이 건 처분은 중복조사에 해당하지 아니함

○○세무서장이 2011.7.15. 청구인에게 한 2006년 귀속 종합소득세 5,097,960원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 1992.11.25.～2014.2.10. 기간 중 OOO, OOO 내에서 ‘OOO’[이하 “이 건 사업(장)”이라 한다]라는 상호로 화장품 소매업을 영위한 사업자였다. OOO지방국세청장(이하 “1차 조사기관”이라 한다)은 2014.11.10.～2015.6.18. 기간 중 청구인에 대한 부동산OOO 취득자금출처조사OOO를 실시하였다. 그 결과, 청구인이 아래 <표1>과 같이 2009년 제1기～2012년 제2기 부가가치세 과세기간 중 OOO의 수입금액 합계 OOO원OOO을 누락하였다고 보았고(1차 조사기관은 이를 위 부동산 취득자금으로 인정하였다), 청구인은 이에 대한 수정신고를 하였다. <표1> 청구인(OOO)에 대한 1차 세무조사 결과 OOO지방국세청장은 청구인(OOO)의 매입처인 OOO[‘주식회사 OOO’(이하 “OOO”라 한다)의 대표이사]에 대한 개인통합조사를 실시한 결과, OOO이 2005년～2014년 기간 중 매출처에 무자료로 화장품 등을 매출하였다고 보고, 이와 관련하여 청구인(OOO)에 대한 무자료 매출자료(이하 “이 건 거래처자료”라 한다)를 처분청(OOO세무서장)에 통보하였다. 처분청(이 건 사업장의 관할세무서장인 OOO세무서장이고, 이하 “2차 조사기관”이라 한다)은 이에 따라 2016.5.16.～2016.6.24. 기간 중 청구인(OOO)에 대한 부가가치세 거래질서 관련 조세범칙조사(대상세목: 부가가치세, 대상기간: 2006년～2014년, 이하 “2차 세무조사”라 하고, 1차 세무조사와 합하여 “이 건 세무조사들”이라 한다)를 실시하였다. 그 결과, 청구인이 아래 <표2>와 같이 2011년 제1기～2014년 제1기 부가가치세 과세기간 중 OOO로부터 무자료로 매입한 재화(화장품 등)를 매출하여 합계 OOO원의 매출액(부가가치세 과세표준이고, 무자료 매입액 합계 OOO원을 매매총이익률로 환산하여 결정하였으며, 이하 “이 건 매출액”이라 한다)을 누락하였다고 보고, 이를 2011년 제1기～2014년 제1기 부가가치세 과세표준에 가산하여 2016.7.4. 청구인에게 아래 <표2> 기재와 같이 부가가치세 합계 OOO원을 각 경정ㆍ고지하면서, 이와 관련한 종합소득세 과세자료를 처분청(청구인의 주소지 관할세무서장인 OOO세무서장)에 통지하였다.
• 나. 처분청(OOO세무서장)은 이에 따라 이 건 매출액을 수입금액에 더하여, 2016.7.8. 청구인에게 아래 <표2> 기재와 같이 종합소득세 2011년～2014년 귀속 합계 OOO원을 각 경정ㆍ고지하였다. <표2> 청구인(OOO)에 대한 1차 세무조사 결과 및 과세처분
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2016.9.26. 심판청구하였다.

