본사의 지방이전에 대한 법인세 감면요건을 충족하지 못한다고 보아 과세한 처분의 당부 등

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2008.2.4. 서울특별시 OOO에 설립되어 2012.1.5. 경상북도 OOO으로 본사를 이전하였고,조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제63조의2에 근거하여 2012∼2014사업연도 법인세를 전액 감면하여 신고하였으며, 2012년 4월 경상북도 OOO 지상에 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하던 중 2012년 9월 쟁점건물을 주식회사 OOO(청구법인의 발행주식 100% 보유, 이하 “OOO”이라 한다)에 양도하면서 양도와 관련하여 매출세금계산서를 발행하지 아니하였다.
• 나. 처분청은 2015.3.25.∼2015.4.13. 기간 동안 청구법인에 대하여 법인세 통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 수도권에서 실질적으로 3년 이상 계속하여 사업을 영위하지 아니하여 본사의 지방이전에 따른 법인세 감면대상이 아닌 것으로 보고, 쟁점건물을 OOO에게 양도하면서 매출세금계산서를 교부하지 않은 사실을 확인하여 2015.6.5. 청구법인에게 2012～2014사업연도 법인세 합계 OOO원을 각 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.9.2. 이의신청을 거쳐 2016.1.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인이 수도권과밀억제권역에서 실질적으로 사업을 영위하지 아니한 것으로 보아 법인의 본사 지방이전 감면대상에서 제외한 처분은 부당하다. (가) 청구법인은 2008.2.4. 서울특별시 OOO에서 주식회사 OOO라는 회사명으로 설립되었고 2008.5.30. 서울특별시 OOO로 이전하였다가 2010.6.3. 법인명을 주식회사 OOOOOO로 변경하면서 본사 소재지를 서울특별시 OOO로 이전하였으며, 2012.1.5. 법인명을 주식회사 OOO로 변경하고 본사 소 재지를 경상북도 OOO로 이전하였다가 2013.7.12. 경상북도 OOO으로 다시 이전하였다. 따라서, 청구법인은 수도권과밀억제권역(서울특별시)에서 3년 이상(2008.2.4.～2012.1.4.) 계속하여 본사를 둔 경우에 해당하고 제출한 입증자료를 통해 동 기간 중에 사실상 휴업없이 사업을 영위하여 온 사실이 확인되므로 조특법상 감면대상 법인의 요건을 갖추고 있다. (나) 처분청은 청구법인이 본사를 이전하기전의 사업기간 동안 휴면상태이거나 사업규모가 미미하여 수도권과밀억제권역에서 실질적으로 사업을 영위한 것이 아니라고 주장하나, 이는 그 동안 청구법인이 수행해온 사업제안서 작성 및 제출, 자원탐사, 장비임대 및 관련 사업자금의 운용 등의 사업을 영위한 사실을 무시한 판단이다. 청구법인은 본사를 지방(경상북도 포항시)으로 이전한 2012.1.5. 이 전 3년 동안 계속하여 수도권 과밀억제권역안에 본사를 두고 2008.2.1. 스리랑카에 OOO를 설립한 후 동 회사가 보유한 규석광 탐사권을 기초로 조사 및 탐사업무를 수행한 후 광산을 개발하여 광산운영을 통한 수익창출과 시추 및 생산과 관련한 장비임대를 통한 수익창출을 목적으로 사업을 진행하였다. 2008년과 2009년에는 스리랑카 현지법인에 직접 지분투자 등을 명목으로 송금하고 관련 자금으로 사업을 수행하였으나, 시추조사결과가 광산의 개발로 이루어질 수 있을 만큼 채산성이 높지 않아 2010년 상반기 관련 사업을 전면 재검토하게 되었다. 청구법인은 OOO가 착수하여 경상북도 포항시에서 진행하고 있던 MW급 지열발전 상용화 기술개발사업을 성공적으로 수행하기 위해서는 대심도 시추기가 필요하다는 것을 인지하여 2010년 하반기부터 대심도 시추기 도입을 위한 사전준비를 하였고, 2012.2.7. 중국회사인 OOO와 시추기 구매계약을 체결한 후 2012.2.22. OOO와 시추기 장비임대계약을 체결하여 매출 및 지방세 납부실적이 있는바, 이를 통해 청구법인이 실질적으로 계속 사업을 영위한 사실이 입증된다. (다) 청구법인의 매출실적이 없었다는 처분청의 의견은 청구법인이 처한 사업초기라는 사실에 대한 오해에서 비롯된 것으로 국세청 예규(법인세과-2317, 2008.9.4.)를 보면, 조특법 제63조의2 감면 여부를 적용함에 있어서 법인이 수주를 위한 제안서 및 견적서 작성, 제출 등 사실상의 휴업기간 없이 정상적인 영업활동을 한 경우에는 당해 기간을 사업영위기간으로 보고 있는바, 단순히 매출실적이 미미하다는 이유로 사업을 영위하지 않은 것으로 판단한 것은 판단오류에 해당한다. 처분청은 2010.1.1.～2010.6.30. 기간 동안 청구법인이 휴업신고를 한 것에 근거하여 실제 사업을 진행하지 않은 것으로 보았으나, 청구법인은 2010년 스리랑카에서의 사업진행과정이 여의치 않은 상황에서 OOO가 청구법인의 주식전량을 인수하고 당시 대표이사가 퇴임하면서 책임을 지지 않기 위해 임의로 휴업신고를 한 것이며, 오히려 동 기간 중 청구법인의 영업활동은 다른 사업연도보다 왕성하게 진행되었다. 처분청은 2011～2012사업연도에 청구법인의 인건비 계상액이 없다는 이유로 사실상의 휴업상태로 보았으나, 사업초기에 소수의 직원으로 사업을 시작하여 점진적으로 직원 수를 증가시켰고 청구법인의 대표이사는 OOO의 업무 일부를 겸임하여 급여의 일부를 받았으며, 청구법인의 통장에서도 급여를 지급받은 바 있으나 장부에 기장을 누락한 사실이 있다. (라) 처분청은 청구법인의 본사 이전 전후의 사업업종의 동질성이 유지되지 않기 때문에 감면적용이 불가능하다는 의견이나, 조특법 제63조의2 제10항을 보면 이전 전의 공장에서 영위하던 업종과 이전 후의 공장에서 영위하는 업종이 같아야 함을 감면적용요건으로 하고 있는 반면에, 법인의 본사 이전과 관련하여 업종의 동질성을 요구하고 있지는 아니한바, 사업의 동질성 문제는 공장의 지방이전에 적용되는 것으로 한정하여야 한다. 청구법인은 설립당시부터 해외자원개발 및 탐사와 그에 필수적으로 수반되는 장비임대 및 판매업을 근간으로 정상적인 영업활동을 수행하여 왔고, 2012년 1월 본사 이전 이후에도 같은 업종으로 사업을 영위하였다. 청구법인의 업종특성상 단기간에 수입이 발생하는 사업이 아닌 점을 감안할 때 장비임대사업에 대한 수입금액이 일시적으로 먼저 발생하였다고 하여 청구법인이 운영하는 사업자체가 변경된 것이 아니다. (마) 처분청은 청구법인의 전체 근무인원 중에서 대표이사와 고문은 이전 본사근무 인원에서 제외하여 계산하면 감면비율 100%를 적용할 수 없다는 의견이나, 청구법인의 대표이사는 OOO의 사업본부 본부장을 겸직하고 있었고 회사전체의 업무수행의 효율성 및 편의성을 고려하여 OOO와 청구법인 간 공통업무를 수행하는 장소로 OOO의 사무실을 이용하고 있었다. 다만, 청구법인의 고유업무 규모가 현저히 적어 OOO로의 출근횟수가 많을 수밖에 없었고 실제 청구법인의 대표이사는 필요한 경우 수시로 사업활동과 관련한 청구법인의 주요 회의 및 업무보고, 금융기관과의 여신거래 등과 관련된 업무를 청구법인의 본사에서 직접 처리하였다. 따라서, 청구법인의 고문은 업무특성상 상근직원이 아니므로 청구법인의 상시근무인원에서 제외하더라도 청구법인의 대표이사는 본사에 상주하지는 않았으나 OOO의 직위를 겸직하는 상황과 업무고유의 특성을 고려하였을때 청구법인의 근무인원에서 제외하는 것은 부당하고, 청구법인의 대표이사가 OOO로 일부 출근한 사실과 급여의 일부를 OOO로부터 지원받은 것을 근거로 청구법인의 법인격까지 부인하는 것은 부당하다.

