이 건의 경우는 조사청이 당초 세무조사가 이루어진 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 다시 세무조사를 하는 것은 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니하므로 청구주장을 받아들이기 어려움
이 건의 경우는 조사청이 당초 세무조사가 이루어진 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 다시 세무조사를 하는 것은 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니하므로 청구주장을 받아들이기 어려움
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 2012년 OOO지방국세청의 1차 세무조사 관련 OOO지방국세청장(당시 관할)은 청구법인의 2007.1.1.～2007.12.31. 사업년도에 대하여 2012년 5월에 법인세 통합 세무조사를 착수하였으나, 조사범위를 2007년～2011년으로 확대하였고, 2007년 제1기․2007년 제2기․2011년 제1기분 부가가치세도 과세하였다.
(2) 2013년 OOO지방국세청에서 2차 세무조사 관련 위 부과처분에 대하여 청구법인이 제기한 심판청구 결과 재조사 결정이 이루어져 2007.1.1.～2011.12.31. 기간동안의 법인세에 대하여 2013.5.20.～2013.5.29. 기간동안 재조사가 이루어졌다.
(3) 2015년 조사청의 3차 세무조사 관련 처분청은 청구법인에 대하여 조사대상기간을 2010.1.1.부터 2014.12.31.까지로 하여 법인사업자 통합조사를 2015.10.14.～2015.12.11. 기간동안 실시하면서 당초 OOO지방국세청장이 세무조사시 조사범위를 확대하였던 급여 및 퇴직급여 부분을 제외한 나머지에 대하여 세무조사를 실시하였다.
(4) 이 건 조사청의 세무조사는 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료에 의하여 이루어진 것이 아니다. 처분청이 청구법인에게 통지한 세무조사 통지서의 조사사유에는 ‘귀 법인의 2010년부터 2014년까지 신고내용에 대한 분석 결과 기부금과다계상, 접대비 경비의 변칙처리 및 비용과다계상 등이 있는 것으로 분석되어 신고내용의 적정 여부를 검증하기 위하여 조사대상자로 선정되었습니다(국세기본법제81조의6 제3항)’라고 기재되어 있는바, 처분청은 기부금과 접대비에 대한 분석결과에 따라 세무조사에 착수한 것임이 분명하고, 이 건 세무조사 착수 이전에 명백한 과세자료가 존재하지 않았으며, 조사기간 중에도 과세자료를 제시한 사실이 없다. OOO법원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우란 중복된 세무조사를 정당화시킬 정도로 조세탈루에 관한 명백한 자료가 중복된 세무조사의 실시 전에 이미 과세관청에 존재하고 있는 경우를 말한다고 판시OOO한 바 있다. 따라서, 이 건 세무조사 선정사유와 같이 기부금과 접대비 계상의 적정 여부를 검증하기 위하여 세무조사를 착수하는 것은 중복조사가 가능한 경우에 해당하지 않는다.
(5) 당초 조사대상 부분을 제외한 세무조사를 하더라도 중복조사에 해당한다. 1차 세무조사의 결과는 2007년의 감가상각비 익금산입에 따른 2011년까지 손금산입 세무조정, 2011사업년도까지 성과급 손금불산입 및 퇴직급여충당금 손금불산입, 2011년 사업연도까지 외국납부세액에 대한 조사, 2011년 1기의 골프회원권 매입세액 불공제 등이다. 이처럼 1차 세무조사는 감가상각비는 물론이고 각 사업년도별 외국납부세액공제의 적정성, 골프회원권의 구입에 대한 세무조사 등 2007년의 잘못이 다른 사업년도에 불가분의 관계로 영향을 미쳤다고 볼 수 없는 항목까지 전 범위에 걸쳐 세무조사가 이루어졌다. 그럼에도 처분청은 이번 세무조사가 기조사한 2008～2011년의 급여 및 퇴직급여 부분을 제외하였으므로 중복조사가 아니라고 통지하였는바, 당초 1차 세무조사를 진행하는 과정에서 세무조사 범위를 확대하여 통합조사를 실시하였으므로 이 건 세무조사는 중복조사에 해당한다. 국세기본법상 재조사를 금지하는 입법취지는 세무조사기술의 선진화 등을 감안하여 세무공무원이 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 국세기본법제81조의4에서 금지하는 재조사에 해당하고, 세무공무원이 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지 아니하였다고 하여 달리 볼 것은 아닌 것OOO이다.