• 가. 청구인 주장 이 건 세무조사들은 아래와 같은 이유로 위법한 중복조사(예외사유에 해당되지 아니한다)에 해당하므로, 이와 관련한 부가가치세ㆍ종합소득세 부과처분 전부를 취소하거나, 최소한 조사대상 과세기간이 중복되는 2011년ㆍ2012년 관련 과세처분을 취소하여야 한다. (1) 이 건 세무조사들은 ‘세목(부가가치세)’과 ‘과세기간(2011년 제1기～2012년 제2기 부가가치세 과세기간)’이 중복된다. (가) 1차 조사기관은 1차 세무조사를 통해 청구인이 취득한 부동산의 자금출처를 조사하면서, 청구인이 이 건 사업장의 2009년 제1기～2012년 제2기 부가가치세 과세기간 중 현금매출액을 누락하였음을 적출하였다. 또한, 2차 조사기관은 2차 세무조사를 통해 부가가치세 거래질서조사를 하면서, 청구인이 이 건 사업장의 2011년 제1기～2014년 제1기 부가가치세 과세기간 중 무자료 매입액에 대한 현금매출액을 누락하였음을 적출하였다. 아울러, 청구인은 이 건 세무조사들을 받을 때, 각각 세무공무원으로부터 동일한 수준의 세법상 질문조사권에 기한 조사를 받았다(참고로, 청구인이 지병을 이유로 입원 중이어서 그 배우자가 출석ㆍ조사를 받았다). 결국, 이 건 세무조사들을 통해 2011년 제1기～2012년 제2기 부가가치세 과세기간의 매출누락분에 대한 과세처분은 세목(부가가치세)과 과세기간이 중복된다. (나) 조사대상 과세기간과 관련하여, 1차 세무조사와 중복되지 아니한 2차 세무조사의 과세기간도 위법한 세무조사에 해당한다. 이 건 세무조사들은 각 조사대상기간 중 2011년 제1기～2012년 제2기 부가가치세 과세기간만 중복되나, 1차 세무조사시 이외의 다른 과세기간에 조세탈루사실이 있었다면, 조사범위를 확대하거나, 이후(2차 세무조사 포함) 다른 과세기간의 조세탈루사실을 입증할 명백한 자료가 발견되었다면, 위 중복 과세기간을 제외한 과세기간만 세무조사를 하였어야 했다(2차 세무조사는 위 중복 과세기간이 포함된 조사원증으로 이루어졌다). 따라서, 위 중복된 과세기간 외 나머지 과세기간에 대한 세무조사도 위법하다. (2) 아래와 같은 이유로 2차 세무조사의 배경은 국세기본법 제81조의4에 따른 중복조사의 예외사유에 해당하지 아니한다. (가) 예외사유 중 ‘조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’에 해당하지 아니한다. 국세기본법 제81조의4 제2항 제1호는 ‘조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’에는 같은 세목ㆍ과세기간에 대해 재조사를 할 수 있다고 규정하고 있다. 그런데, ‘조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료’는 조세의 탈루사실이 확인될 정도로 상당한 개연성ㆍ객관성 및 합리성이 뒷받 침 되는 것으로 엄격히 제한되어야 하고, 예컨대, 탈세제보가 구체적 이라는 사정만으로는 여기에 해당한다고 보기 어렵고, 종전 세무조사 시 이미 조사된 것은 이에 포함되지 않는다고 봄이 타당하다 OOO. 그러나, 2차 세무조사의 배경이 된 이 건 거래처자료는 조사대상인 이 건 사업장의 매입처인 OOO(‘OOO’의 대표이사)의 진술서 등에 근거한 것인바, 조세의 탈루사실이 확인될 정도로 상당한 개연성ㆍ객관성 및 합리성이 뒷받침되는 것으로 보기 어렵다. 나아가, 1차 세무조사에서 적출한 현금매출의 누락은 소매업(이 건 사업장의 업종)의 특성상 무자료 매입 누락을 전제로 하는바, 2차 조사기관이 위 OOO지방국세청장의 무자료매입 통보내역에 근거한 2 차 세무조사에 따라 매출누락을 적출함은 명백한 중복조사에 해당한다. (나) 예외사유 중 ‘거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우’에 해당하지 아니한다. 국세기본법 제81조의4 제2항 제2호는 ‘거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우’에는 같은 세목ㆍ과세기간에 대해 재조사를 할 수 있다고 규정하고 있다. 그런데, 이를 문리해석하면, 위 ‘거래상대방’은 과세관청으로부터 조사를 받는 납세자[이 건의 경우, ‘청구인(OOO, 이 건 사업장)’] 의 거래상대방[이 건의 경우, 2차 조사기관이 OOO지방국세청장으로부터 받은 이 건 사업장의 매입처인 OOO]을 의미한다고 보아야 한다. 그러나, 2차 세무조사는 그 반대의 경우에 해당하므로 위 재조사의 예외사유에 해당하지 아니한다. (다) 예외사유 중 ‘각종 과세자료의 처리를 위한 재조사 등을 하는 경우’에 해당하지 아니한다. 국세기본법 시행령 제63조의2 제2호는 ‘각종 과세자료의 처리를 위한 재조사 등을 하는 경우’에는 같은 세목ㆍ과세기간에 대해 재조사를 할 수 있다고 규정하고 있다. 그런데, 위 ‘각종 과세자료’란 세무조사권을 남용하거나 자의적으로 행사할 우려가 없는 ‘과세관청 외의 기관’이 직무상 목적을 위하여 작성ㆍ취득하여 과세관청에 제공한 자료로서 국세의 부과ㆍ징수 및 납세관리에 필요한 자료를 의미하는바, 과세관청이 종전 세무조사에서 작성ㆍ취득한 자료는 포함하지 아니한다OOO. 그러나, 2차 세무조사의 근거가 된 이 건 거래처자료는 2차 조사기관이 같은 과세관청인 OOO지방국세청장으로부터 받은 것이므로 위 ‘각종 과세자료’에 해당되지 아니한다고 봄이 타당하다. (라) 이 건은 위 1)～3) 기재 외 세법상 중복세무조사의 예외사유에 해당할 여지가 없다. (3) 이를 종합하면, 2차 세무조사는 실체적인 측면[위 (가)ㆍ(다) 기재]뿐만 아니라, 절차적인 측면[위 (나) 기재]에서도 위법한 세무조사에 해당한다.
• 나. 처분청 의견 2차 세무조사는 아래와 같이 국세기본법 제81조의4 제2항 제1호에 따라 재조사가 예외적으로 허용되는 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 명백한 자료’에 근거하여 실시되었는바, 이에 따라 적출된 이 건 매출액에 대하여 부가가치세 및 종합소득세를 과세한 처분은 적법하다. (1) 이 건 거래처자료의 통보 배경 OOO세관장은 OOO에 대한 밀수 및 관세법 위반혐의로 조 사ㆍ고발하였고, OOO지방국세청장은 OOO지방검찰청장ㆍOOO세관장으로부터 관련 자료를 수집하여 OOO에 대한 세무조사를 실시하였다. 그 결과, OOO은 OOO를 운영하면서, 이를 통해 2005년～2014년 기간 중 일본 업체OOO로부터 상표가 ‘OOO’인 화장품을 직접 수입하였으나, 다른 업체가 수입한 것으로 위장ㆍ밀수한 후, 부가가치세 신고시 관련 매입ㆍ매출을 누락하였음이 확인되었다. 또한, 이 중 대부분을 청구인이 운영하는 이 건 사업장에 무자료로 매출[참고로, 청구인과 OOO은 이를 숨기기 위해 현금 또는 차명계좌로 거래OOO하였다]하였음이 확인되었다. OOO지방국세청장은 이에 따라 2차 조사기관에 이 건 거래처자료를 통보한 것이다. (2) 1차 세무조사는 증여세를, 2차 세무조사는 부가가치세를 조사 대상 세목으로 하므로 이 건 세무조사들은 중복조사에 해당되지 아니하다. (3) 설사, 이 건 세무조사들이 중복조사에 해당되더라도, 이 건 거래처자료에 근거한 2차 세무조사는 예외적으로 허용되는 재조사에 해당된다. 이 건 거래처자료는 OOO의 조세범칙혐의자 심문조서, OOO과 이 건 사업장간 금융거래내역을 통해 청구인의 무자료 매입액이 명확하게 기재되어 있을 뿐 아니라 2차 세무조사시 청구인의 배우자도 이와 관련한 거래사실을 인정하였다. 따라서, 이에 따라 실시된 2차 세무조사는 재조사의 예외적 사유에 해당하는 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료’가 있는 경우에 해당한다.

