상업지역으로 지정된 쟁점토지에 대하여 8년 자경 감면 및 장기보유특별공제 대상으로 보지 아니하고 청구인의 경정청구를 거부한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1993.7.19. 상속으로 취득한 OOO 전 955㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2015.2.10. 양도하고, 양도가액 OOO원으로 하고, 장기보유특별공제를 적용하지 아니하여 2015.4.22. 2015년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.
• 나. 청구인은 2015.6.18. 쟁점토지에 대하여 조세특례제한법 제69조 에 따른 8년 자경 감면 및 장기보유특별공제를 적용하여 2015년 귀속 양도소득세 OOO원에 대하여 경정청구를 하였다.
• 다. 처분청은 청구인의 경정청구에 대하여 쟁점토지는 도시지역 내의 지역으로 상업지역 편입일로부터 3년이 경과한 농지에 해당하며 보유기간 전체에 걸쳐 상업지역으로 지정되어 있어 8년 자경 감면 및 장기보유특별공제 대상에 해당하지 않는다고 보아 2015.8.21. 청구인의 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2015.11.19. 이의신청을 거쳐 2016.3.9 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점토지를 상속으로 취득한 후 양도하기까지 약 22년 간 쟁점토지와 같은 지역 안에 거주하며 농작물의 경작 또는 재배에 상시종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기노동력에 의하여 직접 경작하였다. 쟁점토지는 955㎡(약 289평)로 청구인이 직접 경작하기에 무리가 없는 규모의 농지에 해당하고 청구인이 쟁점토지에 농작물을 경작하기 위하여 지출한 종자, 자재, 비료 등 영농비용과 관련한 구체적이고 객관적인 서류 및 농지원부 등에 의하여 직접 경작 사실을 알 수 있고, 또한 청구인은 타 소득 등이 없는 농업에만 전념한 전업농이다. 처분청은 쟁점토지가 양도일 현재 특별시, 광역시 또는 시에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역, 상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 경과하여 감면대상에 해당하지 아니 한다고 하나, 쟁점토지는 1986.5.22. 상업지역으로 지정, 1996.2.2. 구획정리 시행 신고되어 도시개발계획이 진행되었으나, 공공기관의 부득이한 사유로 1998.8.25. 구획정리 시행신고폐지 등 도시개발계획이 지연되고 있는 지역으로 청구인에게 귀책사유가 없다. 또한 주거 또는 상업지역으로 편입되고 3년이 경과하면 감면을 배제한다고 규정하고 있으나 당초 전(과수원)으로 사업시행인정고시 당시 상업지역으로 지정하였을 뿐 양도당시 도시구획이 완료되지 아니하였을 뿐만 아니라 상업지역에 편입되었다고 볼 수도 없고, 상업지역으로 편입되었다면 개별공시지가가 상당히 상승되었을 것이나 1990.8.30. 기준개별공시지가는 OOO 이었으며, 양도시점인 2015년 2월 OOO으로 오히려 하락하였으므로 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 상업지역으로 편입된 날이라 함은 국토의 계획 및 이용에 관한 법률의 규정에 따라 도시관리계획의 결정내용을 건설교통부장관이 관보에 고시한 날(시･도지사가 하는 경우에는 당해 시･도의 공보에 고시한 날)을 말하는 것이라고(국세청 서면4팀-631, 2006.3.20.) 해석하고 있다. 쟁점토지와 관련하여 OOO 구역지정 및 개발계획사업추진 경위를 확인한 바, OOO은 쟁점토지의 상업지역 편입일자를 1986.5.22.로 회신하였고, 쟁점토지의 재산세 과세내역에 분리과세 대상 농지가 아닌 도시지역(일반상업지역)내 농지로서 종합합산 과세대상 토지로 분류되어 있다. 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 나목 규정에 의하면 “사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 상업지역으로 편입된 농지로서 사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 경우”에는 상업지역 편입된 날부터 3년이 지난 농지라 하더라도 8년 자경 감면대상 농지에 포함하고 있는바, 쟁점토지와 관련하여 OOO 구역지정 및 개발계획에 의하면 당초 민간사업방식(1996년 1월 조합 인가)에 의한 토지구획정리사업 시행으로 상업지역으로 편입되었으나, 민간사업방식에 의한 원활한 개발사업이 진행되지 않아 1997년 12월 사업시행인가가 실효되고 2011년 11월 OOO이 시행자로서 도시개발사업 구역지정 및 개발계획수립용역 발주하고 현재까지 진행 중인 사실을 확인되어 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 나목 규정에 의거 8년 자경감면 대상 농지에 해당되지 아니하므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 상업지역으로 지정된 쟁점토지에 대하여 8년 자경 감면 및 장기보유특별공제 대상으로 보지 아니하고 청구인의 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 등 (1) 조세특례제한법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역등”이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그 밖의 법률에 의하여 환지처분 전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자"라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재소득세법제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시・광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{ 지방자치법 제3조 제4항 에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍・면 지역 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조 제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍・면 지역은 제외한다}에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역・상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