(2) 청구법인이 청구법인 명의로 신축되던 쟁점건물의 실질적인 소유자인 OOO로 소유권을 바로잡은 것에 대하여 처분청이 쟁점건물의 양도로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 그 실질을 무시한 것이다. 청구법인은 사옥 신축을 위하여 OOO가 소유하고 있던 부지를 매입하고 부지조성공사 및 사옥신축을 위하여 시공업체와 공사도급계약을 체결하고 공사를 착공하였다. 그러나, 2011년 청구외법인이 MW급 지열발전 상용화 기술개발사업을 진행하면서 포항시의 개발행위허가를 OOO의 명의로 받았기 때문에 청구법인이 부지 및 건물에 대한 소유권을 취득하게 된다면 허가는 OOO로 되어 있는데 실지 사업은 청구법인이 진행하는 것이 되어 추후 건축 내지 개발행위 준공허가를 정상적으로 받을 수 없는 상황이었다. 이에 따라 청구법인은 공사전체를 부득이 OOO에 양도하기로 하였으나, 당시 시공회사가 진행하고 있던 공사 관련 계약당사자를 미처 변경하지 못한 채 공사를 진행한 후 신축공사와 관련된 권리와 의무를 OOO에 인계하게 되었고, 쟁점건물 신축에 대한 공사관리업에 대하여는 OOO와 청구법인 간에 공사업무 위수탁계약을 체결하였다. 따라서, 실질적으로 쟁점건물에 대한 공사자체를 인수인계한 것에 불과한데, 쟁점건물을 양도한 것으로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 본사의 지방이전 전에 3년 이상 사업실적이 있는 경우에 해당하지 아니한다. (가) 청구법인은 2008년 2월 개업 후 2009년까지는 스리랑카 자원개발과 관련하여 해외자원탐사 개발업을 영위하고, 이후 2011년까지는 시추기 구매 및 임대사업을 영위하였다. 청구법인은 본사를 이전하기 전 3년 이상 수도권에서 사업을 영위해왔다고 주장하나, 2008년 개업 후 수입금액의 발생내역이 없고 2009년 스리랑카 자원탐사개발 활동을 한 것 이외에는 사업실적이 없으며, 2010.1.1.～2010.6.30. 기간 동안 휴업신고를 하여 실제 휴업상태에 있었고, 2010～2011사업연도에 인건비 계상액도 없는 등 2012년 2월 본사이전 전까지 사실상 휴면상태의 법인이었다. 청구법인의 대표이사가 OOO로 대부분 출근하였고 급여의 대부분을 OOO로부터 지급받았다는 사실을 감안할 때, 청구법인의 업무를 정상적으로 수행하고 있었다고 보이지 않고, 2010.1.1.～2010.6.30. 기간 동안 휴업신고를 제출한 사실에 대하여 실무자들의 행정적 실수라고 주장하면서 휴업신고기간 중에 수행한 영업활동에 대한 자료를 제출하였으나, 청구법인의 대표이사가 제출한 휴업신고서에 대하여 단순한 행정실수라고 하는 것은 변명에 불과하고, 휴업신고기간 중 영업활동에 대한 자료도 대부분 청구법인이 단독으로 작성한 것으로 보이지 않으며, 청구주장대로 실제로 영업활동이 계속적으로 이루어졌다면 휴업철회가 이루어졌어야 함에도 이러한 행위가 없었던 것은 실제 청구법인이 실제 휴면상태였다는 것을 입증하는 것이다. (나) 청구법인은 2010년부터 시추기 구매 및 임대사업 준비를 하였다고 주장하나, OOO가 사업을 준비하는 과정에서 국책예산편성상 시추기는 구매가 불가능하고 임차만 가능한 것으로 확인되자 사실상 휴면법인이던 청구법인을 활용하여 청구법인이 시추기를 구매하고 OOO가 청구법인으로부터 시추기를 임차한 것이다. 2012년 8월 청구법인이 구입한 시추기 구입대금도 아래 <표1>과 같이 OOO로부터 선수임대료 및 차입금 등의 방법을 통하여 조달하는 등 시추기 임대와 관련한 일련의 사업추진 과정을 살펴보면 시추기 임대사업의 준비는 OOO가 주도적으로 수행한 것으로 나타난다. <표1> (단위: 천원) * 시추기는 2012년 8월 중국으로부터 수입함 따라서, 청구법인은 본사를 이전하기 전 3년 이상 사업을 영위한 실적이 있다고 볼 수 없으므로 조특법 제63조의2에 따른 법인세 감면요건에 부합하지 아니한다. (다) 청구법인은 본사 이전 전후 사업의 동질성이 유지되지 않고 있다. 청구법인은 서울에서 해외자원탐사개발업, 장비임대 및 판매업을 영위하였으나, 장비임대 및 판매업에 대한 실적이 없었고 본사를 포항으로 이전한 2012년 사업년도부터 발생하는 매출실적이 대부분 청구법인의 지분 100%를 보유한 OOO에 시추기를 임대하여 발생하였다. 청구법인의 주장대로 본사를 포항으로 이전하기 전에 해외자원탐사개발업을 영위하였다고 보더라도 본사를 포항으로 이전한 후에 매출이 발생하는 시추기 임대업과는 동일한 업종이 아니므로 조특법 제63조의2에서 규정하고 있는 감면대상으로 보기 어렵다. (라) 청구법인은 2012년 대표이사 1인, 기술직원 1인 합계 2인, 2013년의 경우 대표이사 1인, 기술직원 2인 합계 3인을 법인전체 및 이전본사 상시근무인원으로 보아 100% 감면비율을 적용한 바, 대표이사가 수차례 계속하여 변경되면서 급여는 OOO가 지급하고 있고, 출근은 청구법인이 아닌 OOO로 하고 있는 등 이전 본사의 상시근무인원에서 제외하는 것이 타당하다. 이OOO을 제외한 다른 직원들은 대부분 주소지 및 현금영수증 사용장소가 수도권인 점을 감안할 경우 상시근무인원에 해당하는 직원은 이OOO 뿐이므로 설령, 법인세 감면요건에 해당한다고 하더라도 감면비율은 재계산함이 타당하다.

