[주 문] OOO은 건축물과 상호유기적으로 결합되어 기능을 하는 설비 및 기기에 대한 비용인지 여부 등을 재조사하여 그 결과에따라 과세표준 및 세액을 경정하며, 나머지 심판청구는 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
- 가. 청구법인은 처분청으로부터 2005.9.30. OOO을 신고하고 2012.8.31. 이를 납부하였다.
- 나. 처분청은 2014.10.28.부터 2014.10.31.까지 실시한 세무조사를 통하여 쟁점발전소의 취득세 과세표준에서 종합설계용역비 OOO을 청구법인에게 부과·고지하였다.
- 다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.3.6. 이의신청을 거쳐 2015.9.11. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 처분청의 쟁점설계비에 대한 부과처분은 부당하다. 원가배부의 가장 기본 원칙은 배부대상과 배부비율의 대응임에도 처분청은 이러한 기본적인 원리를 무시하고 종합설계용역의 업무 및 OOO에서 제출한 투입시간의 분야를 잘못 이해함에 따라 과세표준 산정 시 배부대상과 배부비율을 잘못 적용하여 쟁점설계비를 부과하였다. 청구법인은 2002.8.9. OOO에서 산정한 설계업무의 업무투입시간을 기준으로 설계업무를 과세와 비과세로 안분하고 OOO은 설계업무를 각 분야별로 구분하여 분야별 과세 및 비과세 업무투입시간을 산정한 후 이 건 발전소 중 쟁점발전소가 차지하는 비율에 해당하는 종합설계용역비를 계산하여 취득세 과세표준에 포함하였다. 그러나, 처분청은 OOO에서 산정한 업무투입시간의 범위를 전체 종합설계용역(설계업무＋비설계업무)으로 잘못 이해함에 따라 전체 종합설계용역 비용에서 비설계업무 비용을 차감한 후 설계업무 중 설계분야의 과세비율을 적용하여 취득세 과세표준을 산정하였는바, 만약 처분청의 논리대로 과세비율을 산정해야 한다면 과세비율을 곱하는 대상을 수정하여 종합설계용역비를 재계산하여야 할 것이다.
(2) 쟁점시운전비와 관련하여 처분청은 시운전이 막연히 건물과 관련 있다는 근거로 시운전비를 임의적인 기준에 따라 과세하였으나, OOO는 청구법인이 수행하는 시운전 업무 중 일부를 외주용역하여 2009.12.28. OOO와 공동계약한 것으로 그 공사내역에 의하면 시운전정비공사는 시운전실로 인계된 기기 및 설비에 대한 예방·고장 정비업무, 시운전업무를 위한 보조인력, 소모성자재 등의 제공·지원 및 초기노심 연료 장전 등에 해당하는 것인바 이는 취득세 과세대상인 건물과는 무관한 것인 점, 시운전의 범위에도 건물이 포함되지 않고 건물은 발전소로 인계인수되는 반면 기계장치만 시운전실로 인계인수되는 점 등에 비추어 시운전은 쟁점발전소의 취득과 관련이 없으므로 쟁점시운전비는 쟁점발전소의 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다. 설령, 쟁점시운전비를 과세표준에 포함한다 하더라도 처분청의 그 과세근거와 산출기준이 불명확하므로 명확한 산출기준에 따라 쟁점시운전비를 산정하여야 한다.
(3) 가산세 부과처분은 부당하다. 세무조사 결과 통지 및 과세예고 공문의 취득세 등의 세액 산출근거에 따르면, 처분청은 과소신고 가산세를 과세신고세액의 20%로 산출하였으나, 무신고의 경우 가산세율을 20%로 적용해야 하지만, 청구법인은 법정신고기한 내에 산출세액을 신고한 경우에 해당하여 무신고가산세가 아닌 일반 과소신고가산세가 적용되어야하므로 가산세 세율은 20%가 아닌 10%를 적용하여야 한다.
