쟁점회원권은 특별한 이유 없이 특수관계법인으로부터 매입한 업무무관자산으로 보이는 점, 연구원 등이 연구업무를 전담하지 않아 세액공제 대상에 해당하지 않는 점, 동일한 사업추진 과정에서 지출된 개발비 중 일부만 다른 방법으로 손금에 산입할 수는 없는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움
쟁점회원권은 특별한 이유 없이 특수관계법인으로부터 매입한 업무무관자산으로 보이는 점, 연구원 등이 연구업무를 전담하지 않아 세액공제 대상에 해당하지 않는 점, 동일한 사업추진 과정에서 지출된 개발비 중 일부만 다른 방법으로 손금에 산입할 수는 없는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인이 2009.7.14. 계열회사인 OOO(이하 “OOO”라 한다)로부터 취득한 OOO의 회원제 회원권(이하 “쟁점회원권”이라 한다)은 정상가격에 매입한 것으로 임직원의 복리후생 등을 목적으로 사용하였으므로 업무무관자산으로 볼 수 없다. (가) 청구법인은 쟁점회원권을 종업원 단체교육 및 종업원들 휴양목적으로 사용하고 있다. 즉 청구법인의 임직원들은 쟁점회원권을 이용하여 OOO에서 개최되는 청구법인 또는 계열사의 공적인 단체행사에 참여하거나, 개인 휴가 목적으로 사용하고 있다. 청구법인의 임직원들이 2009년～2013년 기간 동안 리조트를 이용한 실적은 아래 <표2>와 같고, 청구법인은 2008년에 취득한 분양제 회원권과 쟁점회원권을 구분하여 사용한 것이 아니므로 쟁점회원권만을 분리하여 그 취득자금을 OOO에 대한 업무무관 대여금으로 봄은 합리적이지 아니하다. <표2> 청구법인의 OOO 이용실적 (나) 일반적으로 리조트 회 원권은 최대 사용일수를 모두 사용할 수 있는 종류의 재산이 아니고, 실제로 OOO는 OOO그룹 계열사가 아닌 일반법인들에게 40.6구좌의 리조트 회원권을 판매하였는데, 청구법인은 특수관계가 없는 일반 법인회원(1구좌당 연 38일 사용)보다 오히려 더 많은 일수(1구좌당 연 66일 사용)를 사용하였다. 또한, 청구법인은 2010년 겨울성수기(2010.12.20.～2011.2.28.)에 공채신입사원 연수로 총 612일 상당의 리조트 회원권을 사용하였고, 그 외 직원들도 해당 기간에 상당히 많은 양의 숙박을 사용하였는바, 2008년에 매입한 8구좌의 회원권(겨울 성수기 사용일수: 560일)만으로는 이러한 사용일수를 충당할 수 없었으므로 쟁점회원권이 전혀 사용되지 않는 무수익자산이라는 처분청의 주장은 위법하다. <표3> 청구법인과 일반법인의 리조트 사용일수 비교 (다) 조세심판원의 심판결정례나 국세청의 유권해석을 보더라도 법인이 정당한 목적으로 취득․보유하는 회원권은 업무무관자산에 해당하지 아니한다. 조세심판원은 회사의 단체행사나 휴양목적으로 사용하는 회원권이 아니라도 대표이사 등이 몇 회 사용하지 아니한 골프장 회원권도 업무관련성이 있으면 업무무관 가지급금에 해당하지 아니한다고 보았고(국심 2004중1058 2004.8.6., 참조), 국세청 유권해석에도 종업원 복리후생목적으로 사용하는 휴양시설회원권은 업무무관자산으로 보지 아니한다고 해석하고 있는바(법인 46012-2638, 1997.10.14.), 업무관련성이 보다 명백한 쟁점회원권의 경우 업무무관자산에 해당하지 아니함은 명백하다 할 것이다. (라) 청구법인은 쟁점회원권을 정상가격을 지급하고 매입하였을 뿐 OOO에 자금을 대여한 사실이 전혀 없다. 처분청은 청구법인이 쟁점회원권을 매입함으로써 OOO에게 자금을 대여하였다고 보았으나, 쟁점회원권을 매입하는 것은 ‘회원권의 매매’이고, OOO에게 자금을 대여하는 것은 ‘자금의 대여’로 그 법적 형식이 전혀 다르므로 합리적 이유 없이 쟁점회원권 매입사실만으로 청구법인이 OOO에게 금전을 대여하였다고 볼 수는 없다.