• 가. 쟁 점 이 건 과세처분이 위법한 중복조사에 의하여 이루어진 것이어서 위법한지 여부
• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제81조의4[세무조사권 남용 금지] ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조 제1항 제3호(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 필요한 처분의 결정 또는 제81조의 15 제4항 제2호에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

6. 그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 (2) 국세기본법 시행령 제63조의2[세무조사를 다시 할 수 있는 경우] 법 제81조의4 제2항 제6호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 세금탈루 혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우

2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우

3. 조세범 처벌절차법 제2조 제1호 에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우. (단서 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) (1) 이 건 과세처분 내역은 아래와 같다. (가) 1차 세무조사(대상세목은 ‘증여세’, 조사기간은 2014.11.10.～2015.6.18., 조사대상기간은 2008년～2012년이다) 내역은 아래와 같다. 1) 1차 세무조사는 청구인의 조사대상기간 중 부동산 취득 등에 대한 자금출처가 불분명하여 사실관계를 확인하기 위하여 실시되었고,: 조사 결과, 1차 조사기관은 청구인의 종합소득세 수정신고 내역이 확인되어, 제세의 과세없이 조사종결하였다. 2) 이와 관련한 증빙자료는 아래와 같다. 가) 세무조사 결과 통지서(시행일이 기재되어 있지 아니하다)ㆍ조사원증 사본(시행일: 2014.11.10.) 조사대상 세목은 ‘증여세’, 조사대상기간은 2008년～2012년, 조사기간은 2014.11.10.～2014.12.9.로 기재되어 있고, 조사내용 부분에 부동산 투기조사결과 결정할 고지세액이 “OOO”원임이 나타난다OOO. 나) 1차 조사기관의 청구인 배우자에 대한 문답서(2015.6.8. 작성된 것)의 주요 내용은 아래와 같다.

