[요지] 쟁점토지의 매수자인 ◇◇◇◇과 작성한 합의서에 의하면 쟁점토지의 실소유자가 종중이고, 이에 따라 양도대금을 종중의 계좌로 입금하되, 소유권이전등기는 종중원 명의에서 직접 이전된다는 것을 명시하고 있는 점 등에 비추어 쟁점토지의 실소유자를 청구인으로 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단되나, 청구인은 필지별 계약서가 작성되었고 이에 따라 양도가액을 수령하였음에도 불구하고, 총 양도가액을 공시지가로 안분한 후 쟁점토지의 양도가액을 제외하고 양도소득세를 신고하였는바, 쟁점토지의 실거래가액을 양도가액에서 제외하여 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨
[주 문] OOO세무서장이 2016.6.7. 청구인에게 한 2015년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 전라남도 OOO의 실지거래가액을 청구인의 양도가액에서 제외하여 과세표준 및 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 1989년경 OOO가 참석하여 쟁점토지와 교환대상토지를 교환하기로 하는 토지교환계약서 2부를 작성하고 종중과 청구인이 각자 보관하고 있었으나, 27년 전에 작성된 계약서로 종중대표와 교환대상토지의 명의상 소유자인 OOO이 모두 사망하고, 청구인의 집수리 등으로 교환계약서를 분실하여 이를 제출할 수 없는 상황이다. 교환 당시 쟁점토지는 진입로가 없는 맹지였고, 교환대상토지는 대로변에 위치해 있어 쟁점토지가 면적이 더 넓은데도 불구하고 청구인이 종중에 제안하여 웃돈을 주고 교환하기로 합의한 것으로, 교환계약서 작성자인 OOO가 이를 확인하여 주었고, 동네주민과 종중원은 해당 사실을 알고 있었으며, 토지 매수자인 OOO도 이러한 사실을 알고 향후 법적분쟁을 없애고자 종중대표, 청구인, OOO2의 3자가 실지 소유관계를 명확히 규정하기 위해 합의서를 작성하고, 합의서 내용에 따라 쟁점토지의 계약금 및 잔금을 실소유자인 종중의 계좌에 입금하였다.
(2) 종중은 종중원이 25명으로 구성된 매우 작은 종중으로 체계적으로 관리되지 않고 있어 종중에 일이 있으면 모여서 회의하고 합의에 따라 유지하고 있다. 처분청이 문제 삼은 종중의 정관 및 회칙은 종중소유 토지의 소유권이전등기에 필요하다고 하여 2014년 12월 정관 및 회칙을 급하게 만들다보니 작성자의 착오로 쟁점토지가 중복기재된 것일 뿐, 제출한 두 정관(<표2>) 모두 쟁점토지가 재산목록 1번에 기재되어 있어 종중재산임을 확인해주고 있다. 처분청은 양도소득세 신고시와 조사 당시 제출한 정관 및 회칙에 종중재산 목록이 서로 상이한 점과 연락처가 011, 016, 017 등으로 기재되어 있는 점에 비추어 오래전에 작성된 종중의 정관 및 회칙이 있었고 이를 급조하였다고 추정하고 있으나, 등기 이전을 위해 만든 서류이고 만드는 과정에서 2001년을 효력발생시기로 정함에 따라 당시 휴대폰 번호 등으로 기재하였을 뿐, 그 내용은 종중원이 인정하고 그동안 지켜왔던 내용을 근거하여 작성한 것이다.
(3) 청구인은 종중에 교환대상토지의 명의를 이전하여 줄 것으로 수차례 요구하였으나, 명의상의 종중원이 사망하고 현재까지 소유권을 이전하여 주지 않아 교환대상토지에 대한 재산권 행사가 불가능하였고, 불가피하게 실소유주가 종중이나 청구인 명의인 쟁점토지에 대하여 종중의 승낙을 받아 재산권 행사를 하였을 뿐이다. 또한, 청구인이 다른 부동산을담보(공동담보)로 제공하였기 때문에 대출을 받더라도 피해가 없어 종중이 이를 승낙한 것이다.
(4) 교환대상토지에 연접한 OOO에 거주하고 있는 OOO이 1995년도에 청구인에게 교환대상토지의 매도를 요청하였으나, 청구인은 종중으로부터 등기이전이 되지 않아 매도가 불가능할 뿐만 아니라 매도할 의사가 없다고 통보하였고, OOO은 본인 주택의 출입로를 확보하고자 2004년에 약 20평을 OOO원에 매입하여 현재까지 진출입로로 사용하고 있으며, 소유권이전등기는 종중으로부터 이전을 받은 후에 해주기로 합의하였는바, 교환대상토지를 청구인이 실지 소유하고 있었다.
