자경농지에 대한 감면요건을 충족하는 지 여부 등

OOO세무서장이 2016.7.5. 청구인에게 한 2015년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 경상북도 OOO 전 1,369㎡ 토지(병합 후 366-2 1,112.3㎡ 및 366-3 256.7㎡로 각 지번변경)에 대한 장기보유특별공제 적용 관련 심판청구는 각하하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구인(1952년생)은 <표1>과 같이 병합된 경상북도 OOO 전 3,129㎡ 및 366-3 전 722㎡(이하 366-2와 366-3을 합하여 “쟁점토지”라 한다)를 2015.8.24. 주식회사 OOO 외 1명에게 양도한 후 2015.10.20. 쟁점토지 중 병합 전 366-2 전 1,369㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다)의 경우 취득가액을 OOO원으로, 병합 전 367번지 1,269㎡ 및 368번지 1,213㎡(이하 ‘367번지 1,269㎡’ 및 ‘368번지 1,213㎡’을 합하여 “쟁점②토지”라 한다) 합계 2,482㎡의 경우 8년 이상 자경하였다 하여 ｢조세특례제한법｣ 제69조 에 규정의 자경농지에 대한 감면을 신청하여 양도소득세 예정신고를 하였다.
• 나. 처분청은 2016.3.2.부터 2016.3.25.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 쟁점①토지의 경우 2008.8.4. 청구인의 아들인 김OOO로부터 취득한 것으로 취득가액을 취득 당시 ｢상속세 및 증여세법｣상 평가액 OOO원을 적용하는 한편, 쟁점②토지의 경우 8년 이상 자경요건을 충족하지 못한 것으로 보아 자경농지에 대한 감면을 배제하여 청구인에게 2016.7.5. 2015년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2016.9.1. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 쟁점②토지는 1980년경 청구인이 취득하여 30여년 과수농사와 채소농사를 짓다가 경상북도 OOO 1,269㎡ 부분은 청구인의 중증 치매증상으로 농작물을 경작할 수 없게 됨에 따라 2011년 11월에 건설자재 보관장소로 556㎡를 임대하였으나 임차인이 청구인의 치매 증상과 토지경계 구분이 어려운 점을 악용하여 임의로 약 713㎡를 초과하여 무단 점용하면서 쟁점토지 양도시까지 불법적으로 사용함에 따라 농작물을 경작할 수 없었고, 경상북도 OOO 1,213㎡ 부분은 청구인이 치매증상으로 농기계를 사용할 수 없게 되어 일시에 넓은 면적의 농사는 짓지 못하고 쉬운 경작물을 2014년까지 텃밭 수준으로 직접 경작하여 농산물을 가족들에게 나눠 주는 등 청구인은 쟁점②토지를 8년 이상 자경하였으므로 ｢조세특례제한법｣ 제69조 에 규정의 자경농지에 대한 감면을 적용하여야 한다.

(2) 쟁점①토지의 경우 청구인의 자녀인 김OOO가 1996.3.25. 취득하였는바, 청구인이 쟁점①토지를 계속 경작하다가 2008.8.4. 청구인 명의로 소유권이 이전되었고, 청구인이 치매증상으로 직접 농작물을 경작할 수 없게 되어 2011년 11월부터 건설자재 보관장소로 전부 임대하고 있는바, 당초 청구인이 쟁점토지 양도소득세 예정신고 당시 쟁점①토지 부분은 비사업용 토지로 분류하여 장기보유특별공제 적용을 배제하였으나, ｢소득세법｣ 제104조의3 및 같은 법 시행령 제168조의6 규정 등에 따라 청구인이 7여년 전부터 의사능력이 없는 중증 치매환자로서 농작물을 직접 경작할 수 없어 건설자재 보관장소로 임대운영한 것이므로 장기보유특별공제를 적용하여야 한다.