(2) 청구법인은 2012년 4월 경상북도 OOO를 취득하고, 2012년 제2기 부가가치세 과세기간에 OOO 및 OOO 등으로부터 부지조성공사 및 건물신축공사 관련 건설용역을 제공받은 후 매입세금계산서 OOO원을 수취하고 그 중 OOO원은 토지 관련 매입세액으로 불공제하였다. 이후 포항시청으로부터 토지 및 시설물 등은 사업주관기관인 OOO가 취득하여야 한다는 안내를 받고 청구법인은 2012년 9월 토지를 OOO에게 양도하였으며, 건설용역의 상당부분은 건설중인 자산에서 선급금으로 대체한 후, 2012년 11월과 12월에 다시 미수금으로 대체하면서 OOO에게 이전처리하였다. 청구법인은 쟁점건물을 건설중인 자산으로 계상하였으나 관련 매출세금계산서는 발행하지 않은 것으로 확인된다. 따라서, 건설용역 상당액 중 토지관련 매입세액 OOO원을 제외한 건물부분인 OOO원(공급대가)에 대해서는 세금계산서 발행대상임에도 불구하고 청구법인은 매출세금계산서를 발행하지 아니하였으므로 쟁점건물의 양도에 대하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 본사를 지방으로 이전한 청구법인이 조세특례제한법 제63조의2 에 따른 법인세 감면대상에 해당하는지 여부