(5) 처분청은 부동산 소유권이전등기 등에 관한 특별조치법(이하 “특별조치법”이라 한다)에 따라 쟁점토지의 등기이전 정리가 가능하였을 것이라고 추정하였으나, 청구인이 수차례 종중에 등기이전을 촉구하였음에도 불구하고, 명의상의 소유자인 종중원이 모두 사망하고 등기이전에 필요한 명의자확인서 또는 상속인들의 확인서가 첨부되어야 하는 등 현실적으로 이전등기가 어려워서 하지 못한 것이다.
(6) 처분청은 쟁점토지의 양도대금 OOO원을 분할대상토지의 취득대금 명목으로 종중계좌에 입금한 것으로 추정하고 있으나, 이는 추정일 뿐 어떠한 근거도 없으며, 처분청의 추정대로라면 계약서상 쟁점토지 가액과 입금액의 차액 OOO원을 종중이 청구인에게 지급해야 함에도 처분청의 금융거래 추적조사에서도 이러한 사실은 확인되지 않았고, 오히려 쟁점토지의 양도대금은 종중원의 명의로 정기예금되어 지금까지 관리되고 있다. 반면, 쟁점토지OOO가 청구인의 소유라면, 교환대상토지가 도로에 인접해 있고 시세OOO가 높기 때문에 종중에게 그 차액을 보상하지 않았다면 종중이 이를 묵인할 리 없었을 것이다.
(7) 청구인은 조사 당시 대토로 감면신청한 농지를 교환대상토지인 OOO라고 진술한 것과 달리 실제 전라남도 OOO 답 1,180㎡를 대토농지로 취득하여 자경하고 있다.
(1) 청구인은 과거 종중과 토지를 교환했다고 주장하면서도 현재까지 청구인의 명의로 소유권보존등기를 하였고, 쟁점토지의 교환계약서는 제출하지 아니한 채, 청구인의 친척인 종중원들의 사실확인서, 같은 마을에서 오랫동안 함께 살아왔던 마을주민들의 진술서만을 제출하여 쟁점토지를 교환대상토지와 교환하였다는 주장을 입증할 객관적이고 직접적인 증빙이 없다.
(2) 청구인은 2014년 12월 종중원들이 지켜왔던 내용을 근거하여 만든 것이라고 주장하며 종중의 정관 및 회칙을 제출하였는데, 정관 및 회칙에는 쟁점토지와 교환대상토지의 교환사실 또는 등기지연에 따른 실질소유관계에 대한 어떠한 내용도 기재되어 있지 않고, 양도소득세 신고시 제출한 종중의 정관 및 회칙 제13조(종중재산목록)에 의하면 쟁점토지가 이중으로 기재되어 있으며, 조사 당시 제출한 정관 및 회칙 제13조에 의하면 본인소유라고 주장하는 교환대상토지도 포함되어 있다. 또한, 동 정관 및 회칙에는 종중명부의 연락처가 011, 017, 016 등으로 기재되어 있고, 요즘 사용하지 않는 글씨체인 타자체로 작성되어 있는 것으로 보아 오래 전부터 종중이 보관하던 정관 및 회칙이 존재할 것으로 판단되나, 원본은 제출되지 아니하였으며, 쟁점토지를 종중소유라고 주장하기 위해 원본을 참고하여 급히 조작하여 작성하는 과정에서 착오가 발생하게 된 것으로 보인다.
(3) 쟁점토지의 등기사항전부증명서에 의하면, 청구인은 1992.2.26.(채권최고액 OOO원) 쟁점토지를 담보하여 대출을 실행한 사실이 확인되고, 1996년부터 2015년까지 쟁점토지의 재산세를 납부하였으며, 2005년부터 2014년까지 쌀직불금을 청구인이 수령하여 청구인이 쟁점토지에 대한 실질적인 재산권을 행사하였다.
(4) 교환대상토지에 연접한 OOO에 거주하고 있는 OOO이 본인 주택의 진입로로 사용하기 위해 청구인에게 교환대상토지 중 일부인 66.6㎡를 매입하였다는 확인서와 부동산매매계약서를 제출하였으나, 매매대금을 정산한 내역을 제출하지 아니하였고, 현재까지 OOO 명의로 소유권이전등기가 되어 있지 아니하여 확인서의 내용을 신뢰하기 어렵다.
