창업중소기업인 청구법인이 취득한 사업용 재산을 직접 사용하지 아니하고 종전 임차인들에게 계속 임대한 경우 면제한 취득세를 추징한 처분이 적법한지 여부

[참조결정] 조심2011지0395

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2014.3.5. OOO토지 3,352.2㎡와 그 지상의 4개동의 건축물 1,289.93㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 대한 매매계약을 체결하여 취득한 후, 취득신고를 하면서 쟁점부동산이 창업중소기업이 취득한 사업용 재산으로서 조세특례제한법제120조 제3항의 취득세 감면대상에 해당된다는 사유로 감면신청을 하여, 처분청으로부터 취득세를 면제받았다.
• 나. 처분청은 세무조사 결과, 청구법인이 쟁점부동산의 4개동 건축물 중 다동 310.49㎡, 라동 326.48㎡, 마동 326.48㎡(이하 그 부속토지를 포함하여 “쟁점임대부동산”이라 한다)를 OOO을 2015.5.8. 청구법인에게 부과․고지하였다.
• 다. 청구법인이 2015.5.28. 이의신청을 하자 OOO으로 감액경정하는 결정을 하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2015.8.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2014.1.6. 보관 및 창고업 등을 영위할 목적으로 설립한 창업중소기업으로서 쟁점부동산을 취득한 후 목적사업에 사용하고자 기존 임차인들에게 여러 차례 명도요청을 하였으나 임차인들이 이를 거부하였고, 상가임대차보호법상 임대차계약기간 이내에는 명도소송을 통하여 명도를 받을 수 없어 부득이하게 잔여 임대기간 동안 계속 임대하는 것인바, 이와 같이 청구법인이 쟁점임대부동산을 명도받기 위한 내부적인 노력을 하였음에도 관련법령상의 제한 등으로 인하여 이를 명도받아 직접 사용할 수 없었던 것은 정당한 사유가 있다고 보아야 하고, 쟁점임대부동산에 대하여 취득세를 추징한다고 하더라도 그 취득일부터 2년이 경과하지 않았음에도, 처분청이 2년 이내에 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점임대부동산을 유예기간 이내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있으며, 유예기간 2년이 경과하기 이전에 면제한 취득세 등을 추징한 처분이 부당하다고 주장하나, 조세특례제한법제120조 제3항 단서의 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 당사자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유로 인한 것이거나 부동산을 사업용 건축물의 용도에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 당해 용도에 사용할 수 없는 사유만을 말하는 것으로, 청구법인은 쟁점부동산 취득 당시 전 소유자와 임차인들 간의 임대차계약의 존재를 이미 인지하고 있었고, 이로 인하여 쟁점임대부동산을 유예기간 이내에 직접 사용하기 어려운 점을 충분히 예견할 수 있는 상태에서 쟁점부동산을 취득하였고, 그 후 임차인으로부터 명도받고자 하였으나 상가임대차보호법으로 인하여 직접 사용하지 못한 것은 청구법인이 쟁점임대부동산을 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 인정하기 어렵다 하겠으며, 조세특례제한법제120조 제3항 단서에서 ‘취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다)하는 경우’에 면제한 취득세를 추징하도록 규정하고 있는바, 정당한 사유 없이 취득 시점부터 2년 이내에 임대한 것으로 임대차계약서 등에서 확인되고 있어 임대시점에서 추징대상에 해당된다(조심 2011지395, 2012.1.3., 같은 뜻임)고 할 것이므로, 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 창업중소기업인 청구법인이 취득한 사업용 재산을 직접 사용하지 아니하고 종전 임차인들에게 계속 임대한 경우 면제한 취득세를 추징한 처분이 적법한지 여부
• 나. 관련 법률