② 청구법인이 쟁점건물을 양도한 것으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 (2014.12.23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것) 제63조의2[법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면] ① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 "지방이전법인"이라 한다)은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부동산업, 건설업 및 소비성서비스업을 경영하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 둔 법인일 것

2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따른 산업단지만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 2014년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나, 수도권 밖에 2017년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2014년 12월 31일까지 보유하고 2014년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 이전계획서를 제출하는 경우만 해당한다)

② 지방이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 6년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 3년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공장을 이전한 경우에는 그 공장에서 발생하는 소득

2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목 중 작은 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득

• 가. 해당 과세연도의 과세표준에서 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익 및 대통령령으로 정하는 소득을 뺀 금액
• 나. 해당 과세연도의 이전(移轉) 본사 근무 인원이 이전 후에 근로를 제공함에 따라 발생한 급여 총액이 법인 전체 인원이 근로를 제공함에 따라 발생한 연간 급여 총액에서 차지하는 비율
• 다. 해당 과세연도의 이전 본사 근무인원이 법인전체 근무인원에서 차지하는 비율

3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 해당 과세연도의 소득금액을 한도로 한다.

③ 제2항 제2호를 적용할 때 이전 본사 근무인원이란 수도권 밖으로 이전한 본사(이하 이 조에서 "이전본사"라 한다)에서 본사 업무에 종사하는 상시 근무인원의 연평균 인원(매월 말 현재의 인원을 합하고 이를 해당 개월 수로 나누어 계산한 인원을 말하며, 이전일부터 소급하여 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 이후 수도권 외의 지역에서 본사업무에 종사하는 근무인원이 이전본사로 이전한 근무인원은 제외한다)에서 이전일부터 소급하여 3년이 되는 날이 속하는 과세연도에 이전본사에서 본사 업무에 종사하던 상시 근무인원의 연평균 인원을 빼고 계산한 인원을 말하며, 법인전체 근무인원이란 법인 전체의 상시 근무인원의 연평균 인원을 말한다.