(2) 청구법인은 2001.9.25. 기업부설연구소를 설치하였고, 청구법인의 연구인력들이 해당 연구소에서 근무하고 있다. 동 연구소는 품질개선 및 분석지원 업무를 전략과제로 수립하고 추진하였는바, 동 업무가 연구개발업무가 아니라는 처분청의 주장은 동 연구소의 연구과제를 오해한 것이다. 품질관리팀 지원업무 및 파손품 분석업무는 파손품의 원인을 파악하기 위하여 실험을 진행한 후 결과를 보고하고, 추가실험을 통하여 개선안을 도출하는 것으로 연구개발업무에 해당하고, 주조공장지원업무 및 MAGMA simulation은 주조해석프로그램 시뮬레이션(MAGMA)을 통해 열전달, 상변화 및 열변형 해석을 수행하여 주조품 제조시 사전에 결함 발생 유무 및 원인분석을 통하여 주조 불량을 제어하고 최적화된 주조방안을 수립하는 업무이고, 교본 및 기술백서 제작 업무는 단순히 기존 교과서 등에 있는 내용을 교본으로 정리하는 작업이 아니라 1년간 직접 실험을 통해 얻은 결과물을 정리하여 다른 연구원들이 활용할 수 있게 하는 작업으로 당연히 연구개발업무에 해당한다. (3) 청구법인은 과거 국책과제와 관련한 연구원들의 인건비로 2010사업연도 OOO원, 2011사업연도 OOO원 합계 OOO원(이하 “쟁점인건비”라 한다)을 비용(손금)으로 각 인식 하였고, 처분청은 쟁점인건비를 별도의 개발비(무형자산)로 인식하지 아니하였다 하여 손금불산입하였는바, 아래와 같은 점 등에 비추어 처분청의 이 건 처분은 부당하다. (가) 법인세법 시행령 제24조 제1항 제2호 바목에서 개발비를상업적인 생산 또는 사용 전에 재료·장치·제품·공정·시스템 또는 용역을 창출하거나 현저히 개선하기 위한 계획 또는 설계를 위하여 연구결과 또는 관련 지식을 적용하는데 발생하는 비용으로서 당해 법인이 개발비로 계상한 것으로 규정하고 있는바, 개발비는 납세자가 감가상각자산으로 계상한 경우에만 세무상 무형자산으로 인정되고, 그렇지 아니한 경우에는 지급이 확정된 사업연도의 손금에 산입된다. 이는 기업회계상 개발비가 무형자산으로 인정되지 아니하여 기업회계와 세무회계상 차이가 발생하는 경우가 많아 이를 일치시켜 세무조정에 따른 납세자의 불편을 해소하기 위함이다. 따라서 청구법인은 쟁점인건비를 지급이 확정된 2010․2011사업연도 손금에 산입하고 이를 개발비(무형자산)로 인식하지 아니하였는바, 법인세법에 따라 쟁점인건비를 2010․2011사업연도의 손금으로 인정함이 타당하다. (나) 청구법인이 국책과제와 관련하여 지출한 연구·개발비는 내부창출무형자산으로 무형자산 인식시점이나 원가를 신뢰성 있게 측정하기 어렵고 과제의 성공 여부가 불확실하므로 자산의 인식기준에 부합하는지를 평가하기 어렵다. 기업회계기준서(제3호)에서도 내부창출무형자산의 이러한 특징을 감안하여 무형자산을 창출하기 위한 내부프로젝트를 연구단계와 개발단계로 구분할 수 없는 경우에는 그 프로젝트에서 발생한 지출을 모두 연구단계에서 발생한 것으로 보아 비용처리 할 수 있는 근거를 제시하고 있는바, 이 건 국책과제의 경우 과제가 성공할 경우에만 실시료를 지급하고 해당 기술에 대한 소유권을 얻는 것으로, 기술개발로 인한 미래 경제적 효익을 확정적으로 파악할 수 없고 개발기간 동안의 총투입비용도 신뢰성 있게 측정할 수 없으므로 청구법인은 국책과제와 관련한 지출비용을 모두 자산화할 수 없어 일부 항목(2010․2011년 인건비 등)만 비용처리 한 것이고, 당사의 회계감사인인 OOO도 이 건 회계처리를 적정한 것으로 보아 적정의견을 제시하였다.
