및 경정] ① 법 제80조 제3항 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우
2. 기장의 내용이 시설규모·종업원수·원자재·상품 또는 제품의 시가·각종 요금 등에 비추어 허위임이 명백한 경우
3. 기장의 내용이 원자재사용량·전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우 (3) 조세특례제한법 제7조 [중소기업에 대한 특별세액감면] ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2017년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.
② 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. 제128조[추계과세 시 등의 감면배제] ① 소득세법 제80조 제3항 단서 또는 법인세법 제66조 제3항 단서에 따라 추계(推計)를 하는 경우에는 제5조, 제7조의2, 제7조의4, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제13조의2, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의6까지, 제26조, 제29조의2부터 제29조의5까지, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의25, 제122조의4 제1항 및 제126조의7 제8항을 적용하지 아니한다. 다만, 추계를 하는 경우에도 제5조 및 제26조(투자에 관한 증거서류를 제출하는 경우만 해당한다)는 거주자에 대해서는 적용한다.
② 소득세법 제80조 제1항 또는 법인세법 제66조 제1항 에 따라 결정을 하는 경우와 국세기본법 제45조의3 에 따라 기한 후 신고를 하는 경우에는 제6조, 제7조, 제12조 제1항·제3항, 제12조의2, 제31조 제4항·제5항, 제32조 제4항, 제33조의2, 제62조 제4항, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제85조의6 제1항·제2항, 제96조, 제102조, 제104조의24 제1항, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제121조의20 제2항, 제121조의21 제2항, 제121조의22 제2항을 적용하지 아니한다.
③ 소득세법 제80조 제2항 또는 법인세법 제66조 제2항 에 따라 경정(제4항 각 호의 어느 하나에 해당되어 경정하는 경우는 제외한다)을 하는 경우와 과세표준 수정신고서를 제출한 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 제출한 경우에는 대통령령으로 정하는 과소신고금액(過少申告金額)에 대하여 제6조, 제7조, 제12조 제1항·제3항, 제12조의2, 제31조 제4항·제5항, 제32조 제4항, 제33조의2, 제62조 제4항, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제85조의6 제1항·제2항, 제96조, 제102조, 제104조의24 제1항, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제121조의20 제2항, 제121조의21 제2항, 제121조의22 제2항을 적용하지 아니한다. (4) 국세기본법 제15조 [신의·성실] 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제16조[근거과세] ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.
② 제1항에 따라 국세를 조사·결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다. 제18조[세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지] ② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.
③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아 들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.
(1) 청구인들은 OOO과 관련한 2011년 귀속 종합소득세 신고를 하면서 기준경비율로 추계하여 소득금액을 계산하고, 재무상태표, 손익계산서와 그 부속서류, 합계잔액시산표 및 조정계산서 등의 서류는 제출하지 아니하였으며, 무신고가산세를 적용하였음이 나타난다.
(2) 청구인들의 신고 및 조사청의 개인사업자 통합조사시 계상한 중소기업특별세액 감면액은 아래 <표1>과 같다.
(3) 청구인들은 복식부기의무자가 추계로 종합소득세를 신고하는 경우에도 중소기업특별세액감면을 적용하여야 한다고 주장하며 아래와 같은 자료를 제시하였다. (가) 한국세무사회에서 발간한 “2014 소득세실무” 책자 내용(817～825쪽)
(8) 기타 참고사항
① 투자세액공제와 중복적용 되지 아니한다.
② 최저한세가 적용된다.
③ 농어촌특별세가 적용된다.
④ 추계의 경우에도 적용된다.
