수의계약 체결 업체로부터 수취한 세금계산서 중 특별한 사정이 있는 쟁점공사의 공급시기 결정

○○세무서장이 2016.7.25. 청구법인에게 한 2015년 제2기 부가가치세 ○○원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 2001.4.2.한국전력공사로부터 상법상 물적분할되어 설립된 6개발전회사의 하나로서 국내에서 전기를 생산하여 판매하는 전기공급업을 영위하면서 발전기의 성능 유지와 각종 기기의 고장을 예방하기 위하여 정기적으로 계획예방정비공사계약을 체결하여 공사를 시행하고 있다.
• 나. 청구법인의 ○○본부는 2015.5.6. 1호기에 대한 A급 계획예방정비공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를 시행하기로 하고 ○○주식회사와 공급가액 1,106백만원(이하 “당초계약금액”이라 한다.)의 계약금액으로 쟁점공사에 대하여 수의계약을 체결하여 2015.5.20.부터 2015.6.25.까지 공사를 거친 후 2015.7.13.당초 계약금액보다 270백만원이 증액된 공급가액 1,376백만원의 세금계산서를 수취하고 2015.2기 예정과세기간의 부가가치세를 신고하면서 매입세액공제를 받았다.
• 다. 처분청은 부가가치세 기획분석점검결과 2016.7.25.당초 계약금액의 공급시기를 준공일인 2015.6.24.로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 청구법인에게 2015년 제2기 부가가치세 132백만원을 경정고지하였다.\
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2016.10.5.심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 쟁점공사의 계약상 역무제공완료일은 계통병입일(발전소 생산전력을 처음 전력망에 공급하고 설비의 건설상태를 종합적으로 확인하는 최종공정과정)이 아니고 준공검사보고 완료일이다. (가) 처분청은 발전소 계획예방정비 시행기준 및 계획예방정비공사 관리지침상 공사준공일은 시운전결과 이상이 없을 때 최종병입시점으로 명시하고 있으므로, 동 일자로 용역제공이 완료되었다고 주장하나, 여기서 공사준공은 전력거래소에서 관리하는 계획예방정비 정지기능의 종결일 뿐 쟁점공사와 관련하여 계약에서 정한 모든 역무의 종료를 의미하는 것이 아니다. (나) 쟁점공사에 대한 역무의 범위를 살펴보면, ○○로 하여금 준공 후 기술정산서 등 공사준공자료를 제출토록 하고, 이를 토대로 청구법인이 준공검사를 수행하는 점, ○○에게 착공일로부터 준공검사완료시점까지 정비책임을 지우고 있는 점, 용역제공완료 후 사후관리 성격으로서 하자보수용역 기산일을 준공검사 완료일 이후로 규정하고 있는 점, 보수공사 제공범위와 계약조건에 의하면 사용검사승인이 요구되므로 보수공사완료이후 사용검사 승인일까지 역무의 제공이 안료되었다고 볼 수 없는 점(대법원 2008.8.21.선고2008두5117) 등에 비추어 역무제공의무는 준공검사 보고완료 시점에 비로소 소멸되므로 동 시점이 용역의 공급시기에 해당한다. (다) 청구법인은 공기업으로서 모든 업무수행과 대가지급 등은 규정에 따라 집행하고 있고 이러한 절차의 준수여부는 감사원 등으로부터 정기적으로 감사를 받고있기 때문에 오히려 역무의 제공 이전에 대가를 지급하는 것은 국가를 당사자로 하는 계약에 의한 법률(이하 “국가계약법”이라 한다)을 위반한 감사지적사항에 해당하고, 검수업무 이행 전 대가를 선지급하여 감사지적 받은 환경부 사례도 있다.

(2) 처분청은 쟁점공사의 준공일(계통병입일) 후 준공검사완료일 까지 이루어진 기술정산서 등 공사준공자료 제출, 준공검사, 대금정산 등은 통상적인 업무로서 용역의 공급시기에 영향을 줄 수 없으므로 공급시기는 준공일(계통병입일)에 해당한다는 의견이나, 공급받는 자의 검수가 필수적인 조건에 해당하는지 여부는 계약내용 및 구체적 사실관계를 종합하여 판단하는 것으로서 쟁점공사는 일반시방서, 공사계약일반조건, 국가계약법이 적용되는 바, 준공검사를 완료한 후 용역대가 지급이 가능하다는 점, 공사완료 후 ○○에게 청구법인의 검수를 받을 의무를 지우고 있는 점, 준공검사가 완료된 때에만 목적물을 인수가능한 점, 국가계약법에따라 계약이행 후 목적물에 대한 검사(검수)가 필수적으로 요구되는 점, ○○의 기술정산서 등 공사준공자료를 토대로 준공검사가 수행되는 점, 대다수 정비내용에 대한 검수가 최종준공검사 완료일 즈음에 완료되었음이 확인되는 점 등을 볼 때 쟁점공사는 검수를 필수적인 조건으로 하는 계약형태로 그 공급시기는 준공검사 보고완료일이 되어야 한다.

