상속으로 취득할 당시 환지예정지로 지정된 쟁점토지의 취득가액을 종전의 개별공시지가로 평가하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부

[주 문] OOO장이 2016.5.9. 청구인에게 한 2015년 귀속 양도소득세 OOO원의경정청구에 대한 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 1996.6.11. 상속을 원인으로 취득한OOO[도시개발사업에 따라 같은OOO(이하 “종전토지”라 한다)에서 환지예정지로 지정된 토지로 이하 “쟁점토지”라 한다]를 환지처분 이후 2015.8.31.양도가액 OOO원에 양도한 후 2015.11.2. 쟁점토지의 취득가액을종전토지의 개별공시지가(1995.1.1. 기준)로 하고 양도차익을 산정하여 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다가, 2016.3.8. 쟁점토지를 취득할 당시 적용할 개별공시지가가 없었으므로 납세지 관할 세무서장이 평가한 가액으로 취득가액을 재산정하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은소득세법 시행령제164조 제3항에 따라 새로운 개별공시지가가 고시되기 전에 양도하는 때에는 직전의 개별공시지가를 적용하여야 하므로 청구인이 당초 신고한 내용이 적법하다는 이유로2016.5.9. 청구인에게 경정청구 거부통지를 하였다(환지처분에 따른 취득면적 변경 및 청산금 납부액 미반영으로 인한 과다신고분 OOO원은환급하였음).
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2016.5.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 환지예정지에 대한 개별공시지가가 없는 경우에 이를 평가함에 있어서는 환지예정지 지정 전의 종전토지에 대한 개별공시지가를 적용할 수없고소득세법제99조 제1항 제1호 가목 단서 및 같은 법 시행령 제164조 제1항에따라 납세지 관할 세무서장이 평가한 가액을 적용하여야하는바, 이 건의 경우 처분청은 ‘토지구획정리지구 OOO로 환지예정지 지정된 쟁점토지’가 ‘환지예정지 지정 전의 종전토지’와 동일하다고 보고 종전토지의 개별공시지가(1995.1.1. 기준)를 적용하여 쟁점토지의 취득가액을 산정하는 것이 적법하다고 보아 이 건 경정청구 거부통지를하였으나, 청구인이 쟁점토지를 상속취득할 당시(1996.6.11.)에는 ‘토지구획정리지구 OOO로 환지예정지 지정된 쟁점토지’에 대한 개별공시지가가 고시되지 아니하였으므로소득세법제99조 제1항제1호 가목 단서 및 같은 법 시행령 제164조 제1항에따라 납세지 관할세무서장이 평가한 가액을 적용하여야 하는데, 이 건의 경우 종전토지에 대한개별공시지가를 적용하여 환지예정지로 지정된 쟁점토지의 취득가액을산정한 점에서 처분청의이 건 경정청구 거부처분은 위법·부당하다.
• 나. 처분청 의견 소득세법 시행령제164조 제3항은새로운 개별공시지가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 개별공시지가에 의한다고 규정하고 있는바, 청구인은 쟁점토지를 1996.6.29.에 고시된 개별공시지가(1996.1.1. 기준)가 고시되기 전에 1996.6.11. 상속취득하였으므로 쟁점토지의 취득가액 산정시소득세법 시행령제164조 제3항에따라 1995.5.31.에 고시된 개별공시지가(1995.1.1. 기준)를 적용하는것은정당하다. 또한, 쟁점토지는 ‘OOO 도시개발사업’에 포함된 토지로서 1990년최초 고시된 이후부터 환지예정지 지정일(1995.8.31.) 이전인 1995.5.31.까지 개별공시지가가 고시되었고, 환지예정지구인 토지구획정리지구OOO로 1996년부터 1998년까지 매년 고시되었는바, 쟁점토지는청구인이 1996.6.11.에상속취득한 것으로 취득 당시에 개별공시지가의 결정·고시가 누락된 토지라고 볼 수 없으므로쟁점토지 취득당시 적용할 개별공시지가가없었으므로 납세지 관할 세무서장이 평가한 가액으로 취득가액을 재산정하여 달라는 청구주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 상속으로 취득할 당시 환지예정지로 지정된 쟁점토지의 취득가액을 종전의 개별공시지가로 평가하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 등

(1) 소득세법 제97조【양도소득의 필요경비 계산】① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가 제99조【기준시가의 산정】① 제96조 제2항, 제97조 제1항 제1호 가목단서, 제100조 및 제114조 제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서정하는 바에 따른다.

1. 제94조 제1항 제1호에 따른 토지 또는 건물

• 가. 토지 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다).다만, 개별공시지가가 없는 토지의가액은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 하고,지가가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 경우에는배율방법에 따라 평가한 가액으로 한다.

(2) 소득세법 시행령 제164조【토지·건물의 기준시가 산정】① 법 제99조 제1항 제1호 가목 단서에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 개별공시지가가 없는 토지와 지목·이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률 제9조제2항에 따른 비교표에 따라 납세지 관할세무서장(납세지 관할세무서장과 해당 토지의 소재지를 관할하는 세무서장이 서로 다른 경우로서 납세지 관할세무서장의 요청이있는 경우에는 그 토지의 소재지를 관할하는 세무서장)이 평가한 가액을말한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 지방세법제4조 제1항 단서에따라 시장·군수가 산정한 가액을 평가한 가액으로 하거나 둘 이상의 감정평가기관에 의뢰하여 그 토지에 대한 감정평가기관의 감정가액을 고려하여 평가할 수 있다. 4.개별공시지가의 결정·고시가 누락된 토지(국·공유지를 포함한다)

③ 법 제99조 제1항 제1호 가목부터 라목까지의 규정을 적용함에 있어서새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의한다.

