쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2011.5.1. 개업하여 산업기계 및 밸브 제조업을 영위하는 법인으로, OOO 소재 공장의 신축공사(이하 “쟁점공사”라 한다)와 관련하여 2014년 제2기 과세기간 중 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)로부터 공급가액 합계 OOO원의 매입세금계산서 2매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다), 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)로부터 공급가액 합계 OOO원의 매입세금계산서 2매, 합계 OOO원의 매입세금계산서를 수취하고 관련 매입세액을 공제하여 신고하였다.
• 나. OOO세무서장(이하 “조사관서”라 한다)은 청구법인의 2014년 제2기 부가가치세 신고에 대한 환급현장확인을 실시하여, OOO가 쟁점공사의 원도급자이고 OOO은 하도급자이므로 쟁점세금계산서를 공급자가 다른 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하고 과세자료를 통보하자, 처분청은 이에 따라 2015.6.18. 청구법인에게 2014년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.9.16. 이의신청를 거쳐 2016.1.18. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 건설공사에 대한 경험이 없는 청구법인은 OOO와 건축공사의 도급 및 공장건설에 관한 모든 관리를 맡기는 PM계약(Project Manager계약)을 체결하였다가, OOO는 전문공사인 실내건축공사 면허만 보유하고 있어 종합건설면허가 필요한 쟁점공사를 도급받을 수 없는 사실을 확인하고, 2014.8.30. 당초 계약서를 변경하여 OOO와 계약금액 OOO원의 수정계약서(이하 “수정①계약서”이라 한다)를, OOO과는 계약금액 OOO원의 수정계약서(이하 “수정②계약서”라 하고, 수정①계약서과 합하여 “수정계약서”이라 한다)를 작성하고, 쟁점공사를 진행하였다. 따라서 쟁점공사의 실제 도급업자는 OOO이며, OOO는 프로젝트 매니저로서 청구법인이건설산업기본법에 따른 종합건설면허가 있는 OOO과 도급계약을 체결할 수 있도록 관리한 것이고, 대출금 지급 의뢰, 수령, OOO에 대한 공사대금의 집행 또한 마찬가지이므로 청구법인이 쟁점공사와 관련하여 OOO로부터 수취한 쟁점세금계산서는 사실과 부합하는 것임에도 해당 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 조사관서의 환급현장확인 이후 수정계약서를 제출하였으나, 이는 쟁점공사와 관련한 여신거래약정서, 유치권 포기확약서, 대출금지급의뢰서, 기성고명세서 등에 나타나는 사실관계와 일치하지 아니하여 믿기 어렵고 오히려 현장확인 중 제출된 당초 계약서가 사실관계에 부합하는 것으로 보이는바, 그렇다면 쟁점공사의 도급업자는 OOO이 아니라 OOO라 할 것이므로 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. (2) 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에 따라 세금계산서를 발급하려면 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서(이하 “전자세금계산서”라 한다)를 발급하여야 한다. 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (3) 건설산업기본법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

5. “종합공사”란 종합적인 계획, 관리 및 조정을 하면서 시설물을 시공하는 건설공사를 말한다.

6. “전문공사”란 시설물의 일부 또는 전문 분야에 관한 건설공사를 말한다. 제25조 【수급인 등의 자격 제한】

① 발주자는 공사내용에 상응하는 업종을 등록한 건설업자에게 도급하여야 한다.

② 수급인은 공사내용에 상응하는 업종을 등록한 건설업자에게 하도급하여야 한다.

③ 발주자 또는 수급인은 공사특성에 따라 제23조 제1항에 따라 공시된 시공능력과 공사실적, 기술능력 등을 기준으로 수급인 또는 하수급인의 자격을 제한할 수 있다. 제82조 【영업정지 등】

② 국토교통부장관은 건설업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 1년 이내의 기간을 정하여 그 건설업자(제5호의 경우 중 하도급인 경우에는 그 건설업자와 수급인을, 다시 하도급한 경우에는 그 건설업자와 다시 하도급한 자를 말한다)의 영업정지를 명하거나 영업정지를 갈음하여 그 위반한 공사의 도급금액(제3호의 경우에는 하도급금액을 말한다)의 100분의 30에 상당하는 금액(제5호의 경우에는 5억원) 이하의 과징금을 부과할 수 있다.

3. 제25조 제2항 및 제29조 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 하도급 제한을 위반한 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 쟁점공사와 관련하여 OOO로부터 수취한 쟁점세금계산서의 내역은 아래 <표>와 같다.