④ 제2항 제2호를 적용할 때 법인세 감면기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 되면 해당 과세연도부터 제2항에 따라 법인세를 감면받을 수 없다.

2. 대통령령으로 정하는 임원(이하 이 조에서 "임원"이라 한다) 중 이전본사 근무 임원 수가 수도권의 본사 근무 임원과 이전본사 근무 임원의 합계 인원에서 차지하는 비율이 100분의 50에 미달하게 되는 경우

⑩ 제1항·제2항·제5항 또는 제6항을 적용받으려는 지방이전법인은 대통령령으로 정하는 분류를 기준으로 이전 전의 공장에서 영위하던 업종과 이전 후의 공장에서 영위하는 업종이 같아야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제60조의2[법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면] ② 법 제63조의2 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 기간계산은 다음 각 호의 어느 하나에 의한다.

1. 공장을 이전하는 경우에는 공장시설을 법 제2조 제1항 제9호의 규정에 따른 수도권(이하 "수도권"이라 한다) 밖으로 이전하기 위하여 조업을 중단한 날부터 소급하여 3년 이상 계속하여 수도권 과밀억제권역안에서 조업(대기환경보전법, 수질 및 수생태계 보전에 관한 법률 또는 소음·진동관리법에 의하여 배출시설이나 오염물질배출방지시설의 개선·이전 또는 조업정지명령을 받아 조업을 중단한 기간은 이를 조업한 것으로 본다)한 실적이 있을 것

2. 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 이전하는 경우에는 본사의 이전등기일부터 소급하여 3년 이상 계속하여 수 도권 과밀억제권역안에 본사를 두고 사업을 영위한 실적이 있을 것

(3) 부가가치세법(2013.6.7. 법률11873호로 개정되기 전의 것) 제16조[세금계산서] ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 과세심리자료 등에서 나타나는 청구법인 및 OOO의 사업자 등록사항 및 부가가치세 신고내역 등은 아래와 같다. (가) 청구법인의 지배주주는 OOO(지분율 100%)로 청구법인 및 OOO의 사업자등록 기본사항은 아래 <표2>․<표3>과 같다. <표2> 청구법인 기본사항 <표3> OOO 기본사항 (나) 청구법인의 법인명 및 사업장 변동내역은 아래 <표4>와 같다. <표4> ※ 청구법인의 휴업기간(2010.1.1.∼2010.6.30.) (다) 청구법인의 법인세 신고내역은 아래 <표5>와 같다. <표5> (단위: %, 백만원) (라) 청구법인의 2012년 제2기 부가가치세 신고 및 경정내역은 아래 <표6>과 같다. <표6> (단위: 백만원) (마) 청구법인의 종업원 급여지급내역 등은 아래 <표7>과 같다 <표7> (단위: 백만원) (바) 청구법인의 대표이사에 대한 급여지급내역은 아래 <표8>과 같다. <표8> (단위: 백만원) (사) 2008∼2014사업연도 청구법인의 재무제표 주요내용은 아래 <표9>와 같다. <표9> (단위: 백만원)

(2) 처분청의 청구법인에 대한 법인세 조사종결보고서(2015년 4월) 주요내용은 아래와 같다.

(3) 처분청의 조사에서 2015.3.11. 청구법인의 세무업무 등을 총괄하고 있는 OOO의 경영기획실 실장 조OOO은 ‘청구법인의 직원수는 2011년까지는 1명이었고, 2012년부터는 2명, 2013년부터는 대표이사 포함해서 5명이며, 시추업무를 담당하고 있는 OOO은 작년 12월부터 시추용역 수행을 위하여 미얀마 샹갈로 동광산 시추현장에 나가 있고, OOO는 회사의 기술고문 및 면허유지를 위한 자격보유자로 현재 서울에 있는 OOO로 출근하고 있으며, 대표이사도 OOO로 출근하고 있고, OOO은 현장일이 없을 때는 포항으로 출근하고 있으며, 나머지 세 사람은 서울에 있는 OOO로 출근하고 있다’는 내용으로 답변하였다.