(1) OOO는 OOO에 위치하고 있고, 총 200실의 객실과 세미나실 및 대강의실을 보유하고 있는 휴양콘도미니엄으로 OOO원(2008년 B/S상 유형자산)을 투자하여 완공되었으나, 일반인 분양이 없어 2008년 OOO계열사 6군데로 분양매출 하였으며 청구법인도 종업원들의 복리후생 및 사원교육 명목으로 8구좌 (1/2구좌당 175박 이용으로 총2,800일 사용가능)를 OOO원에 구입하였다. 한편, OOO는 2009년 회원권 매매가 정상적으로 이루어지지 아니하여 OOO에게 건설대금을 지급하지 못하는 등 자금난이 심각해짐에 따라 그룹차원에서 추가로 OOO 회원권 구입을 결정하고 6개 계열사에서 회원권을 추가 구입하게 하였으며, 청구법인도 8구좌를 취득하여 보유하고 있음에도 추가로 쟁점회원권(3.4구좌)을 구입하였다. 따라서 청구법인이 2008년 분양받은 8구좌는 1년간 총2,800일을 사용할 수 있는 권리임에도 청구법인의 연도별 리조트 이용횟수는 이러한 사용가능일수에 훨씬 미달하고, 직원들의 휴양목적 및 종업원 단체교육용으로 이미 충분한 리조트 회원권을 보유하고 있어 추가로 취득할 필요성이 없는 점, 연간 6∼7%의 이율에 의한 차입금 OOO원(2008년 차입금 OOO원)에 대한 2009년 이자비용 OOO원을 부담하면서 미래 투자가치가 불투명한 쟁점회원권을 추가로 구입하는 것은 경제적 합리성을 무시한 비정상적인 행위라 할 수 있는 점 등에 비추어 청구법인의 쟁점회원권 취득행위는 실질적으로 특수관계에 있는 OOO가 분양미달로 자금난을 겪게 되자 무수익자산인 쟁점회원권을 매입하는 방법으로 OOO에게 업무와 직접 관련 없이 자금을 대여하여 이익을 분여한 것이므로 당초 처분은 정당하다. <표4> 청구법인의 연도별 OOO 회원권 이용현황
(2) 처분청은 연구소 조직별 업무분장과 개인성과평가서(MBO)를 근거로 연구 전담 업무가 아닌 영업, 구매, 생산 등 타 업무를 겸직한 연구원 명단 및 인건비를 추출하여 검토한 결과, OOO 연구원 등은 연구개발 업무 외에 품질관리팀 지원 업무, 주조공장 지원 업무, 재고 관리 등 타 업무를 겸직한 사실이 확인되어 동 연구원들의 인건비에 대하여 연구인력개발비 세액공제를 배제하였는바, 청구법인의 기술부설연구소에 근무하는 직원 중 실제로 개발업무를 수행하지 아니하고 생산부서 지원 업무 등을 수행한 직원의 인건비에 대하여 연구인력개발비 세액공제를 부인하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.