⑤ 다음 중 하나에 해당하는 경우에는 해당 사업장에 대하여 감면적용이 배제된다. ㉠ 사업용계좌 개설대상 사업자가 사업용계좌를 신고하지 않은 경우(정당한 사유 있으면 제외) ㉡ 현금영수증가맹점 가입대상 사업자가 가입하지 않은 경우(정당한 사유 있으면 제외) ㉢ 신용카드․현금영수증가맹점 가입 사업자가 발급거부 또는 사실과 다르게 발급한 경우로서 관할세무서장으로부터 다음을 통보받은 경우 ⓐ 해당 과세연도에 3회 이상 통보받고 그 합계액이 100만원 이상인 경우 ⓑ 해당 과세연도에 5회 이상 통보받은 경우 (나) 2016년 4월 한국세무사회에서 발간한 “2015귀속 종합소득세 신고실무” 책자 내용(236쪽) Ⅲ. 조세특례제한법상 세액감면
1. 중소기업특별세액감면(조특법 제7조)
⑧ 주의사항
• 창업중소기업, 벤처기업 세액감면등 다른 세액감면과는 중복공제 불가함
• 감가상각의제가 적용되므로 세법상 한도액까지 감가상각하여야 하며 농어촌특별세 해당없음
• 최저한세 해당되며, 추계신고시에도 적용된다. (다) 국세청 질의회신문
○ 소득 46011-526(1993.3.4.) 중소제조업을 영위하는 거주자가 추계조사결정을 받는 경우에는 조세감면규제법 제15조의3(중소제조업에 대한 임시특별별세액감면)의 조세특례를 적용받을 수 있는 것임
○ 소득46011-1158(1997.4.25.) 중소제조업을 영위하는 거주자가 당해 연도의 소득세 과세표준을 추계로 확정신고하는 때에도 당해 제조업소득에 대하여는 조세감면규제법 제7조의 중소제조업특별세액감면을 적용받을 수 있는 것임
○ 소득46210-3666(1998.11.28.) 창업중소기업등에 대한 세액감면은 당해 거주자의 소득금액을 추계조사 결정․경정하는 때에도 적용받을 수 있는 것임
○ 서일46011-11135(2002.9.2.) 창업중소기업등에 대한 세액감면은 당해 거주자의 소득금액을 추계조사 결정․경정하는 때에도 적용받을 수 있음
○ 서면인터넷방문상담1팀-1593(2006.11.24.) 조세특례제한법 제128조 에 의거 소득세법 제80조 제3항 단서의 규정에 의하여 추계를 하는 경우 같은 법 제102조의 산림개발소득에 대한 세액감면규정을 적용할 수 있는 것입니다. (라) 2016.10.17. 세무사신문(제686호) 기사 내용 제목: 복식부기의무자 종합소득과세표준 추계신고 ‘중소기업특별세액감면’ 배제 해석 개선추진 내용: 한국세무회가 종합소득 과세표준 및 세액 추계신고에 대한 중소기업특별세액감면에 관한 유권해석을 추진한다. 국세청 법령해석과는 최근 복식부기의무자가 종합소득 과세표준을 추계해 신고하는 경우 조특법 제128조 제2항에 의해 중소기업에 대한 특별세액감면 적용이 배제된다는 유권해석을 내놓았다. 국세청에 따르면 과거에는 가산세 부과를 위한 무신고 간주규정을 소득세법 제81조 에 규정하고 있었으나 2006년 소득세법이 개정되어 복식기장에 따른 재무제표를 첨부하지 않은 신고를 무신고로 간주하는 소득세법 제70조 (종합소득세과세표준 확정신고)가 신설된 만큼 중소기업특별세액감면 적용이 배제된다는 입장이다. 이에 대해 한국세무사회는 지난 11일 개최된 상임이사회에서 국세청의 해석은 2006년 소득세법을 개정하는 당초 입법취지와 맞지 않고 이 해석을 따르면 단순한 첨부서류 누락도 신고자체가 부인될 수 있어 문제가 있다고 지적했다. 또한 조특법 제128조 제2항은 소득세법 제80조 제1항 의 미신고가 결정된 경우만 감면을 배제하도록 하고 있으므로 미신고 결정이 없는데 소급해 감면배제를 할 수 없는 것으로 해석해야 한다는데 의견이 모아졌다. 이에 따라 세무사회는 이번 국세청 유권해석의 문제점을 연구하고 세법과 관련한 저명한 학계 등 전문가들의 자문을 얻어 빠른 시일 내 기획재정부에 반대 의견서를 제출키로 했다.
