청구법인이 취득한 쟁점토지의 취득세 등의 과세표준은 감정가액이 아닌 사실상의 취득가격이 되어야 한다는 청구주장의 당부

[참조결정] 국심2000구0848 / 조심2012지0724

[주 문] OOO이 2015.4.21. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인, OOO는 2013.9.12. OOO로부터 OOO 부지인 OOO 등 OOO㎡를 공동으로 취득하였고, 이에 따라 청구법인은 위 토지 중 청구법인의 지분 OOO%에 해당하는 면적(이하 “이 건 토지”라 한다)을 취득하였다.
• 나. 청구법인은 이 건 토지를 취득하고, 이 건 토지의 감정가액 OOO원을 과세표준으로 하고, 지방세법 제11조 제1항 제7호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 2013.9.24. 신고납부하였다.
• 다. 청구법인은 처분청의 요구에 따라 이 건 토지의 취득세 등의 과세표준을 이 건 토지의 감정가액 OOO원으로 하여 취득세 등을 신고납부하였으나, 청구법인은 OOO와 협약에 따라 OOO 부지 등을 조성한 대가로 이 건 토지의 OOO%를 취득하였고, 나머지 OOO%는 OOO로부터 유상으로 취득하였으므로 이 건 토지의 취득세 등의 과세표준은 청구법인이 사실상 OOO을 위하여 투입한 금액인 OOO원과 OOO에게 지급한 이 건 토지의 매매가액 OOO원의 합계액인 OOO원이 되는 것이고, 청구법인이 신고납부한 취득세 등 OOO원 중 이 건 토지의 사실상의 취득가액을 과세표준으로 하여 산정한 취득세 등을 초과하는 금액인 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원은 환급되어야 한다고 주장하며 처분청에 2015.4.9. 취득세 등의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2015.4.21. 청구법인의 경정청구를 거부하는 통지를 하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2015.7.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인 등이 OOO와 맺은 협약서 제37조 및 OOO 준공인가 공고(OOO) 중 용도별 처분계획에 의거 청구법인은 OOO에 실제로 부담한 총공사비(OOO원) 중 청구법인의 지분 OOO%에 해당하는 금액과 청구법인 등이 OOO에게 지급한 이 건 토지의 매매대금 OOO원의 OOO%에 해당하는 금액을 합한 금액으로 이 건 토지를 취득하였으므로 청구법인은 이 건 토지를 취득하기 위하여 실제로 부담한 금액이 이 건 토지의 취득세 등의 과세표준이 되어야 한다. 대법원(2002.5.17. 선고 2000두7018 판결)은 취득세 과세대상 매립지에 대해 부지매립공사비를 알 수 있다면 당해 부지매립공사비가 취득세 과세표준이 되어야 한다고 판결하고 있고, 조세심판원(국심 2000구848, 2000.9.7.)도 공유수면매립자가 매립한 토지를 원시취득하는 경우 그 취득가액을 준공시 감정가액으로 하는 것은 부당하고 취득에 소요된 사업비와 그 부대비용으로 한다고 결정한 바 있으며, 또한, 조세심판원은 토지의 사실상 취득가격이 청구법인의 토지계정별 원장에 의하여 확인되고, 장부가액이 특별히 조작되거나 사실상의 취득가격에 부합하지 아니하는 것으로 보이지 아니하는 점 등에 비추어 법인장부에 기재되어 있는 이 건 토지의 취득가액을 부인할 논리적 근거가 없다고 결정(조심 2012지724, 2014.1.9.)한 바 있고, 이 건 토지에 대하여 감정을 실시한 것은 해당 부동산의 가치를 산정하기 위한 것일 뿐 이를 공사의 대가로 지급받은 토지의 취득세 과세표준으로 삼을 수는 없는 것이므로 이 건 토지의 취득가액은 청구법인이 이 건 토지의 취득을 위하여 실제로 지급한 공사비 등으로서 청구법인의 장부에 기재되어 있는 이 건 토지의 가액으로 보는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 OOO는 OOO의 소유자로서 당초 협약(1996.10.29.)에 의한 정산합의(2013.5.28.)