(1) 쟁점설계비(종합설계용역비용)과 관련하여, 청구법인이 OOO이 작성한 자료를 기준으로 취득신고 한 자료인 ‘이 건 발전소의 분야별 취득세 과세대상 투입인력 종합표’를 보면 각 분야별로 실제 투입인력을 시간당으로 산출하면서, 설계분야인 건축, 토목, 전기, 기계, 배관분야와 비설계분야로 구분하였고, 청구법인은 비설계분야는 이 건 발전소 건축과는 상관없는 것으로 보면서 총비용에는 산입하였다. 이 건 발전소의 종합설계용역 계약서를 보면, 계약서 해당항목에 OOO로 구분해 놓았으므로 전체 종합설계용역 비용에서 비설계분야에 대한 명확한 구분 및 그 비용을 추출하는 것은 불가능하다고 판단되는 바, 청구법인이 인정한 바와 같이 취득과 무관한 분야인 비설계분야가 종합설계용역비의 과세비율에 포함될 이유가 없다 할 것으로 투입인력 종합표상에 ‘건축등의 과세대상 인력대비 계약인력의 비율’을 근거로 산정된 과세비율을 쟁점발전소 종합설계용역설계 실적금액(패키지형 사업주기술지원업무, 외국인분교육훈련비 제외)에 적용하여 정당 과세표준액을 산출한 후 기 신고차액을 과세표준액으로 부과한 것은 정당하다.
(2) 쟁점시운전비(시운전 일반관리비 및 시운전정비공사비)의 부과 적정과 관련하여, 청구법인은 시운전은 건물 건축공사 완료 후에 원자로 등을 설치하고 나서 수행되는 것으로 시운전은 기계장치와 관련된 것이지 건축물의 취득가액에 포함되지 않는다고 주장하나, 원자력발전시설은 청구법인 자체의 사업계획에 의하여 건설되거나 생산되는 시설물이 아니며, 각 건축물을 개별적으로 사용할 수 있는 독립된 단순한 건축물이 아니라 서로 연관된 건축물과 시설을 하나의 설비로 일괄 가동하여야 하는 전기생산 시설물로서 건축법에 의한 사용승인을 받고 전기사업법에 의한 사용 전 검사에 합격하여 산업통상자원부(구 지식경제부)장관에게 전기사업개시 신고를 하여야만 전기발전사업에 직접 사용이 가능한 것이어서, 전기발전사업을 개시하기 전에 종합시운전을 거쳐 사용 전 안전검사를 필수적으로 받아야 사업개시를 할 수 있는 점으로 보아 종합시운전은 상업운전 개시전에 필수적으로 이루어져야한다. 청구법인의 경우, 시운전실은 2008.5.26. 발족되어 2012.7.31. 쟁점 발전소 상업운전까지 운영되었고, 시운전실 발족부터 사업개시 전까지 시운전실에서 지급한 모든 비용을 시운전비 계정으로 계상하였으며 해당 시운전비 계정의 모든 비용을 비과세로 보고 취득세 신고 시 과세표준에서 제외하여 신고하였는바, 청구법인이 시운전비로 계상한 금액 전부를 기계장비와 관련된 시운전비용으로 보기는 어려우므로 시운전비 총액에서 기계장비와 관련된 비용인 재료비(발전용 유류소비, 기동전력구입비, 용수 및 약품처리비 등)에 대하여는 시운전비용으로 보아 쟁점발전소의 취득세 과세표준에서 제외하고 그 외 나머지 비용(노무비, 복리후생비 등 기타경비 등)은 사업개시 전에 쟁점발전소의 신축과 관련하여 소요된 직·간접비용으로 보되, 그 중 시운전 관련 부분과 혼재되어 있는 부분도 있으므로 안분 계산을 하여 쟁점발전소의 취득세 과세표준을 산출한 것은 타당하다.