(1) 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것) 제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ① 2015년 12월 31일 이전에 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 "창업중소기업"이라 한다)과 중소기업창업 지원법제6조 제1항에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다 제120조(취득세의 면제 등) 2014년 12월 31일까지 창업하는 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2014.1.6. 전기통신업, 정보서비스업, 보관 및 창고업 등을 목적사업으로 하여 설립한 법인으로 2014.1.14. 업태/종목을 운수업/보관 및 창고업으로 하여 사업자등록을 한 사실이 법인등기부등본 등에서 확인된다. (나) 청구법인은 2014.1.14. 전 소유자와 쟁점부동산에 대하여 매매대금을 OOO으로, 잔금지급일을 2014.3.6.로 하여 매매계약을 체결하고, 계약상의 잔금지급일 전인 2014.3.5. 잔금을 지급하고 쟁점부동산을 취득한 사실이 매매계약서 등에 의하여 확인된다. (다) 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 후 처분청에 취득신고 및 감면신청을 하면서 제출한 사업계획서에 의하면, 청구법인은 쟁점부동산을 보관 및 창고업에 사용하고자 하였던 것으로 보인다. (라) 쟁점임대부동산에 대하여 전 소유자와 청구법인이 체결한 임대차계약 현황은 아래 〈표1〉․〈표2〉와 같다. (마) 청구법인은 2014.3.30. OOO와 임대차계약과는 별도로 위탁급식계약(계약기간: 2014.3.20.～2019.3.19.)을 체결한 것으로 나타난다. (바) 처분청 담당공무원이 2015.4.14. 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 뒤 작성한 출장결과보고서상 조사결과와 조사자의견은 다음과 같다.

○ 조사자 의견 창업중소기업 사업용 재산으로 취득하여 취득세 등을 면제받았으나, 일부 면적을 직접 사용하지 않고 임대하였으므로 해당 부분에 대하여 면제 받은 취득세 등을 추징함이 타당하다고 판단됨 (사) 처분청이 제출한 법인등기부등본과 사업자등록증에 의하면 임차인들 중OOO은 2014.9.22.에 사업장 소재지를 쟁점부동산으로 변경하여 현재까지 영업 중에 있는 것으로 나타난다. (아) 청구법인은 쟁점임대부동산의 임차인들에게 여러 차례 명도요청을 하였고, 명도와 관련하여 상호 법률자문을 받았다는 내용의 사실확인서 4매를 증빙으로 제시하고 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 조세특례제한법제6조 제1항과 제120조 제3항의 규정을 종합하면, 2014년 12월 31일 이전에 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업이 해당사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제하되, 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징하도록 규정하고 있는바, 위 규정에서의 ‘정당한 사유’라 함은 해당 사업에 직접 사용하는 데에 걸리는 준비기간의 장단, 직접 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 목적사업에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단할 것이고, 법령에 의한 금지·제한 등 부동산을 취득할 당시 유예기간 이내에 목적사업에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였다면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황에서 부동산을 취득하였고, 취득 후 유예기간 이내에 당해 부동산을 목적사업에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 취득 전에 존재한 법령상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 목적사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 법령상의 장애사유는 당해 부동산을 목적사업에 직접 사용하지 못한 것에 대한 정당한 사유가 될 수 없다고 할 것으로서, 청구법인은 쟁점부동산을 취득할 당시 전 소유자가 이를 임차한 사실을 알 수 있었으며, 상가건물임대차보호법에 따라 이러한 상가로 임대한 부동산의 경우 이를 임대차계약을 해지하고 명도받아 청구법인의 목적사업에 사용하는 데 중대한 장애사유가 될 수 있음을 충분한 주의를 기울였다면 알 수 있었다고 보이고, 이러한 취득 이전의 장애사유가 유예기간 이내에 해소될 것이라는 합리적인 기대를 할 수 있는 아무런 근거가 없이 쟁점부동산을 취득하여 쟁점임대부동산을 종전의 임차인들에게 당초 임대기간동안 계속하여 임대한 것이므로, 이는 취득 이전에 존재하던 장애사유로서 정당한 사유에 해당된다고 볼 수 없다 할 것이고, 조세특례제한법제120조 제3항 단서에서 취득 후 정당한 사유 없이 2년 이내에 이를 임대한 경우에는 면제한 취득세를 추징하도록 규정하고 있으므로, 청구법인이 쟁점임대부동산을 임대한 시점에서 추징사유가 발생하였다고 할 것이고, 따라서 쟁점부동산을 취득한 후 2년이 경과하지 아니하였다는 이유로 이 건 부과처분이 부당하다는 청구주장은 받아들일 수 없으므로, 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.