(6) 중복조사하여 과세한 처분은 취소되어야 한다. 1차 세무조사에 따른 과세는 그 처분이 부당한 것으로 인정받아 취소되었는데OOO, 그 후 두 달도 되지 않은 시점에 이 건 세무조사에 착수한 것은 보복성 세무조사라 하지 않을 수 없다. 따라서, 처분청의 이 건 부과처분 중 조사청의 중복조사에 의하여 이루어진 2010년 및 2011년 귀속 법인세, 2011년 제1기 귀속 부가가치세 부과처분은 취소되어야 한다.
(1) 이 건 세무조사는 중복조사에 해당하지 아니하다. 청구법인에 대한 1차 세무조사 당시 특정항목에 대하여만 조사대상기간이 확대됨에 따라 부분적으로만 조사가 이루어졌고, 이후 조사청의 이 건 세무조사시 당초 세무조사한 항목을 제외한 나머지에 대하여만 세무조사를 실시하였으므로 이 건 세무조사는 국세기본법제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당되지 않는다.
(2) 청구법인은 이 건 조사청의 세무조사가 대법원이 2015.2.26. 선고한 OOO 판례에서 판시한 위법한 중복조사에 해당한다고 주장하나, 동 대법원 판례의 후단 부분을 보면 다른 과세기간의 조사를 수행하는 과정에서 확인된 위법사항이 특정과세기간까지 연결되어 범위확대를 통해 부분조사를 수행한 경우에는 이후 특정과세기간에 대한 조사시에 범위확대 부분을 제외한 나머지 부분에 대하여 조사하는 것은 국세기본법제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 않는다고 판시하였다. 청구법인의 경우를 위 판례에 대입하여 구체적으로 살펴보면, 2010년과 2011년도는 대전지방국세청장이 1차 세무조사에 착수할 당시 조사대상기간이 아니었으나, 2007년에 대한 법인세 통합조사 과정에서 특정항목(인건비 항목)에 대한 세금탈루혐의가 확인되었고, 동일한 세금탈루혐의가 2011년까지 이어져 있어 조사범위를 확대하여 그 부분에 한정하여 부분조사를 실시한 것이므로, 이후 조사청이 세무조사시 2010년 및 2011년 귀속 인건비 부분을 제외하고 나머지에 대하여 세무조사를 실시한 조사청의 이 건 세무조사는 위 대법원 판례에 배치되지 아니한다.
(3) 청구법인이 주장하는 중복조사 항목에 대한 반박 내용은 다음과 같다. (가) 성과급 및 퇴직급여 항목에 대한 부분은 1차 세무조사시 조사대상기간을 확대된바 있어, 이 건 세무조사시 조사대상에서 제외하였다. (나) 감가상각비 항목은 2007사업연도 귀속분 대한 경정으로 인하여 그 이후인 2008부터 2011사업연도까지 유보 및 손익귀속시기 차이에 대한 세무조정을 한 것이다. (다) 외국납부세액 항목은 2007사업연도 귀속분 공제한도를 초과액을 이후 사업연도에 이월하여 이월된 사업연도의 공제한도 범위 내에서 추가로 세액공제하여 경정한 것으로서 이는 세무조사를 확대․실시하여 한 것이 아니라 당초 조사대상기간인 2007사업연도에 대한 경정으로 인하여 그 이후 연결된 사업연도 수반되는 당연한 경정사항에 불과하다. (라) 또한, 2011년 1기 골프회원권 매입에 대한 부가가치세 매입세액 불공제 항목은 1차 세무조사를 실시하기 이전에 발생한 골프회원권 과세자료이고, 1차 세무조사 착수(2012년 5월) 이전인 2012.3.26. 청구법인이 이미 OOO세무서장에게 골프회원권 과세자료에 대해 ‘손금불산입 되는 항목에 해당됨에도 잘못 회계 처리하여 부가가치세 매입세액을 부당공제 받았다’고 소명한 바 있으며, OOO지방국세청이 1차 세무조사 착수시 OOO세무서장으로부터 관련 과세자료를 인수한 것이므로 이 역시 세무조사 확대와 무관하다.