(3) 취득세 과소신고 가산세 부과의 적정성과 관련하여, 과소신고 가산세는 지방세기본법(2013.1.1. 법률 제11616호로 개정된 것)의 개정에 따라 2013.1.1. 신설된 것으로서 같은 법 부칙 제2조에 따라 2013.1.1. 이후에 납세의무가 성립된 취득세 등부터 적용되는 것인바, 청구법인은 2012.7.4. 쟁점발전소를 취득하여 2013.1.1. 개정 전의 지방세기본법 제53조 제1호에 따른 신고불성실가산세 부과대상에 해당하므로 가산세 부과처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
① 쟁점발전소의 취득세 과세표준인 쟁점설계비 산출의 당부
② 쟁점발전소의 취득세 과세표준에 쟁점시운전비가 포함되는지 여부 및 그 비용 산출의 당부
③ 가산세 부과처분의 당부
(1) 지방세기본법(2013.1.1. 법률 제11616호로 개정되기 전의 것) 제53조(가산세의 부과) 지방자치단체의 장은 다음 각 호에 따라 가산세를 부과할 수 있다. 이 경우 가산세는 해당 지방세의 세목으로 한다.
1. 이 법 또는 지방세관계법에 따른 신고 의무를 이행하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액보다 적을 때에는 지방세법에서 정한 비율에 따른 가산세(이하 "신고불성실가산세"라 한다)
2. 이 법 또는 지방세관계법에 따른 지방세를 납부하지 아니하였거나 산출세액보다 적게 납부하였을 때에는 그 납부하지 아니하였거나 부족한 세액에 금융회사의 연체이자율을 고려하여 대통령령으로 정하는 비율과 납부지연일자를 곱하여 산출한 가산세(이하 "납부불성실가산세"라 한다)
(2) 지방세기본법(2013.1.1. 법률 제11616호로 개정된 것) 제53조의2(무신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 지방세관계법에 따라 산출한 세액(이하 "산출세액"이라 한다)을 신고하지 아니한 경우에는 산출세액의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다.
② 제1항에도 불구하고 사기나 그 밖의 부정한 행위로 법정신고기한까지 산출세액을 신고하지 아니한 경우에는 산출세액의 100분의 40에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다.
③ 제1항 및 제2항에 따른 가산세의 계산 및 그 밖에 가산세 부과 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제53조의3(과소신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 산출세액을 신고한 경우로서 신고하여야 할 산출세액보다 적게 신고(이하 "과소신고"라 한다)한 경우에는 과소신고분(신고하여야 할 금액에 미달한 금액을 말한다. 이하 같다) 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다.
② 제1항에도 불구하고 사기나 그 밖의 부정한 행위로 과소신고한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 부과한다.
1. 사기나 그 밖의 부정한 행위로 인한 과소신고분(이하 "부정과소신고분"이라 한다) 세액의 100분의 40에 상당하는 금액
2. 과소신고분 세액에서 부정과소신고분 세액을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액
③ 제1항 및 제2항에도 불구하고 신고 당시 소유권에 대한 소송으로 상속재산으로 확정되지 아니하여 과소신고한 경우에는 가산세를 부과하지 아니한다.
④ 제1항 및 제2항에 따른 부정과소신고분, 가산세액의 계산 및 그 밖에 가산세의 부과에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 부칙 <법률 제11616호, 2013.1.1.> 제1조(시행일) 이 법은 2013년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제65조제2항 및 제3항의 개정규정은 2013년 4월 1일부터, 제140조 제1항의 개정규정은 2013년 7월 1일부터 각각 시행한다. 제2조(가산세율 변경에 따른 적용례) 제53조의2부터 제53조의5까지의 개정규정은 이 법 시행 후 가산세를 가산할 지방세의 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
(3) 지방세법(2013.1.1. 법률 제11617호로 일부개정되기 전의 것) 제6조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.
1. "취득"이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상·무상의 모든 취득을 말한다.
