[요지] 청구법인은 대도시 내에 지점을 설치한 날부터 5년 이내에 이 건 부동산을 취득ㆍ등기하였고, 이 건 부동산 중 일부를 임대하여 의료업에 직접 사용하지 아니하였으므로, 임대면적의 경우 중과세 제외대상으로 보기 어렵고, 청구법인에게 가산세를 면제할 만한 정당한 사유가 있다고 볼만한 사정 또한 찾기 어려우므로 이 건 등록세 부과처분은 잘못이 없음
[요지] 청구법인은 대도시 내에 지점을 설치한 날부터 5년 이내에 이 건 부동산을 취득ㆍ등기하였고, 이 건 부동산 중 일부를 임대하여 의료업에 직접 사용하지 아니하였으므로, 임대면적의 경우 중과세 제외대상으로 보기 어렵고, 청구법인에게 가산세를 면제할 만한 정당한 사유가 있다고 볼만한 사정 또한 찾기 어려우므로 이 건 등록세 부과처분은 잘못이 없음
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
(1) 처분청과 청구법인이 제출한 증빙자료에서 다음과 같은 내용이 확인된다. (가) 청구법인은 2010.7.15. OOO을 주사무소 소재지로 하고, 의료기관의 설치운영 등을 목적으로 하여 아래 <표1>과 같이 설립되었다. (나) 청구법인은 이 건 부동산이 소재한 OOO을 소재지로 하여 2010.7.26. 아래 <표2>와 같이 청구법인의 OOO에 대한 사업자등록을 경료한 것으로 나타난다. (다) 청구법인은 2010.8.1. 이 건 부동산이 소재한 OOO으로 사용하고 있는 것으로 확인된다. (라) 청구법인은 2010.9.27. 재단법인 OOO에 취득한 후, 이 건 부동산을 의료법에 의하여 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 구 지방세법제287조 제2항에 따라 처분청으로부터 취득세 등을 감면받고, 구 지방세법제138조 제1항 및 같은 법 시행령 제101조 제2항 제11호에 따라 일반세율을 적용한 등록세 등을 신고·납부하였다. (마) 청구법인은 2010.9.27. 취득한 이 건 부동산 중 지하 1층 제122호 및 제123호 355.43㎡를 2010.12.1.부터 2년을 기간으로 하여 아래 <표3>과 같이 OOO에게 이를 임대하였으며, 2012.12.1. 임대차기간을 연장한 것으로 나타난다. (바)처분청은 2011년 5월경 청구법인에 대한 세무조사를 통해 임대 중인 쟁점부동산에 대하여 기 과세면제한 취득세 등을 추징하였고, OOO은 2014년 10월경 청구법인에 대한 세무조사(지도점검)를 통해 임대중인 쟁점부동산에 대하여 등록세 중과세 대상으로 판단하여 처분청에 이를 통보하였으며, 처분청은 쟁점부동산에 대하여 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 신고·납부한 세액을 차감하여 산출한 이 건 등록세 등을 2014.11.10. 추징(부과·고지)하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가)구 지방세법제138조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제102조 제2항에서대도시 내에서의 지점설치 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기에 대하여는 등록세를 중과세하되, 구 지방세법 시행령제101조 제1항 제11호에서 의료법제3조의 규정에 의한 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 대도시내 법인중과세 대상에서 제외하도록 규정하고 있다. (나)청구법인은서울지점 설치일(2010.7.30.)부터 5년 이내에 취득·등기하여구 지방세법제138조 제1항 제3호 등에 따라등록세 중과세 대상이 된 쟁점부동산에 대하여 이를의료법에 의한 의료업에 사용한다 하여 구 지방세법 시행령제101조 제1항 제11호에 따라 처분청으로부터 등록세 중과세를 제외 받았음에도 쟁점부동산을 의료업에 직접 사용하지 아니하고 이를 임대함으로써중과세율 적용 대상이 되었는바, 그렇다면 청구법인은 쟁점부동산에 대하여 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 신고·납부한 세액을 공제한 금액을 그임대일부터 30일 이내에 신고·납부하여야 함에도 이를 이행하지 아니한 이상 처분청이 청구법인에게 이 건 등록세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (다) 또한, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우가 아닌 한 세법상 의무의 불이행에 대하여 부과되어야 하는 것인바, 청구법인은 쟁점부동산을 의료업에 직접 사용하지 아니하고 이를 임대함으로써대도시내 법인중과세의 예외 대상에 해당하지 아니하였음에도 그 신고·납부기한 내에 의무를 이행하지 아니한 이상 이 건 가산세 부과처분은 적법하다 할 것이고, 설사, 처분청이 이 건 등록세 추징을 지연함으로써 청구법인이 납부불성실가산세를 추가로 부담하게 되었다 하더라도 신고·납부 불이행에 대한 근본책임은 납세자인 청구법인에게 있다 할 것이므로 청구법인이 주장하는 이러한 사유는 가산세 면제의 정당한 사유로 보기는 어렵다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.