(5) 청구인은 1989년 교환계약 후 등기이전을 하지 못한 사유로 종중원의 사망 등을 이유로 들었으나, 1995.6.30. 이전에 매매·증여·교환 등 법률행위로 인하여 사실상 양도된 부동산에 대한 특별조치법이 2006.1.1.～2007.12.31.까지 2년간 시행되어 서류만 작성하면 쉽게 등기이전이 가능하였고, 해당 법률의 시행기간인 2007.12.20. OOO 답 202㎡을 1989.3.11. 매매로 취득한 사실에 대하여 주민들의 보증서를 제출하여 청구인이 소유권을 이전받은 사실이 있는 것으로 보아 특별조치법을 활용하여 소유관계를 정리할 충분한 시간적 여유가 있었으나 정리하지 아니하고 불안정한 소유관계를 유지할 이유가 없는 것으로 보인다.
(6) 여러 사정들로 보아 청구인과 종중간에 쟁점토지와 교환대상토지의 교환계약 자체가 이루어지지 않았던 것으로 보이고, 청구인이 2015.10.28.쟁점토지의 양도대금 OOO원을 OOO을 통해 종중통장으로 입금토록 요청한 것은 교환대상토지의 취득대금으로 입금한 것으로 추정된다.
(7) 청구인은전라남도 OOO 답 853㎡에 대한 양도소득세 신고시 해당 토지는 농지대토에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 신고하였으나, 청구인은조사 당시 대토로 감면신청한 농지를 교환대상토지인 OOO라고 진술하여 쟁점토지와 교환하였다는 청구주장과 상반된다.
3. 심리 및 판단
(1) 국세기본법 제14조【실질과세】 ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
(2) 양도소득세 제96조【양도가액】① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 따른다. 제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.
(3) 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 제70조【농지대토에 대한 양도소득세 감면】① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지로 대토(代土)함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 제133조【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도】① 개인이 제33조, 제43조, 제69조, 제69조의2, 제70조, 제77조, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.
1. 과세기간별로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액
(1) 관련토지의 등기사항전부증명서에 나타나는 내용은 다음과 같다. (가)청구인 및 종중원 명의의 토지 등기사항전부증명서에 등재되어 있는 내용은 <표3> 및 <표4>와 같다. (나) OOO와 교환대상토지는 각 1964.12.30. 1965.6.12. 취득등기 이후 상속으로 권리자가 변경되었음에도 양도일 직전까지 상속인에게 소유권이전등기가 되지 아니하였다가 2014년 12월에 소유권이전등기가 된 것으로 나타난다. (다)쟁점토지의 등기사항전부증명서에 의하면, 청구인이 1992.2.26.(채권최고액 OOO원) 쟁점토지를 담보하여 대출을 실행한 사실이 확인된다. (라) 청구인 소유의 OOO 쟁점외토지는 특별조치법에의하여 청구인이 OOO으로부터 1989.3.11. 매매하여 사실상 청구인이소유하고 있다는 확인서와 OOO의 보증서를 제출한 후, 2008.6.12. 청구인 명의로 소유권을 이전한 것으로 나타난다.
(2) 청구인 및 종중원의 관련 토지 매매계약서는 다음과 같다. (가) 청구인과 OOO이 작성한 매매계약서의 주요내용은 <표5>와 같다. (나) 종중원과 OOO이 작성한 매매계약서의 주요내용은 <표6>와 같다. (다) 종중과 OOO은 위 <표6>의 계약서를 작성하기 전 2015.1.4. 아래와 같은 합의서를 작성한 것으로 나타난다.
(3) 청구인 및 종중의 양도소득세 신고내역은 다음과 같다. (가) 청구인 및 종중의 양도소득세 신고서에 의하면, 쟁점토지는 종중이 양도한 것으로 신고한 반면, 교환대상토지는 OOO와 함께 명의상 소유자인 종중원이 지분별(1/4씩)로 신고한 것으로 나타난다. (나) 청구인은 당초 OOO과 <표5>와 같이 필지별로 각 계약서를 작성한 것과 달리, 양도소득세 신고시 개별계약서상 양도가액이 아닌 총 양도가액을 공시지가로 안분하여 양도소득세를 신고하였다. (다)처분청은 쟁점토지의 실소유자를 명의상 소유자인 청구인으로 보아 쟁점토지의 양도가액을 합산하고 감면세액 종합한도를 초과하는 부분에 대해양도소득세 OOO원을경정·고지하였다. (라) 청구인은 쟁점토지의 양도가액을 계약금액 OOO원으로 하여 쟁점토지 외 기타토지의 양도가액이 OOO원 과소신고된 것을 확인하고, 필지별 계약서상 양도가액으로 수정하여 신고하는 경우, OOO원을 추가로 납부하여야 하는 것으로 계산하여, 처분청의 고지세액에서 이를 제외한 OOO원을 감액경정하여 달라는 심판청구를 제기하였다.