2. "부동산"이란 토지 및 건축물을 말한다.
4. "건축물"이란 건축법 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물(이와 유사한 형태의 건축물을 포함한다)과 토지에 정착하거나 지하 또는 다른 구조물에 설치하는 레저시설, 저장시설, 도크(dock)시설, 접안시설, 도관시설, 급수·배수시설, 에너지 공급시설 및 그 밖에 이와 유사한 시설(이에 딸린 시설을 포함한다)로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.
5. "건축"이란 건축법 제2조 제1항 제8호에 따른 건축을 말한다. 제7조(납세의무자 등) ① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권 또는 종합체육시설 이용회원권(이하 이 장에서 "부동산등"이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다.
② 부동산등의 취득은 민법, 자동차관리법, 건설기계관리법, 항공법, 선박법, 입목에 관한 법률, 광업법 또는 수산업법 등 관계 법령에 따른 등기·등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 보고 해당 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다. 다만, 차량, 기계장비, 항공기 및 주문을 받아 건조하는 선박은 승계취득인 경우에만 해당한다.
③ 건축물 중 조작(造作) 설비, 그 밖의 부대설비에 속하는 부분으로서 그 주체구조부(主體構造部)와 하나가 되어 건축물로서의 효용가치를 이루고 있는 것에 대하여는 주체구조부 취득자 외의 자가 가설한 경우에도 주체구조부의 취득자가 함께 취득한 것으로 본다. 제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.
② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.
③ 건축물을 건축(신축과 재축은 제외한다)하거나 개수한 경우와 대통령령으로 정하는 선박, 차량 및 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다. 이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령으로 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.
⑤ 다음 각 호의 취득(증여·기부, 그 밖의 무상취득 및 소득세법 제101조 제1항 또는 법인세법 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.
3. 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득
⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에 따른 취득세의 과세표준이 되는 가액, 가격 또는 연부금액의 범위 및 그 적용과 취득시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. 제21조(부족세액의 추징 및 가산세) ① 취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니하면 제10조부터 제15조까지의 규정에 따라 산출한 세액(이하 이 조에서 "산출세액"이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각 호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다.
1. 지방세기본법 제53조 제1호에 따른 신고불성실가산세(이하 "신고불성실가산세"라 한다): 해당 산출세액 또는 부족세액의 100분의 20에 해당하는 금액
2. 지방세기본법 제53조 제2호에 따른 납부불성실가산세(이하 "납부불성실가산세"라 한다)
② 납세의무자가 취득세 과세물건을 사실상 취득한 후 그 취득일부터 2년 내에 제20조에 따른 신고 및 납부를 하지 아니하고 매각하는 경우에는 제1항 및 지방세기본법 제53조 제2호에도 불구하고 산출세액에 100분의 80을 가산한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다. 다만, 등기·등록이 필요하지 아니한 과세물건 등 대통령령으로 정하는 과세물건에 대하여는 그러하지 아니하다.
(4) 지방세법 시행령(2013.1.1. 대통령령 24296호로 일부개정되기 전의 것) 제18조(취득가격의 범위 등) ① 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.
1. 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용
2. 할부 또는 연부(年賦) 계약에 따른 이자 상당액 및 연체료. 다만, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우는 취득가격에서 제외한다.
3. 농지법에 따른 농지보전부담금, 산지관리법에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용
4. 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비·수수료
5. 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액
7. 제1호부터 제6호까지의 비용에 준하는 비용
② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용은 취득가격에 포함하지 아니한다.
1. 취득하는 물건의 판매를 위한 광고선전비 등의 판매비용과 그와 관련한 부대비용
2. 전기사업법, 도시가스사업법, 집단에너지사업법, 그 밖의 법률에 따라 전기·가스·열 등을 이용하는 자가 분담하는 비용
3. 이주비, 지장물 보상금 등 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용
4. 부가가치세
5. 제1호부터 제4호까지의 비용에 준하는 비용
③ 법 제10조 제5항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.