(3) 설령, 역무제공이 완료된 시점을 준공일(최종병입일)로 본다고 할지라도, 쟁점공사의 대가는 준공검사 보고완료시점에 확정되었는 바, 그 공급시기는 준공검사보고완료일에 해당한다. (가) 처분청은 최초계약 당시 계약서에 용역대가금액이 합의되었다는 점을 근거로 준공일(계통병입일)에 해당가액(잠정가액)으로 세금계산서를 교부받고 준공검사완료후 금액변동분에 대해서 수정세금계산서를 교부받아야 한다고 주장하나, 당초 명시된 계약금액은 쟁점공사수행 이전에는 정비업무범위를 파악할 수 없어 공사금액의 산정이 불가능한 상황에서 국가계약법에 따라 계약서 계약금액을 기입하지 않거나 추후 정산이라 기재할 수 없는 부득이한 계약사정에 따라 임의로 기재한 단순추정가액에 불과하다. (나) 최초 계약서상 공사대금이 기재되어 있더라도, 최종 공사대금은 준공검사 후 확정되는 특기조건으로 인해 어느 가액으로 확정될 것인지 계약당사자 모두가 알 수 없었던 상황이었으므로 역무의 제공이 완료되는 때를 기준으로 세금계산서를 발급할 수 없는 경우에 해당하며, 역무의 제공이 와뇰되고 공급가액이 확정된 준공검사보고완료일을 공급시기로 보아야 한다(대법ㅂ원 2015.6.11.선고 2015두39262,같은뜻임)

(4) 계약에서 정한 역무의 전체가 완료되지 않았음에도 제공되는 역무의 중요성을 임의로 판단하여 일부 역무의 완료를 기준으로 공급시기를 판단하고 과세한 처분은 부당하다. (가) 부가가치세법은 다른 세법과 달리 절차를 중시하는 법률로서 현행규정상 용역의 공급시기는 계약서상 정하여진 모든 역무가 완료되는 시점이 되는 것이 타당하다 할 것인데 본 건과 같이 계약에서 정하고 있는 모든 역무가 종료되지 않았음에도 일부 주요역무가 종료되었다는 이유를 들어 임의적으로 공급시기를 결정하는 것은 명백한 조세법률주의 위배이며, 이러한 처분청의 자의적판단이 타당한 것으로 인정된다면 납세자는 계약에서 정한 사항과 무관하게 주 역무가 무엇인지에 대한 개별적인 판단을 통하여 공급시기를 정하는 문제가 발생하게 되어 처분청은 주요 업무의 범위를 자신의 과세목적에 맞도록 임의적으로 결정할 수 있는 초법적인 권한을 보유하게 되어 선의의 피해자가 양산될 수 밖에 없다. (나) 처분청은 계통병입일이 건설용역에서의 준공검사일과 유사하다고 볼 수 있기 때문에 이 시점을 모든 역무가 완료된 시기로 보아야 한다는 의견이나, 계통병입일 이후 용역공급자는 국가계약법상 정하여진 사실상의 준공검사를 받기 위하여 자신이 수행한 용역의 범위 및 내용 등을 기술한 기술정산서 및 관련 자료를 청구법이느이 관리시스템에 입력하여야 하고 청구법인은 입력된 자료에 맞게 실제 공사가 수행되었는지 여부 등에 대한 검수,검사절차를 완료하여야만 지급할 대가가 확정되고 준공검사가 완료되게 되며, 조시심판원 선결정례(국심85중1022,1985.9.21.국심88중189,1988.5.9.같은 뜻임)에서도 ‘준공검사가 완료된 때’라 함은 반드시준공검사일만을 뜻하는 것은 아니며 준공검사에 따른 결재과정이 필요한 경우에는 최종전결권자의 준공검사확정이 준공검사가 완료된 때라고 보고 있는 바 계통병입일 이후 사실상의 준공검사가 완료되었다고 보는 처분청 의견은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 쟁점공사는 6개월 미만의 정액도급공사로 당초공사설계시 산정되었던 외주가공비 계정등이 실적정산에 따라 준공검사시 공사금액의 변동이 발생되는 공사로서 준공일(공사완료일)에 최초계약금액으로 세금계산서를 발급받고 준공검사완료일에 증감가액에 대하여 수정세금계산서를 발급받아야 한다.