(4) 처분청이 복식부기의무자가 종합소득 과세표준 및 세액을 추계하여 신고하는 경우 중소기업특별세액감면이 배제된다는 근거로 제시한 해석사례는 아래와 같다 과세기준자문(2016-법령해석 소득-139, 2016.7.13.) 복식부기의무자가 종합소득 과세표준 및 세액을 추계하여 신고한 경우 소득세법 제70조 제4항 에 의해 종합소득 과세표준 확정신고를 하지 아니한 것으로 간주되므로 같은 법 제80조 제1항에 따라 종합소득 과세표준 및 세액을 결정하여야 하고 조특법 제128조 제2항에 의하여 조특법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액 감면의 적용은 배제되는 것임 국세청 고객만족센터 상담사례(2015.5.21.) 복식부기의무자가 소득세 확정신고시 복식부기에 의해 소득세를 신고하지 않고 추계신고하는 경우 소득세법 제70조 의 규정에 따라 소득세를 신고하지 않은 것으로 보아, 소득세법 제80조 제1항 을 적용받게 되는 것이며, 조특법 제128조 제2항의 규정에 따라 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용받을 수 없음 (5) 이 사건과 관련된 2006년 소득세법 개정내용은 아래와 같다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 우선 쟁점①에 대하여 살펴보면, 2006.12.30. 소득세법이 개정되면서 제81조[가산세]에 있던 복식부기의무자의 관련서류 미제출시 무신고로 간주하는 조항이 제70조[종합소득 과세표준확정신고]로 이동하였고, 그 과정에서 “제1항의 적용에 있어서”라는 가산세 적용에 한하여 무신고로 간주하는 부분이 삭제되어, 그 밖에 조특법을 포함한 세법 적용의 전반에 있어서 무신고로 간주하는 것으로 해석되는 점, 청구인이 종합소득세 과세표준신고시 제70조 제4항 제3호에 규정된 서류를 제출하지 않아 같은 항에 따라 무신고로 간주되어 처분청이 2011년 귀속 종합소득세액을 경정․결정하여 조특법 제128조 제2항의 감면배제 요건을 충족한 점 등을 고려하면, 청구인은 중소기업특별세액감면을 적용받을 수 없다 하겠다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴보면, 신의칙이나 국세기본법 제18조 제3항 의 조세관행존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다 할 것(대법원1992.4.28. 선고 91누9848 판결 참조)이고, 동 조항이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정인이 아니라 불특정한 다수의 납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고(대법원1992.3.31. 선고 91누9824 판결; 1987.8.18. 선고 86누537 판결 및 위 84누593 판결 등 참조), 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없는 것(대법원1987.5.26. 선고 86누96 판결 참조)인바, 소득세법 시행규칙[별지 제40호 서식(1)]의 종합소득세 과세표준신고서에 복식부기의무자의 추계신고가 하나의 신고유형으로 기재되어 있는 점, 간추린 개정세법 등을 보아도 2006.12.30. 소득세법개정내용을 확인하기 어려운 것에 더하여 국세청이 발간한 2014년 귀속 전화․인터넷상담을 위한 소득세 확정신고 안내 및 실무책자에서 추계로 소득금액을 산정한 경우에도 중소기업특별세액감면을 받을 수 있는 것으로 기재되어 있고 2015년 귀속 책자에도 동일한 내용이 나타나는 점, 2006.12.30. 개정된 후에도 복식부기의무자로서 관련서류를 미제출한 납세자가 중소기업특별세액감면을 받아도 특별하게 관련세액을 추징한 사례가 2016.7.13. 국세청의 유권해석(2016-법령해석 소득-139)이 있기 전까지는 거의 없어 그 간에 비과세관행이 성립된 것으로 납세자가 신뢰할 만한 점 등을 고려하면 청구인에게 중소기업특별세액감면을 배제한 처분은 신의칙을 위반한 것이거나 또는 납세자에게 이미 받아들여진 비과세관행에 반하는 새로운 해석이나 관행에 의한 소급과세에 해당한다 하겠다. 따라서 처분청이 중소기업특별세액감면을 배제하고 종합소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.