• 나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역・상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우 (3) 조세특례제한법 시행규칙 제27조[농지의 범위등] ④ 영 제66조 제4항 제1호 나목 및 제67조 제8항 제1호 나목에서 "기획재정부령으로 정하는 공공기관"이란 공공기관의 운영에 관한 법률에 따라 지정된 공공기관과 지방공기업법에 따라 설립된 지방직영기업·지방공사·지방공단을 말한다.

⑤ 영 제66조 제4항 제1호 나목 및 제67조 제8항 제1호 나목에서 "기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유"란 사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 사유를 말한다 (4) 소득세법 제104조의3(비사업용 토지의 범위) ① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논·밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

• 가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.
• 나. 특별시·광역시(광역시에 있는 군은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)·특별자치시(특별자치시에 있는 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)·특별자치도(제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조 제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시 지역(지방자치법제3조 제4항에 따른 도농 복합형태인 시의 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 호에서 같다)에 있는 농지.다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하며 스스로 경작하던 농지로서 특별시·광역시·특별자치시·특별자치도 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다. (5) 소득세법 시행령 제168조의6(비사업용 토지의 기간기준) 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

• 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. 제168조의8[농지의 범위 등] ⑥ 법 제104조의3 제1항 제1호 나목 단서에서 "대통령령이 정하는 기간"이라 함은 3년을 말한다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지가 위치한 OOO 사업추진 경위(일부 발췌)는 아래와 같다.

(2) 쟁점토지는 양도일 현재 도시지역에 있는 농지 중 상업지역 안에 있는 농지로서 상업지역에 편입된 1986.5.22.부터 3년이 지난 농지라는 사실에 대하여는 처분청과 청구인 간에 다툼이 없다.

(3) 등기부등본에 의하면, 쟁점토지는 청구인이 1993.7.19. 상속으로 취득하였고, 2015.2.10. OOO 외 2명에게 양도한 것으로 나타난다.

(4) 처분청이 OOO에 요청하여 상업지역 편입일자와 관련하여 2015.7.21. 회신한 공문에 의하면, 상업지역 편입일자는 1986.5.22. 이며, 재산세 과세내역과 관련하여 2015.7.29. 회신한 자료에 의하면, 쟁점토지는 도시지역(일반상업지역) 내 농지로 종합합산 과세대상으로 나타난다.

(5) 청구인의 근로소득은 1996년～1998년 OOO으로부터 OOO원 발생한 것으로 나타나며, 청구인의 사업 이력은 아래와 같고 사업소득과 OOO로부터 기타소득이 발생한 것으로 나타난다.

(6) 청구인은 쟁점농지를 8년 이상 자경하였으므로 8년 자경 감면 및 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세를 경정하여야 한다고 주장하면서 아래와 같이 증빙을 제출하였다. (가) 농지원부에 의하면, 쟁점토지의 지목은 전, 주재배작물은 두류이며, 자경으로 기재되어 있다. (나) OOO에서 발행한 거래자별 매출내역에 의하면, 청구인이 2010년부터 2015년까지 비료, 원예자재 등을 총 OOO원 상당을 구매한 것으로 나타난다. (다) 토지대장에 의하면, 쟁점토지는 1996.2.2. 구획정리 시행신고 되었다가 1998.8.25. 구획정리 시행신고 폐지된 사실이 나타난다. (라) 쟁점토지의 연도별 개별공시지가는 아래와 같다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지를 8년 이상 자경하였으므로 양도소득세 감면 및 장기보유특별공제 대상에 해당한다고 주장하나, 쟁점토지는 양도일 현재 OOO 소재의 동 지역에 있고 1986.5.22. 상업지역으로 지정되어 3년이 지난 농지로 확인되는 점, 쟁점토지는 민간사업방식으로 개발을 진행한 건이고, 토지개발사업의 지연 사유가 사업시행자에게 있는지 확인되지 아니하여 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 단서에서 규정한 농지로 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점토지는 청구인의 경작여부와 관계 없이 조세특례제한법 제69조 및 같은 법 시행령 제66조에 따른 감면대상 농지에 해당한다고 보기 어렵고, 소득세법 제104조의3 에서 규정한 비사업용 토지에 해당한다고 보이므로 청구주장을 받아들이기 어렵다 하겠다. 따라서 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.