(2) 청구법인은 당초 계약금액은 확정된 금액이 아니고, 부가가치세법 제16조 제2항 및 동법시행령 제29조 제2항 제1호에 따라 공급가액이 확정되는 때 쟁점공사의 전체금액에 대하여 세금계산서를 적법하게 발급받았다고 주장하나, 동 조항은 용역제공완료에 따른 공급시기에 공급가액이 없어 대가를 확정하기 곤란한 경우 등 세금계산서의 발행이 불가능한 경우에 적용되는 것이지 쟁점공사의 경우와 같이 당초 계약금액이 정해져 있는 정액도급공사에는 적용될 수 없다. 청구법인의 주장과 같이 쟁점공사의 당초 계약금액이 임의비율로 산정되었다고 하여 당초부터 계약금액이 없다고 볼 수 없다고 볼 수 없으며, 동 계약금액은 관련법령 및 내부 계약규정에 따라 각각의 세부 공사비용을 산출하고 인지세 등이 징취된 금액으로 외주가공비 등의 실ㄹ적정산규정으로 인하여 공사완료 이후 공사금액의 변경이 예정되어 있다고 하여 달리 볼 수 없다.

(3) 청구법인은 준공일부터 준공검사완료일까지의 기간에 대금확정 및 기술정산서 입력 등으로 인한 2-3개월 소요되는 쟁점공사의 특수성 등을 주장하나, 기술정산서 등 공사와 관련된 자료의 제출 및 관리 등은 다른 일반적인 공사에서도 있는 것으로서 공사완료시기 이후에 발생하는 통상적인 업무에 불과하고, 용역의 공급시기에 영향을 줄 수 없다. 만일 공사준공관련 자료의 제출 등까지 이루어져야 역무가 완료되었다고 해석한다면,부가가치세법에서 규정하는 공급시기가 계약당사제아 따라 천차만별로 적용되어 얼마든지 공급시기를 임의로 조정하는 것이 가능하여 조세법률주의 및 조세평등주의에 어긋나는 결과가 초래될 수 있다. (4)계획예방정비공사인 쟁점공사는 역무의 현실적 제공과 산출무르이 사용가능시점인 준공일이 시운전결과보고서, 발전처준공보고서, 발전실적, 준공계 등을 통해 명확히 확인되므로 당초 계약금액의 공급시기는 준공일로 보아야 한다. 관련 기준 및 지침에서 계획예방정비의 준공은 정기검사기준에 의하는 각 설비별 시험에 합격하고, 종합시운전결과 설비이상이 없을 때 최종 계통병입한 시점으로 하는 것으로 나타나고, 청구법인이 작성한 시운전결과보고서,준공계 등에서 쟁점공사결과 각 설비별 시험에 합격하고 시운전결과에 이상이 없어 2015.6.24.최종계통병입된 사실이 확인되며, 기술정산서의 작성제출 등은 공사사후관리사항에 포함된 것으로 보이고, 쟁점공사의 준공 후 추가로 공사가 진행되거나 비용이 발생된 사실이 없다.

• 가. 쟁점 2015년 제2기 부가가치세 과세기간 중 ○○로부터 수취한 세금계산서 중 당초 계약금액인 공급가액 1,106백만원의 공급시기 당부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제16조 【용역의 공급시기】① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다. 제32조 【세금계산서 등】⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 "수정세금계산서"라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 "수정전자세금계산서"라 한다)를 발급할 수 있다.