1. 판결문: 민사소송 및 행정소송에 의하여 확정된 판결문(화해·포기·인낙 또는 의제자백에 의한 것은 제외한다)
2. 법인장부: 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서
④ 법 제10조 제6항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 취득가격"이란 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 말한다.
1. 제3항 제2호에 따른 법인장부로 증명된 금액
2. 제3항 제2호에 따른 법인장부로 증명되지 아니하는 금액 중 소득세법 제163조에 따른 계산서 또는 부가가치세법 제16조에 따른 세금계산서로 증명된 금액
(5) 원자력안전법 제16조(검사) ① 발전용원자로설치자, 공급자 및 성능검증기관은 발전용원자로 및 관계시설의 건설, 특정핵물질의 계량관리에 관한 사항을 대통령령으로 정하는 바에 따라 위원회의 검사를 받아야 한다.
② 위원회는 제1항에 따른 검사결과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 발전용원자로설치자, 공급자 및 성능검증기관에게 그 시정 또는 보완을 명할 수 있다.
1. 제11조에 따른 허가기준에 미달될 때
2. 제10조 제2항에 따른 허가신청서의 첨부서류에 기재된 내용과 일치하지 아니하거나 제15조에 따른 계량관리규정에 위반될 때
(6) 원자력안전법 시행령 제27조(사용 전 검사) ① 발전용원자로설치자는 법 제16조 제1항에 따라 원자로시설의 공사 및 성능에 대하여 제29조에 따른 각 공정별로 위원회의 검사를 받아 이에 합격한 후가 아니면 해당 시설을 사용하여서는 아니 된다.
② 제1항의 검사를 하여 원자로시설의 공사 및 성능이 법 제11조 제2호 및 법 제21조 제1항 제2호에 따른 기술기준에 맞는 경우에는 합격으로 한다. 제28조(사용 전 검사 신청) 제27조에 따른 사용 전 검사를 받으려는 자는 총리령으로 정하는 바에 따라 검사신청서를 위원회에 제출하여야 한다. 제29조(사용 전 검사의 시기 등) ① 제27조에 따른 사용 전 검사를 받는 공정 및 시기는 다음 각 호와 같다.
1. 원자로시설의 주요 구조물에 대한 공사를 착공하였을 때 및 주요공정별 강도시험이 가능할 때
2. 원자로시설의 공사가 완료되어 계통별 기능시험이 가능할 때
3. 상온수압시험 및 고온기능시험이 가능할 때
4. 핵연료장전 및 시운전시험이 가능할 때
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실들이 확인된다. (가) 청구법인의 쟁점발전소 취득경위 등은 다음과 같다.
1. 청구법인은 2005.9.30. 전원개발촉진법에 따라 지식경제부장관으로부터 이 건 발전소 건설 실시계획 승인을 득하고 2005.10.1. 부지정지공사를 착수한 후 2006.4.28. 처분청으로부터 신축허가를 받아 2007.6.4. 기초굴착공사를 착수하였다.
2. 청구법인은 2008.6.15. 및 2012.1.30. 처분청에 쟁점발전소의 기초공사인 철근배근 완료 등 건축공정에 대한 감리중간보고 및 감리완료보고를 하였다.
3. 청구법인은 2012.5.26. 처분청에 쟁점발전소에 대한 사용승인을 신청하여 2012.7.4. 연면적 90,904.92㎡, 37개동(복합건물, 원자로 건물, 핵연료건물, 비상디젤발전기건물, 터빈건물, 순환수 취수실 및 펌프실 등), 건축용도 발전시설(발전소, 관리시설) 등을 내용으로 하는 사용승인을 받았는바, 사용승인 신청당시 첨부서류는 ① 공사감리완료보고서, ② 최종공사완료도서, ③ 배치 및 평면이 표시된 현황도면, ④ 액화석유가스 완성검사필증 등으로 쟁점발전소 내의 시설물에 대한 검사증 등은 해당 서류에 포함되어 있지 않다.