(2) 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분청이 입증자료로 제시한 현장확인 보고서, 당초 계약서, 여신거래약정서, 책임준공․시공권 및 유치권 포기확약서(이하 “확약서”라 한다), 금융계좌내역, 기성고명세서․청구서 등의 주요 내용은 다음과 같다. (가) 현장확인 보고서를 보면, 청구법인이 쟁점공사와 관련하여 제출한 당초 계약서와 공사대금흐름 (청구법인에서 OOO로OOO원 지급, OOO에서 OOO로 OOO원 지급)이 일치하는 반면, 환급현장확인일인 2015.2.26. 이후 추가로 제시한 청구법인과 OOO 간의 수정①계약서 및 청구법인과 OOO 간의 수정②계약서 는 대금흐름과 맞지 아니하여, 쟁점세금계산서 상의 매입세액을 불공제한 사실이 나타난다. (나) 청구법인과 OOO 간에 체결한 당초 계약서에 의하면, OOO는 쟁점공사와 관련하여 공사업체의 선정, 하자보수책임, 시공 및 공정관리 등 전반에 대한 관리를 수행하는 것으로 나타난다. (다) 확약서(2014.10.2., 공증인가)에 따르면, OOO가 OOO은행에게 쟁점공사의 시공사로서 책임을 지고 준공하고 유사시에는 시공권 및 유치권을 행사하지 아니할 것을 확약한 것으로 나타난다. (라) 청구법인이 OOO에게 공사대금을 지급하기 위하여 OOO은행에게 대출금지급의뢰서를 제출하며 첨부한 기성고명세서, 기성청구서 내용을 보면, OOO원을 OOO에게 지급하여 달라고 기재되어 있으며 대출금이 같은 날 OOO의 OOO은행 계좌로 송금된 사실이 나타난다.

(3) 청구법인은 OOO와 체결한 당초 계약을 변경하여 OOO는 쟁점공사의 프로젝트 매니저 및 내부공사 중 일부를 담당하며 OOO은 시공사로 도급받는 것으로 수정계약서를 작성하였다고 주장하면서 제시한 증빙인 수정계약서(2014.8.30.), 착공신고계약서, 하자보증보험증권(2015.4.10.발행)의 주요내용은 다음과 같다. (가) 수정①계약서(청구법인, OOO)와 당초 계약서를 비교하면 대부분의 내용은 동일하며 계약금액(OOO원), 계약일(2014.8.30.) 및 공사대금 지급 항목이 추가되었고, 원활한 시공관리를 위하여 OOO은행으로부터 전체 공사금액을 지급받아 별도로 계약을 체결한 시공업체인 OOO에게 지급한다’고 기재되어 있으며, 계약일반조건 제5조 제3항에 ‘공사의 범위는 시공사에서 하지 아니하는 모든 내부공사로 한다’는 내용이 추가되었고, 당초 계약서 제5조 제3항이 수정①계약서에는 같은 조 제4항으로 기재되어 있다. (나) 수정②계약서(청구법인, OOO)는 2014.8.30. 작성된 민간건설공사 표준도급계약서로 착공연월일이 2014.9.1.으로, 준공예정연월일이 2015.1.30.으로, 계약금액이 OOO원(부가가치세 별도)으로, 기타사항에 ‘공사대금은 PM업체인 OOO를 통하여 지급받는 것으로 한다’고 각 명시되어 있다. (다) 착공신고계약서는 2014.9.12. OOO경제자유구역청에 접수되었으며, 시공사는 OOO로, 도급계약일자는 2014.8.20.로, 도급금액은 OOO원(부가세 포함)으로 각 기재되어 있고 공사기간, 계약보증금, 선금, 계약일자 등은 없는 것으로 나타난다. (라) 이행보증보험증권을 보면, OOO이 2014.8.25. 피보험자를 청구법인으로 하여 건설공사계약에 따르는 하자보증을 하는 이행보증보험계약을 체결한 사실이 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 OOO이 쟁점공사의 도급업자이므로 쟁점세금계산서는 사실에 부합한다고 주장하나, 청구법인과 OOO가 작성한 당초 계약서에는 계약금액으로 쟁점공사의 전체 도급금액이 기재되어 있는 점, OOO에게 기성고에 따라 공사대금이 지급되면 OOO가 OOO에게 해당 공사대금을 지급한 점, 확약서 에 OOO가 쟁점공사의 시공사로 책임 하에 준공하고 직접적인 재산상 손해를 포함한 일체의 손해를 배상하겠다는 내용이 있는 점, 쟁점공사와 관련한 대금흐름 또한 당초 계약서와 동일하고 수정계약서는 현장확인일 이후에 제출한 것으로 신뢰하기 어려운 점 등에 비추어 OOO가 쟁점공사의 실질적인 도급업체로 보이므로 OOO로부터 발급받은 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.