지식산업센터 설립의 인허가를 받아 착공 후 관련 감면조례가 납세자에게 불리하게 개정된 경우 원인행위 당시의 구 감면조례에 따라 취득세 면제 규정을 적용할 수 있는지 여부

[참조결정] 조심2014지0643 / 조심2015지0447

[주 문] OOO의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 OOO 지상의 건축물 175,264.74㎡(이하 “쟁점건축물”이라 한다)를 신축하여 분양계약 체결 시기에 따라 2011.12.31. 이전 분양계약분은 산출세액의 100%를 감면 신청하였고, 2011.12.31. 이후 분양계약 체결분은 지식산업센터 사용승인서 교부시점(2014.2.28.)의 지방세특례제한법제58조의2에 따라 50%로 감면 신청하여 취득세를 신고․납부하였다.
• 나. 청구법인은 2015.8.24. 쟁점건축물에 대한 취득세는 전액 면제되어야 한다는 취지로 취득세 OOO 등의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2015.9.14. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.9.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 1995.1.1.부터 장기간 유지되어 오던 OOO제12조 제1항을 신뢰하여 2011.12.31. 관련 조항이 삭제되기 전에 쟁점건축물 설립을 위해 공장신설승인(지역경제과-6560, 2009.4.28.)을 받고, 신축공사를 착공(건축과-3481, 2010.11.16.)하였으며, 처분청으로부터 지식산업센터 모집 공고(안) 승인통보(지역경제과-102, 2011.1.3.)를 받아 모집에 관한 사항을 공고까지 한 상황에서 납세자의 의지와는 무관하게 분양계약체결의 지연 사유만으로 취득세 면제가 불가하다는 것은 당초 조례의 개정 전 법령을 신뢰한 자에 대한 신의를 저버리는 것임은 물론 동일한 원인행위를 이행한 사업시행자간에 불형평문제까지 초래하게 되는바, 종전의 조례에 의하면 취득세 면제대상이 되어야 할 부동산이 조례의 개정으로 그 대상에서 제외된 경우에는 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전의 조례에 따라 취득세를 감면하여야 한다. 조세심판원 선결정례(조심2014지643, 2014.11.3. 및 조심2015지447, 2015.8.10.)에서도 경기도 도세 감면조례를 과세관청의 공적인 견해표명으로 판단하고, 청구법인이OOO가 개정되기 전에 쟁점건축물에 대한 건축주 명의변경 및 지식산업센터 설립승인 및 착공, 분양공고 한 사실에 대하여 청구법인이 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰하고 행위를 했으며, 이와 관련하여 청구법인에게 귀책사유가 없는 것이므로, 쟁점건축물에 대한 취득세는 면제되어야 한다고 판시한 바 있으므로, OOO제12조 제1항을 신뢰하여 장차 쟁점건축물에 대한 취득세가 면제될 것으로 신뢰한 청구법인의 신뢰는 보호되어야 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 신뢰한 OOO는 부칙 제1조에 시행일을, 부칙 제2조에 적용시한을 명시하여 조례가 시행일부터 적용시한까지만 한정하여 적용되는 점을 명시하고 있고, OOO제12조가 1995.1.1.부터 장기간 유지되어 왔다는 이유만으로 장래에도 지속적으로 감면규정이 유지될 것이라고 신뢰하는 것은 자의적 해석에 불과하며, 지식산업센터 감면이 OOO에서 지방세특례제한법으로 이관되면서 부칙 제6조에서 “제58조의2 제1항에 따른 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의4에 따라 지식산업센터를 분양 또는 임대하는 경우로서 이 법 시행 전에 분양한 부동산에 대하여는 제58조의2의 개정규정에도 불구하고 취득세를 면제한다”로 규정하여 감면율 축소에 따른 납세자의 부담을 감안하였고, 연도별로 점차적으로 감면율을 조정(2012․2013년 75% 감면, 2014년 이후 50% 감면)하여 납세자가 충분히 대응할 시간적 여유를 부여하였기에 청구법인의 신뢰보호 주장은 타당하지 아니하다. 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적인 이유 없이 확장해석 혹은 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다 할 것이고, 특히 지방세 감면과 같이 명백하게 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다고 법원에서 일관되게 판결하고 있어 청구법인의 경정청구에 대한 거부처분은 적법하다. 또한, 개정 지방세특례제한법 부칙을 근거로 하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다 할 것이므로 청구법인이 지식산업센터 감면이 OOO에서 지방세특례제한법으로 이관되면서 부칙 제6조에서 “제58조의2 제1항에 따른 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의4에 따라 지식산업센터를 분양 또는 임대하는 경우로서 이 법 시행 전에 분양한 부동산에 대하여는 제58조의2의 개정규정에도 불구하고 취득세를 면제한다”는 규정에 따라 2011년까지 분양계약이 완료된 호수에 대하여는 100% 감면을, 2012년 이후 분양분 및 미분양분에 대하여는 사용승인일(2014.2.28.)의 지방세특례제한법에 따라 50% 감면을 신청하여 자진신고․납부한 것은 신의성실의 원칙을 위배한 바 없으므로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 지식산업센터 설립의 인허가를 받아 착공 후 관련 감면조례가 납세자에게 불리하게 개정된 경우 원인행위 당시의 구 감면조례에 따라 취득세 면제 규정을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법률 등