(3) 처분청은 청구법인이 국책과제 프로젝트 투입비용은 기업회계기준서 제3호에 의한 자산인식요건을 충족하는 무형자산에 해당하는 것으로 보아 개발비로 인식하면서 연구원 인건비에 대하여는 2010․2011사업연도의 비용으로 처리한 사실을 확인하여 쟁점인건비를 손금불산입하였는바, 아래와 같은 이유로 쟁점인건비는 무형자산의 인식기준을 충족하는 개발비로 봄이 타당하므로 당초 처분은 정당하다. (가) 법인세법 시행령 제24조 에서 개발비를 연구결과 또는 관련 지식을 적용하는데 발생하는 비용으로서 당해법인이 개발비로 계상한 것으로 정의하고 있으나, 이를 ‘무형자산의 인식기준을 모두 충족한 금액을 일부는 무형자산으로, 일부는 당기 비용으로 계상할 수 있다’ 또는 ‘연도별로 특정연도는 무형자산으로, 다른 연도는 당기비용으로 계상할 수 있다’라고 해석하는 것은 청구법인의 자의적인 법 해석으로 손익의 조작 가능성이 있고, 청구법인이 2010․2011사업연도 연구원 인건비를 당기비용으로 처리하고 동일 프로젝트의 인건비를 2013사업연도 이후부터는 다시 개발비로 자산처리한 것은 청구법인 스스로 인건비의 당기비용 처리에 대한 문제점을 인식하고 회계처리를 변경한 것으로 보인다. (나) 청구법인이 수행하는 국책과제의 경우 기존에 없던 새로운 기술에 대하여 연구·개발하는 것으로 연구단계와 개발단계의 구분이 모호하여 해당 국책과제에 지출된 비용을 무형자산인 개발비로 인식할 수 없다고 주장하나, 청구법인이 국책과제 시행단계부터 연구원들 인건비 외의 항목은 모두 개발단계로 보아 무형자산인 개발비로 인식한 것은 프로젝트 시작부터 무형자산 인식기준을 충족하였다고 본 것으로 상기 주장은 근거가 없는 것이고, 기업회계기준서에 따른 연구단계 비용으로 처리하였다면 기업회계기준서 문단77 및 문단79에 의하여 당해 내용을 별도 주석으로 기재할 사항임에도 기재한 사실이 없어 청구법인이 쟁점인건비를 연구단계 비용으로 인식하였는지 여부는 불분명하다.
② 비전담 연구원에 대한 인건비 상당액을 연구인력개발비 세액공제대상에서 배제한 처분의 당부
③ 국책과제와 관련하여 지급한 연구원들의 인건비가 당기비용인지 개발비인지 여부
(1) 법인세법 제23조【감가상각비의 손금불산입】 ① 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 손금으로 계상한 경우에만 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 "상각범위액"이라 한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 손금에 산입하지 아니한다. 다만, 해당 내국법인이 법인세를 면제ㆍ감면받은 경우에는 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 감가상각비를 손금에 산입하여야 한다. 제28조【지급이자의 손금불산입】 ① 다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령 령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 해당 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)
1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다)은 매입가액에 부대비용을 더한 금액
2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산은 제작원가(製作原價)에 부대비용을 더한 금액
3. 제1호와 제2호 외의 자산은 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액
② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제43조【기업회계기준과 관행의 적용】 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행(慣行)을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다. 제52조【부당행위계산의 부인】 ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.
③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용이 적힌 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령 제24조【감가상각자산의 범위】① 법 제23조 제3항에서 "건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 자산"이란 다음 각 호의 고정자산(제3항의 자산을 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다.
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 무형고정자산
6. 개발비: 관련 제품의 판매 또는 사용이 가능한 시점부터 20년 이 내의 기간 내에서 연단위로 신고한 내용연수에 따라 매 사업연도별 경과월수에 비례하여 상각하는 방법 제87조【특수관계자의 범위】 ① 법 제52조 제1항에서 "대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자"라 함은 법인과 다음 각 호의 1의 관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)를 말한다.
7. 당해 법인이 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 의한 기업집단에 속하는 법인인 경우 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사 및 그 계열회사의 임원 제88조【부당행위계산의 유형 등】 ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
2. 무수익자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우 (3) 조세특례제한법 제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】 ① 내국인(도박장·무도장·유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성 서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구 및 인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다.
1. 중소기업: 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액
① 전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자의 인건비 (5) 조세특례제한법 시행규칙 제7조【연구 및 인력개발비의 범위】 ① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다.
