조특법 제98조의3의 규정을 적용함에 있어 쟁점주택 신축 전에 발생한 양도소득 감면에 대해 경정청구를 거부함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 OOO 소재 토지(이하 “종전토지”라 한다)를 취득하여 위 지상에 주택을 신축하여 보유하다가 OOO 토지 및 주택(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 양도하고 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제98조의3 미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 전액감면 대상으로 양도소득세를 신고한 후, OOO 종전토지 취득 후 주택신축시까지의 양도소득에 대해 감면을 배제하여 OOO을 수정신고·납부하였다.
• 나. 청구인은 OOO 수정신고·납부한 세액에 대하여 전액 감면대상으로 환급하여줄 것을 경정청구하였고, 처분청은 OOO 경정청구 거부통지를 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조특법 제98조의3에 의한 양도소득세 감면요건(미분양주택의 범위, 취득주체, 취득기간 등) 충족 여부에 대해서는 처분청과 다툼이 없으나, 미분양주택의 취득일부터 5년 이내 양도하는 경우 종전토지 취득일부터 주택신축일 전일까지 발생한 양도소득에 대한 양도소득세 감면 여부가 쟁점으로 조특법 제98조의3 제1항 본문은 “취득일부터 5년 이내”에 미분양주택을 양도하였는지를 기준으로 전단과 후단으로 나누어 과세특례의 내용을 다르게 규정하고 있는데, 전단에서는 감면대상이 되는 양도소득의 발생기산일을 특별히 명시하지 않고, 후단과 달리 감면되는 세액을 안분하는 산식을 별도로 마련하지 아니한 채 양도소득세를 전액 감면한다고 규정하고 있을 뿐이므로 전단의 적용대상인 ‘신축주택 취득일부터 5년 이내 양도’의 경우에는 ‘기존 주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득’과 ‘신축주택의 취득일부터 양도일까지의 양도소득’을 구분할 필요 없이 신축주택의 양도에 따른 양도소득세 전액이 감면되어야 한다(대법원 2014.12.11.선고 2013두12690 판결, 2013두2273 판결).
• 나. 처분청 의견 청구인이 제시한 대법원 판례는 조특법 제99조의3 규정과 관련된 판례로서 그 구체적 사례 또한 구주택을 취득하였다가 재건축이 이루어지자 그 주택조합의 조합원으로서 청산금을 납부하고 신축주택을 취득한 후 양도한 경우로서, 판결의 내용은 조특법 99조의3 규정이 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득에 대하여 전액감면하며, 감면대상이 되는 양도소득의 발생기산일을 특별히 명시하지 않고 있어, 신축주택의 취득후 5년이내 소득 즉, 구 주택도 양도소득감면의 대상이 된다는 판결이지 주택 취득(신축) 전 나대지 상태의 양도소득까지 감면이 적용된다는 내용은 아닌 것인바, 청구인의 경우는 당초 나대지를 취득하여 보유하던 중 조특법 제98조의3이 적용되는 자가신축주택을 취득하여 양도하는 경우로서 재개발 또는 재건축정비사업 조합주택인 경우에는 구주택부터 신축주택의 양도일까지 전체 양도소득금액 중 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액이 감면대상에 해당된다는 위 판례의 내용과는 부합하지 않고, 또한, 조특법 제98조의3 규정과 관련한 자가건설 신축주택의 감면범위 중 토지의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액은 동 조항의 과세특례가 적용되지 않는다는 것이 국세청의 일관된 입장이고 조특법 집행기준을 통하여 명확히 입장을 밝히고 있다.

• 가. 쟁점 쟁점주택에 대하여 조특법 제98조의3의 규정을 적용함에 있어 쟁점주택 신축 전에 발생한 양도소득 감면에 대해 경정청구를 거부한 처분의 당부

(1) 조세특례제한법 제98조의3 【미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자 또는 소득세법 제120조 에 따른 국내사업장이 없는 비거주자가 서울특별시 밖의 지역(소득세법 제104조의2 에 따른 지정지역은 제외한다)에 있는 대통령령으로 정하는 미분양주택(이하 이 조에서 "미분양주택"이라 한다)을 다음 각 호의 기간 중에 주택법 제38조 에 따라 주택을 공급하는 해당 사업주체(20호 미만의 주택을 공급하는 경우 해당 주택건설사업자를 포함한다)와 최초로 매매계약을 체결하고 취득(2010년 2월 11일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100(수도권과밀억제권역인 경우에는 100분의 60)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 미분양주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 미분양주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액(수도권과밀억제권역인 경우에는 양도소득금액의 100분의 60에 상당하는 금액)을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