① 청구인에 대한 부동산 투기조사와 관련하여 그 배우자인 OOO이 소명자료를 가져온 이유에 대하여, OOO은 청구인이 우울증 및 자해시도로 간병인의 돌봄을 받아야 함을 이유로 대신 동 소명자료를 만들었다고 답변하였다.

② 청구인의 OOO 소재 부동산(원룸)의 취득자금 OOO원에 소명 내역(위 문답 당일 OOO이 처분청에 제출한 것으로 보인다) 중 일부[1차 조사기관은 OOO이 소명한 내역OOO 중 보험ㆍ예금해약금 합계 OOO원의 자금원천이 확인되지 아니한다고 보았다]가 불명확하다는 1차 조사기관의 질문에 대하여, 사채로 불린 금전 등과 더불어, 이 건 사업장의 현금 매출누락액OOO을 동 부동산의 취득자금으로 하였고, 이와 관련하여 누락한 세금은 빨리 신고하겠다는 취지로 답변하였다.

③ 동 문답서에 첨부되어 있었던 것으로 보이는 확인서를 살펴보면, 위 <표1> 기재와 같은 매출과소신고내역이 나타난다. (나) 2차 세무조사[대상세목은 ‘부가가치세’, 조사기간: 2016.5.16.～2016.6.24.(2016.6.20. 범칙조사로 유형전환되었다), 조사대상기간은 2006년～2014년이다] 1) 조사 내역은 아래와 같다. 가) 청구인이 우울증ㆍ간헐적 자해사고로 세무조사를 직접 받을 수 없어, 그 배우자인 OOO에게 조사통지서 및 납세자권리헌장을 교부하였다. 나) 매입처 조사와 관련하여, 청구인은 본인이 운영하는 이 건 사업장을 통해 매입처인 OOO(대표이사: OOO)로부터 2006년 제1기～2014년 제2기 부가가치세 과세기간 중 공급가액 합계 OOO원의 재화(화장품)를 세금계산서를 받지 아니한 채 매입하였다. OOO는 일본화장품(상표: OOO)을 직접 수입하는 업체이나, 다른 업체가 수입을 대행한 것으로 서류를 조작하여 형식적인 수입실적은 없는 업체로 확인되었다. 이에 따라, OOO는 매입세금계산서가 없어 위 일본화장품을 무자료(매출세금계산서 미발급)로 매출하였고, 매출대금은 OOO 명의의 예금계좌 또는 친척 등 명의의 차명계좌로 수취하였다. 다) 매출처 조사와 관련하여, 2011년 제1기～2014년 제1기 부가가치세 과세기간 중 무자료로 매입한 공급가액 합계 OOO원의 매출금액이 확인되지 아니하여 매매총이익률OOO로 환산하여 매출누락액을 결정하였다. 다만, 1차 세무조사 후 청구인이 이 건 사업장의 매출누락으로 수정신고한 금액은 위 매출누락액에서 차감하였다. 라) 2차 조사기관은 청구인의 세금계산서 미수취금액이 1개 과세기간 중 OOO원 이상인바, 조세범처벌법에 따라 통고처분OOO하고, 이 건 부가가치세 부세처분을 하였다[조사종결보고서에는 기재되어 있지 아니하나, 이와 관련한 종합소득세 과세자료를 이 건 종합소득세 과세처분 관련 처분청인 OOO세무서장(청구인의 주소지 관할 세무서장)에게 통지한 것으로 보인다]. 2) 이와 관련한 증빙자료는 아래와 같다. 가) 세무조사 결과 통지서(시행일: 2016.6.29.)ㆍ조사원증 사본(시행일: 2015.5.16.) 조사대상 세목은 ‘부가가치세’, 조사대상기간은 2006년～2014년, 조사기간은 2016.5.16.～2016.6.15.로 기재되어 있고, 조사내용 부분에 이 건 사업장에 대한 거래질서 조사 결과, 이 건 과세처분 내역과 같은 경정 내역(위 <표2> 기재)이 기재되어 있다. 나) OOO지방검찰청의 OOO에 대한 공소장OOO의 주요 내용은 아래와 같다.