에 따라 이 건 토지 중 OOO 지분(OOO%) 비율 만큼의 토지는 감정평가금액을 매매대금으로 하여 청구법인에게 매도한 것이고, 나머지 지분(OOO%)은 청구법인 등에게 OOO 투자 대가로서 현물로 청구법인 등에게 지급한 것으로 청구법인 등의 투자 사업비는 이 건 토지를 취득하기 위해 토지 소유자인 OOO에게 지급한 것이 아니라 청구법인 등이 1996.10.29. OOO와 체결한 협약(협약서 제37조 제2항)에 의거 OOO 민간개발자로서 사업추진을 수행하는데 소요된 사업비로 보아야 하고, OOO는 청구법인 등의 투자에 대한 대가를 이에 상당하는 현물로서 이 건 토지를 청구법인 등에게 지급하고 청구법인은 투자 대가로서 지급받은 것이 현금이 아니라 현물로 받은 경우로서 결과적으로 그 현물인 이 건 토지를 취득한 것이며, OOO가 청구법인에게 지급하고자 한 그 대가는 시가 감정액 만큼의 금원으로 보아야 할 것인바, 이는지방세법제10조 제5항 제1호의 지방자치단체로부터의 취득에 해당하고, 그 사실상 취득가격은 이 건 토지의 전 소유자인 OOO가 감정평가업자에게 의뢰하여 평가한 이 건 토지의 시가 감정액으로 봄이 타당하다 할 것이므로 이 건 경정청구 거부처분은 잘못이 없다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 취득한 이 건 토지의 취득세 등의 과세표준은 감정가액이 아닌 사실상의 취득가격이 되어야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) OOO(갑)와 청구법인 등(을) 사이에 1996.10.29. 체결된 OOO을 위한 OOO와 민간개발사업자간의 협약서에 의하면, 사업명은 OOO, 위치는 OOO OOO㎡, 사업시행자는 OOO, 민간개발자는 청구법인, OOO로 기재되어 있고, 세부협약내용 중 대가의 지급에 관하여 다음과 같이 기재되어 있다. (나) OOO가 1996.12.2. 고시(OOO)한 OOO 지정 고시문에 의하면, OOO는 이 건 토지 등을 OOO로 지정한 것으로 기재되어 있다. (다) OOO와 청구법인 등 사이에 2013.5.28. 체결된 정산합의서에 의하면, OOO(갑)와 공동협약대표자 청구법인 등(을)은 1996.10.29. 체결한 OOO의 OOO을 2013.6.30. 기준으로 최종 정산함에 따라 다음과 같이 합의하고, 갑과 을은 본 사업의 최종 정산을 위한 개발이익금 배당 지분율을 OOO%로 한다고 기재되어 있다. (라) OOO가 2013.7.12. 청구법인 등에게 보낸 OOO 문서(OOO)에 의하면, 합의서(2013.5.28.) 및 금회 확정 통보된 감정평가액을 산출하여 협약서 제14조에 따라 토지매각 대금 OOO원을 2013.7.26.까지 납부하라고 기재되어 있다. (마) OOO 준공인가 공고(OOO)에 의하면, OOO로 지정변경 및 실시계획변경 고시된 OOO에 대하여 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률 제46조에 따라 준공인가하고 그 사항을 공고하고, 사업의 명칭은 OOO, 사업시행자는 OOO, 사업시행지역의 위치 및 면적은 OOO OOO㎡, 준공인가 연월일은 2013.9.9.로 기재되어 있다. (바) OOO 준공인가 공고(OOO) 상의 토지 등의 관리처분계획에 의하면, 도로용지, 녹지 등은 OOO, 농수산물센터는 OOO에 귀속되고, OOO 등의 부지는 청구법인 등 2개사로 귀속되며, 청구법인 외 2개사가 취득하는 토지 OOO㎡는 청구법인 외 2개사의 투자비(OOO)에 대한 대물변제와 매매분(OOO)으로 구성되며, 청구법인 외 2개사의 지분은OOO로 기재되어 있다. (사) 청구법인은 2013.9.12. 이 건 토지를 취득하고,이 건 토지의 감정가액 OOO원을 과세표준으로 하고, 지방세법 제11조 제1항 제7호의 세율을 적용하여 산출한 OOO원을 2013.9.24. 신고납부하였다. (아)청구법인 등 3개사가 취득한 토지 현황은 아래의 <표>와 같다. (자) 청구법인의 계정별 원장(OOO)에 의하면, 청구법인은 1997년 4월부터 2013년 9월까지 OOO 조성 및 이 건 토지 등을 OOO로부터 매수하기 위하여 OOO원을 지출한 것으로 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 이 건 토지의 취득세 등의 과세표준은 이 건 토지의 감정가액 OOO원이 되어야 한다는 의견이나, 지방세법 제10조 제5항에서 다음 각 호의 취득(증여·기부, 그 밖의 무상취득 및 소득세법 제101조 제1항 또는 법인세법 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격을 과세표준으로 한다고 규정하면서 그 제1호에서 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득을, 그 제3호에서 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득을 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제18조 제1항에서 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 취득가격은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다고 규정하고 있는바, ① 청구법인은 이 건 토지를 OOO로부터 취득하였고, 이 건 토지를 취득한 자가 법인이므로 이 건 토지의 취득세 등의 과세표준은 특별한 사정이 없는 한 청구법인의 장부 등에 의하여 