피합병법인이 보유하고 있던 합병법인의 주식을 합병법인이 취득하여 처분하는 경우 그 주식처분이익이 익금산입대상인지 여부 등

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1978.11.15. 설립되어 OOO에서 전열 기구류 제조 및 판매, 생활필수품 판매업 등을 영위해 오고 있는 사업자이다.
• 나. 청구법인은 사업경쟁력 강화 및 경영효율성 증대를 위해 청구 법인이 생산한 가전제품의 판매 및 사후 서비스 업무를 담당하던 OOO 주식회사(이하 “피합병법인”이 라 한다)를 2012.11.30.자로 흡 수 합 병하였다(이사회 결의일 2012.10.9., 주주총회 결의일 2012.10.25.).
• 다. 청구법인은 동 흡수합병에 따라 당초 피합병법인이 보유하고 있던 청 구법인의 주식 OOO주를 자기주식으로 취득하였고, 2014.8.6. 이 중 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 OOO원에 양도한 후, 2014사업연도 법인세 신고시 쟁점주식의 양도차익 OOO원(양도가액과 장 부가액 OOO원의 차액)을 익금에 가산하였다.
• 라. 청구법인은 2016.8.29. 쟁점주식 양도차익 OOO원과 2015.6.2.자 수정신고로 익금에 가산한 유보추인액 OOO원 의 합계 OOO원이 자본의 증감과 관련한 거래에서 발생하였다는 이유로 2014사업연도 소득금액 계산상 익금에서 제외해 줄 것을 주장 하며 관련 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구 를 제기하였 고, 처분청은 2016.9.30. 거부통지하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2016.10.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인이 피합병법인으로부터 승계한 재산가액 중에는 피 합병 법인이 보유 하던 청구법인의 주식이 포함되어 있었는바, 합병 후 해 당 주식은 청구법인의 자기주식 으로 대체되었고, 청구법인은 합병대가로 피합병법인의 기존 주주들에게 청구법인의 주 식을 교부하였다. 결국, 합병으로 승계한 자기주식의 가액(승계한 재산가액)에서 합병 으로 인해 피합병법인의 주주들에게 교부한 주식의 액면가액(합병교 부 주식의 액면가액)을 차감한 금액 은 법인세법상 합병차익에 해당하 며, 이는 자본거래에서 발생한 순자산의 증가액으로 익금산입 대상이 아니
• 다. 또 한, 2015.12.15. 개정된법인세법제17조 제1항 제5호에서 소멸된 회사로부터 승계한 재산가액이 그 회사로부터 승계한 채무액, 그 회 사의 주주에게 지급한 금액과 주식 가액을 초과하는 경우로서 이 법에서 익 금 으로 규정한 금액은 제외하도록 하는 단서 규정을 신설하였는바, 해 당 단서 규정은 2016년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도분부터 적용하도 록 하였다. 즉, ‘이 법 시행 이후에는 이 법에서 익금으로 규정한 금액은 합병 차익에서 제외’ 하도록 하고 있고, 같은 법 제15조 제3항에서 수익의 범 위와 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 하고 있으 며, 같은 법 시행령 제11조 제2의2호에서는 합병 법인이 합병에 따라 피합 병 법인이 보유하던 합병법인의 주식을 취득하게 된 자기주식 양도금액 을 수익의 범위에 포함하도록 하고 있으므로, 위의 개정된 법률 시행 이 후에 야 쟁점주식 양도차익은 과세될 수 있는 것이다. (2) 설령, 쟁점주식 양도차익을 익금에 가산하는 것으로 보더라도, 기획재정부 유 권해석(재법인-26, 2009.1.26.) 및 조세심판원 심판례(조 심2009중2255, 2009.11.13.) 에 의하면 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 합병으로 인하여 취득하였다가 처 분하는 경우 합병등기일 이 후 양도가액과 합병등기일 현재의 시가와의 차액에 대해 서만 과세하는 것으로 판단하고 있으므로, 쟁점주식의 양도가액에서 합병등기일 현 재의 시가와의 차액만 익금에 가산하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 (1) 청구법인이 제시한 법원 판례 등은 2009.2.4.자 법인세법 시행령제11조(수익의 범위) 규정이 개정되기 전에 이루어진 것으로, 개정 전 규정에서는 수익의 범위에 자기주식으로만 규정하였다가 동 개정 규 정 에서 합병법인이 합병에 따라 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주 식을 취득하여 양도한 경우도 포함하고 있으므로 청구법인이 당초 쟁점주식 양도차익을 익금에 가산하여 법인세를 신고한 것은 정당하
• 다. (2) 청구인이 제시한 기획재정부 예규 및 심판원 판례는 2009.2.4.자 법인세법 시행령제11조(수익의 범위) 규정이 개정되기 전에 이루어진 것으로 개정 후에는 적용 될 여지가 없다.