1. 대도시안에서의 법인의 설립(설립후 5년이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기 3.대도시내에서의 법인의설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그설립·설치·전입 이후의 부동산등기
③ 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항 제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정안전부령으로 정한다. 제150조의2 (신고 및 납부) ②등록세 과세물건을 등기 또는 등록한 후에 당해 과세물건이 제138조의 규정에 의한 세율의 적용대상이 된 때에는 대통령령이 정하는 날부터 30일 이내에제138조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 금액을 세액으로 하여 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 대통령령이 정하는 바에 의하여신고하고 납부하여야 한다. 제151조 (부족세액의 추징 및 가산세) 등록세 납세의무자가 제150조의2 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제130조 내지 제143조, 제145조 및 제146조의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 "산출세액"이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각 호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다.
1. 제150조의2 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 신고하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액에 미달하는 때에는 당해 산출세액 또는 부족세액의 100분의 20에 상당하는 신고불성실가산세 2.제150조의2 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 납부하지 아니하였거나 산출세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 부족한 세액에 제121조 제1항 제2호의 규정에 의한 가산율과 납부지연일자를 곱하여 산출한 납부불성실가산세 제287조 (국민건강증진사업자 등에 대한 감면) ②의료법 제48조의 규정에 의하여 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를면제(특별시·광역시 및 도청소재지인 시지역에서 취득하는 부동산에 대하여는 등록세를 과세한다)하고, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세 및 공동시설세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년내에 정당한 사유 없이 의료업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 의료업에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다. (2)구 지방세법 시행령(2010.9.20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것) 제101조(대도시내 법인중과세의 예외) ① 법 제138조 제1항 각 호외의 부분단서에서 “대통령령으로 정하는 업종”이라 함은 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다. 11.의료법제3조의 규정에 의한 의료업
② 제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유없이 1년(제1항 제5호의 규정에 의한 주택건설사업의 경우는 3년)이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우와 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당부분에 대하여는 법 제138조 제1항 본문의 규정을 적용한다. 다만, 제1항 제6호의 규정에 의한 전기통신사업자가 전기통신사업법제34조의3의 규정에 의하여 전기통신설비 또는 시설을 다른 전기통신사업자와 공동으로 사용하기 위하여 임대하는 부동산에 대하여는 그러하지 아니하다 제102조(대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준) ② 법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입이전에 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산 취득등기를 포함하며, "지점 등"이라 함은 행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다. 제104조의2(신고 및 납부기한 등) ② 법 제150조의2 제2항에서 “대통령령으로 정하는 날”이라 함은 다음 각 호의 날을 말한다.
3. 법 제138조 제1항 각 호외의 부분 단서에 따라 대도시 중과 제외 업종의 법인등기나 대도시 중과 제외 업종에 직접 사용하는 부동산에 관한 등기 또는 사원주거용 목적 부동산으로 직접 사용하는 부동산에 관한 등기를 한 후 같은 조 제2항 각 호의 어느 하나의 경우에 해당하는 사유가 발생하여 법 제138조 제1항 각 호 외의 부분 본문에 따른 세율이 적용될 때에는 해당 사유가 발생한 날 (3)구 지방세법 시행규칙(2010.11.22. 행정안전부령 제173호로 개정되기 전의 것) 제55조의2(사무소 등) 영 제102조 제2항 후단에서 "행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장"이라 함은 법인세법ㆍ부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장(법인세법ㆍ부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제대상 사업장과 부가가치세법 시행령 제6조의3에 따라 승인을 얻은 사업자단위과세적용사업장의 종된 사업장으로 신고된 사업장을 포함한다)으로서 인적ㆍ물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다. 다만, 다음의 장소는 제외한다.
1. 영업행위가 없는 단순한 제조ㆍ가공장소
2. 물품의 보관만을 하는 보관창고
3. 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장