(3) 쟁점①토지는 청구인이 2008.8.4. 아들인 김OOO로부터 취득하였는바, 처분청이 당초 청구인이 김OOO로부터 쟁점①토지를 무상으로 증여받은 것으로 보아 증여세를 과세하였다가 청구인의 이의신청시 쟁점①토지 양도와 관련하여 승계된 채무를 인정하여 증여세를 경정하라는 취지의 결정이 있었으므로 청구인과 김OOO 간의 쟁점①토지 등 매매계약서상 매매가액인 OOO원을 취득가액으로 적용하여야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 쟁점②토지의 경우 매수인 주식회사 OOO 대표이사 윤OOO의 진술, 포털사이트(구글 및 다음)의 인공위성 사진에 의하면 양도 당시 야적장, 주차장, 고물상으로 이용된 사실이 나타나고, 쟁점②토지는 1994.5.24. 도시지역(일반공업지역)에 편입되어 청구인과 김OOO가OOO 및 OOO이라는 상호로 해당 지번에 사업자등록한 사실이 나타나는 등 양도 당시 농지에 해당되지 않아 ｢조세특례제한법｣ 제69 조에 규정의 자경농지에 대한 감면을 배제하여 과세한 처분은 정당하다.

(2) 청구인은 쟁점①토지가 장기보유특별공제 적용대상이나 당초 예정신고시 동 공제를 적용하지 아니하였다고 주장하나, 처분청은 쟁점①토지에 대해서는 하치장 등으로 비사업용 토지에 해당되지 않는 점을 인정하여 장기보유특별공제를 적용하여 쟁점토지 양도소득세를 경정하였다.

(3) 쟁점①토지의 경우 청구인이 청구인의 아들인 김OOO로부터 일부 채무를 부담하는 조건으로 무상으로 이전받은 것으로 부동산 매매계약서에 기재된 쟁점①토지 거래가액 OOO원을 특수관계인 간의 거래가액으로서 시가로 볼 수 없고, 취득 당시 쟁점①토지의 ｢상속세 및 증여세법｣에 따른 보충적 평가액인 OOO원과 당해 재산에 담보하는 채권액 OOO원, OOO원) 중 큰 금액인 OOO원을 쟁점①토지의 양도가액으로 적용하여 김OOO에게 양도소득세를 과세한 사실이 있으므로 쟁점①토지 취득가액으로 OOO원을 적용하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점

① 쟁점②토지가 자경농지에 대한 감면요건을 충족하는지 여부

② 쟁점①토지는 비사업용 토지에 해당되지 아니하므로 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

③ 쟁점①토지 취득가액으로 청구인이 아들과 체결한 부동산매매계약서상 거래가액을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2015.12.15 법률 제13560호로 개정되기 전의 것) 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 ｢한국농어촌공사 및 농지관리기금법｣에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역 등"이라 한다)에 편입되거나 ｢도시개발법｣ 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2015.12.15 법률 제13560호로 개정되기 전의 것) 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】④ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 ｢소득세법 시행령｣ 제162조 의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. (후단 생략)

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다. (3) 소득세법 제104조의3 【비사업용 토지의 범위】① 제96조 제2항제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논·밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

• 가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, ｢농지법｣이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

• 다. 토지의 이용 상황, 관계 법률의 의무 이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. (4) 소득세법 시행령 제168조의6【비사업용 토지의 기간기준】법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

• 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. 제168조의7【토지지목의 판정】법 제104조의3의 규정을 적용함에 있어서 농지ㆍ임야ㆍ목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다. 제168조의8【농지의 범위 등】③ 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 단서에서 "｢농지법｣이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지의 경우를 말한다.

7. 소유자(제154조 제6항의 규정에 따른 가족 중 소유자와 동거하면서 함께 영농에 종사한 자를 포함한다)가 질병, 고령, 징집, 취학, 선거에 의한 공직취임 그 밖에 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유로 인하여 자경할 수 없는 경우로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 토지

• 가. 당해 사유 발생일부터 소급하여 5년 이상 계속하여 재촌하면서 자경한 농지로서 당해 사유 발생 이후에도 소유자가 재촌하고 있을 것. 이 경우 당해 사유 발생당시 소유자와 동거하던 제154조 제6항의 규정에 따른 가족이 농지 소재지에 재촌하고 있는 경우에는 그 소유자가 재촌하고 있는 것으로 본다.
• 나. ｢농지법｣ 제23조 에 따라 농지를 임대하거나 사용대할 것 제168조의11【사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위】① 법 제104조의3 제1항 제4호 다목에서 "거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

7. 하치장용 등의 토지 물품의 보관ㆍ관리를 위하여 별도로 설치ㆍ사용되는 하치장ㆍ야적장ㆍ적치장 등(｢건축법｣에 따른 건축허가를 받거나 신고를 하여야 하는 건축물로서 허가 또는 신고없이 건축한 창고용 건축물의 부속토지를 포함한다)으로서 매년 물품의 보관ㆍ관리에 사용된 최대면적의 100분의 120이내의 토지 (5) 농지법 제23조 【농지의 임대차 또는 사용대차】①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 외에는 농지를 임대하거나 사용대(使用貸)할 수 없다.