4. 청구법인은 2012.7.31. OOO 핵연료장전 및 시운전검사에 대하여 원자력안전법 시행령제27조의 규정에 의한 사용전검사 합격을 통보받고, 같은 날 지식경제부장관에게 전기사업법 제9조와 같은 법 시행규칙 제8조에 따라 OOO은 이를 수하였다. (나) 청구법인은 쟁점발전소가 2012.5.26. 사용승인됨에 따라 처분청에 취득세 등을 신고하였는바 해당 신고자료에 의한 과세표준 산출근거는 다음과 같다.
1. 이 건 발전소에 발생한 총 공사비를 OOO으로 하고 그 금액을 직접공사비와 간접공사비로 구분하였다. 2)직접공사비(도급공사비)는 시공공사비, 설계비 및 용역비로 구분하고, 그 중시공공사비는 주설비공사와 대비공사로 나누어 주설비공사는 토목, 건축, 기계, 배관, 전기, 계측 및 시운전으로, 대비공사는 방파제축조 등과 시운전정비공사로 구분하였다.
3. 간접공사비는 일반관리비, 건설자금이자 및 비품비로 구분하고,일반관리비는 본부비, 건설소비, 해외사무소비 및 시운전비로 구분하였다.
4. 위와같이 구분된 각 항목에 따라 다시 취득세 과세대상과 비과세대상을 구분한 후 과세대상금액에이건 발전소 중 쟁점발전소에 소요된 비용의 비율(59.1%)을 적용하여 산출한 가액을 쟁점발전소의 과세표준으로 신고하였는바, 그 신고서상에 종합설계용역비는 OOO으로,시운전비용은 0원으로 기재되어 있다. (다) 청구법인의 위 종합설계용역비 신고와 관련하여 종합설계용역 계약 체결 및 비용 발생 내역 등은 다음과 같다.
1. 청구법인은 2002.8.9. OOO에 대한 종합설계용역 계약을 아래와 같이 체결하였는바 그 주요내용 중 종합설계용역범위와 용역비 내역서에 의하면 용역범위를 설계업무, 패키지형 사업주기술지원업무 및 OOO를 주된 근거로 하여 산출된 것으로 나타난다.
2. 청구법인은 상기 종합설계용역의 용역범위와 관련하여 구체적으로 종합설계용역을 설계업무와 비설계업무로 구분하고, 설계업무는 설계분야와 비설계분야로, 비설계업무는 사업주기술지원업무와 직원교육훈련업무로 구분한 후 각 업무의 투입시간 등을 기준으로 용역비를 산출하였으며 용역비 산출기준 중 가장 많은 비율을 차지하는 투입시간을 기준으로 종합설계용역의 실적금액을 각 업무에 안분하였는바 그 내역은 다음과 같다.
3. 청구법인은 종합설계용역의 설계업무 실적금액 중 과세비율 13.78%를 적용하여 이 건 발전소의 종합설계용역비를 계산하고 이 중 쟁점발전소의 비율 59.1%를 적용하여 쟁점발전소의 종합설계용역비를 산출하여 신고하였는바, 과세비율(13.78%)은 설계업무 투입시간 중 설계분야의 과세대상(건물, 구축물 등) 투입시간이 차지하는 비율로 산출하였다. (라) 쟁점②의 쟁점시운전비와 관련하여 청구법인의 시운전팀에서 작성 제출한 자료에 의한 시운전의 개념, 시운전의 종류 및 비용발생 등의 내용은 다음과 같다.