⑧ 세금계산서, 전자세금계산서, 수정세금계산서 및 수정전자세금계산서의 작성과 발급에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 부가가치세법 시행령 제29조 【할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 법 제16조제2항에 따른 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 역무의 제공이 완료되는 날을 그 용역의 공급시기로 본다.1. 기획재정부령으로 정하는 장기할부조건부 또는 그 밖의 조건부로 용역을 공급하는 경우2. 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하는 경우3. 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우4. 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우

② 법 제16조제2항에 따른 용역의 공급시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.1. 역무의 제공이 완료되는 때 또는 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 없는 경우: 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때 제70조 【수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차】 ① 법 제32조제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

3. 계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가되거나 차감되는 금액이 발생한 경우: 증감 사유가 발생한 날을 작성일로 적고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급 (3) 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 제14조 【검사】① 각 중앙관서의 장 또는 계약담당공무원은 계약상대자가 계약의 전부 또는 일부를 이행하면 이를 확인하기 위하여 계약서, 설계서, 그 밖의 관계서류에 의하여 검사하거나 소속 공무원에 검사를 하게 할 수 있다. (4) 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령 제58조 【대가의 지급】① 법 제15조 제2항에 따라 국고의 부담이 되는 계약의 대가는 제55조에 따른 검사를 완료한 후 계약상대자의 청구를 받은 날부터 5일 이내에 지급하여야 한다. 이 경우 계약당사자와 합의하여 5일을 초과하지 아니하는 범위에서 대가의 지급기한을 연장할 수 있는 특약을 정할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 계획예방정비공사 과정에서 청구법인과 처분청의공급시기에 대한 주장과 의견을 요약하여 보면 아래 표와 같다. <표> 공사과정에서 공급시기 공사과정 주요내용 공사시행계획수립 청구법인이 전력거래소에 제출 전력수요예측 전력거래소가 계획예방정지기간 검토 수급전망수립 및 정지계획통보 전력거래소가 청구법인에 통보 계획예방정비공사 설계 및 계약 청구법인이 00와 국가계약법 및 공사계약일반조건 등에 따라 계약 체결 공사시행 계획예방정지기간 개시 시운전 계획예방정지기간 종료 및 준공검가 개시일 처분청이판단한 공급시기 기술정산 00가 준공후 2개월 이내에 정비검사보고서 및 기술정산서를 작성하여 제출하고 발전관리시스템에 입력완료 준공검사 00가 준공검사자료를 제출하고 청구법인이 준공검사를 수행하면 정비의무제공기간이 완료되고 하자보수의무개시 청구법인이 주장하는 공급시기

(2) 처분청은 심리자료로 부가가치세 경정결의서, 계획예방정비공사 관련 세금계산서 발행내역, 변경전 및 변경후 공사도급계약서, 준공검사보고서 등을 제출하였다. (가)쟁점공사 도급계약서의 주요내용은 아래 <표>와 같다. <표> 공사도급계약서의 주요내용 (단위: 천원) 구분 공급가액 부가가치세 공급대가 계약일 착공일 준공일 변경전 1,106,000 110,600 2015.5.6 2015.5.20 2015.5.20 2015.6.25 변경후 1,375,200 137,520 1,512,720 2015.7.15 (나) 준공검사보고서에 따르면, 계약준공일은 2015.6.25.로, 실준공일은 2051.6.24.로 준공검사일은 2015.7월(일자미기재)로, 정산변경금액은 1,513,578천원(공급대가)으로 기재되어 있다.

(3) 청구법인은 심리자료로 일반시방서, 공사계약일반조건, 준공검사보고서, 공사오더별 준공검사수행명세서 샘플 등을 제출하였다. (가)청구법인은 쟁점공사의 용역범위에 관한 규정을 다음과 같이 제시하고 있다. 관련규정 내용 일반시방서 제14조 나목 계약상대자는 본 공사시행내용에 대한 예방정비점검보고서를 작성하여 준공후60일 이내에 제출하여야한다 공사계약일반조건 제35조 발주자는 제34조 제6항의 규정에 의하여 검사완료통지를 한 후 계약상대자가 서면으로 인수를 요청시 즉시 현장인수증명서를 발급하고 당해 공사목적물을 인수하여야 한다 공사계약일반조건 제40조 제1항 계약상대자는 전체목적물을 인수한 날과 준공검사를 완료한 날 중 먼저도래한 날부터 시행령 제60조의 규정에 의해 계약서에 정한(하자담보책임기간)동안 공사목적물의 하자에 대한 보수책임이 있다. (나)청구법인은 쟁점공사가 검수조건부계약임을 입증하는 규정을 다음과 같이 제시하고 있다. 관련규정 내용 일반시방서 제16조