(4) 설령, 중복조사라고 하더라도 이 건의 경우는 중복조사가 허용되는 경우에 해당한다. 국세기본법제81조4에서 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있고, 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 존재하는 경우 재조사 금지의 예외 사유로 규정하고 있다. 청구법인은 1960년에 설립된 이후 고유업무인 선박검사 업무를 수행하면서 본부와는 별도로 전국 지역별로 독립된 조직을 갖춘 지부를 설치하여 운영해 오면서 국내지부가 사업장에 해당함에도 과거 업무관행 등을 이유로 사업자 단위과세자 전환신청일 이전인 2012년 1기까지 사업자 미등록 상태에서 영업하여 미등록에 따른 세법위반 행위가 2010년과 2011년을 포함하여 장기간에 걸쳐 계속되었는바, 국세기본법제81조의4 제2항 제1호와 제3호에서 규정한 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우와 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우에 해당하는 상태였으므로 설령 이 건 3차 세무조사를 중복조사에 해당하는 것으로 보더라도 위 법령에서 이를 허용한 경우에 해당한다. 특히, 청구법인의 경우는 대외적으로 공표된 정보자료인 인터넷 홈페이지 정보만으로도 지부에서 선박검사신청서 접수, 검사진행, 검사증 발급 등 독자적인 검사업무를 수행한다는 사실이 확인될 정도로 이 건 세무조사 착수 전에 조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 존재하고 있으므로 위법한 중복조사에 해당하지 않는다.
(5) 청구법인에 대한 1차 세무조사 당시 특정항목에 대하여만 조사대상기간이 확대됨에 따라 2010년 및 2011년에 대하여는 부분 조사가 이루어졌고, 이후 조사청의 이 건 3차 세무조사시 해당 과세기간에 대하여는 당초 세무조사한 항목을 제외한 나머지에 대하여만 조사를 실시하였으므로 국세기본법제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당되지 않는다. 또한, 이 건 3차 세무조사 착수 이전에 2개 과세기간 이상에 걸쳐 이미 청구법인의 조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 과세자료가 존재하고 있는 경우에 해당하므로 국내지부 미등록에 따른 탈루혐의가 있어 조사청이 실시한 이 건 세무조사는 설령 중복조사에 해당한다고 하더라도 위법하지 아니하다.
② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.
1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우
3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우
4. 제65조 제1항 제3호(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 필요한 처분의 결정 또는 제81조의15 제4항 제2호에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우
5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우
6. 그 밖에 제1호부터 제5호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
③ 누구든지 세무공무원으로 하여금 법령을 위반하게 하거나 지위 또는 권한을 남용하게 하는 등 공정한 세무조사를 저해하는 행위를 하여서는 아니 된다. 제81조의6[세무조사 관할 및 대상자 선정] ③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.
1. 납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서의 제출, 세금계산서 또는 계산서의 작성·교부·제출, 지급명세서의 작성·제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우
2. 무자료거래, 위장·가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우
3. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우
4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우 (2) 법인세법 제66조[결정 및 경정] ① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.
② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업년도 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.
1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때
③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다. (3) 부가가치세법 제57조[결정과 경정] ① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.
1. 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니한 경우
2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우
3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표에 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우
4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈(逋脫)할 우려가 있는 경우
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) OOO지방국세청장이 2012.5.2. 청구법인의 2007사업연도에 대하여 세무조사를 착수한 후, 청구법인에게 교부한 조사범위확대통지서상 조사범위확대사유를 보면, 판매비와 관리비 중 상여금이 정관, 주주총회, 이사회 결의 등에 의하여 결정 된 지급기준을 초과하여 임원에게 지급되었는지 여부와 임직원 상여금 중 사실상 이익처분에 의한 상여금인지 여부를 확인하던 중 동일 사항이 2008 ～ 2011사업연도에 계속되는 것으로 판단되어 상여금 부분에 한정하여 조사 범위 확대가 필요하다는 내용이 기재되어 있다. (나) OOO지방국세청장이 2012.5.21. 청구법인에 통지한 세무조사결과통지서와 그 세부내역 등을 보면, 조사내용은 법인통합 조사결과 이익처분에 대한 특별상여금 및 기타 부인대상 경비가 확인되었다는 내용 등이 기재되어 있다.
1. 2010사업연도와 2011사업연도에 대한 법인세 경정항목은 성과급, 퇴직급여충당금, 감가상각비이며, 2011년 제1기 귀속 부가가치세 경정항목은 골프회원권 매입세액 불공제라고 기재되어 있다.
2. 2010사업연도와 2011사업연도에 대한 감가상각비 경정항목은 2007년 중 지출하고 비용으로 계상한 전산 관련 비용 중 자본적 지출에 해당하는 부분에 대하여 세무조정하고 그에 따라 이후 사업연도의 감가상각 범위액 등을 재계산하여 이루어진 것으로 나타난다.
3. 위 골프회원권 관련 2011년 제1기 귀속 부가가치세 매입세액 불공제는 청구법인이 OOO세무서장으로부터 과세자료 소명요구를 받고 2012.3.26. 부가가치세 매입세액 공제대상이 아님을 시인하는 내용의 문서를 제출하였던 것으로 나타난다.