3. 질병, 징집, 취학, 선거에 따른 공직취임, 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유로 인하여 일시적으로 농업경영에 종사하지 아니하게 된 자가 소유하고 있는 농지를 임대하거나 사용대하는 경우

4. 60세 이상이 되어 더 이상 농업경영에 종사하지 아니하게 된 자로서 대통령령으로 정하는 자가 소유하고 있는 농지 중에서 자기의 농업경영에 이용한 기간이 5년이 넘은 농지를 임대하거나 사용대하는 경우

② 제1항에도 불구하고 농지를 임차하거나 사용대차한 임차인 또는 사용대차인이 그 농지를 정당한 사유 없이 농업경영에 사용하지 아니할 때에는 시장·군수·구청장이 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 임대차 또는 사용대차의 종료를 명할 수 있다. (6) 상속세 및 증여세법 제66조 【저당권 등이 설정된 재산 평가의 특례】다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재산은 제60조에도 불구하고 그 재산이 담보하는 채권액 등을 기준으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액과 제60조에 따라 평가한 가액 중 큰 금액을 그 재산의 가액으로 한다.

1. 저당권, ｢동산ㆍ채권 등의 담보에 관한 법률｣에 따른 담보권 또는 질권이 설정된 재산 (7) 국세기본법 제55조 【불복】① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 ‘양도소득세 조사 종결보고서’의 주요 내용은 다음과 같다. (가) 취득가액의 경우 쟁점①토지의 취득가액으로 OOO원(취득가액 OOO원, 취․등록세 OOO원)으로 신고하였으나, 2008.8.4. 청구인의 아들인 김OOO(1965년생)로부터 증여받은 부동산으로 증여세 결정 당시의 평가액인 OOO원과 취․등록세 OOO원 합계 OOO원으로 결정한 것으로 되어 있고, 양도가액의 신고내용은 적정한 것으로 되어 있다. (나) 장기보유특별공제 검토내역은 다음과 같다. (단위: ㎡, 백만원)

1. 쟁점①토지의 경우 취득일부터 양도일까지 재활용 폐자원의 수집 및 보관에 사용되는 토지인 하치장, 적치장에 사용되어 사업용 토지에 해당됨에 따라 장기보유특별공제를 추인한 것으로 되어 있다.

2. 경상북도 칠곡군에 문의한바 쟁점토지는 2015년 이전에는 분리과세(농지) 대상토지로 분류되어 재산세가 과세된 사실을 확인한 것으로 되어 있다. (다) 자경농지에 대한 감면요건에 대한 검토내용은 다음과 같다.

1. 감면요건과 쟁점토지에 대한 조사결과는 다음과 같다.

2. 쟁점토지는 1994.5.24. 도시지역(일반공업지역)에 편입된 농지로서 각 지번별(병합전) 사업자등록 현황 및 포털사아트(다음, 구글)의 인공위성 사진상 토지이용상황은 다음과 같다. <표2> 쟁점토지상 사업자등록 내역 <표3> 포털사이트(다음, OOO)의 쟁점토지 인공위성 사진촬영 내역

