청구법인이 쟁점부동산을 유예기간 내에 해당 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2011.11.3. OOO 및 그 지상의 건축물 38.15㎡와 같은 동 84-22 토지 136㎡ 및 그 지상의 건축물 38.15㎡(모두 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득하고, 지방세특례제한법(2012.1.1. 법률 제11138호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제41조 제1항에 의거 학교 등이 해당 사업에 사용하기위하여 취득하는 부동산으로 감면을 신청하여 취득세 등을 면제받았다.
• 나. 처분청은 2015년도 OOO의 지도점검 결과에 따라 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 날부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 OOO을 2015.10.7. 청구법인에게 부과‧고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.11.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1)지방세특례제한법제41조 제1항에서 학교 등이 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 2012년 12월 31일까지 면제하되, 다만, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있고, 위 규정에서 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론, 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하며, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 비영리사업자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하는 것이다.

(2) 청구법인의 경우, 청구법인이 학생들을 위한 새로운 기숙사를 신축하기 위해서는 기숙사 신축부지에 포함된 국유지 매입, 교통영향평가, 환경영향평가, 건축허가 등의 일련의 행정절차를 거쳐야 하는데, 이를 위해서는 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 “국토계획법”이라 한다)상 도시계획시설(학교) 변경결정이 반드시 선행되어야 했고, 하자 없는 도시계획시설 변경 접수(2012.8.1.)에도 불구하고 도시계획시설 변경결정(2013.10.17.)에 약 1년 2개월의 시간이 소요되었으며, 이에 따라 후속절차도 부득이 순연되어, 2015.7.9. 기숙사의 건축허가가 완료된 점에서 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 날부터 3년 이내에 기숙사 신축을 완료하지 못한 것은 도시계획시설 변경, 국유지 매입 등 법률적‧외부적인 사정에 해당하는 것이고, 또한, 청구법인이 위와 같은 법률적‧외부적인 사정에도 불구하고 도시계획시설(학교) 변경을 이루어 내고, 기숙사 신축부지에 포함된 국유지인 OOO 토지 50㎡ 및 같은 동 83-103 토지 106㎡(이하 “이 건 국유지”라 한다)를 매입한 후, 기숙사 건축허가까지 득한 것은 쟁점부동산을 기숙사 시설로 사용하기 위해 정상적이고 진지한 노력을 기울인 것으로 보아야 한다.

(3) 이와 같이, 청구법인은 쟁점부동산을 취득하고, 그 날부터 3년 내에 해당 사업에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있으므로 이 건 취득세 등의 부과처분은 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점부동산을 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 정상적이고 진지한 노력을 다하였으나 행정절차의 이행, 유관기관 협의 등에 따른 시간이 소요되어 부득이 하게 유예기간을 경과한 것이라고 주장하나, 청구법인은 쟁점부동산을 2011.11.3. 취득하고 약 4년이 경과한 심판청구일 현재까지 착공을 하지 못하고 있는 점, 국토계획법에 의한 도시계획시설 변경결정에 따른 건축공사 지연이 행정기관에 귀책이 있다고 보기 어려운 점, 국유지 매입의 경우 기숙사 신축공사에 필요한 토지라면 쟁점부동산을 취득하는 시점에 서둘러 매입해야 함에도 불구하고 유예기간이 다 되어서야 완료된 점, 취득세 추징유예기간(3년)이 경과한 2015.4.1. 건축허가를 신청하고, 2015.7.9. 건축허가를 받았으며, 동 건축허가가 지연된 데에 특별한 외부적인 사유가 존재한다고 보기 어려운 점 등을 고려할 때, 청구법인은 쟁점부동산을 교육목적에 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 기울였다고 하기 어려우므로 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 쟁점부동산을 유예기간 내에 해당 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부
• 나. 관련 법률 지방세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11138호로 일부개정되기 전의 것) 제2조[정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “고유업무”란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다.

