소득금액을 추계조사 경정하여야 한다는 청구주장의 당부 등

[주 문] OOO장이 2016.6.7. 청구인에게 한 2012년 귀속 종합소득세 OOO원(2016.9.9. OOO원으로 직권 감액경정됨)의 부과처분은 신고불성실가산세 감액 및 중소기업에 대한 특별세액감면에 대한 심판청구는 이를 각하하고, 나머지 심판청구는 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2011.9.21.부터 ‘OOO’이라는 상호로 OOO에서 전기공사 건설업을 운영하면서 OOO․OOO(OOO)로부터 2012년 중 공급가액 합계 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)의 세금계산서(2012년 제1기 OOO원 및 2012년 제2기 OOO원이며, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취한 후 2013.5.31. 간편장부에 의해 2012년 귀속 종합소득세를 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 쟁점세금계산서가 가공자료로 확인되었다 하여 쟁점금액을 가공매입금액으로 보아 필요경비 부인하고 2016.6.7. 청구인에게 2012년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2016.8.24. 심판청구를 제기하였다.
• 라. 처분청은 2016.9.9. 청구주장 중 신고불성실가산세가 중복적용되었고조세특례제한법제7조에 따른 중소기업에 대한 특별세액감면이 미반영되었다는 주장을 받아들여 직권으로 위 고지세액을 OOO 원으로 감액경정하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 2012년 귀속 종합소득세 과세표준을 계산함에 있어 쟁점금액이 주요경비에서 차지하는 비율이 높으므로, 이 건 처분은 추계조사경정하여야 한다. 청구인의 2012년 귀속 종합소득세 신고 내역 및 처분청의 경정 내역은 다음 <표1>과 같은바, 당기제조비용 OOO원 중 노무비 OOO원을 차감한 OOO원 중 필요경비 부인액인 쟁점금액이 차지하는 비중이 OOO%로 과도하다. <표1> 청구인의 신고 내역 및 처분청의 경정 내역 처분청은 청구인의 2012년 귀속 종합소득세 신고서상 당기제조비용 OOO원에서 쟁점금액이 차지하는 비율이 OOO%인바, 이를 사업이 불가능할 정도로 볼 수 없다는 의견이나, 청구인과 같이 영세한 소사업자에 있어 위 비율은 과도하게 높다. 따라서, 이는 소득세법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24356호로 개정되기 전의 것) 제14조 제1항 제1호에 따라 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당한다 할 것이므로, 이 건 처분은 과세표준 및 세액을 추계조사경정하는 것이 타당하다. 한편, 이 건 처분의 경우 소득률은 OOO%로 당초 신고소득률인 OOO%에 비해 과도하게 높아지므로, 소득률의 측면에서 보더라도 타당성이 없다. (2) 이 건 처분에 있어 신고불성실가산세가 중복적용되었고 중소기업에 대한 특별세액감면이 미적용되었으므로, 이를 반영하여 이 건 처분을 감액경정하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 (1) 청구인의 2012년 귀속 종합소득세 신고서상 총수입금액은 OOO원인바, 이는 청구인의 2012년 부가가치세 신고서상 매출세금계산서 금액인 2012년 제1기 OOO원 및 2012년 제2기 OOO원(거래상대방의 신고 내역과 일치한다)의 합계액에 전자세금계산서 발급 세액공제액 OOO원을 합한 금액과 일치한다. 청구인의 2012년 귀속 종합소득세 신고서상 필요경비 중 노무비 OOO원은 청구인이 2012년 분기별 정기신고시 제출한 일용근로지급명세서상 금액 제1기분 OOO원과 일치한다. 청구인은 비치․기장한 장부와 증빙서류로 간편장부를 기장하여 과세표준을 신고하였고 장부상 총수입금액인 매출내역 및 주요경비의 내역이 청구인의 부가가치세 신고 자료 및 지급명세서에 의해 확인되는바, 처분청은 이를 기준으로 쟁점금액을 제외 한 나머지 필요경비를 전액 인정하여 종합소득세를 경정․고지하였다. 청구인은 2012년 귀속 종합소득세 신고서상 노무비를 제외한 당기제조비용(재료비+경비) OOO원에서 가공매입금액인 쟁점금액이 차지하는 비율이 OOO%로 지나치게 높다고 주장하나, 건설업의 특성상 노무비에 해당하는 비율이 높고 매출원가에 포함되는 노무비를 당기제조비용에서 제외할 수 없는바 이 경우 당기제조비용(①+②+③) OOO원에서 쟁점금액 OOO원이 차지하는 비율은 OOO%로 부인된 가공매입금액으로 인해 사업이 불가능하다고 볼 수 없다. 이 건과 같이 청구인이 비치․기장한 장부와 증빙서류로 과세표준을 신고하였다면 수입금액 누락에 대응하는 필요경비를 청구인이 기장한 장부와 증빙서류 등을 통하여 입증하여야 할 것인바, 청구인이 그 필요경비를 확정할 수 없다 하여 추계조사방법에 따라 소득금액을 경정할 수는 없다. 청구주장과 같이 이 건 처분을 추계경정한다면, 청구인이 가공매입금액 OOO원(쟁점금액)에 대해 아무런 증거자료를 제출하지 않았음에도 필요경비 OOO을 추가로 인정하게 되어 산출세액이 OOO원 감소할 것으로 보이는바, 장부와 증빙서류에 의해 성실하게 신고의무를 이행한 납세자를 역차별하는 결과에 이르게 된다. (2) 처분청은 청구인의 이 건 심판청구 제기 후 청구주장을 받아들여 2016.9.9. 신고불성실가산세를 감액하고 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하여 이 건 처분을 감액경정하였으므로, 이에 대한 청구주장은 이유 없다.