② 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목 ①에서 “재정경제부령이 정하는 자” 라 함은 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 영 제13조 제8항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다. (6) 기술개발촉진법 제2조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
1. “기술개발” 이라 함은 산업기술의 연구 및 그 성과를 이용하여 재료ㆍ제품ㆍ장치시스템 및 공정 등에 적용할 수 있는 새로운 방법을 찾아내는 활동을 말하며, 시범제작 및 공업화 중간시험의 과정까지를 포함한다. 제7조【특정연구개발사업의 추진 등】 ① 과학기술부장관은 핵심산업기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업(이하 “특정연구개발사업”이라 한다)에 관한 계획을 수립하고, 연도별로 연구과제를 선정하여 이를 다음 각 호의 기관 또는 단체와 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다. 이 경우 제2호의 기관 중 대표권이 없는 기관에 대하여는 그 기관이 속한 법인의 대표자와 협약할 수 있다.
2. 연구인력ㆍ시설 등 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소(이하 “기업연구소”라 한다) (7) 기술개발촉진법 시행령 제15조【특정연구개발사업 참여기관 등의 기준】 ① 법 제7조 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소”라 함은 다음 각 호의 구분에 따른 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설연구기관으로서, 과학기술부령이 정하는 사 항을 신고하여 과학기술부장관의 인정을 받은 기관을 말한다. 이 경우 과학기술부장관이 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정하는 때에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다.
1. 중소기업기본법 제2조 의 규정에 의한 중소기업자가 설립한 기업부설연구소: 5인 이상
2. 국외에 있는 기업부설연구소: 5인 이상
3. 과학기술부령이 정하는 과학기술분야연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업 또는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조의 규정에 의한 벤처기업이 설립하는 기업부설연구소: 2인 이상(창업일부터 5년 간에 한한다)
4. 제1호 내지 제3호 외의 기업부설연구소: 10인 이상 (8) 기술개발촉진법 시행규칙 제7조【기업부설연구소의 신고 등】
② 영 제15조 제1항의 규정에 의하여 기업부설연구소로 인정을 받고자 하는 자는 별지 제7호 서식에 의한 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 협회장 에게 제출하여야 한다.
1. 연구사업개요서 1부
2. 연구소의 조직 및 직원 현황 1부
3. 연구시설명세서 1부
③ 협회장은 제2항의 규정에 의한 신고를 받고 기업부설연구소로 인정 하는 때에는 별지 제8호 서식에 의한 기업부설연구소인정서를 교부 하여야 한다.
(1) 조사청은 2015.3.19.～2015.11.10. 기간 동안 청구법인에 대하여 2010～2012사업연도 법인세통합조사를 실시한 결과, 아래와 같은 조사 내용을 확인하여 관련 과세자료를 처분청에 통보하였다. (가) 청구법인이 2008.8.6. 계열사인 OOO로부터 회원권(Ownership) 8구좌를 취득하여 보유하고 있음에도 2009.7.14. 추가적으로 취득한 쟁점회원권(Membership) 3.4구좌는 OOO를 지원하기 위한 대여금 성격의 무수익자산에 해당하므로 아래 <표5>와 같이 관련 인정이자를 익금산입하고 지급이자를 손금불산입하여야 하고, OOO는 계열사들의 회원권 추가구입으로 인하여 아래 <표6>과 같이 2009사업연도말 장기예수금은 증가하고 미지급금은 감소한 것으로 나타난다. <표5> 쟁점회원권 관련 조사결정 내용 <표6> 현금흐름표(일부 발췌) (나) 청구법인의 2010～2012사업연도 연구․인력개발비 세액공제와 관련하여 기술부설연구소에 근무하는 직원 중 실제로 개발업무를 수행하지 아니하고 생산부서 지원 업무 등을 수행한 직원의 인건비 상당액을 연구․인력개발비 세액공제대상에서 제외하여야 한다. 비전담 연구원들에 대한 인건비 내역 및 연구소 조직별 업무분장과 개인성과평가서(MBO)를 통하여 확인되는 동 연구원들의 업무내역은 아래 <표7>․<표8-1>～<표8-4>와 같다. <표7> 비전담 연구원에 대한 인건비 내역 <표8-1> 비전담 연구원OOO의 업무내역 <표8-2> 비전담 연구원OOO의 업무내역 <표8-3> 비전담 연구원OOO의 업무내역 <표8-4> 비전담 연구원OOO의 업무내역 (다) 청구법인이 2010․2011사업연도 중 국책과제 연구개발과 관련한 용역비용을 무형자산인 개발비로 계상하면서 관련 연구원들의 인건비에 대해서는 자산으로 인식하여야 함에도 당기 비용 처리한 사실이 확인되므로 이를 손금불산입하여야 한다. <표9> 자본화대상 인건비 내역 (라) 위 조사내용 외에도 재고자산 회수지연, 접대비 한도초과액 및 관계 사에 대한 대여금 인정이자 등이 과세자료에 포함되어 있다(<표1> 참고).
