농업법인이 부동산 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 경우로 보아 감면된 취득세 등을 추징한 처분의 당부

[주 문] OOO 임야 33,058㎡를 취득일부터 1년 이내에 영농에 직접 사용하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2013.12.18. 원예(유기농, 화훼, 허브 등) 생산 및 판매등을 사업목적으로 하여 설립된 농업회사법인으로 같은 날 OOO으로부터 현물출자받은 것을 원인으로 2014.1.22. 소유권이전등기한 것에 대하여지방세특례제한법제11조 제1항에 따라 농업법인이 설립등기일부터 2년 이내에 취득한 부동산으로 하여 취득세 등을 면제받았다.
• 나. 처분청은 청구법인이 이 건 토지를 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않은 경우로 보아,지방세특례제한법 (2014.1.1. 법률 제12175호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제94조 제1호의 추징 규정에 따라지방세법제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) 제2항의 중과세율을 적용하여 청구법인에게 과세예고통지(2015.4. 15.)하고 과세전적부심사청구(2015.6.1.)를 불채택(2015.7.22.)한후, 2015. 8.6. 청구법인에게 취득세OOO을 부과·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.9.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 이 건 토지에 배와 들깨를 재배하던 중에 장뇌삼을 재배·판매할 목적으로 2014.3.9. 청구외OOO을 출하·유통·판매할 계획인바, 2015년 5월경에 산림경영계획인가를 신청하고 농업경영체 등록(변경등록) 확인서 등을 발급받은 것은 사실이나 실제로는 2014.3.26.부터 영농을 시작한 사실이 확인되는바, 처분청이 사실을 오인하고 입증할 만한 증거도 없이 이 건 토지를 영농에 이용하지 아니한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 위법·부당하다.
• 나. 처분청 의견 지방세특례제한법제11조 제1항에서 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대한 취득세 면제, 같은 법 제94조 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에 대한 기 감면 취득세의 추징에 대하여 규정하고 있는바, 담당공무원이 이 건 토지에 대하여 세 차례 출장 조사한 결과 이 건 토지가 농업용으로 사용되지 아니한 것으로 확인된 점, 청구법인이 제출한 장뇌삼 파종 관련 용역계약서, 입금영수증 및 장뇌삼 재배지 지적도만으로는 그 파종의 시기 및 규모 등을 명확하게 입증한 것으로 보기 어려운 점, 청구법인이 과세예고통지(2015.4.15.)를 받은 후 장뇌삼 재배와 관련된 산림경영계획인가를 신청한 점, 국립농산물품질관리원장의 농업경영체등록(변경등록)확인서도 과세예고통지 후 발급된 점 등을 종합적으로 판단해 볼 때, 청구법인이 과세예고통지 전부터 이 건 토지를 영농에 사용한 것으로 보기 어려우므로, 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 농업법인이 부동산 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 경우로 보아 감면된 취득세 등을 추징한 처분의 당부
• 나. 관련 법률 (1)지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정되기 전의 것) 제2조【정의】① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. "직접 사용"이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.(2014.1.1. 신설) 제11조【농업법인에 대한 감면】①농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제16조에 따른 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를, 농업법인의 설립등기에 대하여는 등록면허세를 각각 2015년 12월 31일까지 면제한다.

② 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세의 100분의 50을 각각 2015년 12월 31일까지 경감한다. 제94조【감면된 취득세의 추징】부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 지방세법 제11조【부동산 취득의 세율】① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

