청구종중이 법인세 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출하지 아니한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 부당함

[주 문] OOO장이 2015.9.23. 청구종중에게 한 2014사업연도 법인세 경정청구거부처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. OOO(이하 "청구종중"이라 한다)은 1920.1.1.에 결성되어 OOO 선조의 묘위수호, 종중재산의 관리, 선조의 문헌수집 및 홍보, 후손의 육영사업을 목적으로 하는 종중으로, 2014.4.14. 국세기본법제13조에 따른 법인으로 보는 단체로 지정 받았고, 2014.7.18. OOO 외 1필지 토지와 지상건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 OOO 주식회사에게 양도하고, 소득세법제92조에 따라 2014년 귀속 양도소득세 및 농어촌특별세 납부할 세액을 각각 OOO원으로 하여 양도소득 과세표준 신고 및 납부계산서를 작성․제출하고 세액을 납부하였다.
• 나. 청구종중은 쟁점부동산 양도소득에 대하여 법인세법제60조에 따라 2014사업연도 법인세 과세표준과 세액을 계산할 경우 납부할 세액이 OOO원이므로, 초과하여 납부한 세액(법인세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원)을 환급하여 줄 것을 2015.7.20. 처분청에 경정청구를 하였고, 처분청은 청구종중이 기제출한 신고서가 부동산등기용등록번호만이 기재된 양도소득세 신고서인바, 이를 법인세법제62조의2(이하 “쟁점과세특례규정”이라 한다)에 따른 양도소득과세표준 예정신고로 볼 수 없으므로, 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에 해당하여 위법한 경정청구라며 2015.9.23. 청구종중에게 경정청구거부통지를 하였다.
• 다. 이에 따라 청구종중은 2015.9.30. 처분청에 법인세 납부할 세액을 OOO원으로 하는 법인세 기한후신고서 및 2014년 귀속 양도소득세 기납부세액 전액의 환급을 구하는 경정청구서를 제출하였고, 처분청은 법인세법제60조에 의하여 과세표준 신고를 하지 아니한 부동산 등의 양도소득은 소득세법 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다며, 2015.11.27. 청구종중에게 경정청구거부통지를 하는 한편, 2014년 귀속 양도소득세 및 농어촌특별세를 전액 감액경정․환급결의하고, 2014사업연도 법인세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 결정하여 환급세액으로 이를 충당하였다.
• 라. 청구종중은 이에 불복하여 2015.12.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구종중 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구종중 주장

(1) 신고행위의 하자가 중대하고 명백하여 당연무효에 해당하는지 여부에 대해서는 신고행위의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 등을 고려하여 합리적으로 판단하여야 한다. 청구종중은 법인으로 보는 단체로 승인받았는바, 양도소득세 신고가 아닌 법인세 신고를 하였어야 하나, 단순한 서식적용의 실수로 양도소득세 신고서를 제출한 것 뿐이고, 비록, 청구종중이 양도소득세 신고서에 고유번호를 기재하지 아니하였다 하더라도, 대표자의 인적사항이 기재된 용지매매 계약서를 신고서에 첨부하여 제출하였는바, 처분청은 청구종중이 법인으로 보는 단체에 해당함을 알 수 있었으며, 신고서식이 양도소득세 신고서였다고 하더라도 신고의 주체가 청구종중이라는 사실과 쟁점과세특례규정을 적용하였다는 사실에는 변함이 없으므로 청구종중이 쟁점과세특례규정에 따라 적법하게 양도소득과세표준 예정신고를 한 것으로 봄이 타당하다. 또한, 비영리법인의 자산양도소득에 대해 쟁점과세특례규정에 따라 양도소득과세표준 예정신고․납부한 경우, 법인세법 제60조 에 따른 방법으로 경정청구할 수 있는바(조심 2015중2337, 2015.9.7. 같은 뜻임), 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에 해당한다며 청구종중의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

