청구법인이 이 건 부동산을 유예기간 내에 종교용도에 직접 사용한 것으로 보 수 있는지 여부

[주 문] OOO의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 처분청은 청구법인이 2010.12.29. 증여를 원인으로 취득한OOO에 대하여 종교단체인 청구법인이 해당사업에 직접 사용하고자 취득하는 부동산으로 보아지방세법(2010.1.1.법률 제9924호로 개정된 것, 이하 같다) 제107조 제1호 및 제127조 제1호에 따라 취득세와 등록세를 비과세하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 날부터 3년(이하 “유예기간”이라 한다)이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 않고 다른 용도로 사용하고 있다고 보아 2015.4.14. 이 건 부동산의 시가표준액OOO을 청구법인에게 부과·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.7.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인에게 2010.12.29. 이 건 부동산을 증여한OOO는 2000.4.3. 이 건 부동산을취득하여 종교(예배당 등)용도로 직접 사용하다가 교회 재산의 투명한관리를위하여 재단법인인 청구법인을 설립한 후, 이 건 부동산을 청구법인의 명의로 변경하였을 뿐, 이 건 부동산은 청구법인의 당초 설립 목적대로 이 건 교회가 계속하여 교회 용도로 직접 사용하고 있는바, 이는 청구법인이 이 건 부동산을 유예기간 내에 종교용도에 직접 사용하는 것이라 할 것임에도 청구법인이 이 건 교회를 취득한 후에도 이 건 교회가 이 건 부동산을 예배당 등의 용도로사용한다는 사실만으로이를 유예기간 내에 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지않는것으로 보아 처분청이 이 건 취득세등을 부과한 처분은 청구법인의 설립 목적과 이 건 부동산의 사용 관계 등을전혀 고려하지 아니하고지방세법제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호의 “직접 사용”을 자의적으로 해석한 것에 불과할 뿐 아니라 구 행정안전부도 교회가 재단법인으로 소유권을 증여한 후에도 계속하여 증여 전과 동일하게 종교시설로 사용하고 있는 경우에는 그 용도에 직접 사용하지아니하고 매각이나 다른 용도로 사용하는 것으로 보기 어려우므로 당해재산은 재단법인이 종교용도에 직접 사용하는 것이 합리적이라고 해석(지방세운영-2607, 2011.6.5.)하고 있고, 감사원심사청구(2015-242, 2015.6.25.)에서도 개별교회가 교회용 부동산의 실질적 소유권을 보유하면서 그 취득일부터 계속하여 2년 이상 종교용도(예배당 등)로 직접 사용하고 있는 사실이 확인되는 경우, 당해 부동산을 그 취득일부터 2년 이내에 소속 유지재단에 증여하였다고 하여 이를 다른 용도로 사용하는 것으로 보아 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이라고 결정한 바 있으므로 이 건 취득세 등도 구 행정안전부의 해석 및 감사원 심사청구 결정 사례의 결정 취지에 따라 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인의 공동회의록에서 청구법인과 이 건 교회의 관계는 별도의 기관으로 표기되어 있고, 회계처리도 각각 하는 것으로 되어 있으며, 청구법인의 해산 시 잔여재산도 이 건 교회가 아닌 유사법인에 기증하거나 국가 또는 지방자치단체에 귀속하는 것으로 되어 있으므로 청구법인과 이 건 교회는 별개의 독립된 주체로 보아야 할 것이고,이 건 부동산과 같이 지방세를 비과세 받은 부동산의 경우 비과세 충족요건은 당해 취득자가 해당 용도에 직접 사용하는 것에 한정하는 것이합리적이라 할 것이므로 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 후에도이 건 교회가 이 건 부동산을 예배당 등의 용도로 직접 사용하는 경우에는 청구법인이 해당 용도에 직접 사용한 것으로 볼 수 없는바 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하며, 구행정안전부 질의회신(지방세운영-2607, 2011.6.5.)은 이 건과 사실관계가다른 사항에 대한 회신이므로 이 건에 그대로 적용할 수 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 이 건 부동산을 유예기간 내에 종교용도에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련 법률

(1) 지방세법(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정된 것) 제1조의2【해석의 기준 등】① 이 법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다. 제107조【용도구분에 의한 비과세】다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사(祭祀)·종교·자선·학술·기예(技藝) 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 제127조【용도구분에 의한 비과세】① 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사(祭祀)·종교·자선·학술·기예(技藝) 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 교회는 2010.7.11. 청구법인을 설립하여 이 건 교회의 재산을 출연하고자 임시공동회의를 개최하였다고, 그 회의록은 아래와 같다.