1. 시운전의 개요 시운전이란건설작업이 완료된 계통(Subsystem)을 건설로부터 청구법인의 시운전팀이 인수하면서 시작되며, 계통시험과 기동시험으로 구분되는바 일반적으로 원자력발전소 건설시 건설소에서 건물과 기계장치(계통)를 구분하여 건물은 발전소로 인계인수되고, 기계장치(계통)는 시운전실로 인계인수된 후 시운전을 거쳐 발전소로 최종 인계인수된다.
2. 시운전의 종류 및 주요 공정별 시험 시운전은 계통을 인수하여 시정하고 가동하기 전의 계통시험과 기동전 시험 후 연료장전에서 상업운전 개시 전의 발전소 기동시험으로 구분되는바,청구법인의 시운전실에서 쟁점발전소에 대하여 단계별로 수행한 시운전 실적은 다음과 같다.
3. 청구법인은 시운전비용에 대하여 시운전 지원공사와 시운전정비공사로 구분한 후 시운전 지원공사는 주설비계약과 패키지로 계약하고 시운전정비공사는 별도공사로 계약하여 그 발생금액을 장부에 기장하였으며,청구법인이 2009.12.28. OOO와 체결한 이 건 발전소에 대한 시운전정비공사(용역) 도급계약의 주요내용은 다음과 같은바,해당 공사 내역에 건설, 건물보존 및 유지 등에 대한 내용은 포함하지 않는 것으로 나타난다. (마) 처분청이 쟁점설계비와 쟁점시운전비를 쟁점발전소의 과세표준에 포함시켜 취득세를 부과한 내역 및 근거는 다음과 같은바, 청구법인이 쟁점발전소 건설과 관련하여 신고한 종합설계용역 업무별 구분, 각 업무별 발생금액, 한국전력기술이 산출한 투입시간, 시운전비용 관련 도급공사비 및 일반관리비 등 기본적인 자료 등에 대하여는 처분청과 청구법인 간에 다툼이 없다.
2. 각 과세비율 산출근거
- 가) 쟁점설계비 관련 과세비율(23.61%) 산출근거는 아래와 같은바, 과세비율 적용 대상금액을 설계업무금액으로 하였음에도 배부대상 기준 투입시간은설계업무에 소요된 투입시간이 아닌 설계업무 중 설계분야 투입시간을 적용하였다.
- 나) 쟁점시운전비 중 도급공사비 과세비율(67.03%) 산출근거 청구법인이 당초 취득세 신고 시 제출한 공사비 항목별 과세표준내역서에 의하면 시운전정비공사비용은 시공공사비 중 대비공사비 항목에 포함된 것으로 나타남에도 처분청은 시공공사비 중 주설비공사비(토목, 건축, 기계, 배관 및 전기) 항목에 적용한 과세비율(67.03%)을 쟁점시운전비 중 도급공사비(시운전정비공사비용)의 과세비율로 사용하였다.
- 다) 쟁점시운전비 중 일반관리비 과세비율(22.11%) 산출근거 처분청은 공사비 항목별 취득세 과세표준내역서에 의한 간접공사비 중 일반관리비 항목에 적용한 과세비율(22.11%)을 쟁점시운전비 중 일반관리비 과세비율로 사용하였다. (바)우리 원 조사 담당 공무원이 2016.8.5. 쟁점발전소의 현황을 조사하고 작성한 보고서에서 확인된 내용은 다음과 같다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저, 쟁점①의 쟁점설계비에 대하여 살피건대, 이 건은 쟁점발전소의 취득세 과세표준에 포함시켜야 하는 종합설계용역비에 과세대상 뿐만 아니라 비과세대상 비용도 포함하고 있으므로 그 과세대상과 비과세대상의 비율을 산정함에 있어 처분청과 청구법인 간에 산정된 과세비율이 상이함에 따라 처분청이 그 과세비율의 차액에 대하여 쟁점설계비를 추징한 것이나, 종합설계용역비는 설계업무비용과 비설계업무(사업주 기술지원, 직원훈련)비용으로 구분되어 있으므로 먼저 과세대상과 전혀 관련 없는 비설계업무비용을 제외한 후, 기계장치 등 비과세대상과 과세대상의 설계가 혼재되어 있는 설계업무비용을 합리적인 비율로 