2. “수익사업”이란 법인세법제3조 제3항에 따른 수익사업을 말한다. 다만, 고등교육법제4조에 따라 설립된 의과대학 등의 부속병원이 경영하는 의료업과 사회복지사업법에 따라 설립된 사회복지법인이 경영하는 의료업은 수익사업으로 보지 아니한다. 제41조[학교 및 외국교육기관에 대한 면제] ①초·중등교육법 및 고등교육법에 따른 학교, 경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법 또는 기업도시개발 특별법에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 "학교등"이라 한다)가해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다.다만, 수익사업에 사용하는 경우와취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다. 제42조[기숙사 등에 대한 감면] ①고등교육법제2조 제1호부터 제5호까지의 학교가 기숙사로 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세(지방세법제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 지방세법제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를, 해당 학교에 대하여는 주민세 재산분을 각각2012년 12월 31일까지 면제한다.다만,취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 및 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 1971.4.2. 대한민국의 교육이념에 입각하여 유아, 초등, 중등 및 고등교육을 실시함을 목적으로 OOO을 주사업소로 하여 설립된 학교법인이다. (나) 청구법인은 2011.11.3. 쟁점부동산을 취득하고, 쟁점부동산에 대하여 지방세특례제한법제41조에 의거 학교가 해당 사업(기숙사용)에 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면을 신청하여 취득세 등을 면제받았다. (다) 청구법인은 2012.2.29. OOO과 아래와 같은 내용의 기숙사 신축공사 설계‧감리계약을 체결하였다. (라) 청구법인은 2012.8.1. 국토계획법에 따라 도시관리계획(도시관리계획시설: 학교, 제1종지구단위계획) 변경 및 대학 세부시설조성계획 변경신청을 하였고, OOO를 학교용지에 포함하고, 그 지상에 지하 3층, 지상 8층의 기숙사 27,403㎡를 신축하는 내용의 도시계획시설(학교) 및 세부시설조성계획 변경결정을 고시하였으며, 청구법인은 국토계획법에 따른 위 도시계획시설 변경결정에 약 1년 2개월의 시간이 소요되어 부득이 하게 후속절차도 순연되었다고 주장한다. (마) 처분청은 교통영향분석 개선대책 변경신고 처리OOO기숙사 증축’에 따른 환경영향평가서 협의내용을 각 2014.1.22., 2014.3.19. 청구법인에게 통보하였다. (바) 처분청은 2014.5.28. 청구법인이 아래와 같이 기숙사 신축부지 지상의 건축물 철거‧멸실신고를 함에 따라 건축물대장 말소 처리를 하였다. (사) 청구법인은 이 건 기숙사 신축부지에 포함된 국유지인 OOO 토지 106.0㎡를 각 2014.9.26., 2014.10.31. 취득하였는데, 청구법인은 쟁점부동산이 포함된 이 건 기숙사 신축부지에 기숙사를 신축하기 위해서는 이 건 국유지를 매입하여야 했고, 이 건 국유지를 매입하기 위해서는 위 도시계획시설변경이 선행되어야 했으며, 그 변경에 시간이 소요(1년 2개월)됨에 따라 이 건 국유지의 매입도 지연되었고, 또한, 그 후에도 아래 <표2>와 같이 이 건 국유지의 매입과정에서 수의계약으로 매입하기 위한 인접부지 소유자의 동의, 이 건 국유지의 매각을 대행한 OOO의 심의‧의결 등 절차이행 및 이 건 국유지에 대한 용도폐지 등 청구법인이 강제할 수 없는 사유로 인하여 이 건 국유지를 매입하는 데 상당한 시간이 소요되었다고 주장한다. (아) 청구법인은 2015.4.1. 이 건 기숙사 신축부지에 건축허가를 신청하였고, 처분청은 2015.7.9. 청구법인에게 기숙사 신축에 대한 건축허가서를 교부하였다. (자) 청구법인은 2015.7.21.부터 2015.11.24.까지 내부 건설자문위원회, 건설분과위원회 및 기획발전위원회의 회의를 거쳐 2015.12.2. 기숙사 신축 1차 토목공사 입찰공고를 하였고, 청구법인의 재무회계팀장은 심판원 조사담당자와의 유선통화(2016.7.26.)에서 심리일 현재까지 위 토목공사 입찰이 완료되지 않아 착공이 이루어지지 못하였다고 진술하였다.

(2) 청구법인은 기숙사 신축을 위한 행정절차 이행과 함께 아래와 같이 기숙사 신축과 관련된 비용(설계비, 교통‧환경영향평가 용역비, 신축부지조성공사비 등)을 지속적으로 집행하였다고 주장하며 내부서류인 대체결의서, 구매품의서 및 지출품의서 등을 제출하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 지방세특례제한법제41조 제1항 단서에서 국토계획법 등 관계법령에 따라 선행되어야 할 절차 등에 소요되는 기간을 고려하여 취득세 추징 유예기간으로 3년을 두고 있으며 청구법인의 도시계획시설(학교) 변경신청부터 그 결정까지 소요된 기간(약 1년 2개월)을 법령에 의한 금지‧제한 등으로 보기는 어려운 점, 청구법인은 쟁점부동산을 취득할 당시부터 기숙사 신축을 위해서는 이 건 국유지 매입이 선행되어야 함을 인지할 수 있었음에도 유예기간이 다 되어서야 취득한 점, 그 과정을 살펴보면청구법인은 이 건 국유지를 매입함에 있어 본인의 편의를 위해 수의계약을 체결하고자 인접부지 소유자의 동의를 구한 것(약 2개월 소요)으로 보이며, OOO에서 청구법인에게 이 건 국유지의 매매계약 체결안내 문서를 발송한 날(2014.4.11.)부터 약 4개월 후 체결되고 잔금은 약 7개월 후인 2014.10.31. 납부된 점, 청구법인이 2015.7.9. 건축허가를 득한 후 심리일 현재까지 약 1년이 경과하도록 착공을 하지 못하고 있는 점 등을 고려할 때, 청구법인이 쟁점부동산을 학교사업에 사용하고자 정상적인 노력을 다했음에도 시간적 여유가 없어 유예기간을 넘긴 것으로 보기는 어려운바, 그렇다면 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 날부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 못하였다는 이유로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.