입증되는 이 건 토지의 사실상의 취득가액이 된다고 보는 것이 타당한 점, ② OOO 준공인가 공고(OOO) 상의 토지 등의 관리처분계획에 의하면, 도로용지, 녹지 등은 OOO, 농수산물센터는 OOO에 귀속되고, 물류센터, OOO 등의 부지는 청구법인 등 2개사로 귀속되며, 청구법인 외 2개사가 취득하는 토지 OOO㎡는 청구법인 외 2개사의 투자비(OOO)에 대한 대물변제와 매매분(OOO)으로 구성되며, 청구법인 외 2개사의 지분은 OOO%로 기재되어 있어 청구법인이 취득한 이 건 토지의 취득가액이 OOO 등에 의해 확인되는 점, ③ 청구법인의 장부상 계정별 원장(OOO)에 의하면, 청구법인은 1997년 4월부터 2013년 9월까지 OOO 조성 및 이 건 토지 등을 OOO로부터 매수하기 위하여 OOO원을 지출한 것으로 기재되어 있는 점 ④ 법인의 장부가액이 조작되었거나 사실상의 취득가액에 부합하지 아니한 것이 명백한 때에는 법인의 장부가액을 사실상의 취득가액으로 인정하기 어렵다 할 것이나, 청구법인의 이 건 토지의 장부가액은 특별히 조작되거나 사실상의 취득가격에 부합하지 아니하는 증빙이 없으므로 청구법인의 장부가액을 부인할 근거가 없어 보이는 점, ⑤ 이 건 토지의 감정가액 중 청구법인이 이 건 토지를 취득하기 위하여 지급한 금액을 초과한 금액은 청구법인이 이 건 토지를 취득하기 위하여 지급하였거나 지급하여야 할 금액에 해당하지 아니하고, 청구법인이 이 건 토지를 취득하기 위하여 지급하였거나 지급하여야 할 금액에 해당하지 아니하는 금액을 이 건 토지의 취득세 등의 과세표준에 포함하는 것은 타당하지 아니한 점 등에 비추어 이 건 토지의 취득세 등의 과세표준은 청구법인이 이 건 토지의 취득을 위하여 지급한 사실상의 취득가액이 된다고 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 토지의 취득세 등의 과세표준을 이 건 토지의 감정가액으로 보아 이 건 경정청구 거부처분을 한 것은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제123조 제4항, 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 지방세법 제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.

② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 취득(증여·기부, 그 밖의 무상취득 및 소득세법 제101조 제1항 또는 법인세법 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득

3. 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

(2) 지방세법 시행령 제18조(취득가격의 범위 등) ① 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

1. 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용 2.할부 또는 연부(年賦) 계약에 따른 이자 상당액 및 연체료. 다만, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우는 취득가격에서 제외한다. 3.농지법에 따른 농지보전부담금, 산지관리법에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용 4.취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비·수수료

5. 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액

6. 부동산을 취득하는 경우 주택법 제68조에 따라 매입한 국민주택채권을 해당 부동산의 취득 이전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 행정자치부령으로 정하는 금융회사 등(이하 이 조에서 "금융회사등"이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융회사등에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.

7. 제1호부터 제6호까지의 비용에 준하는 비용

③ 법 제10조 제5항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.

1. 판결문: 민사소송 및 행정소송에 의하여 확정된 판결문(화해·포기·인낙 또는 자백간주에 의한 것은 제외한다)

2. 법인장부: 금융회사의 금융거래 내역 또는 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률 제32조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서