• 가. 쟁 점 (1) 피합병법인이 보유하고 있던 합병법인의 주식 을 합병으로 인해 합병법인이 취득하였다가 처분하 는 경우 주식처분이익이 익금산입 대 상인지 여부(주위적 청 구) (2) 익금산입대상으로 보는 경우에도, 합병등기일 이후 양도가 액 과 합병 등기일 현재법인 세법상 시가와의 차액에 대해서만 익 금에 가산하여 야 한다는 청구주장의 당부 (예비적 청 구)
• 나. 관련 법령 등 (1) 법인세법 제15조 【익금의 범위】① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하 여 발생하는 수익의 금액으로 한다. 제17조【자본거래로 인한 수익의 익금불산입】① 다음 각 호의 구분에 따른 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입(算入)하지 아니한다.

5. 합병차익:상법제174조에 따른 합병의 경우로서 소멸된 회사로부터 승계한 재산의 가액이 그 회사로부터 승계한 채무액, 그 회사의 주주에게 지급한 금액과 합병 후 존속하는 회사의 자본금 증가액 또는 합병에 따라 설립된 회사의 자본금을 초과한 경우의 그 초과금액 제44조【합병 시 피합병법인에 대한 과세】① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우 에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발 생하 는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액

2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 "순자산 장부가액"이라 한다)

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병의 경우에는 제1항 제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 제외한다.

2. 피합병법인의 주주 등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 주식 등의 가액이 100분의 80 이상으로서 그 주식 등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되 고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주 등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식 등을 보유할 것

3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

③ 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하는 경 우에는 제2항에도 불구하고 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 양도가액 및 순자산 장부가액의 계산, 합병대가의 총 합계액의 계산, 승계받은 사업의 계속 여부에 관한 판정기준 등에 관하여 필 요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제44조의3【적격 합병 시 합병법인에 대한 과세특례】① 제44조 제2항 또는 제3 항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우 합병법인은 제44조의2에도 불구하고 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다. 이 경우 장부가액과 제44조의2 제1 항에 따른 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하여야 한다.

② 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 피합병 법인의 합병등기일 현재의 제13조 제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산·부채 및 제59조에 따른 감면·세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.

④ 합병법인은 제3항에 따라 양도받은 자산의 장부가액과 제44조의2 제1항에 따른 시 가와의 차액 등을 익금에 산입한 경우에는 합병법인이 피합병법인에 지급한 양도 가액과 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산시가와의 차액을 제3항 각 호의 사유가 발생한 날부터 합병등기일 이후 5년이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따 라 익금 또는 손금에 산입한다.

⑦ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 승계받은 사업의 폐지에 관한 판정기준, 익금산입액 및 손금산입액의 계산과 그 산입방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령 제11조 【수익의 범위】법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다. 2의2. 자기주식(합병법인이 합병에 따라 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 취득하게 된 경우를 포함한다)의 양도금액 제80조의4【적격합병 과세특례에 대한 사후관리】① 합병법인은 법 제44조의3 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 양도받은 자산 및 부채의 가액을 합병등기일 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 피합병법인의 장부가액(제85조 제1호에 해당하는 세무조정사항이 있는 경우에는 그 세무조정사항 중 익금불산입액은 더하고 손금불산입액은 뺀 가액으로 한다)을 뺀 금액을 자산조정계정 으로 계상하여야 한다. 이 경우 계상한 자산조정계정은 다음 각 호의 구분에 따라 0보다 큰 경우에는 익금에, 0보다 작은 경우에는 손금에 각각 산입한다.

1. 감가상각자산에 설정된 자산조정계정: 자산조정계정이 0보다 큰 경우에는 해당 자산의 감가상각비(해당 자산조정계정에 상당하는 부분에 대한 것만 해당한다. 이하 이 항에서 같다)와 상계하고 0보다 작은 경우에는 감가상각비에 가산. 이 경우 해당 자산을 처분하는 경우에는 상계 또는 더하고 남은 금액을 그 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입한다.