1. 거주자인 경우: 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간

2. 비거주자인 경우: 2009년 3월 16일부터 2010년 2월 11일까지의 기간

② 제1항을 적용할 때 자기가 건설한 신축주택으로서 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간 중에 공사에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)하고, 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택을 포함한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 이를 적용하지 아니한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제98조의3 【미분양주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

① 법 제98조의3 제1항 전단에서 "대통령령으로 정하는 미분양주택"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "미분양주택"이라 한다)을 말한다. 다만, 수도권과밀억제권역 안의 지역인 경우에는 대지면적이 660제곱미터 이내이고, 주택의 연면적이 149제곱미터(공동주택의 경우에는 전용면적 149제곱미터) 이내인 주택에 한정한다.

③ 법 제98조의3 제1항에서 해당 미분양주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에 따른 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액은 소득세법 제95조 제1항 에 따른 양도소득금액 또는 법인세법제55조의2 제1항에 따른 양도소득(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)으로서 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하거나 취득일부터 5년이 되는 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다. 취득일부터 5년이 취득당시 되는 날의 기준시가 - 기준시가 양도소득금액 × (──────────────────) 양도당시 취득당시 기준시가 - 기준시가 제99조의3(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 것)【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】② 법 제99조의3 제1항에 따른 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼는 양도소득금액(이하 이 조에서 "감면대상 양도소득금액"이라 한다)은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전인 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.

1. 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 소득세법 제95조 제1항 에 따라 계산한다. 다만, 재개발·재건축되기 이전의 주택(이하 이 조에서 "종전주택"이라 한다)을 재개발·재건축하여 취득한 제98조의3 제1항 각 호에 따른 신축주택인 경우 감면대상 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 소득세법제95조 제1항에 따라 계산한 기준시가 × 양도 당시 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가 양도당시 기준시가

• 종전주택 취득당시 기준시가

2. 취득일로부터 5년 후에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 소득세법제95조 제1항에 따라 계산한 기준시가 × 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가 양도당시 기준시가

• 신축주택 취득당시 기준시가(다만, 종전주택을 개발․재건축하여 취득한 제98조의3 제1항 각 호에 따른 신축주택의 경우 종전주택 취득당시 기준시가)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 OOO 종전토지를 취득하여 종전토지 위에 OOO 주택을 신축하여 보유하다가 OOO 쟁점주택을 양도하고 조특법 제98조의3의 미분양주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득 전액을 감면 대상으로 양도소득세를 신고하였고, OOO 종전토지 취득 후 주택신축시까지의 양도소득에 대해 감면을 배제하여 OOO을 수정신고·납부한 후, OOO 수정신고·납부한 세액에 대하여 전액 감면대상으로 환급하여줄 것을 경정청구하였다.

(2) 처분청은 OOO 청구인의 경정청구가 종전토지 취득일부터 쟁점주택 준공전까지에 대하여는 조특법 제98조의3의 감면요건에 해당하지 아니하고, 조특법 제99조의3 관련 대법원 판결(대법원 OOO 선고 2013두12690 판결)은 이 건과 관련이 없다하여 청구인의 경정청구를 거부처분하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 조특법 제99조의3에 관한 대법원 판결(2014.12.11. 선고 2013두12690 판결)에 따라 조특법 제98조의3도 동일하게 적용하여 종전토지취득일부터 신축주택 준공전까지 발생한 양도소득에 대하여도 감면하여야 한다고 주장하나, 조특법 제98조의3 규정상 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용함에 있어 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제98조의3에 따른 감면대상 양도소득에 해당하지 아니한다 할 것이고, 이 건 관련 조문인 조특법 제98조의3 제2항 및 제5항과 위 대법원 판결 관련 조항인 조특법 제99조의3 제1항과는 조문이 다르며, 조특법 제99조의3에 관한 대법원 판결 이후 조특법 시행령 제99조의3 제2항이 2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 것으로 나타나는 반면, 조특법 제98조의3은 개정되지 않은 점으로 보아 조특법 제98조의3과 관련한 이 건을 조특법 제99조의3과 관련한 대법원 판결에 따라 동일하게 적용하기는 어렵다고 보이는 점 등에 비추어 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.