2008사업연도에 미반영된 지급이자를 손금산입하여 2013사업연도 이월결손금으로 공제하여 달라는 청구주장의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2007년경부터 OOO 부지개발의 공동사업시행사로 참여하면서 공사비 조달을 위해 OOO원의 공사채를 발행하면서 재고자산에 포함된 토지매입 관련 지급이자를 건설원가에 가산하는 회계처리를 하였다.
• 나. 청구법인은 2014.3.11. 법인세법상 재고자산 관련 지급이자는 지출한 과세연도에 손금산입하여야 함에도 이를 잘못 처리하여 건설원가에 가산하였다는 이유로 2008～2012사업연도 법인세에 대하여 경정(환급)청구를 하였고, 처분청은 이 중 경정청구기간(3년)이 도과된 2008사업연도 법인세 등에 대해서는 2014.3.26. 거부하였다.
• 다. 이에 청구법인은 2014.3.31. 2013사업연도 법인세 신고시 2008사업연도 등에 손금으로 미반영된 지급이자를 전기오류수정손실로 계상하였으나, 처분청은 2008사업연도는 국세부과제척기간이 도과하였음을 이유로 이를 인정하지 아니하였다.
• 라. 청구법인은 2015.11.4. 2008사업연도 손금으로 미반영된 지급이자 OOO원을 손금산입한 후 2013사업연도 이월결손금으로 공제하여 같은 사업연도 법인세 OOO원을 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 하였고, 처분청은 2015.12.31. 이를 거부하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2016.3.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 법인세법상 결손금은 반드시 법인의 과세표준 확정신고나 정부의 조사․결정에 의한 과세표준 확정시에 결손금으로 조사된 금액만이 아니라 어느 사업연도의 손금 총액이 익금 총액을 초과하는 경우에는 그 금액은 당연히 결손금에 해당한다고 보아야 하므로, 2008사업연도에 손금으로 미반영된 지급이자는 2013사업연도에 이월결손금으로 공제되어야 한다. 공제가능한 이월결손금의 범위를 신고․결정․경정․수정신고된 결손금에 한정하는 것으로 2009.12.31. 법률 제9898호로 개정된 법인세법 제13조 는 2010년 이후 발생한 결손금부터 적용되는 것이고 해당 사업연도 법인세 과세표준을 2009.12.31. 이전에 신고한 경우에는 위 개정된 법조항과 무관하게 이월결손금이 공제되어야 하므로, 청구법인이 2009.3.31. 2008사업연도 법인세 과세표준을 신고한 바 있는 이 건의 경우 위 개정된 법조항과 무관하게 2008사업연도의 결손금을 2013사업연도에 이월결손금으로 공제할 수 있다.
• 나. 처분청 의견 청구법인의 2008사업연도 지급이자의 손금산입과 관련하여 어떠한 (수정)신고나 결정내용을 확인할 수 없고, 2008사업연도의 국세부과 제척기간이 2014.3.31.로 만료되어 국세기본법 제26조의2 에 의거 어떠한 결정(경정)을 할 수 없는 상태이다. 2009.12.31. 법률 제9898호로 개정된 법인세법 제13조 는 종전 규정에서 당초 확정되지 않은 것을 차후에 손금 누락을 반영하여 이 월결손금을 증가시키는 것을 방지하기 위해 확정된 결손금만을 이월 결손금으로 공제하도록 그 범위를 축소하였고, 위 개정 법률의 부칙 제4조 단서는 “신고하거나 경정․결정한 과세표준에 포함되지 아니한 결손금이 공제되도록 2009.12.31. 이전에 과세 표준을 신고하거나 경정․결정한 경우에는 종전의 규정에 따른다”라고 규정하고 있는바, 청구법인은 2008사업연도 지급이자의 손금산입에 대한 수정신고나 경정이 이루어진 바 없어 위 개정 법률 부칙 제4조 단서에도 해당되지 아니한다.

• 가. 쟁점 2008사업연도에 미반영된 지급이자를 손금산입하여 2013사업연도 이 월결손금으로 공제하여 달라는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법률

(1) 법인세법(2009.12.31. 법률 제9898호로 일부개정된 것) 제13조[과세표준] 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위 안에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나, 국세기본법 제45조 에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금에 한정한다. <부칙(2009.12.31. 법률 제9898호로 일부개정된 것)> 제4조(과세표준에 관한 적용례) 제13조, 제76조의13 제2항 및 제91조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정하는 분부터 적용한다. 다만, 신고하거나 경정ㆍ결정한 과세표준에 포함되지 아니한 결손금이 공제되도록 2009년 12월 31일 이전에 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정한 경우에는 종전의 규정에 따른다.

