[요지] 청구법인은 연구 지원사업 및 공익사업 등을 목적사업으로 하고 있고, 이러한 사업은 연구활동 등을 간접적으로 지원하는 활동으로 감면대상 고유 업무인 학술 연구 및 발표로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청에서 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없음
[요지] 청구법인은 연구 지원사업 및 공익사업 등을 목적사업으로 하고 있고, 이러한 사업은 연구활동 등을 간접적으로 지원하는 활동으로 감면대상 고유 업무인 학술 연구 및 발표로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청에서 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없음
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 학술연구단체의 구체적 범위에 대한 판단은 정관, 목적사업, 예산 및 사업실적 등을 고려하여 판단하되, 학술연구사업 등이 부수업무 또는 지원업무가 아니라 ‘주된 사업’이어야 할 것인바, 당해 법인의 사업실적 및 예산의 사용용도 등에 있어 그 비율이 높은 사업을 주된 사업으로 판단하여야 할 것(행정자치부 세정13430-451, 2001.10.22.)인데, 청구법인은 학술연구단체인 동시에 공익법인의 성격을 갖고 있어 학술연구사업을 주된 업무로 하면서도 관련 공익사업(소외계층치료, 비뇨기과 질환 예방 홍보 등)을 부수업무로 수행하고 있는바, 이 건 부동산이 취득세 감면 대상에 해당하는지 여부의 판단은 청구법인의 사업비 집행실적 등을 토대로 판단하여야 한다.
(2) 청구법인의 2014년도 지출내역상 사업비 중 공통비OOO)의 비율은 각 56% 및 44%로서 학술연구비의 지출액이 56%이므로, 이는 청구법인의 주된 사업이 학술연구사업임을 의미하는 것이다.
(3) 청구법인의 2014년도 학술연구비 내역을 구체적으로 살펴보면, 제1연구과제OOO을 집행하였는바, 이 모든 학술연구사업은 청구법인이 계획하고 주관하였으며 결과물에 대해 엄격한 심사를 한 후 연구비를 집행하였는바, 청구법인의 상근 직원은 재단 운영 관련 업무를 수행하는 4명에 불과한 관계로 학술연구사업을 산하 연구회 또는 태스크포스 조직 등에서 수행할 수 밖에 없지만, 연구 관련 사업계획, 연구사업 집행, 결과물 심사 등은 청구법인의 이사회 및 연구회 등에서 직접 수행하고 있다.
(4) 보건복지부장관은 청구법인에 대해 재단법인설립허가 승인을 하며 허가조건으로서 “법인 목적사업 중 기초 임상연구 및 지원금을 단계적으로 확대해 나갈 것” 및 “법인정관에 따라 목적사업을 성실히 수행하고 목적사업을 위한 부대사업을 주된 사업으로 운영하거나 그 수익금을 목적사업 이외의 용도로 사용하지 않을 것” 등을 제시하였는바, 이러한 허가조건은 청구법인의 주된 사업이 학술연구임을 명확히 하고 있는 것이고 처분청 역시 이를 고려하여 당초 취득세 감면신청을 승인하였던 것이며, 이후 2015.11.5. 보건복지부장관은 공문을 통해 청구법인의 2014년도 사업 결과보고서 및 2015년도 사업계획서를 검토한 결과 청구법인이 당초의 법인설립허가조건 및 법인 정관에 따라 학술 연구 사업을 주된 목적으로 하는 단체임을 인정하였는바, 청구법인의 주된 사업이 학술연구가 아니라고 판단하여 취득세 등을 추징한 이 건 처분은 부당하다.
(1) 지방세특례제한법 제45조 제1항의 학술연구단체라 함은 규정의 취지에 비추어 학술의 연구와 발표를 그 주된 목적으로 하는 단체를 의미한다고 할 것이고, 학술의 연구와 발표가 부대사업의 하나에 불과한 경우에는 이를 같은 조항에서 정하고 있는 학술연구단체로 볼 수 없다 할 것인바, 학술연구단체 등의 범위에 대하여 지방세 관련 법령에서 구체적으로 열거하고 있지 아니하므로 학술연구단체에 해당하는지 여부는 법인의 명칭 여하에 불문하고 설립근거인 법령, 정관의 목적사업, 주된 수행업무 등 실질적인 활동내역, 예산집행상황 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할것(이다.
(2) 청구법인은 청구법인의 명의로 학술지를 발행하지 않고 OOO 명의로 학술지를 발행하면서 학술대회 지원금을 지급한청구법인의 명의를 병기하였으며, 청구법인의 정관과 법인등기부상 목적사업은 비뇨기과학 관련 연구지원과 공익사업으로서 연구가 주 목적이 아닌 것으로 보일 뿐만 아니라, 보건복지부장관의 청구법인 설립 허가조건 중 “법인 목적사업 중 기초 임상연구 및 지원금을 단계적으로 확대해 나갈 것”이라는 내용이 존재하는 사실 등을 종합하면, 청구법인이 학술의 연구와 발표를 주된 사업으로 하는 학술연구단체에 해당한다고 인정하기 어렵다.