(2) 쟁점과세특례규정은 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리법인의 자산양도소득에 대한 법인세 부담이 양도소득세보다 과중해지지 아니하도록 하고, 기장과 세무신고능력이 부족한 비영리법인의 납세절차를 간소화시켜 주는 것을 취지로 하는 규정으로, 비영리법인인 납세자가 법인세 대신 소득세법에 따라 계산한 양도소득세를 선택할 수 있도록 하는 규정인바, 쟁점과세특례규정 제2항은 과세특례를 적용받고자 할 때에 그 세액을 계산하는 방법을 규정한 것에 불과하다. 또한, 쟁점과세특례규정을 적용받기 위해서는 반드시 양도소득세규정을 준용하여 양도일이 속한 달의 말일로부터 2개월 이내에 양도소득과세표준 예정신고․납부하여야 하고, 예정신고기한이 경과한 자산에 대하여는 법인세법 제60조 의 규정에 따라 신고를 하여야 하는 것인데, 법인세법 제60조 의 규정에 따라 신고하지 아니하였으므로 쟁점과세특례규정을 적용하여야 한다는 처분청의 해석은 모순이다. 따라서, 기한후신고의 경우 법인세법 제60조 의 규정에 따라 신고할 수 없는 것으로 보아 청구종중의 2014사업연도 법인세를 결정하고, 과다납부한 양도소득세의 환급을 거부한 처분은 명백히 법해석을 오해한 위법한 처분이다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구종중이 당초 법인의 고유번호를 기재하지 아니하고 부동산등기용등록번호만을 기재하여 한 양도소득세 과세표준신고는 양도소득세로서 납부하여 신고시인된 것으로, 이를 비영리법인의 자산양도소득에 대한 쟁점과세특례규정에 따른 양도소득과세표준 예정신고로 볼 수 없는바, 청구종중은 법인세 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출하지 아니하였으므로 법인세 경정청구 대상으로 볼 수 없다.

(2) 쟁점과세특례규정 제2항에 의하면 법인세법제60조에 의하여 과세표준 신고를 하지 아니한 부동산 등의 양도소득은 소득세법 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 양도소득세의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 하는 것으로 규정되어 있고, 기한후신고의 경우에는 법인세법제60조에 의하여 과세표준 신고를 하지 아니한 경우에 해당하므로 소득세법 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 세액을 법인세로 납부함이 타당하여 환급할 세액은 없다.

• 가. 쟁점

① 청구종중이 법인세 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출하지 아니한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

② 쟁점부동산 양도소득에 대하여 법인세법 제62조의2 를 적용하여 법인세를 결정․충당한 처분의 당부

• 나. 관련 법령 등 (1) 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체】 ① 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체(이하 “법인격이 없는 단체”라 한다) 중 다음 각 호의 1에 해당하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단ㆍ재단 기타 단체외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단ㆍ재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단ㆍ재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단ㆍ재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것

3. 사단ㆍ재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

③ 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체는 그 신청에 대하여 관할세무서장으로부터 승인을 얻은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간종료일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자 또는 관리인이 이행하여야 한다. 제14조【실질과세】 ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. 제45조의2【경정 등의 청구】 ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 제51조 【국세환급금의 충당과 환급】① 세무서장은 납세의무자가 국세·가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부․이중납부로 인한 환급청구는 대통령령으로 정하는 바에 따른다. (2) 법인세법 제1조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "내국법인"(內國法人)이란 국내에 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 법인을 말한다.

2. "비영리내국법인"이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

• 다. 국세기본법 제13조 제4항 에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다) 제2조【납세의무】 ① 다음 각 호의 법인은 이 법에 따라 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다.

제60조【과세표준 등의 신고】 ① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 제62조의2【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】① 비영리내국법인(제3조 제3항 제1호에서 규정하는 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제3항 제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다. 1.소득세법제94조 제1항 제3호에 해당하는 주식등과 대통령령으로 정하는 주식등

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다) 3.소득세법제94조 제1항 제2호 및 제4호의 자산

② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는소득세법제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조 제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의 2를 적용하지 아니한다.