• 가) 쟁점토지 양도일 현재 쟁점①토지 및 쟁점②토지 중 367번지는 고물상 사업자등록이 되어 있고, 인공위성 사진상으로도 고물 적재 및 컨테이너 등이 설치되어 있어 양도일 현재 농지로 볼 수 없다고 되어 있다.
• 나) 쟁점②토지 중 368번지 일부에 고물(400㎡)이 적재되어 있고, 나머지는 주택 및 나대지로 확인되며, 2008.8.26.부터 2011.11.29.까지는 OOO이라는 상호의 고물상으로 사업자등록이 되어 있는 사실이 나타나 양도일 현재 농지로 볼 수 없는 것으로 되어 있다.
• 다) 2016.3.7. 15:00 쟁점토지 양수자인 주식회사 OOO 대표이사 윤OOO에게 확인한바, 쟁점토지 지상에 고물 야적장, 주차장, 컨테이너가 설치되어 있어 고물상으로 이용되고 있었고, 안쪽(368번지)에는 폐허 비슷한 주택이 있었으며, 일부 면적에 나무 등이 식재되어 있었다고 진술한 것으로 되어 있다.
• 라) 청구인은 1988년부터 양도일까지 쟁점토지 소재지에 거주한 사실이 주민등록등본에 의해 확인된다고 되어 있다.
• 마) 쟁점토지의 8년 이상 자경여부를 조사한 결과 쟁점①토지의 경우 2008.8.4. 취득 전부터 OOO,OOO 등 고물상으로 사용되어 8년 이상 자경요건을 충족하지 못하는 것(쟁점토지 양도소득세 예정신고시에도 감면신청하지 아니함)으로 되어 있고, 쟁점②토지의 경우 취득 이후 복숭아, 사과를 재배하였으나, 양도일부터 수년 전부터 고물상, 나대지 상태로 되어 있어 양도일 현재 농지에 해당되지 않는 것으로 되어 있다.

(2) 처분청이 제시한 이 건 경정결의서에 의하면 청구인은 당초 예정신고시 장기보유특별공제액을 OOO원으로 산정하였으나, 처분청은 장기보유특별공제액을 OOO원으로 산정하여 세액을 경정한 사실이 나타난다.

(3) 청구인은 치매환자로서 쟁점토지를 직접 경작할 수 없어 부득이 하게 임대운영하였다고 주장하며, 대구파티마병원에서 2016.4.28. 발급한 청구인의 진단서를 제시하였는바, 임상적 추정으로 ‘상세불명의 알츠하이머병에서의 치매’로 기재되어 있고, 국민건강보험공단이 2015. 11.7. 발행한 장기요양인정서에 의하면 장기요양등급 ‘4등급’으로 기재되어 있으며, 청구인의 대구은행 통장 사본, 쟁점토지 임차계약서(임차기간: 2011.11.1.～2013.10.30., 보증금 OOO원, 임대료 월 OOO원으로) 사본을 각 제시하였다.

(4) 먼저, 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점②토지는 자경농지에 대한 감면을 적용하여야 한다고 주장하나, ｢조세특례제한법 시행령｣ 제69조 제5항 에서 자경농지에 대한 감면을 적용받은 농지는 ｢소득세법 시행령｣ 제162조 에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다고 규정하고 있는바, 처분청이 제시한 양도일 현재 쟁점②토지의 인공위성 사진에 의하면 나대지 상태였던 사실이 나타나고, 쟁점②토지 소재지에 사업자등록된 내역에 의하면 폐자원 수집 등의 사업에 사용된 것으로 보이며, 청구인도 쟁점②토지 양도일 현재 임대운영한 사실을 인정하고 있는 점 등에 비추어 쟁점②토지가 양도일 현재 농지에 해당되지 않는다고 보아 자경농지에 대한 감면을 배제하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(5) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점①토지에 대해 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장하나, ｢국세기본법｣ 제55조 제1항 에서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 심판청구 등을 제기하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다고 규정하고 있는바, 처분청은 양도소득세 경정시 쟁점①토지에 대해 장기보유특별공제를 적용한 사실이 경정결의서로 확인되므로 불복청 구의 대상이 되는 처분이 존재하지 아니하는 부적법한 청구로 판단된다.

(6) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점①토지 취득가액으로 부동산매매계약서상 가액인 OOO원을 적용하여야 한다고 주장하나, 청구인은 쟁점①토지를 일부 채무를 부담하는 조건으로 양수한 것으로 동 부동산매매계약서상 매매가액 대금의 수수가 없었으므로 동 가액을 실지거래가액으로 볼 수 없는 점, 청구인과 쟁점①토지 양도인 김OOO는 특수관계인에 해당되어 청구인이 제시하는 매매계약서상의 매매가액을 그대로 실지거래가액으로 인정하기 어려운 점, ｢상속세 및 증여세법｣에 따라 평가한 가액을 적용하여 청구인에게 증여세를, 김OOO에게 양도소득세를 과세한 처분에 대해 불복을 제기한 사실이 없는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점①토지 취득가액으로 OOO원을 적용하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하거나 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조, 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.