(4) 청구법인은 아래와 같은 사업활동 관련자료를 제출하고 있다.

(5) 청구법인은 본사 이전 전 수도권과밀억제권역에서 3년 이상 계속하여 본사를 두고 사업을 영위하였고, 쟁점건물은 OOO에게 양도한 것이 아니라 공사자체를 인계한 것이라 주장하며, 아래의 자료를 제출하고 있다. (가) 청구법인이 제출한 송금내역(2008.3.12.～2009.8.31.) (단위: USD, 원) (나) 청구법인의 대표이사 급여, 임대료, 전화료 등으로 출금된 내용의 OOO(2010.1.1.～2010.6.30.) (다) 청구법인의 카드접대비, 여비교통비, 통신비가 기록된 계정별원장(2010.1.1.～2010.12.31.) (라) 청구법인과 OOO 간 업무위탁계약서(2012.2.25. 작성, OOO 가 청구법인으로 하여금 경상북도 OOO 일대의 부지조성공사 및 건축공사업무를 수행하게 한 것으로 되어 있음) (마) 청구법인이 OOO에 보낸 공문[청구법인이 2012.11.1. OOO에게 MW 지열발전 연구시설공사비 OOO원(공급대가) 정산을 청구한 공문을 보면, 연구시설공사비(수급인 OOO원) 및 컨테이너구입비(수급인 OOO원) 등 총 OOO원을 청구한 것으로 되어 있음]

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 조특법 제63조의2 제1항 및 같은 법 시행령 제60조의2 제2항 제2호에서 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 본사를 둔 법인이 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우에는 소정의 법인세를 감면하는 것으로 규정하고 있고, 본사의 이전등기일부터 소급하여 3년 이상 계속하여 수도권 과밀억제권역 안에 본사를 두고 사업을 영위한 실적이 있을 것을 그 요건으로 하고 있는바, 청구법인은 2011년까지 매출이 발생하지 아니하였고, 2010～2011년 대표이사에게 급여를 지급하고 원천징수한 내역이 확인되지 아니하며, 2010.1.1.～2010.6.30. 휴업기간 등을 감안할 때 수도권과밀억제권역 안에서 3년 이상 계속하여 사업을 영위한 것으로 보기 어려운 점, 청구법인이 사업을 영위하였다고 주장하며 제출한 입증자료 등에서 대부분의 업무를 100% 지배주주인 OOO와 함께 수행한 것으로 나타나 청구법인이 사실상 독립적으로 사업을 영위하였다고 보기 어려운 점, 청구법인이 2012년부터 OOO에 임대한 시추기의 구입대금도 OOO로부터 선수임대료 및 차입금 수령 등의 방법을 통해 조달하였는바, 청구법인이 시추기 임대사업을 영위하였다기 보다는 실질적으로 OOO가 시추기를 매입, 사용한 것으로 보이는 점, 청구법인의 대표이사는 대부분의 기간을 서울에 소재한 OOO의 사무실로 출근하였고 OOO에서 대부분의 급여를 지급한 점, 본사근무인원인 OOO도 미얀마 시추현장에서 대부분 근무한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 본사의 이전일부터 소급하여 3년 이상 계속하여 수도권 과밀억제권역 안에 본사를 두고 사업을 영위하였다고 보기는 어려우므로 처분청이 조특법 제63조의2의 법인의 본사 지방이전에 대한 법인세 감면을 배제하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인이 쟁점건물의 공사와 관련하여 2012년 제2기 과세기간에 OOO개발 주식회사, 주식회사 OOO 등으로부터 매입세금계산서 OOO원을 수취하고, 건물부분 OOO원(공급대가)에 대하여 부가가치세 신고시 매입세액공제를 한 이상 건설중인 쟁점건물의 최초 취득자는 청구법인이고, 사업상 형편에 따라 OOO에게 쟁점건물을 양도한 것이므로 매출세금계산서를 발급하여야 하는 점, 쟁점건물공사와 관련하여 OOO와 청구법인 간의 위․수탁계약으로 볼 경우에도 위․수탁 공사에 대한 세금계산서 교부방법은 시공자인 건설업자가 수탁자에게 세금계산서를 교부하고 수탁자는 교부받은 당해 세금계산서를 근거로 계약내용에 따라 위탁자에게 세금계산서를 교부하여야 하는 점 등에 비추어 청구법인이 2012년 9월 신축중이던 쟁점건물을 OOO에게 이전하면서 매출세금계산서를 발급하지 아니한 것으로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.