⑦ 제2항에 따라 계산한 법인세는 소득세법 제105조 부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 소득세법 제112조 및 제112조의2를 준용한다. (3) 법인세법 시행령 제99조의2 【비영리내국법인의 자산양도소득 과세특례】⑤ 비영리내국법인이 법 제62조의2 제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 한 경우에도 법 제60조제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 할 수 있다. 이 경우 예정신고납부세액은 법 제64조의 규정에 의한 납부할 세액에서 이를 공제한다.

⑥ 법 제62조의2 제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고를 하는 경우에는 기획재정부령이 정하는 양도소득과세표준예정신고서를 제출하여야 한다. (4) 법인세법 시행규칙 제82조 【서식】① 법인세 및 법인세에 부가되는 농어촌특별세의 신고 및 납부에 관한 서식은 다음 각 호와 같다.(후단 생략) 56의2. 영 제99조의2 제6항의 규정에 의한 별지 제57호의2 서식의 비영리내국법인의 양도소득과세표준예정신고서

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 소득세법 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 처분청의 2014사업연도 법인세 및 농어촌특별세 결정결의내역(양도소득세 당초 신고 내역도 이와 같다)은 아래 <표1>과 같고, 취득가액, 양도가액, 과세표준, 산출세액 등에 대하여는 청구종중과 처분청간에 다툼이 없다. <표1> 처분청의 결정결의내역

(2) 청구종중의 2014사업연도 법인세 경정청구(기한후신고의 내용도 이와 같다) 내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 기한후신고 내역

(3) 청구종중이 처분청에 제출한 양도소득 과세표준 신고 및 납부계산서(소득세법 시행규칙 별지 제84호 서식) 상 신고인란 및 해당 신고서에 첨부하여 제출한 용지매매 계약서에 기재된 신고인 정보는 아래와 같다. (가) 양도소득 과세표준 신고 및 납부계산서 신고인란 기재 내용 (나) 용지매매 계약서 기재 내용

(4) 청구종중은 2014.4.14. OOO장으로부터 법인으로 보는 단체로 승인받았고, <법인으로 보는 단체의 승인여부통지서> 및 <법인으로 보는 단체의 국세에 관한 의무이행자 지정통지서>의 주요 내용은 아래와 같다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 처분청은 청구종중이 부동산등기용등록번호만을 기재하여 양도소득세 과세표준신고를 한 것을 근거로 한 청구종중의 2014사업연도 법인세 경정청구는 법인세 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출하지 아니한 경우에 해당하여 위법한 경정청구라는 의견이다. (나) 청구종중은 법인으로 보는 단체로 승인받은 이후 쟁점부동산을 양도하였고, 양도소득 과세표준 신고 및 납부계산서에 양도부동산 정보, 양도가액 등을 모두 기재하여 과세관청에 신고를 하였으며, 신고서식이 바뀌었을 뿐, 법인세법 제62조의2 와 같은 방법으로 계산된 세액을 처분청에 납부한 것으로 확인된다. (다) 청구종중이 처분청에 제출한 양도소득 과세표준 신고 및 납부계산서에 첨부된 용지매매계약서에 청구종중의 명칭, 대표자의 인적정보 등이 모두 기재되어 있어, 양도소득 과세표준 신고의 주체가 청구종중이었음이 객관적으로 확인 가능하고, 처분청 역시 청구종중이 법인으로 보는 단체에 해당함을 알 수 있었던 것으로 보인다. (라) 따라서, 청구종중은 법인세법제60조에 따라 법인세를 신고․납부한 것으로 볼 수 있으므로, 처분청이 청구종중의 2014사업연도 법인세 경정청구를 위법한 경정청구로 보아 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(6) 쟁점②는 쟁점①에서 청구종중의 2014사업연도 법인세 경정청구가 적법한 것으로 받아들여져 심리의 실익이 없으므로, 심리를 생략한다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.