2. 제1호 외의 자산에 설정된 자산조정계정: 해당 자산을 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입. 다만, 자기주식을 소각하는 경우에는 익금 또는 손금에 산입하지 아니하고 소멸한다. 제85조(합병 및 분할 시의 자산ㆍ부채의 승계) 내국법인이 합병 또는 분할하는 경우 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우 외에는 법 제44조의2 제1항 후단, 제44조의3 제2항, 제46조의2 제1항 후단, 제46조의3 제2항 또는 제47조 제4항에 따라 피합병법인 등의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액(이하 이 조에서 "세무조정사항"이라 한다)의 승계는 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 적격합병 또는 적격분할의 경우: 세무조정사항(분할의 경우에는 분할하는 사업부문의 세무조정사항에 한정한다)은 모두 합병법인 등에 승계

2. 제1호 외의 경우: 법 제33조 제3항ㆍ제4항 및 제34조 제6항에 따라 퇴직급여충당금 또는 대손충당금을 합병법인 등이 승계한 경우에는 그와 관련된 세무조정사항을 승계하고 그 밖의 세무조정사항은 모두 합병법인 등에 미승계 (3) 법인세법 기본통칙 15-11…7【자기주식 처분손익의 처리】① 자기주식을 취득하여 소각함으로써 생긴 손익은 각 사업연도 소득계산상 익금 또는 손금에 산입하지 아니하는 것이나, 매각함으로써 생긴 매각차손익은 익금 또는 손금으로 한다. 다만, 고가매입 또는 저가양도액은 그러하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 심판청구 이유서 및 합병검토보고서(2012.11.30. OOO 작성) 등에 의하면, 청구법인은 <표1>의 내용과 같이 2012.11.30.자 피합병법인을 흡수합병하면서 피합병법인이 보유 하고 있던 청구법인의 주식 OOO주(청구법인 지분의 OOO%, 장 부 가액 OOO원)을 자기주식으로 취득하였고, 동 자기주식 중 OOO%인 쟁점주식OOO주 을 양도가액 OOO원(취득 장부가 액 OOO원)에 처분하여 OOO원의 자기주식처분이익을 실 현한 것으로 나타난다. (2) 청구법인의 2014사업연도 법인세 신고서 및 수정신고서, 경정청구 내 역서 등에 의하면, 청구법인은 2015년 3월 쟁점주식 처분이익 OOO원을 2014사업연도 소득금액 계산상 익금에 가산하여 법인 세 신고서를 제출하였고, 2015.6.2. 쟁점주식 양도에 따른 유보 추 인액OOO원(합병 전 피합병법인이 보유하고 있던 합병법인 의 주식 관련 세무조정사항 승계액 중 쟁점주식 비율 해당액)을 익금에 가산(손금불산입)하여 수정신고를 한 것으로 나타나며, 이후 청구법인 은 쟁점주식 관련 거래가 자본의 증감과 관련된 거래로서 그 차익은 합 병차익에 해당하므로 익금산입 대상에서 제외하여야 한다고 주장하 며 2016.8.29. 쟁점주식 거래와 관련하여 익금에 가산한 OOO원의 익금불산입 및 법인세 OOO원의 환급을 구하는 내용의 경정청구서를 제출한 것으로 나타난다.

(3) 처분청 조사담당 공무원이 2016년 9월 작성한 법인세 경정청구 검토서에 의하면, 청구법인이 언급한 대법원 판례(대법원 1992.9.8. 선 고 91누13670 판결)에서 합병으 로 인한 자기주식의 처분이익에 대해 자 본 거래로 판단한 사실은 있으나, 이는 2009.2.4.법 인세법 시행령제11 조 규정이 개정되기 전의 사실관계에 대한 판례로, 동 시행령 개정 이후 에는 합병법인이 합병에 따라 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주 식(자기주식)을 취득하여 양도한 가액도 수익의 범위에 포함함이 타당하고, 따라서 쟁점주식의 양도차익도 익금산입 대상이라고 판단한 것으로 나타난다.

(4) 기획재정부가 발간한 “2009 간추린 개정세법”에 의하면, 2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정된 법인세법 시행령제11조의 개정 취지에 대해 종전 대법원 판례가 합병으로 취득한 자기주식의 처분이익이 합병차익에 해당하여 익금불산입된다고 판 시(대 법 2004두 3755 2005.6.10.)한바 있으나, 합병일 이후 발생한 양도차익분은 합병차익에 해당하는 것으로 보기 어렵고, 합병법인이 피합병법인이 보유 하던 합병법인의 발행주식을 승계 취득함에 따라 보유하게 된 자기주 식을 양도하는 경우, 전체 양도차익 중 합병평가차익에 해당되지 않는 부 분은 익금에 산입됨을 명확화하기 위한 것이라고 기술하고 있다.

(5) 한편, 청구법인이 제시한 합병 전 피합병법인이 보유하던 합병 법인 주식(OOO 주)의 세무조정(피합병법인) 사항을 보면, 당초 취 득 가액 OOO원에 지분법 누적손익, 지 분법 자본변동, 수입배당 금 조정 등을 통해OOO원을 평가증(순액기준)하여 자본금과 적립금조정 명 세서에 부기(유보 또는 △유보)해 온 것으로 나타나고, 이후 청구 법 인 은 합병당시 법인세법 시행령제85조 제1호 규정에 따 라 피합 병법인의 세무조정 내역을 승계한 후, 쟁점주식 양도일 이 후인 2015.6.2. 수정신고를 통해 승계한 유 보 금액 중 쟁점주식 처분 비율OOO 해 당액인 OOO원을 유 보 추인하여 익금에 산 입하였으며, 합 병당시 주식의 시가와 장부가액의 차이에 대 해 자산조정계정에 조정한 사실은 없는 것으로 확인된다.