① 소득금액을 추계조사경정하여야 한다는 청구주장의 당부

② 신고불성실가산세가 중복적용되었고 중소기업에 대한 특별세액감면을 배제한 것은 부당하다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인의 거래처인 OOO․OOO(OOO)에 대한 OOO장의 부가가치세 조사종결 보고서(2015년 4월)에 따르면, OOO장은 OOO․OOO가 2012년 제1기 및 2012년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 청구인에게 발급한 쟁점세금계산서를 가공의 세금계산서로 확정한 것으로 나타난다. (2) 처분청의 답변서 및 경정결의서 등에 따르면, 청구인은 2012년 귀속 종합소득세 신고시조세특례제한법제7조에 따른 중소기업에 대한 특별세액감면을 신청하여 감면받았고, 처분청은 같은 법 제128조에 따른 추계과세시 감면배제 요건을 오인하여 이 건 처분시 위 감면을 배제하였다가 2016.9.9. 신고불성실가산세의 이중부과 및 중소기업에 대한 특별세액감면 배제를 시정하여 직권으로 이 건 처분을 감액경정(이로 인해 세액이 OOO원으로 감액되었다)한 것으로 나타난다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점① 및 쟁점②를 살피건대, 청구인은 이 건이 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당하므로 소득금액을 추계조사경정하여야 한다고 주장하나, 종합소득세의 과세표준과 세액은 실지조사방법에 따라 결정하는 것이 원칙이고 추계조사방법은 예외적인 경우에만 허용되는 것이므로 납세자가 비치ㆍ기장한 장부나 증빙서류 중 일부에 허위로 기재된 부분이 포함되어 있다 하더라도 이를 제외한 나머지의 부분이 모두 사실에 부합한다면 추계조사방법이 아닌 실지조사방법에 따라 소득금액을 결정하는 것이 타당하다 할 것인바, 2012년 귀속 총수입금액이 청구인의 부가가치세 신고서상 공급가액 및 거래상대방의 신고 내역과 일치하고 필요경비 중 노무비 및 인건비가 지급명세서상 금액과 일치하는 등 쟁점금액을 제외한 나머지 금액이 기타 증빙자료에 의해 확인되는 점, 청구인은 쟁점금액의 지출 사실을 입증할 수 있는 어떠한 증빙자료도 제출하지 못하고 있는바, 청구주장을 인정하여 소득금액을 추계조사경정하는 경우 지출 여부가 확인되지 아니한 쟁점금액 중 상당 부분을 인정하는 결과를 초래하게 되는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. 다만, 처분청은 청구인의 이 건 심판청구일 이후인 2016.9.9. 신고불성실가산세가 중복적용되었고 중소기업에 대한 특별세액감면이 미반영되었다는 청구주장을 받아들여 이 건 처분을 직권으로 감액경정OOO하였는바, 이에 대한 심판청구는 불복의 대상이 존재하지 아니하는 부적법한 청구에 해당한다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하거나 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 소득세법(2013.1.1. 법률 제11611호로 개정되기 전의 것) 제80조(결정과 경정) ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조·제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우

③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 그 과세표준과 세액을 다시 경정한다. (2) 소득세법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24356호로 개정되기 전의 것) 제142조(과세표준과 세액의 결정 및 경정) ① 법 제80조의 규정에 의한 과세표준과 세액의 결정 또는 경정은 과세표준확정신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 실지조사에 의함을 원칙으로 한다.

② 법 제80조 제1항의 규정에 의한 결정은 과세표준확정신고기일부터 1년내에 완료하여야 한다. 다만, 국세청장이 조사기간을 따로 정하거나 부득이한 사유로 인하여 국세청장의 승인을 얻은 경우에는 그러하지 아니하다.

③ 법 제80조 제2항 제3호에서 "사실과 다르게 기재된 영수증을 받는 등 대통령령으로 정하는 부당한 방법"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 허위증거자료 또는 허위문서의 작성 및 제출

2. 허위증거자료 또는 허위문서의 수취(허위임을 알고 받는 경우에 한한다) 및 제출 제143조(추계결정 및 경정) ① 법 제80조 제3항 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

2. 기장의 내용이 시설규모·종업원수·원자재·상품 또는 제품의 시가·각종 요금 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

3. 기장의 내용이 원자재사용량·전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우

③ 법 제80조 제3항 단서에 따라 소득금액의 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 방법에 따른다. 다만, 제1호의2는 단순경비율 적용대상자만 적용한다.