(4) 청구인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의해 확인되는 사항은 다음과 같다. (가) 종중 회의(안)에 의하면, 종중은 OOO으로부터 토지매입의사 타진을 받고 종중이 소유한 토지 매도를 위해 2014.12.13.～2015.1.4.까지 4번의 회의를 개최하였고, 회칙수정, 고유번호 설립, 매매가액(쟁점토지 OOO원) 산정을 결의한 것으로 나타난다. (나) 이의신청 결정서에 의하면, 2014.12.16. 종중은 토지매매를 위해 순천시청에 부동산등기용 등록번호부여 신청서와 부속서류(2014.12.13. 작성된 정관 및 회칙, 회의록 등)를 제출하였고, 제출자료에 의하면 정관 및 회칙을 제정하고 임원을 선출하는 것에 참석했던 종중원 전원(14명)이 만장일치로 가결하였으며, 제정된 정관 및 회칙(2014.12.13.부터 시행)에는 제13조(종중재산목록)는 없었던 것으로 나타난다. 반면, 양도소득세 신고 및 조사 당시 제출된 정관 및 회칙(2001.12.31.부터 시행)에는 제13조(종중재산목록)가 기재되어 있으며, 그 내용은 위 <표2>와 같다. (다) 청구인이 제출한 확인서 3매에는, OOO이 1989년 쟁점토지와 교환대상토지의 상호교환계약서를 작성해준 사실이 있다는 내용, OOO가 교환계약서 작성에 입회한 사실이 있다는 내용, 종중원들(청구인 외 23명)이 1989년 상호교환하기로 합의하였으며, 등기명의인인 종중원들이 사망하여 양도일 직전까지 등기이전이 완료되지 못했음을확인한다는 내용이 기재되어 있고(<표9>), 각 확인자의 인감증명서를 첨부하였다. (라) 이의신청결정서에 기재된 쟁점토지 소재지의 현장확인 당시 주민들과의 면담내용은 다음과 같다. (마) OOO이 작성한 확인서(2016.7.22.)에는 OOO에 5대째 거주하는 사람으로 청구인이 쟁점토지와 교환대상토지를 교환한 사실을 알고 있고, 본인의 집이 청구인 소유의 교환대상토지의 논길로 출입을 하였는데, 진입로가 협소하여 경운기, 농기계 등 차량이 출입하기 불편하여 1995년 10월경부터 청구인에게 교환대상토지의 매도를 권유하였으나, 동 토지의 등기가 종중에서 본인에게로 이전되지 않은 상태 등 여러 가지 이유로 거절당하였다. 그리하여 진출입로를 위해 일부라도 매도해 달라고 간곡히 부탁하여 2004년 2월에 약 20평을 OOO원에 매입하였고, 청구인이 콘크리트 포장까지 해주어 진출입로로 사용하고 있다. 그 당시 매입된 부분의 소유권은 교환대상토지의 소유권이 청구인에게 이전되는 즉시 본인에게 소유권 이전을 해주기로 약속한 사실이 있다.”라고 기재되어 있다. (바) OOO은 쟁점토지 및 청구인 소유의 기타 3필지를 총 OOO원에 매매하기로 계약서를 작성하고, 쟁점토지의 양도대금은 종중 OOO의 계좌, 나머지 양도대금은 청구인의 계좌로 송금한 사실이 OOO의 금융거래내역(<표10>)으로 확인된다. (사) 청구인이 제출한 종중 회의록(2016.7.16.) 및 예금거래내역서에 의하면, 쟁점토지의 양도대금 OOO원과 종중 명의의 토지 OOO원이 종중 총무의 계좌로 송금되었고, 종중은 회의를 거쳐 3대 계보 3인의 명의로 OOO원을 1년간 정기예탁한 사실이 확인된다. (아) 청구인 확인각서 및 종중회의록에 대한 공증 증서(2017.3.21.) 