(6) 청구법인이 제시한 적격합병 요건 검토서에 의하면, 청구법인과 피합병법인의 합병은법인세법제44조 제2항에 규정하는 사업목적, 지분연속성, 사업계속성 요건을 모두 충족한 적격합병인 것으로 확인된다.

(7) 청구법인의 주요 세부 주장 및 관련 증빙의 제출사항은 다음과 같다. (가) 청구법인은 구법인세법(2015.12.15 법률 제13555호로 개정되기 전의 것) 제17조 제1항 제5호에서 합병차익의 경우 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니하는 것으로 규정하였음에도, 2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정된 법인세법 시 행령제11조에서 합병법인이 합병에 따라 피합병법 인이 보유하던 합병법인의 주식을 취득하게 된 경우의 자기주식 양도금액도 수익의 범위에 포함하였는바, 이는 모법과 시행령이 상충되어 불합리하고, 비 록 2015.12.15. 법인세법제17조 1항 제5호가 개정되어 소멸된 회 사로부터 승계한 재산가액이 그 회 사로부터 승계한 채무액, 그 회사의 주주에게 지급한 금액과 주식가액을 초과하는 경 우로서 이 법에서 익 금 으로 규정한 금액은 제외하도록 하는 단서 규정을 신설하였 으나, 해 당 단서 규정은 2016년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도분부터 적 용하므로 이 건에 적용하기도 어렵다고 주장하며, 관련 법령 개정 전후 비교표 및 부칙 내용을 제시하였다. (나) 또한 청구법인은 합병법인이 합병으로 인하여 피합병법인이 보유하던 합병법인의 발행주식을 승계 취득함으로써 보유하게 된 자 기주식을 양도하는 경우 해당 주식의 양도금액에서 합병등기일 현 재 법인세법상 시가를 차감한 가액만을 익금에 산 입하는 것이라고 주장 하며 기획재정부의 유권해석(재법인-26, 2009.1.26.) 및 심판결정례 (조 심 2009중2255, 2009.11.13.) 등을 제시하였고, 이에 따라 쟁점주식의 양도 와 관련 하 여 익금에 산입하여야 하는 양도차익(처분이익)은 쟁점주식 양 도가액 OOO원에서 합 병당시 시가인 OOO원(합병등기일 기준 3개월 전 보충적 평가방법에 의한 평가액 적용)을 차감한 OOO원이라고 주장(예비적 청구)하고 있다. (8) 위 사실관계 및 관련 법령 등 을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 쟁 점주식과 같은 자기주식 처분손익의 경우 자본거래에 해 당 하는 자기주식 소각손익과 달리 법 인세법제15조 및 같은 법 시행 령 제11조 제2호의2 규정에 규정하는 손익거 래에 해당하는 점, 2009.2.4. 법인세 법 시행령제11조 제2호의2 규정을 개정함에 있어 합병법인 이 합병 에 따라 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 취득하게 된 경우의 자기주식 양도금액을 수익의 범위에 명확하게 규정한 점 등에 서 쟁점주식 처분 이익은 청구법인의 2014사업연도 소득금액 계산상 익금 에 산입함이 타당하다고 보여진다. (9) 다음으로 쟁점②에 대해 살피건대, 청구법인은 쟁점주식 처분손 익을 익금에 가산하는 것으로 보는 경우에도 익금의 범위는 양도가액 과 합 병 등기일 당시 시가와의 차이에 한정되어야 한다는 주장이나, 청구법인 이 적격합병에 따라 피합병법인이 보유 하 고 있던 합병법인 주식을 승계 취득하면서 승계주식의 장부가액과 시가의 차이에 대 해 자산조정계정 에 조정하여 쟁점주식 처분시 유보추인한 사실이 없는 점, 청구법인이 쟁점주식 양도일 이후 수정신고로 유보추인하여 익금에 가 산한 금액 은 법인세법 시행령 제85조 제1호의 규정에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 쟁점주식 관련 세무조 정 사항으로 쟁점 주식 처분시 익 금에 산입하여야 하는 금액인 점 등을 고려하면, 쟁점주 식 의 양도와 관련하 여 주식 양도가액과 합병등기일 당시 시가와의 차액만을 익금산입 대상으 로 보아야 한다는 청구주장은 이유 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기 본 법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한