안분하여쟁점발전소의 과세대상에 해당하는 설계업무비용을 산출해야 할 것인바, 처분청과 청구법인은 과세비율 산출기준을 업무투입시간으로 하였고, 그 시간의 배부대상을 종합설계용역비용 중 설계업무비용으로 하였으므로 그 과세비율은 설계업무의 총 투입시간 중 과세대상 투입시간의 비율을 적용하여야 할 것임에도 처분청은 설계업무비용을 투입시간의 배부대상으로 하면서도 기준이 되는 투입시간을 설계업무가 아니라 그 업무 중 설계분야로 하여 잘못 적용함에 따라 과세비율이 높게 산정된 것으로 보이므로 쟁점설계비를 과세표준에서 제외하여 이 건 취득세의 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②의 쟁점시운전비에 대하여 살피건대, 지방세법 제10조 제5항 및 지방세법 시행령 제18조 제1항에서 규정하고 있는 취득세 과세표준이 되는 “취득가격”에는 과세대상물건의 취득 시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격은 물론 그 외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나 그에 준하는 취득절차비용도 간접비용으로 이에 포함된다 할 것이다. 원자력발전소는 일반건축물과 달리 주요 설비 및 기기가 건축물과 일체가 되어 건설되는 것으로서 원자로, 터빈 등의 중요 설비와 기기를 중심으로 덮개를 씌우듯이 건축물이 건설되는데, 해당 설비와 기기는 일반건축물과 같이 건축물이 완성된 후에만 설치되는 것이 아니라 축조되는 과정에서 설치되기도 하는바, 이러한 절차를 거쳐 원자력발전소를 완성하여 가동(상업개시)을 하려면 원자력안전법령 등에 의해 필요한 각 설비와 기기에 대한 시운전이 원자력발전소 건설과정에서 성공적으로 되어야만 하는 것이어서 발전소 내의 설비와 기기 등에 대한 시운전은 원자력발전소의 사업개시를 위한 필수절차라 할 수 있으므로 동비용은 쟁점발전소를 취득하는 데 필요한 것으로 보는 것이 타당하다 하겠다. 다만, 시운전이 쟁점발전소의 상업운전을 개시하기 전에 필요한 절차라 하더라도 순수하게 발전소 내의 설비 및 기기 등의 기계장치에 대한 시운전으로 인한 비용까지 동발전소를 취득하기 위한 비용으로 보기는 어렵고 시운전대상이 되는 주요 설비 및 기기가 건축물과 유기적으로 결합되어 설치됨에 따라 동건축물에 영향을 주는 경우에 한정하여 발생한 비용만 취득세 과세표준에 포함시키는 것이 타당하다 할 것이므로 총 시운전대상이 되는 설비 및 기기(이하 “시운전대상설비”라 한다) 중 쟁점발전소(건축물)와 상호 유기적으로 결합되어 기능을 하는 것(이하 “건축물관련설비”라 한다)인지 여부 등을 재조사하여 건축물관련설비가 총 시운전대상설비에서 차지하는 비율을 총 시운전비용에 적용한 결과에 따라 이 건 과세처분의 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다. (다) 마지막으로 쟁점③의 가산세에 대하여 살피건대, 과소신고가산세는 지방세기본법(2013.1.1. 법률 제11616호로 개정된 것)의 개정에 따라 2013.1.1. 신설된 것으로 같은 법 부칙 제2조에서 2013.1.1. 이후에 납세의무가 성립된 취득세 등부터 적용한다고 규정하고 있는바, 청구법인은 2012.7.4. 쟁점발전소를 취득하였으므로, 2013.1.1. 개정 전의 지방세기본법 제53조 제1호에 따른 신고불성실가산세의 부과대상에 해당되는 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.