(2) 처분청은 이에 따라 2016.1.19. 청구법인에게 2010～2012사업연도 법인세 합계 OOO원(2010사업연도분 OOO원, 2011사업연도분 OOO원 및 2012사업연도분 OOO원)을 각 경정․고지하였다.
(3) 그 밖에 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 OOO가 일반 대중에게 회원제 회원권을 분양 하는 가격과 동일한 가격에 쟁점회원권을 취득하였다고 주장하며 아래 <표10>․<표11>과 같이 청구법인의 쟁점회원권 취득가격 및 2016년 현재 OOO가 홈페이지에서 공시하고 있는 0.1구좌당 분양가를 제시하고 있고, 청구법인을 제외한 OOO그룹 계열사 등이 리조트 회원권을 구입한 내역은 아래 <표12>와 같다. <표10> 청구법인의 OOO 회원권 취득가격 <표11> OOO 회원권 공시가 격(2016년) <표12> OOO 의 OOO 회원권 구입 내역 (나) 청구법인은 청구법인의 기술연구소는 품질개선 및 분석지원업무를 전략과제로 수립하여 추진하고 있어 해당 업무가 연구개발업무에 해당하지 아니한다는 처분청 의견은 부당하다고 주장하며 아래 <표13>과 같이 사업전략 세부추진 내역을 제시하고 있다. <표13> 팀/본부별 사업전력 세부추진 내역(2010년) (다) 청구법인의 국책과제 프로젝트 투입비용에 대한 회계처리 현황은 아래 <표14>와 같다. <표14> 국책과제 회계처리 현황
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점회원권은 정상가격에 매입한 것으로 임직원의 복리후생 등을 목적으로 사용하였으므로 업무무관자산으로 볼 수 없다고 주장하나, 청구법인이 2008년 분양받은 8구좌는 1년간 총 2,800일을 사용할 수 있는 권리임에도 청구법인의 리조트 이용횟수(2009년 724일, 2010년 801일, 2011년 896일 및 2012년 588일)는 여기에 미달하는 등 임직원의 휴양 및 단체교육 목적용으로 이미 충분한 회원권을 보유하고 있 어서 추가로 취득할 필요성이 없어 보임에도 분양실적이 저조하여 미래 투자가치가 불투명한 동 회원권 3.4구좌를 취득한 행위는 특수관계에 있는 경우가 아니라면 경제인의 입장에서 부자연스럽고 경제적 합리성이 결여된 것으로 보이는 점, OOO가 회원권 매매가 정상적으로 이루어지지 아니하여 OOO에게 건설대금을 지급하지 못하는 등 자금난이 심각해짐에 따라 2009년 그룹차원에서 추가로 회원권 구입을 결정하고 6개 계열사에서 회원권을 추가 구입하게 함으로써 OOO에 대한 미지급금 OOO원을 변제하는 등 OOO의 자금난을 해소하려 하였는바, 청구법인이 2009사업연도 현재 연간 6～7% 이율에 의한 차입금 OOO원(2008년 차입금 OOO원)에 대한 이자비용 OOO원을 부담하고 있는 상황에서 동일 종류의 회원권을 보유하고 있음에도 쟁점회원권을 추가로 구입한 데에는 특별한 사정이 있었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구법인의 쟁점회원권 취득행위는 실질적으로 특수관계에 있는 OOO의 자금난을 해결하기 위하여 무수익자 산을 매입하는 방법으로 업무와 직접 관련이 없이 자금을 대여함으로써 이익을 분여한 것으로 볼 수 있다 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점회원권을 무수익자산으로 보아 관련 인정이자를 익금산입하고 지급이자를 손금불산입하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 부설연구소에서 근무한 OOO 연구원 등이 수행한 품질관리팀 및 주조공장 지원, 재고관리 등의 업무는 제조품의 품질 개선을 위한 연구과제를 수행한 것이므로 해당 인건비를 연구인력개발비 세액공제대상으로 보아야 한다고 주장하나, 조세특례제한법 제10조 를 적용함에 있어 전담부서에 근무하는 연구원이라도 기술개발을 위한 연구업무를 전담하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 세액공제가 적용되고, 전담부서에 근무하는 지원인력이라도 연구업무 전담연구원의 연구업무만을 직접적으로 지원하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 세액공제가 적용된다 할 것(대법원 2011.6.24. 