7. 그 밖의 원인으로 인한 취득

• 가. 농지: 1천분의 30
• 나. 농지 외의 것: 1천분의 40 제13조【과밀억제권역 안 취득 등 중과】② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율을 적용한다. 다만,수도권정비계획법제6조에 따른 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 "대도시 중과 제외 업종"이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하거나, 법인이 사원에 대한 분양 또는 임대용으로 직접 사용할 목적으로 대통령령으로 정하는 주거용 부동산(이하 이 조에서 "사원주거용 목적 부동산"이라한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 "휴면법인"이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소를 대도시로 전입함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립·설치·전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단 (1)처분청의 과세근거에 의하여 확인되는 사실관계는 다음과 같다. (가) 이 건 토지에 대한 출장보고서(2015.4.2., 2015.5.1.)에 의하면, 담당공무원(세정과)이 이 건 토지가 도면 및 위성사진과 같이 자연림 상태로 남아 있으며, 농업용으로 사용하고자 했던 흔적이 보이지 아니한 점 등을 이유로 취득세 추징 대상으로 판단한 것으로 되어 있다. (나) 청구법인의 산림경영계획 인가 신청에 따라, 담당공무원(공원녹지과)이 출장 조사한 결과보고서(2015.5.20.)에 의하면, 산림 형질변경이 수반되지 않고 장뇌삼 파종으로 효율적인 조성·관리에 적합하다는 이유로 인가한 것으로 나타난다. (다) 청구법인이2015.6.1. 과세전적부심사를 청구함에 따라 2015.6.5. 이 건 토지에 대하여 세 번째 관내출장을 한 결과, 담당공무원은 개간 또는 산림상태에서의 정비 등의 흔적이 없고, 현수막에도 불구하고 실질적으로 출입을 제한하거나 관리하는 인원이 없으며, 현수막의 재질 및 현수막 걸이 나무의 상태 등으로 볼 때 과세예고통지(2015.4.15.) 후 제작·설치된 것으로 확인하였다.

(2) 청구법인이 제시한 증빙의 내용은 다음과 같다. (가)산림경영계획서의 계획기간은 ‘2015년 5월부터 2024.4.30.’, 중점사업은 OOO’으로 기재되어 있다. (나) 국립농산물품질관리원의 농업경영체 등록(변경등록) 확인서(2015. 5.28.)에는 ‘최초등록일자 2014.10.16.’, 농지 및 농산물 생산은 ‘미이용(휴경)’으로 기재되어 있다. (다) 용역계약서(2014.3.9.)를 보면, 씨월드가 청구법인의 이 건 토지에 장뇌삼 종묘 파종 용역을 제공하고, 용역대금 OOO을 파종을 마치는 즉시 지급하는 것으로 기재되어 있으나, 용역기간은 특정되어 있지 아니한 것으로 나타난다. (라)청구법인의 대표이사가 2014.3.26.OOO 장뇌삼 재배지 지적도 및 사진(장뇌삼 재배에 사용하는 토지이니 타인의 출입을 금한다는 내용의 현수막, 리본 및 비닐끈을 나무에 묶어 둔 사진)을 증빙으로 제시하였다. (마) 장뇌삼 재배의 현장조사확인 회신에 의하면, 2016.5.15.부터 2016.5.16.까지 2일간 이 건 토지에 대하여 조사한 결과, “2년생 장뇌삼이 재배되고 있으며, 파종시기는 최소한 2014년 3～4월경으로 추정할 수 있다”고 기재되어 있다.

(3) 처분청 담당공무원은 2016.7.5. 개최된 조세심판관회의에 전화진술을 통하여, “2015년 4월과 5월, 청구법인이 과세전적부심사를 청구한 후인 2015년 6월에 현장을 방문했을 때는 농업용으로 사용한 흔적을 발견할 수 없었고, 산림경영계획서나 농업경영체변경등록 확인서는 모두 과세예고통지 후에 이루어진 것이며, 출입금지가 표시된 프랑카드와 리본도 과세전적부심사청구 후에 설치되었다”는 내용으로 진술하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청 은 담당공무원의 현지확인 조사를 토대로 청구법인이 이 건 토지를 취득 후 1년이 경과할 때까지 영농에 종사한 것으로 볼 수 없다고 판단하였으나, 장뇌삼 같은 약용 식물은 통상 자연림 상태에서 파종·재배되는 것이고, 별도로 개간작업 등이 필요하거나 외부인들이 재배지역을 인지할 수 있는 식별장치를 굳이 둘 이유가 없는 것으로 보이고, 처분청의 세정과 및 공원녹지과 담당공무원도 이 건 토지가 자연림 상태이었으며, 장뇌삼 파종으로 효율적인 조성·관리에 적합한 것으로 판단하였을 뿐만 아니라, 청구법인이 ‘장뇌삼 재배의 현장조사확인 회신’을 증빙으로 제시하면서, 2014년 3～4월경에 장뇌삼을 파종하였다고 주장하는바, 처분청이 이 건 토지에 대하여 장뇌삼 파종시기 및 재배 현황을 재조사하여 그 결과에 따라 이 건 취득세 등의 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 지방세기본법 제123조 제4항, 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.