(3) 소득세법 시행규칙 제77조【환지예정지등의 양도 또는 취득가액의 계산】① 양도 또는 취득가액을 기준시가에 의하는 경우도시개발법또는농어촌정비법등에 의한 환지지구내 토지의 양도 또는 취득가액의 계산은 다음 각호의 산식에 의한다. 다만, 1984년 12월 31일 이전에 취득한 토지로서 취득일 전후를 불문하고 1984년 12월 31일 이전에 환지예정지로 지정된 토지의 경우에는 제2호의 산식에 의한다.

1. 종전의 토지소유자가 환지예정지구내의 토지 또는 환지처분된 토지를 양도한 경우

• 가. 양도가액 환지예정(교부)면적 × 양도당시의 단위당 기준시가
• 나. 취득가액 종전 토지의 면적 × 취득당시의 단위당 기준시가 2.환지예정지구내의 토지를 취득한 자가 당해 토지를 양도한 경우
• 가. 양도가액 환지예정(교부)면적 × 양도당시의 단위당 기준시가
• 나. 취득가액 환지예정면적 × 취득당시의 단위당 기준시가
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심리자료에 의하면, 청구인은 상속을 원인으로 취득한 쟁점토지를 환지처분 이후 양도하면서 취득가액을 종전토지의 개별공시지가로 양도차익을 산정하여 양도소득세를 신고·납부하였다가, 쟁점토지취득당시 적용할 개별공시지가가 없었으므로 납세지 관할 세무서장이 평가한 가액으로 취득가액을 재산정하여 달라는 취지의 경정청구를 하였고, 처분청은소득세법 시행령제164조 제3항에 근거하여 청구인이 당초 신고한 내용이 적법하다는 이유로 이 건 거부처분을 한 사실이 나타난다.

(2) 종전토지는 1995.8.31. 환지예정지 지정으로 쟁점토지인 토지구획정리지구 OOO에 편입되었다가 2008.8.19. 환지처분이 확정되었고, 종전토지는 ‘OOO 도시개발사업’에 포함된 토지로서 1990년 최초 고시된 이후부터 환지예정지 지정 이전인 1995년까지 개별공시지가가 고시되었고 환지예정지 지정 이후에는 토지구획정리지구OOO로 1996년부터 1998년까지 매년 고시되었다. <표> 쟁점토지 환지처분 내역 및 개별공시지가 변동내역

(3) 구토지구획정리사업법에 의하여 환지예정지로 지정된 토지의양도·취득당시의 기준시가는 양도·취득일 현재부동산 가격공시 및감정평가에 관한 법률제11조의 규정에 의한 개별공시지가를 적용하되,당해 토지가 환지예정지 지정으로 토지의 지목이나 품위 또는 정황이 현저히 달라져 종전 토지의 개별공시지가를 적용하는 것이 불합리한 경우에는 당해 토지를 개별공시지가가 없는 토지로 보아소득세법 시행령제164조 제1항의 규정에 의하여 당해 개별공시지가가 없는토지와 지목·이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로보고부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률제9조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지 관할 세무서장이 평가한 가액으로 하여야 할 것이다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은쟁점토지의 취득가액을 산정함에 있어소득세법 시행령제164조 제3항을 근거로 종전토지의 개별공시지가를 적용하여야 한다는 의견이나,소득세법 시행령제164조 제3항은 취득시 또는 양도시에 개별공시지가가 고시되지 아니한 경우 부득이 그 직전연도의 그것을 적용하도록한 예외적 규정으로 환지예정지로 지정을 받은 쟁점토지의 기준시가를산정하는 데에 적용된다고 볼 만한 근거가 없는 점, 환지예정지로 지정되는 경우 그 소유자는 종전토지에 대한 사용수익권을 잃고 환지예정지를 사용수익할 권리를 취득하며 환지가 확정되면 환지예정지를 종전토지에 갈음하여 취득하게 되며 이는 환지 전 토지와는 지번·면적·특성 등이 다른 토지로 볼 수 있는바, 청구인은 종전토지를 취득한것이 아니라 환지예정지로 지정된 쟁점토지를 취득한 것으로 당시에는개별공시지가가 없었던 것으로 보아야 하고, 종전토지와 환지예정지로지정된 쟁점토지는 지번OOO·면적(1,309㎡/317.3㎡) 등이 달라 동일한 토지로 볼 수 없어 전자의 개별공시지가를 그대로 적용하는 것은 타당하지 아니한 점 등에 비추어 취득당시 환지예정지로 지정된 쟁점토지의 취득가액을 종전토지의 개별공시지가로 평가한 것이 정당하다고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 따라서, 납세지 관할 세무서장이 위 (3)에 따라 쟁점토지의 취득당시가액을 평가하는 것은 별론으로 하더라도, 처분청이 종전토지의 개별공시지가를 적용하여 쟁점토지의 취득가액을 산정함은 부당하므로 이 건 경정청구 거부처분은 취소하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.