선고 2011두6844 판결, 같은 뜻임)인바, 처분청이 연구소 조직별 업무분장과 개인성과평가서(MBO)를 근거로 연구 전담업무가 아닌 영업, 구매, 생산 등 타 업무를 겸직한 연구원의 명단 및 인건비를 추출하여 검토한 결과, OOO 연구원 등이 연구업무 외에 타 부서 지원업무, 재고관리, 교본제작 등을 겸직하여 전업적으로 연구개발을 한 것이 아닌 것으로 조사된 점, 청구법인의 기업부설연구소에서 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 연구개발 등이 수행되었고 그 업무를 OOO 연구원 등이 전담하였음을 입증할 수 있는 객관적 증빙의 제시가 부족한 점 등에 비추어 OOO 연구원 등은 연구개발 업무를 전담하였다고 보기 어렵다 할 것이다. 따라서 처분청이 위 연구원 등이 연구업무를 전담하지 아니하였다고 보아 동 연구원들에게 지급한 인건비 상당액을 연구개발비 세액공제대상에서 배제하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 국책과제 수행시 지출한 연구원 인건비를 개발비로 인식함이 타당하지 아니하다고 주장하나, 법인세법 시행령 제24조 제1항 제2호 바목에서 개발비를 상업적인 생산 또는 사용 전에 재료·장치·제품·공정·시스템 또는 용역을 창출하거나 현저히 개선하기 위한 계획 또는 설계를 위하여 연구결과 또는 관련 지식을 적용하는 데 발생하는 비용으로서 당해 법인이 개발비로 계상한 것으로 규정하고 있어 이는 무형자산의 인식기준을 충족한 개발비용 전체를 회사가 당기비용으로 계상하는 방법 또는 무형자산으로 계상하여 감가상각비를 계상하는 방법을 선택할 수 있 다는 것으로 동일한 사업 추진 과정에서 지출된 개발비 중 일부만 다른 방법으로 손금에 산입할 수는 없다 할 것인바, 청구법인이 국책과제 프로젝트 투입비용은 기업회계기준서 제3호에 의한 자산인식요건을 충족하는 무형자산에 해당하는 것으로 보아 개발비로 인식하면서 연구원들 인건비에 대하여는 2010․2011사업연도는 손금으로 처리하였다가 2013사업연도 이후부터는 다시 개발비로 하여 자산으로 처리한 점, 조사청이 이 건 국책과제와 관련하여 발생한 연구․인력개발비 전체가 기업회계기준서 제3호에 의한 무형자산의 인식기준을 충족한다고 본 것에 대하여 청구법인은 쟁점인건비가 연구단계에서 발생한 비용임을 구체적․객관적으로 입증하지 못하고 있고, 연구개발활동으로 인하여 발생하는 비용을 자산화하는 경우 그 결과물이 확인되는 수준에 따라 기간별로 일괄하여 공통되게 인식하는 것이 타당함에도 청구법인은 동일한 개발기간에 발생한 비용을 분리하여 재료비 등은 자산화하고 인건비는 비용화하였는데, 청구법인이 합리적인 구분 기준을 제시하지 못하는 이상 동 회계처리가 기업회계기준에 부합하다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 동일한 사업의 추진과정에서 발생한 개발비 중 일부인 쟁점인건비에 대하여만 손금에 산입할 수는 없다 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점인건비를 개발비로 보아 손금불산입하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.