• 나. 검사요청 계약상대자는 본공사 완료후 공기구, 장비, 잔여자재의 환입, 공사현장뒷정리 및 기타사항이 완료된 후 00공사감독원의 확인을 받은 후 준공검사를 요청해야 한다
• 마. 검사결과처리 5)공사감독원은 시정지시사항이 완료될 때까지 공사대금지급을 보류할수 있다. 공사계약일반조건 제34조 제1항 계약상대자는 공사를 완성하였을 때는 그 사실을 준공신고서 등 서며능로 발주자에게 통지하고 필요한 검사를 받아야 한다 공사계약일반조건 제35조 제1항 발주자는 검사완료통지후 계약상대자가 서면으로 인수를 요청시 즉시현장인수증명서를 발급하고 당해 공사목적물을 인수하여야한다 국가계약법 제14조 제1항 계약담당공무원은 계약상대자가 계약의 전부또는 일부를 이행하면 이를 확인하기 위해 계약서 설계서 그밖의 관계서류에 의해 검사하건 소속공무원에게 그 사무를 위임하여 필요한 검사를 하게하여야 한다. (다) 준공검사보고서의 준공검사내용을 보면 성능,규격의 만족여부, 설계도면기준시공여부, 시방서준수여부, 공사및자재품질확보여부, 공사정산 및 요율적용 등 적성성여부, 증빙서류의 적합성여부, 철거및잉여자재환입엽, 도장및주위청결 등 공사뒷정리, 기타준공검사자 책임사항에 대한 확인드으로 나타난다. (4)청구법인은 계획예방정비공사란 발전설비의 성능유지를 위L하여 발전기구성품을 분해정비교체점검하는 공사로서 약 400종의 공사설계서를 활용하여 공사설계를 시행하는 것이고, 전력수급의 안정화를 위해 계획예방정비기간을 전력거래소에서 관리하며, 예정된 계획예방정비의 준공은 전력계통안정화 확보를 위하여 시험운전 및 급전우넞ㄴ을 완료한 최종병입시점을 의미하나, 이는 정지관리기준상 정지기가느이 종료시점을 명확하게 하기 위한 기준을 의미하는 것으로 계획예방정비공사의 계약적인 준공을 의미하는 것은 아니며, 공사계약상 계획예방정비공사의 준공은 작업단위별로 설계된 공사의 시공 및 검사의완료를 의미하며, 단순히 최종병입하였다고 계약시 합의한 분야별 공사가 완료된 것이 아니라고 주장하고 있다 (5) 국가계약법시행령 제58조 제1항 에 따르면 국가의부담이 되는 계약의 대가는 검사완료후 계약상대자의 청구를 받은 날부터 5일 이내에 지급하여야 한다고 규정하고 있다. (6)이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살펴본다. (가)쟁점공사는 발전기의 성능유지 고장예방을 위하여 발전설비의 대부분을 부품단위로 분해하여 노후정도 및 성능을 점검하기 위한 것이므로 그 성격상 공사수행에 소요되는 인력 및 부품의 규모를 사전에 정확히 예측하기 어렵고, 이와 같은 사유가 있어 최초계약금액이 1,106백만원이었음에도 정산과정을 거쳐 269백만원이 증액된 1,375백만원으로 공급가액이 확정된 것으로 나타난다. (나)청구법인인 국가계약법에 의하여 계획예방정비공사를 실시하면서 임의로 추정한 계약금액을 정하여 우선 공사를 발주하고, 이후 실제 소요노무비와 재료비 등에 의하여 정산 후 이에따라 공사금액을 지급하기로 한 것으로 보이므로, 쟁점공사 당초계약금액과 이후 증액분의 공급시기가 처분청 과세내용대로 2015년 제1기와 2015년 제2기 부가가치세 과세기간에 각각 순차적으로 도래한다고 보기는 어렵다. (다) 청구법인이 조세를 회피하기 위하여 쟁점공사의 공급시기를 의도적으로 조정한 것으로 보이지 아니하고, 예방정비에 따른 기술정산서의 완료 및 공사금액의 정산, 확정과정을 거치면서 2015.7.13. 세금계산서를 수취한 점 등에 비추어 이러한 특별한 사정이 있는 쟁점공사의 공급시기는 부가가치세법제16조 제2항 및 동법시행령 제29조 제2항 제1호에 따라 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정된 2015년 제2기로 보는 것이 타당하다고 판단된다. (라) 이 건의 경우 처분청은 쟁점공사 당초계약금액의 공급시기를 준공일이라는 의견이나, 위와 같은 이유에 비추어 처분청이 공급시기를 2015년 제1기로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이라고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.