(2) 법인세법(2009.12.31. 법률 제9898호로 일부개정되기 전의 것) 제13조[과세표준] 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위 안에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 처분청의 경정청구서 검토조서(2015년 12월)에 나타난 내용은 다음과 같다.

1. 경정청구 내용 청구법인의 2008사업연도 법인세 신고시 재고자산에 포함된 토지매입 관련 지급이자를 손금산입 후 결손금으로 반영 및 이월하여, 2013사업연도 법인세 신고분에 대하여 이월결손금(OOO원) 공제 및 환급해 달라는 내용이다.

2. 진행경과 청구법인은 2008사업연도 법인세 신고서상 누락된 토지매입 관련 지급이자의 손금산입을 반영하여 결정해 달라는 취지의 경정청구(2014.3.6.) 외 심판청구, 행정소송, 민사소송(2014.3.31.)을 제기하였다. 처분청은 청구법인의 토지매입 관련 이자비용의 손금산입과 관련된 2008사업연도 법인세 경정청구(2014.3.6. 접수) 건에 대하여 경정청구기간(2012.3.31.)이 경과하여 부적법한 경정청구이므로 이유 없음 통보(2014.3.25.)를 하였다. 청구법인이 2014.3.31.자로 제기한 심판청구, 행정소송, 민사소송은 조세심판원 각하결정(2014.10.31.), 행정소송 각하결정(2015.1.29.), 민사소송 기각결정(2015.4.2.)으로 모두 패소(국승)하였다.

3. 쟁점 청구법인의 2008사업연도 법인세에 대한 전산 상 신고 및 결정 현황을 확인 한바, 이 건 경정청구와 관련된 토지매입 관련 지급이자의 손금산 입에 대해 어떠한 수정신고, 결정(경정)이 없는 것으로 확인되고, 2 008사업연도 법인세는 국세기본법 제26조의2 에 따른 국세부과제척기간이 경과하여 과세표준이나 세액을 변경하는 어떠한 결정(경정)도 할 수 없는 상태로 판단된다. (나) 기획재정부가 발간한 “2009 간추린 개정세법”에 의하면, 종전에는 각 사업연도 소득금액에서 공제할 이월결손금을 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 공제되지 아니한 금액으로 규정하고 있다가, 2009.12.31. 법인세법(법률 제9898호) 개정시 법인세법 제60조 에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정‧경정되거나 국세기본법 제45조 에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금으로서 공제되지 아니한 금액에 한정하도록 제13조 제1호 후문을 신설 한 것으로 되어 있고, 개정 이유는 법적 안정성 등을 감안하여 공제가 가능한 이월결손금을 신고‧경정 등을 통해 확정된 결손금으로 명확하게 하기 위함인 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 2009.12.31. 법률 제9898호로 법인세법을 개정할 때 법적 안정성을 위하여 공제가능한 이월결손금의 범위를 “신고․결정․경정․수정신고 한 과세표준에 포함된 결손금으로 한정”하였으므로, 청구법인이 2008 사업연도의 지급이자를 손금에 산입하여 추가로 발생되는 결손금을 그 이후 사업연도의 소득에서 이월결손금으로 공제하기 위해서는 확정절차(신고․경정 등)를 통하여 해당 사업연도 결손금을 확정하여야 함에도, 국세부과제척기간의 경과로 인하여 2008사업연도 과세표준의 경정이 불가능한 것으로 보이고, 청구법인은 2009.12.31.까지의 기간 중에 2008사업연도의 지급이자를 손금에 산입함으로써 결손금에 포함되도록 과세표준을 신고한 사실이 없으며, 처분청도 동 금액이 결손금에 포함되도록 과세표준을 경정한 사실이 없어 위 개정규정 부칙의 경과규정(신고하거나 경정․결정한 과세표준에 포함되지 아니한 결손금이 공제되도록 2009.12.31. 이전에 과세표준을 신고하거나 경정‧결정한 경우에는 종전의 규정에 따른다는 규정)도 적용하기 어려운 것(조심 2015중5542, 2016.3.17. 등, 같은 뜻임)으로 보이므로, 2008사업연도에 미반영된 지급이자를 손금산입하여 2013사업연도에 이월결손금으로 공제하여야 한다는 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.