(3) 실제 청구법인의 2014년도 예산 중 총 지출액OOO에 지출된 것으로서 이는 순수 학술의 연구를 위해 직접 사용한 것이라기보다는 학술연구를 지원하는데 사용된 것으로 보이며, 청구법인은 조직도상 3개의 연구회를 두고 있는 것으로 나타나고 그 외 청구법인에서 태스크포스팀 구성을 통해 연구를 수행하였다고 주장하지만, 이를 근거로 청구법인이 직접 학술연구를 수행한 것으로 인정하기 어렵다.
3. 심리 및 판단
(1) 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것) 제45조(학술연구단체 및 장학단체에 대한 감면) ① 대통령령으로 정하는 학술연구단체·장학단체·과학기술진흥단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세(지방세법 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 지방세법 제146조 제2항에 따른 지역자원시설세(학술연구단체·장학단체의 경우에만 해당한다)를 각각 2015년 12월 31일까지 면제한다. 제94조(감면된 취득세의 추징) 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
(2) 지방세특례제한법 시행령(2014.11.19. 대통령령 제25751호로 개정되기 전의 것) 제22조(학술연구단체 등의 범위) 법 제45조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ과학기술진흥단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 단체를 말한다.
1. 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 따라 설립되거나 그 적용을 받는 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ과학기술진흥단체
2. 안전행정부장관이 미래창조과학부장관 또는 교육부장관과 협의하여 고시하는 단체
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2013.6.27. 보건복지부장관으로부터 비뇨기과학 기초, 임상연구 지원 사업 등을 수행하는 비영리법인으로 설립허가를 받았는바, 설립허가증에는 다음 내용과 같은 허가조건이 기재되어 있고,청구법인은 2013.7.22. 이 건 부동산을 소재지로 하여 법인을 설립(등기)하였다. (나) 청구법인의 정관(제3조)에 따르면 목적사업은 다음과 같이 규정되어 있으며, 청구법인의 법인등기부등본상 내용도 이와 동일하다. (다) 청구법인의 조직도상 청구법인은 이사장과 이사회, 연구회 등의 조직을 두고 있고, 연구회는 요로생식기 손상재건 연구회, 비뇨기계 기초의학 연구회, 노인비뇨기 요양 연구회로 구성되어 있으며, 청구법인의 홈페이지에 각 연구회의 홈페이지가 링크되어 있고, 각 연구회 홈페이지에는 연구회 구성원 명단 등이 소개되어 있다. (라) 청구법인의 2014년도 수지계산서상 총 수입은 OOO으로 나타나며, 지출 세부 내역은 다음 <표1>과 같다. (마) 위 <표1>의 내역과 관련하여, 청구법인은 연구사업(2건, 각 OOO의 구체적 사용내역을 소명하기 위해 연구사업 과제선정 위원회 회의록, 연구사업 공모과제 평가서, 연구 관련 전자세금계산서 및 영수증, 각 연구과제제안서, 각 연구계약서 등을 제출하였는바, 연구사업 과제선정 위원회 회의록(2014.4.19.자)상 다음과 같은 2건의 연구과제가 결정된 것으로 나타난다. (바) 청구법인은 2015.10.7. 보건복지부에 학술연구단체 검토의견을 요청하여 2015.11.2. 다음과 같은 내용의 보건복지부장관 명의의 공문을 수신하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고합리적 이유 없이 확장 또는 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하는바, 지방세특례제한법은 학술연구단체에 대하여 구체적으로 정의를 하지 않고 있어 이에 대한 자의적인 해석 등을 방지하기 위해 엄격해석의 원칙이 적용되어야 하는 점, 청구법인의 정관 및 등기부등본상 청구법인은 “비뇨기과학 기초/임상 연구 지원사업” 및 “비뇨기과 영역의 공익사업” 등을그 목적사업으로 하고 있어청구법인의 주된 사업이 학술 연구 및 발표라고 인정하기 어려운 점, 청구법인이 집행한 사업비와 관련하여 아스텔라스연구지원비 및 김세철학술상지원비는 연구사업에 대한 간접적 지원으로 보이는바, 이를 청구법인이 학술 연구에 직접 사용한 것으로 보기 어려운점,보건복지부장관이 청구법인의 설립을 허가하고, 청구법인이 현재도 학술 연구 사업을 주된 목적사업으로 충실히 이행하고 있다고 판단한 것이 학술연구단체가 조세특례제한법상 취득세 감면의 요건에 부합하게 주된 사업을 영위하였음을 의미한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구법인의 주된 사업이 학술연구가 아니라고 보아 기 감면한 취득세 등을 추징한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.