조세심판원 심판청구 양도소득세

쟁점토지가 자경농지 감면 및 장기보유특별공제 대상인지 여부

사건번호 조심-2016-부-1122 선고일 2016.06.02

쟁점토지는 양도일 현재 동 지역에 있는 농지로서 상업지역에 편입되어 3년이 지났으며조세특례제한법 시행령제66조 제4항 제1호 단서 규정에 해당되는 것으로 보기도 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움

주 문

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 1993.7.19. 상속을 원인으로 취득한 OOO 전 506㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2015.2.10. 매매를 원인으로 양도하였고, 이에 대해 양도가액을 OOO원, 취득가액 OOO원으로 하여 2015.4.30. 2015년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였으나, 2015.6.18. 처분청에 조세특례제한법 제69조 에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면 및 장기보유특별공제를 적용하여 납부한 양도소득세 전액을 환급하여 달라고 경정청구를 하였다.
  • 나. 처분청은 쟁점토지는 도시지역 내의 토지로 상업지역 편입일로부터 3년이 경과한 농지에 해당하고, 보유기간 전체에 걸쳐 상업지역으로 지정되어 있으며, 청구인이 쟁점토지를 OOO 이상 자기노동력에 의하여 직접 경작하였는지 여부가 불분명하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면 및 장기보유특별공제 대상이 아닌 것으로 보아, 2015.8.20. 청구인에게 경정청구거부통지를 하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2015.11.16. 이의신청을 거쳐 2016.3.11. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 쟁점토지는 1986년 5월 상업지역으로 지정, 1996.2.2. 구획정리 시행신고되어 도시개발계획이 진행되었으나, 공공기관의 부득이한 사유로1998.8.25. 구획정리 시행신고폐지 등 도시개발계획이 지연되고 있는 지역으로, 청구인에게 귀책사유가 없고, 쟁점토지는 당초 전(과수원)으로 사업시행인정고시 당시 상업지역으로 지정되었을 뿐, 양도 당시 도시구획이 완료되지 아니하였을 뿐만 아니라, 상업지역으로 편입되었다면 개별공시지가가 상당히 상승되었을 것이나, 1990.8.30. 기준 개별공시지가가 OOO원이었고, 양도시점인 2015년도 개별공시지가는 OOO원으로 오히려 하락하였는바, 쟁점토지는 상업지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지로 볼 수 없다.

(2) 쟁점토지는 506㎡(약153평)로 청구인이 직접경작하기에 무리가 없는 규모로, 청구인은 쟁점토지를 취득 후 양도하기까지 약 22년 간 쟁점토지 소재지에 거주하면서 쟁점토지를 OOO 이상 자기노동력에 의하여 직접 경작하였고, 청구인이 쟁점토지에 농작물을 경작하기 위하여 지출한 종자, 자재, 비료 등 영농비용과 관련한 구체적이고 객관적인 서류 및 농지원부 등에 의하여 직접경작 사실을 확인할 수 있으며, 청구인은 타소득 등이 없이 농업에만 전념한 전업농인바, 쟁점토지에 대하여 8년 자경농지에 대한 양도소득세 감면 및 장기보유특별공제를 적용하여야 한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 상업지역으로 편입된 날이라 함은 국토의 계획 및 이용에 관한 법률의 규정에 따라 도시관리계획의 결정내용을 국토교통부장관이 관보에 고시한 날(시․도지사가 하는 경우에는 당해 시․도의 공보에 고시한 날)을 말하는 것인데, 쟁점토지 관련 OOO도시개발사업 구역지정 및 개발계획사업추진 경위를 확인한 바, 1986년 5월 OOO으로 지정되었고, 상업지역 편입일자 확인요청에 대하여 OOO에서도 쟁점토지의 상업지역 편입일자를 1986.5.22.로 회신하였으며, 쟁점토지의 재산세 과세내역에 대한 OOO 회신자료에 의하면, 쟁점토지를 분리과세 대상 농지가 아닌 도시지역(일반상업지역)내 농지로서 종합합산 과세대상 토지로 분류하고 있는 것으로 확인되는바, 쟁점토지는 양도일 현재 특별시, 광역시 또는 시에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역, 상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 경과한 토지에 해당하여 8년 자경농지에 대한 양도소득세 감면의 적용 대상이 아니다.