(1) OOO) 제12조 [지식산업센터 등에 대한 감면] ① 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제2조 제13호에 따른 지식산업센터의 설립자가 그 목적에 사용하기 위하여 취득하는 부동산(이미 지식산업센터용으로 사용하던 부동산을 승계취득하는 경우에는 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 건축공사에 착공하지 아니한 경우 또는 건축물의 사용승인서 교부일부터 5년 이내에 같은 법 제28조의5 제1항 제1호 및 같은 항 제2호에 따른 사업 이외의 용도로 분양·임대하거나 매각하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다. 부칙 ＜제5062호, 2010.12.31.＞ 제1조 [시행일] 이 조례는 2011년 1월 1일부터 시행한다. 제2조 [적용시한] 이 조례는 2011년 12월 31일까지 적용한다. 제3조 [일반적 경과조치] 이 조례 시행당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 시세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(2) OOO제12조 [지식산업센터 등에 대한 감면] ① 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제13호에 따른 지식산업센터의 설립자가 그 목적에 사용하기 위하여 취득하는 부동산(이미 지식산업센터용으로 사용하던 부동산을 승계취득하는 경우에는 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 건축공사에 착공하지 아니한 경우 또는 건축물의 사용승인서 교부일부터 5년 이내에 같은 법 제28조의5 제1항 제1호 및 같은 항 제2호에 따른 사업 이외의 용도로 분양·임대하거나 매각하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다. 부칙 ＜제5207호, 2011.12.29.＞ 제1조 [시행일] 이 조례는 공포한 날부터 시행한다. 제3조 [적용시한] 이 조례는 2012년 12월 31일까지 그 효력을 가진다.

(3) 지방세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11138호로 일부개정된 것) 제58조의2 [지식산업센터 등에 대한 감면] ① 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2013년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.

1. 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 "사업시설용"이라 한다)으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

• 가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우
• 나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각·증여하거나 다른 용도로 분양·임대하는 경우 부칙 ＜법률 제11138호, 2011.12.31.＞ 제1조 [시행일] 이 법은 2012년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제10조제1항 및 제57조 제3항의 개정규정은 2012년 3월 2일부터 시행한다. 제2조 [일반적 적용례] 이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다. 제6조 [지식산업센터 등에 대한 감면 적용특례] 제58조의2 제1항에 따른 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의4에 따라 지식산업센터를 분양 또는 임대하는 경우로서 이 법 시행 전에 분양한 부동산에 대하여는 제58조의2의 개정규정에도 불구하고 취득세를 면제한다.

(4) 지방세특례제한법(2014.1.1.법률 제12175호로 일부개정된 것) 제58조의2 [지식산업센터 등에 대한 감면] ① 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2016년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.

1. 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 "사업시설용"이라 한다)으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

• 가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우
• 나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각·증여하거나 다른 용도로 분양·임대하는 경우 부칙 ＜법률 제12175호, 2014.1.1.＞ 제1조 [시행일] 이 법은 2014년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제34조 제7항의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다. 제3조 [일반적 적용례] 이 법은 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 제6조 [일반적 경과조치] 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실들이 나타난다. (가) 청구법인은 OOO소재지로 하고 부동산자문 및 중개업 등을 목적으로 하여 2008.10.14. 설립되었다. (나) 청구법인은 처분청으로부터 2009.4.28. OOO을 공장소재지로 하고 정보통신, 연구개발업, 지식산업 등을 영위하는 아파트형공장 신설을 승인(지역경제과-6560, 2009.4.28.)받았고, 아파트공장은 부지면적 22,739.40㎡, 공장시설면적 140,839.36㎡, 지원시설면적 34,378.13㎡, 유치업체수 534여개로 예정하고 있음이 아파트형공장 승인서 등에 기재되어 있다. (다) 처분청이 2010.11.16. 청구법인에게 아파트형공장 신축에 따른 착공신고필증을 교부(2009-건축과-신축허가-30)하였음이 착공신고필증에 나타난다. (라) 처분청은 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의4 제1항 및 같은법 시행규칙 제26조에 따라 지식산업센터 분양공고(안)을 승인하였고, 청구법인은 2011.1.7. 입주자 모집에 관한 사항을 일간지 신문 등에 공고하였으며, 처분청은 2014.2.28. 쟁점건축물에 대한 사용승인서를 교부하였다. (마) 청구법인은 쟁점건축물(175,264.74㎡) 중 2011.12.31. 이전에 분양계약을 체결한 부분에 대하여는 취득세 100분의 100 면제대상으로, 2011.12.31. 이후 분양계약 체결 분은 지식산업센터 사용승인서 교부시점(2014.2.28.)의 지방세특례제한법제58조의2에 따라 100분의 50 감면 대상으로 하여 취득세를 신고․납부하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는, 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해 표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는바, 이 건 취득세와 관련하여OOO를 공포하였는바, 이는 지식산업센터의 설립자가 그 목적에 사용하기 위하여 서울특별시에서 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제한다는 과세관청의 공적인 견해표명으로 볼 수 있는 점, 청구법인은 2012.3.15. OOO가 개정되기 전인 2010.11.16. 쟁점건축물을 착공하였고, 2011.1.7. 쟁점건축물에 대한 입주자 모집 공고안을 공고한 점, 당시 OOO(2012.3.15. 조례 제5277호로 일부개정되기 전의 것) 제12조 제1항에서 지식산업센터의 설립자가 그 목적에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하도록 규정하고 있었기 때문에 청구법인은 장차 쟁점건축물에 대한 취득세가 면제될 것으로 신뢰하였을 것으로 보이고 그 신뢰에는 청구법인의 귀책사유가 있다고 보기 어려운 점, 처분청은 청구법인의 경정청구를 거부하여 쟁점건축물에 대한 취득세를 면제하지 아니함으로써 청구법인의 이익을 침해하였다고 보이는 점 등에 비추어 청구법인의 신뢰보호를 위하여 쟁점건축물에 대한 취득세는 이를 면제하는 것이 타당하다 할 것OOO이므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.