1. 수입금액에서 다음 각 목의 금액을 공제한 금액을 그 소득금액(이하 이 조에서 "기준소득금액"이라 한다)으로 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다. 다만, 기준소득금액이 제1호의2에 따른 소득금액에 기획재정부령으로 정하는 배율을 곱하여 계산한 금액 이상인 경우 2012년 12월 31일이 속하는 과세기간의 소득금액을 결정 또는 경정할 때까지는 그 배율을 곱하여 계산한 금액을 소득금액으로 결정할 수 있다.

• 가. 매입비용(사업용고정자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용고정자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액
• 나. 종업원의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액
• 다. 수입금액에 기준경비율을 곱하여 계산한 금액. 다만, 법 제160조제3항에 따른 복식부기의무자의 경우에는 수입금액에 기준경비율의 2분의 1을 곱하여 계산한 금액 1의2. 수입금액에서 수입금액에 단순경비율을 곱한 금액을 공제한 금액을 그 소득금액으로 결정 또는 경정하는 방법 1의3. 법 제73조 제1항 제4호에 따른 사업소득(이하 "연말정산사업소득"이라 한다)에 대한 수입금액에 제201조의11 제4항에 따른 연말정산사업소득의 소득률을 곱하여 계산한 금액을 그 소득금액으로 결정 또는 경정하는 방법

2. 기준경비율 또는 단순경비율이 결정되지 아니하였거나 천재·지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 사업자의 소득금액을 참작하여 그 소득금액을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일업종의 다른 사업자가 없는 경우로서 과세표준확정신고후에 장부등이 멸실된 때에는 법 제70조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하고 과세표준확정신고전에 장부등이 멸실된 때에는 직전과세기간의 소득률에 의하여 소득금액을 결정 또는 경정한다.

3. 기타 국세청장이 합리적이라고 인정하는 방법

④ 제3항 각 호 외의 부분 단서에서 "단순경비율 적용대상자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자를 말한다.

1. 해당 과세기간에 신규로 사업을 개시한 사업자로서 해당 과세기간의 수입금액이 제208조 제5항 제2호 각 목에 따른 금액에 미달하는 사업자

2. 직전 과세기간의 수입금액(결정 또는 경정으로 증가된 수입금액을 포함한다)의 합계액이 다음 각 목의 금액에 미달하는 사업자

• 가. 농업·임업 및 어업, 광업, 도매 및 소매업, 제122조 제1항에 따른 부동산매매업, 그 밖에 나목 및 다목에 해당되지 아니하는 사업: 6천만원
• 나. 제조업, 숙박 및 음식점업, 전기·가스·증기 및 수도사업, 하수·폐기물처리·원료재생 및 환경복원업, 건설업(비주거용 건물 건설업은 제외하고, 주거용 건물 개발 및 공급업을 포함한다), 운수업, 출판·영상·방송통신 및 정보서비스업, 금융 및 보험업: 3천600만원
• 다. 부동산임대업, 전문·과학 및 기술서비스업, 사업시설관리 및 사업지원서비스업, 교육서비스업, 보건업 및 사회복지서비스업, 예술·스포츠 및 여가 관련 서비스업, 협회 및 단체, 수리 및 기타 개인서비스업， 가구내 고용활동: 2천400만원

⑤ 제3항 제1호 가목의 규정에 의한 매입비용과 사업용고정자산에 대한 임차료의 범위, 동호 가목 및 나목의 규정에 의한 증빙서류의 종류는 국세청장이 정하는 바에 의한다.

⑥ 제4항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 같은 호 가목부터 다목까지의 업종을 겸영하거나 사업장이 2 이상인 경우에는 제208조 제7항을 준용하여 계산한 수입금액에 의한다.

⑦ 제4항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자는 단순경비율 적용대상자에 포함되지 아니한다.

1. 제147조의3에 따른 사업자

2. 부가가치세법 시행령제74조 제2항 제7호에 해당하는 사업을 영위하는 자

3. 법 제162조의3 제1항에 따라 현금영수증가맹점에 가입하여야 하는 사업자 중 현금영수증가맹점으로 가입하지 아니한 사업자(가입하지 아니한 해당 과세기간에 한한다)

4. 해당 과세기간에 법 제162조의2 제2항, 제162조의3 제3항 또는 같은 조 제4항을 위반하여 법 제162조의2 제4항 후단 또는 제162조의3 제6항 후단에 따라 관할세무서장으로부터 해당 과세기간에 3회 이상 통보받고 그 금액의 합계액이 100만원 이상이거나 5회 이상 통보받은 사업자(통보받은 내용이 발생한 날이 속하는 해당 과세기간에 한정한다)