(2) 쟁점토지의 위성사진을 보면, 토지의 일부가 묘지인 것으로 확인되고, 나머지 부분도 경작 중인 토지로 보이지 아니하며, 농사를 지었다는 증빙서류가 실제 쟁점토지와 관련된 것인지 여부가 불분명하여 청구인이 쟁점토지를 OOO 이상 자기노동력에 의하여 직접 경작하였음을 인정하기는 어려우므로, 쟁점토지에 대하여 8년 자경농지에 대한 양도소득세 감면 및 장기보유특별공제를 적용해야 한다는 청구인의 주장을 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 8년 자경농지에 대한 양도소득세 감면 및 장기보유특별공제 대상 인지 여부
  • 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 ① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역등”이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그 밖의 법률에 의하여 환지처분 전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자"라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 “한국농어촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재소득세법제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시․광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{ 지방자치법 제3조 제4항 에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍․면 지역 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조 제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍․면 지역은 제외한다}에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역․상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

  • 가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 “대규모개발사업”이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역․상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우
  • 나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역․상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우
  • 다. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다) (3) 소득세법 제104조의3 【비사업용 토지의 범위】 ① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 “비사업용 토지”란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논․밭 및 과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

  • 가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.
  • 나. 특별시․광역시(광역시에 있는 군은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)․특별자치시(특별자치시에 있는 읍․면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)․특별자치도(제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조 제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍․면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시 지역(지방자치법제3조 제4항에 따른 도농 복합형태인 시의 읍․면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 호에서 같다)에 있는 농지. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하며 스스로 경작하던 농지로서 특별시․광역시․특별자치시․특별자치도 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다. (4) 소득세법 시행령 제168조의6 【비사업용 토지의 기간기준】 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

  • 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
  • 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
  • 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료의 주요 내용은 아래와 같다. (가) 경정청구 검토서에 의하면, 쟁점토지는 OOO 소재의 동 지역으로 1986.5.22. 상업지역으로 편입되어 3년이 경과한 농지이고, 청구인의 소유기간 전체가 상업지역에 포함되는 것으로 나타난다. (나) 처분청의 쟁점토지 상업지역 편입일자 확인요청과 관련하여 OOO은 2015.7.21. 상업지역 편입일자가 1986.5.22.임을 회신하였고, 재산세 과세내역 조회요청과 관련하여서는 도시지역(일반상업지역) 내 농지로 종합합산 과세대상임을 2015.7.29. 회신한 것으로 확인된다.

(2) 청구인이 제출한 증빙서류의 주요 내용은 아래와 같다. (가) 쟁점토지의 농지원부에 의하면, 지목은 전, 주 재배작물은 두류로 청구인이 자경한 것으로 되어 있다. (나) OOO에서 발행한 거래자별 매출상세내역에 의하면, 청구인은 2013.4.~2015.6. 비료, 원예자재 등을 구매한 것으로 나타난다. (다) 쟁점토지의 토지대장에 의하면, 쟁점토지는 1996.2.2. 구획정리 시행신고가 되었다가, 1998.8.25. 구획정리 시행신고 폐지된 사실이 나타난다. (라) 개별공시지가 확인원에 의하면, 쟁점토지의 개별공시지가는 1990년에 OOO원(공시일자 1990.8.30.), 2015년에 OOO원(공시일자 2015.5.29.)인 것으로 나타난다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지가 8년 자경농지에 대한 양도소득세 감면 및 장기보유특별공제 대상에 해당한다고 주장하나, 쟁점토지는 양도일 현재 OOO 소재의 동 지역에 있는 농지로서 1986.5.22. 상업지역에 편입되어 3년이 지난 농지로 확인되는 점, 쟁점토지가 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 단서에서 규정한 지역 안에 있는 농지에 해당되는 것으로 보기도 어려운 점, 쟁점토지의 위성사진상 경작중인 토지로 보기도 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)