4. 2010사업연도와 2011사업연도에 대한 외국납부세액공제 경정항목은 각 OOO원, OOO원을 추가로 공제한 것이고, 이는 2007사업연도 경정에 따른 이월액 및 과세표준 및 세액 경정에 따른 공제한도 변동 등을 반영하여 재계산함으로써 이루어진 것으로 나타난다. (다) OOO지방국세청장이 2013.5.9. 시행한 청구법인에 대한 세무조사 사전통지서에 의하면, 청구법인이 제기한 심판청구OOO에 따른 재조사 결정에 따라 조사대상기간을 2007.1.1.부터 2011.12.31.까지로 하여 급여지급기준 존재 여부에 대하여 재조사를 실시(2013.5.20.～2013.5.29.)한다고 되어 있다. (라) 조사청이 2015.10.12. 발송한 세무조사통지서에 의하면, 조사유형 및 조사대상 세목은 법인사업자 통합조사(법인세, 부가가치세, 원천세 등)이고, 조사대상기간은 2010.1.1.부터 2014.12.31.까지이며, 조사기간은 2015.10.14.부터 2015.12.11.까지이고, 조사사유는 청구법인의 2010년부터 2014년까지의 신고내용에 대한 분석결과 기부금 과다계상, 접대성 경비의 변칙처리 및 비용 과다계상 등이 있는 것으로 분석되어 신고내용의 적정 여부를 검증하기 위하여 조사대상자로 선정되었다는 내용이 기재되어 있다. 이에 별도첨부된 문서를 보면, OOO지방국세청이 2007사업연도 귀속분 통합조사시 범위확대한 2008～2011사업연도 부분 및 2008～2011사업연도 고지분에 대한 불복청구 결과 재조사 결정에 따른 재조사시 기조사하였던 부분은 제외, 2008～2011사업연도 급여 및 퇴직급여 부분 제외라고 기재되어 있고, 단, 국세기본법제81조의 4 제2항 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 등 및 같은 법 시행령 제63조의2에서 정한 경우 중복조사금지 제외라고 기재되어 있다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. (가) OOO지방국세청장은 2012년 5월에 청구법인에 대하여 조사대상기간을 2007년으로 하여 세무조사를 실시하던 중, 2011년까지 급여 및 퇴직금과 관련한 동일한 세금탈루 혐의가 있어 인건비 관련 항목에 대하여 2011년까지 세무조사 범위를 부분적으로 확대한 것으로 보인다. (나) 청구법인은 그 당시 OOO지방국세청장이 조사범위를 확대한 항목 이외의 부분에 대하여도 실지 세무조사를 실시하였다고 주장하나, 2010사업연도와 2011사업연도에 대한 감가상각비 경정항목은 2007년 중 지출하고 비용으로 계상한 전산 관련 비용 중 자본적 지출에 해당하는 부분에 대하여 세무조정함에 따라 그 이후 사업연도의 감가상각 범위액 등을 재계산하여 이루어진 것으로 보이고, 골프회원권 관련 2011년 제1기 귀속 부가가치세 매입세액 불공제는 청구법인이 OOO세무서장으로부터 과세자료 소명요구를 받고 2012.3.26. 이미 부가가치세 매입세액 공제대상이 아님을 시인하는 내용의 문서를 제출하였던 사실이 나타나며, 2010사업연도와 2011사업연도에 대한 외국납부세액공제 경정항목은 각 OOO원, OOO원을 추가로 공제한 것이고, 이는 2007사업연도 경정에 따른 이월액 및 과세표준 및 세액 경정에 따른 공제한도 변동 등을 반영하여 재계산함으로써 이루어진 것으로 보이는바, 이를 확대한 조사범위를 넘어서는 세무조사 결과에 따른 것으로 보기 어렵다. (다) 당초 OOO지방국세청장이 2007년을 조사대상기간으로 하여 세무조사를 하던 도중에 인건비와 관련한 동일한 잘못이나 세금탈루 혐의가 다른 과세기간에도 있다고 인정되어 관련 항목에 대하여 2011년까지 조사대상기간이 확대됨에 따라 2010년 및 2011년을 조사대상기간으로 하는 세무조사는 부분적으로만 이루어진 것으로 보이고, 이와 같은 경우는 당초 세무조사 당시 조사대상기간의 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에 해당한다 할 것이므로, 조사청이 당초 세무조사가 이루어진 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 다시 세무조사를 하는 것은 국세기본법제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니한다고 판단된다. (라) 따라서, 처분청의 이 건 부과처분 중 2010년 및 2011년 귀속 법인세와 2011년 제1기 귀속 부가가치세 부과처분이 위법한 중복조사에 의하여 이루어졌음을 전제로 이를 취소하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.