에는 청구인이 향후 종중으로부터 쟁점토지의 매매대금을 지급받을 경우에는 민·형사상의 어떠한 처벌도 감수할 것이라는 내용과 종중통장의 관리책임자는 종중의 사전 허락없이 통장잔고를 무단으로 사용시 민·형사상의 모든 책임을 감수한다는 각 내용을 공증받은 것으로 나타난다. (자) 쟁점토지와 교환대상토지의 재산세 납부현황은 <표11>과 같고, 쟁점토지의 쌀직불금은 2005년～2014년까지 청구인이 수령한 반면, 교환대상토지의 쌀직불금을 수령한 자는 없는 것으로 나타난다. (차) 처분청의 조사 당시 청구인의 문답서의 주요 내용은 아래와 같다. (카) 청구인은 교환대상토지의 인근 토지의 면적 및 매매사례가액을 감안하면 시가가 OOO 가량이었으므로, 그 차액을 보상하지 않으면 종중이 묵인할리 없다고 주장하며, 교환대상토지 인근 OOO1 대 595㎡의 등기사항전부증명서를 제출하였고, 동 증명서에 의하면 2015.12.31. 해당 지번의 매매가액 OOO원 정도 됨)으로 등재되어 있다. (타) 청구인은 전라남도 OOO 답 853㎡를 2015.10.28. 양도하고, 2016.7.13. OOO 답 1,180㎡를 대토농지로 취득하여 자경하고 있다고 소명하였다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 1989년 교환계약을 하였다고 주장하면서도 교환사실을 입증할 구체적인 증빙을 제시하지 못하고 있는 측면이 있으나, 쟁점토지의 매수자인 OOO과 작성한 합의서에 의하면, 쟁점토지의 실소유자가 종중이고, 이에 따라 양도대금을 종중의 계좌로 입금하되, 소유권이전등기는 종중원 명의에서 직접 이전된다는 것을 명시하고 있는 점, 쟁점토지의 양도대금이 종중 OOO의 계좌로 입금되었고, 해당 금액은 종중의 회의를 거쳐 3대 계보 3인의 명의로 정기예탁되어 관리되고 있는 점, OOO가 당초 교환계약서를 작성하였다고 확인하고 있고, 교환토지의 명의상 소유자를 포함한 종중원들이 쟁점토지의 실소유자가 중종이라는 사실을 확인하고 있으며, 이의신청으로 인한 현장확인 당시 주민들 또한 위와 동일한 내용의 진술을 한 것으로 나타나는 점, 청구인이 쟁점토지의 교환조건으로 종중 시제를 모시기로 하고 2008년까지 쟁점토지 뿐만 아니라 교환대상토지도 자경하였으며, 종중과 협의없이 쟁점토지를 담보로 대출을 받았다는 현장확인 당시 주민 및 청구인의 진술 등을 통해 청구인이 실제 소유자가 아님에도 청구인 명의의 쟁점토지에 대해 임의로 재산권을 행사하였던 것으로 보이는 점, 교환대상토지를 연접하여 거주한다는 OOO은 교환대상토지 중 일부를 실소유자인 청구인으로부터 매입하여 본인 주택의 진입로로 이용하고 있다고 진술하고 있는 점, 특별조치법 시행 당시 교환대상토지의 권리자들이 모두 사망하였던 사실이 등기사항전부증명서에 의해 확인되고, 상속으로 권리자가 변경되었음에도 이 건 양도 직전에 상속인에게 소유권이전등기가 된 것으로 보아 교환대상토지의 명의상 소유자가 사망하여 소유권이전이 어려웠다는 주장에 신빙성이 있어 보이는 점, 교환대상토지의 인근 토지의 면적 및 매매사례가액을 감안하면 교환대상토지의 시가가 OOO원을 상회하고 있어 처분청의 의견과 같이 쟁점토지의 양도가액 OOO원 상당액이 교환대상토지의 취득대금으로 종중에 입금된 것으로 단정하기 어려워 보이고, 종중이 청구인의 양도소득세 감면요건 충족을 위하여 시가에 미달하는 거래를 하였을 것으로 보이지도 않는 점 등에 비추어 쟁점토지의 실소유자를 청구인으로 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 다만, 청구인은 필지별 계약서가 작성되었고 이에 따라 양도가액을 수령하였음에도 불구하고, 총 양도가액을 공시지가로 안분한 후, 쟁점토지의 양도가액을 제외하고 양도소득세를 신고하였는바, 쟁점토지의 실거래가액을 양도가액에서 제외하여 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.