① OOO은 OOO의 대표이사이고, OOO는 2014.1.1. 일본 업체인 ‘OOO(OOO) 화장품’에서 제조한 기초화장품의 수입ㆍ판매 등을 목적으로 설립된 법인이다. 누구든지 물품을 수입하려면 해당 물품의 품명ㆍ규격ㆍ수량 및 가격 등을 세관장에게 신고하여야 하나, OOO은 일본 업체인 ‘OOO(OOO) 화장품’의 수출대리인인 OOO(OOO, 이하 “OOO”이라 한다)으로부터 기초화장품을 수입하면서 수입 수량을 적게 적는 수법으로 화장품을 밀수입하기로 마음먹었다. OOO은 2009.1.13. OOO으로부터 상품명 ‘OOO’ 150박스를 수입할 때, OOO세관에 이와 관련된 수입신고를 하면서, 박스당 336개의 재화가 들어 있음에도 236개가 들어 있는 것으로 수량을 허위로 신고하여 시가 OOO원 상당의 일본산 ‘OOO’ 1만 5,000개를 밀수입한 것을 비롯하여, 2015.2.3.까지 총 29에 걸쳐 시가 합계 OOO원 상당의 같은 재화 33만 5,500개를 밀수입하였다.

② 피고인 OOO는 2015.2.3. 대표이사인 OOO이 OOO의 업무에 관하여 시가 합계 OOO원 상당의 위 ① 기재와 동일한 재화 200개를 밀수입하였다. 다) OOO지방국세청장의 OOO에 대한 조세범칙혐의자 심문조서(2016.4.12. 작성된 것)의 주요 내용은 아래와 같다. OOO은 OOO[그 배우자 명의의 같은 상호인 개인사업자(실질 경영자는 OOO) 포함]를 운영하면서, 실질적으로는 2005년～2012년 기간 중 OOO으로부터 재화를 직접 수입하였으나, 형식적으로는 OOO이 주식회사 OOOOOO에게 동 재화를 공급하는 것으로 하여 세관OOO으로부터 세금계산계산서를 수취하였다(거래의 실질에 의하면, 위 세금계산서는 공급받는 자를 OOO로 하여야 했다). 세관에 신고 또는 밀수한 수입화장품의 대부분은 2000년경 OOO에서 거래하였던 지인을 통해 알게 된 청구인(이 건 사업장의 대표자)에 매출하였다. OOO은 청구인으로부터 매출대금을 현금(청구인이 간혹 OOO에게 방문하여 전달) 또는 계좌이체를 통해 전달받았다. 이 중 계좌이체의 구체적인 방법은 위 재화의 매출금액을 OOO 명의의 예금계좌 또는 차명계좌들을 통해 받았는데, 동 차명계좌들을 이용한 이유는 고액을 현금으로 입금받으면, 세무상 문제가 될 것을 우려하여 분산입금받은 것이다. 차명계좌들은 OOO의 배우자ㆍ처제ㆍ처남 명의인 것 3개와 청구인이 본인 직원이라고 하면서 만들어 준 것 1개였다. 위 계좌이체 내역 중 사업과 관련 없는 사적거래도 있으나, 결국 입금내역 중 본인ㆍ배우자 및 처제에게 입금된 것과 적요내용이 없는 현금액 중 일부는 매출대금이 아닌 계좌간 거래이고, 이 외의 입금액은 재화(화장품)를 청구인에게 매출하고 받은 금전이다. 이를 정리하면, 청구인에 대한 무자료 매출액은 2005년 제1기～2014년 제2기 부가가치세 과세기간 중 합계 OOO원이다. 라) 2차 조사기관의 청구인에 대한 범칙혐의자 문답서[2016.6.21. 2차 조사기관이 청구인의 배우자인 OOO(청구인은 우울증ㆍ간헐적 자해사고로 직접 심문할 수 없음에 기인함)에게 요청하여, 청구인에게 답변을 구하여 문서로 제출받은 것(답변 내용이 수기로 기재되어 있다)]의 주요 내용은 아래와 같다. 청구인은 OOO을 알고 있고, OOO는 이 건 사업장이 매출하는 화장품의 주 매입처이다. OOO지방국세청장의 OOO에 대한 조사 결과, OOO의 대표이사인 OOO은 일본에서 수입한 화장품 대부분을 이 건 사업장에 매출하였고, 그 매출액은 2011년～2014년 기간 중 합계 OOO원(이 건 매출액을 매출총이익률로 환산하기 전 매입액이다)이라고 진술하였는데, 실제 매입한 금액은 얼마인지에 대한 2차 조사기관의 질문에 대하여, 청구인은 동 매입액이 맞다고 답변하였다. OOO로부터 매입세금계산서를 수취하지 않은 이유에 대하여, 청구인은 당초 OOO에게 이를 요구하였으나, OOO이 본인이 책임지겠다고 하면서 이를 거부하였고, 청구인은 거래관계상 이른바 ‘을’의 입장이었고, 거래 당시 우울증 관련 약물 복용으로 정상적인 판단을 할 수 없었으며, 관련 세법지식이 없어 OOO의 요구를 따를 수밖에 없었다고 답변하였다. OOO의 대표이사인 OOO에게 예금계좌를 만들어 준 사실이 있는지에 대한 2차 조사기관의 질문에 대하여, 청구인은 OOO이 직원 명의로 예금계좌 1개를 만들어 줄 것을 요구하여 청구인의 직원 명의의 예금계좌를 만들어 준 것 같다고 답변하였다. OOO에 대한 매입대금 지불방법에 대하여, 청구인은 OOO의 요구에 따라 그때그때 지정계좌(OOO 명의의 예금계좌 또는 그 배우자ㆍ처제ㆍ처남 명의의 차명계좌)로 입금(일부는 청구인 본인이, 몸이 좋지 않을 때는 청구인의 직원이 수행)하였다고 답변하였다. 청구인은 OOO를 방문할 때, OOO에게 매입대금을 현금으로 직접 전달하였다. OOO로부터 무자료로 매입한 재화의 매출 내역에 대하여, 청구인은 이를 소매와 도매를 병행하여 매출하였는데 구별하기 어렵다고 답변하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, (가) 청구인은 이 건 세무조사들이 세목(부가가치세)과 과세기간(2011년 제1기～2012년 제2기 부가가치세 과세기간)이 중복되고, 1차 세무조사와 중복되지 아니한 2차 세무조사의 나머지 과세기간(2009년 제1기～2010년 제2기 부가가치세 과세기간)도 1차 조사기관이 1차 세 무조사시 조세탈루사실이 있었는지 여부를 확인하여 조사대상기간을 확 대하여야 하였음에도 그러지 아니한 채, 2차 조사기관이 동 과세기간 에 대한 세무조사를 실시하였으므로 위법한 세무조사의 대상기간에 해당하며, 2차 세무조사는 국세기본법 제81조의4 제2항에 따른 중복조사의 예외사유를 근거로 실시되지 아니하였음 등을 이유로 2차 세무 조사가 같은 항에 따라 허용된 재조사에 해당되지 아니한다고 주장한다. (나) 그러나, 아래와 같은 이유로 2차 세무조사는 국세기본법 제81조의4 제2항에 따른 허용된 재조사에 해당된다고 판단된다.

