쟁점부동산을 취득일부터 3년 이내에 청구법인의 고유목적 사업에 직접 사용하지 아니한 것에 대하여 정당한 사유가 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2011.2.25. OOO을 신고납부하였다.
• 나. 청구법인은 쟁점부동산을 고유목적 사업에 직접 사용하지 아니한 사실에 대하여 정당한 사유가 있으므로 위 신고납부한 세액의 환급을 구하는 경정청구를 2015.7.1. 제기하였으나, 처분청은 2015.8.24. 청구법인의 위 경정청구를 거부통지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.10.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점부동산의 경우 당초 청구법인이 운영하는 학교의 위치변경(일부이전) 등을 목적으로 취득하고 교육과학기술부장관 등에게 계획승인신청서를 제출하려 하였으나 담당자로부터 전문대학의 보조금 집행 등에 대한 감사원 감사 이후에 신청서를 제출하는 것이 좋겠다는 요청이 있어 동 감사원 감사결과에 대한 취소소송 1심 판결(원고 승소)을 받은 후 계획승인신청서를 제출한 것이고, 쟁점부동산을 학교 부지로 사용하기 위해서는 유관 기관의 계획 승인, 교육환경평가승인, 실시계획 인가 등 복잡한 행정절차를 순차적으로 밟아야 하는 것으로 그 성격상 준비기간이 오래 걸릴 수밖에 없었으며 이에 청구법인은 나름대로 최선의 노력을 다하였으나 유예기간 내에 해당 절차를 완료하지 못한 것에 불과하고 행정절차가 지연되는 외부적인 사유로 인하여 고유목적 사업에 사용하지 못하고 사용시기가 연기된 것이므로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점부동산을 취득한 때(2011.2.25.)부터 학교(일부)이전 계획 승인신청에 대한 어떠한 법령상 등의 제약사유가 없었음에도 불구하고 약 2년 7개월이 지난 시점(2013.10.29.)에 이르러 계획 승인신청서를 제출한 점, 쟁점부동산의 경우 본격적인 건축공사의 착공 등이 없이 임야로 방치되고 있어 고유목적 사업에 직접 사용되는 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 쟁점부동산을 취득일부터 3년 이내에 청구법인의 고유목적 사업에 직접 사용하지 아니한 것에 대하여 정당한 사유가 있는지 여부
• 나. 관련 법률 지방세특례제한법 제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ①초·중등교육법및고등교육법에 따른 학교,경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법또는기업도시개발 특별법에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 "학교등"이라 한다)가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래 사실들이 확인된다. (가)청구법인은 2010.11.23. 이사회를 개최하여 대학 일부 이전안을 의결하고 2011.2.25. OOO 소재 쟁점부동산을 취득하였다. (나)OOO에 대하여 ‘국고지원 전문대학 선정·관리 및 전문대학의 보조금 집행 등과 관련된 특정사항 점검’을 위한 실지감사를 실시하였는데, 교육과학기술부장관은 2012.8.8. 청구법인에게 아래와 같이 전문직업인 양성 지원 실태 감사결과처분 통보를 하였다. (다)청구법인 등은 2012.11.2. 교육부장관을 상대로 국고보조금교부결정취소 등에 대한 취소소송을 제기하였고, OOO은 2013.8.7.피고(교육부장관)가 원고(청구법인)에게 한 2012.8.8.자 국고보조금 OOO 보조금교부결정취소처분 및 2012.9.18.자 국고보조금 환수처분을 각 취소한다는 취지의원고승소판결을 선고하였다. (라) 교육부장관은 2018.8.8. 위 감사원 감사결과 지적사항에 대한 이행내용에 대하여 행정처분 유보결정을 하였고,2013.8.28.위 1심판결에 대하여 항소를 제기하였으나, OOO은 2014.3.28. 상고기각판결(원고승소)을 하였다. (마)청구법인은 2013.10.16. OOO 위치변경(일부이전)에 따른 교육환경평가서를 제출하였고, 2013.10.29. 동 학교 위치변경(일부이전) 계획승인신청서를 교육부장관에게 제출하였다. (바) 교육부장관은 2014.3.6. 청구법인에게 OOO 위치변경(일부이전) 계획 승인을 통보하였다.

(2) 청구법인이 제시하고 있는 쟁점부동산에 대한 사업진행 사항은 아래와 같다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점부동산을 취득한 후 약 2년 7개월이 경과한 시점에 이르러 최초 계획승인신청서를 제출한 점, 청구법인이 제시하고 있는 감사원장 감사결과 및 관련 소송내용은 국고보조금교부취소결정 등에 대한 것으로 학교위치변경 또는 쟁점부동산을 고유목적사업에 직접 사용하는 것에 대하여 직접적인 장애사유에 해당한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.