쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부 및쟁점금액을 청구법인의 손금으로 인정할 수 있는지 여부

[주 문] OOO세무서장이 OOO 청구법인에게 한 2013년 제2기 부가가치세 OOO원 및 2013사업연도 법인세 OOO원의 각 부과처분은 청구법인이 2013사업연도 중에 OOO에게 지급한 OOO원을 손금산입하여 2013사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 골재 도·소매업을 영위하는 법인사업자이다.
• 나. OOO세무서장은 OOO까지 주식회사 OOO(이하 “쟁점거래처”라 한다)에 대한 부가가치세 조사를 실시하여 쟁점거래처가 2013년 제2기 부가가치세 과세기간 중 청구법인에게 발급한 공급대가 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)의 세금계산서 1매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)가 가공세금계산서로 보인다는 조사결과를 처분청에 통보하였고, 이에 따라 처분청은 OOO 청구법인에게 2013년 제2기 부가가치세 OOO원 및 2013사업연도 법인세 OOO원을 각 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 OOO 쟁점거래처와 OOO 외 2필지(이하 “공사토지”라 한다)에 대한 토목공사 하도급계약(이하 “토목공사계약”이라 한다)을 체결하고 쟁점거래처로부터 공사용역을 제공받았으므로 쟁점세금계산서는 가공세금계산서가 아니다.

(1) 토목공사가 진행되던 중 쟁점거래처의 자금사정이 악화되자, 쟁점거래처의 일용직 노무자 및 장비제공자들(이하 “노무자등”이라 한다)이 도급자인 청구법인에게 하도급대금의 직접 지급을 요구하여 청구법인이 노무자등에게 대금을 직접 지급한 사실이 있으나 이를 이유로 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보는 것은 부당하다.

(2) 청구법인은 OOO 쟁점거래처와 토목공사계약을 체결하였고, 그 계약은 쟁점세금계산서 발급시기인 OOO까지 유효하였으므로 노무자등에게 직접 공사대금을 지급하였더라도 쟁점거래처로부터 세금계산서를 교부받는 것이 정상이다.

(3) 설령, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보더라도 청구법인이 자기의 계산으로 토목공사를 완공하였다고 볼 수 있으므로 노무자등에게 직접 지급한 쟁점금액은 법인의 손금으로 인정되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 청구법인은 수급자(하도급자)가 아닌 하청업자에게 공사대금을 직접 지급하였다고 주장하나, 청구법인이 제시한 증빙자료는 쟁점세금계산서와 연관성이 있다고 보기 어려우므로 가공세금계산서를 수취한 것으로 보아 매입세액 불공제 및 손금불산입하여 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

(1) 청구법인과 쟁점거래처가 OOO 체결한 토목공사계약은 계약기간이 OOO까지의 통상적인 계약으로서 그 용역의 공급시기는 역무의 제공이 완료되는 때이나, 대금을 지급받거나 용역이 완료되었는지가 불분명한 시기인 OOO 쟁점세금계산서를 수취하였다.

(2) 청구법인은 통장거래내역만 증빙자료로 제출하고 실제 거래사실여부를 확인할 수 있는 객관적인 자료를 제출하지 아니하였다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점

① 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부

② 쟁점금액을 청구법인의 손금으로 인정할 수 있는지 여부

• 나. 관련 법률

(1) 부가가치세법(2013.12.24. 법률 제12113호로 개정되기 전의 것) 제17조[납부세액] ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2) 법인세법(2014.1.1. 법률 제12166호로 개정되기 전의 것) 제19조[손금의 범위] ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료에는 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 공사토지의 소유자로 건축주인 OOO(이하 “건축주”라 한다)은 OOO로부터 공사토지 위에 동·식물관련시설 신축허가를 받았고, 청구법인은 OOO 건축주와 위 시설의 신축공사계약을 체결하였다. (나) 청구법인은 OOO 쟁점거래처와 토석채취계약을 체결하여 공사토지의 토목공사를 시공하게 하고, 공사대금 OOO원은 쟁점거래처가 공사토지에서 토석채취하여 얻는 이익금으로 지급하기로 하였는바, 청구법인과 쟁점거래처가 체결한 토석채취계약서에는 쟁점거래처의 사정으로 공사가 지연될 경우 청구법인이 직접 공사를 하고 장비대 및 인건비는 토석채취 이익금으로 직불처리하기로 한다는 내용이 나타난다. (다) 청구법인은 쟁점거래처의 자금사정이 악화되자 토목공사에 참여한 노무자등에게 직접 대금을 지급하였다고 주장하면서, 쟁점거래처 관리자 OOO의 확인서, OOO의 확인서, OOO까지 OOO의 노무자등과 쟁점거래처에 쟁점금액을 지급한 내역이 나타나는 청구법인 명의의 OOO 계좌거래내역 등을 제시하였다. (라) 처분청은 실제 공사에 투입된 장비대여자 및 작업자의 인적사항 등을 확인할 수 있는 하청업자내역이나 공사관련 작업일지, 하청업자에게 직접 지금을 동의하는 하도급자 직불 동의서 등이 제시되지 아니하였고, OOO의 통장 거래내역과 송금받은 사람 12명의 명단이 제시되었으나 OOO은 사업자등록내역이 없는 등 토목공사와 연관성이 있다고 보기 어렵다는 의견이다. (마) 쟁점거래처는 OOO원과 매입OOO원을 신고하였으나, OOO세무서장의 쟁점거래처에 대한 부가가치세 조사결과 매출 OOO과 매입 OOO이 가공거래로 조사되었다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점거래처와 토목공사계약을 체결하고 공사용역을 제공받았다고 주장하나, 청구법인이 쟁점거래처에 지급한 금액은 부가가치세액 상당액에 불과하고 그 외 나머지 전부를 노무자등에게 직접 지급한 점, OOO세무서장의 조사결과 쟁점거래처의 매입 및 매출 대부분이 가공거래로 조사된 점, 쟁점거래처가 청구법인에게 실제 공사용역을 제공하였다는 증빙자료가 제시되지 아니한 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점거래처로부터 공사용역을 제공받았다고 보기 어려우므로 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당된다고 판단된다.

(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점금액이 토목공사와 관련되어 지출된 것인지 확인하기 어렵다는 의견이나, 청구법인이 건축주와 공사계약을 체결하고 그 계약을 이행한 것으로 나타나는 점, 노무자등 중 일부가 공사토지에서 토목공사를 하였다고 확인서를 작성한 점, 청구법인이 쟁점거래처와 토목공사계약을 체결하였으나 쟁점거래처의 자금사정으로 청구법인이 공사를 하면서 노무자등에게 대금을 직접 지급한 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점금액을 청구법인의 손금으로 인정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.