1. 이 건 세무조사들의 조사대상 세목을 살펴보면, 1차 세무조사는 ‘증여세’, 2차 세무조사는 ‘부가가치세’로 서로 조사대상 세목을 달리 하고 있다. 비록, 이 건 세무조사들의 조사대상기간 중 2011년ㆍ2012년이 중복되나, 1차 조사기관은 청구인의 부동산 투기 관련 자금출처 과정에서, 청구인의 진술에 근거하여 이 건 사업장의 해당 과세기간 중 현금 매출누락액을 동 부동산의 자금출처로 인정하였을 뿐, 이에 대한 증빙을 요구하거나 이 외의 다른 탈루가 있었는지에 대한 조사를 하지 아니하였는바, 1차 세무조사를 통해 해당 과세기간 중 이 건 사업장의 매출누락에 대한 세무조사가 이루어졌다고 보기 어렵다.

2. 설사, 이 건 세무조사들이 중복조사에 해당된다고 하더라도, 2차 세무조사는 OOO지방국세청장이 다른 조사를 수행하는 과정에서 입수한 검찰 수사기록 등에 의하여 이 건 사업장의 현금매출누락 경위를 확인하고 이와 관련한 과세자료를 2차 조사기관에 통보한 것으로 확인되므로, 이는 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우로서 국세기본법 제81조의4 제2항에 따른 중복조사의 예외사유에 해당한다고 보인다. (다) 따라서, 2차 조사기관이 이 건 거래처자료를 근거로 실시한 2차 세무조사의 결과, 청구인이 이 건 사업장의 부가가치세 신고시 이 건 매출액을 누락한 것으로 보고, 부가가치세 및 종합소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.