(2) OOO로, 목적사업을 성경신학 수립·연구·저술, 선교활동, 성경신학서적 번역, 성경신학 연구원 배양 등으로 하는 청구법인의 설립을 승인하였고, 청구법인은 2010.12.22. 설립 등기를 마쳤다.

(3) 처분청이 제출한 청구법인과 이 건 교회의 고유번호증의 주요 내역은 아래와 같다

(4) 청구법인은 2010.12.29. 이 건 부동산을 이 건 교회로부터 증여를원인으로 취득한 후, 처분청으로부터 종교단체가 해당사업에 직접 사용하고자 취득하는 부동산으로 보아 취득세 등을 면제받았다.

(5) 처분청 세무담당공무원이 2014.12.21. 이 건 부동산에 대한 사용현황을 조사하고 작성한 출장복명서의 주요 내용은 아래와 같다.

(6) 위의 출장복명서에서 청구법인의 담당자)는 이 건교회가 이 건 부동산에 입주하지 않았고, 청구법인이 종교용도로 직접 사용하고 있다고 답변한 것으로 나타나고 있으나, 청구법인의 주장과 처분청의 의견을 종합하여 보면, 이 건 부동산은 청구법인과 특수관계에 있는 이 건 교회가 예배당 등의 용도로 사용한 것으로 보인다.

(7) 이 건 교회의 인터넷 홈페이지를 보면, 이 건 교회의 소재지는 OOO로 이 건 부동산의 소재지와동일하고, 이 건 교회가 이 건 부동산(예배당)에서 진행하는 예배 등의 시간표(일부)는 아래와 같다. (8)지방세법제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호에서종교등을 목적으로 하는 단체(비영리사업자)가 해당 사업에 사용하기 위하여취득 및 등기하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세하되, 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 비과세한 취득세와 등록세를 부과한다고 규정하고 있다.

(9) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 종교를 목적으로 하는 단체가 당해 부동산을 해당 사업에 사용한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, 그 사업에 사용의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 하는 점, 개별교회가 교회법에 따라 소속 유지재단에 부동산을 증여한 후에도 사실상의 소유권을 유지하면서 계속하여 교회용도로 사용하는 경우 이는 소속 유지재단에 당해 부동산의 소유권을 이전한 것이아니라 명의신탁한 것에 불과한 것으로 볼 수 있는 점, 이 건 교회의 경우 이 건 부동산을청구법인에게 실제로 증여하였다기 보다는 교회 재산이 특정인에게사유화되는 것을 방지하고 투명한 관리를 위하여 청구법인을 설립하여형식적으로 이 건 부동산을 증여한 것으로서 그 사용 현황은 증여하기전과 달라진 것이 없다고 보이는 점, 청구법인의 경우 이 건 교회와 달리 별도의 정관을 가지고 있는 재단법인이라고 하더라도 이 건 교회의 회의록 등을 보면 대표자 선출 등 청구법인의 관리·운영에 관한대부분의 사항이 이 건 교회에 위임되어 있는 것으로 보아 청구법인과 이 건 교회는 그 형식적 구분에 관계없이 사실상 동일한 종교단체로 보는 것이 타당하다고 보이는 점, 이 건 교회가 이 건 부동산을 증여한후에도 증여하기 전과 같이 예배당 등으로 사용하고 있다고 하더라도 그 사용은 청구법인이 해당 용도에 직접 사용하는 것으로 보는것이 해당 조항을 합목적적으로 해석하여 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 않도록 하여야 한다는지방세법제1조의2의 취지에 부합한다고 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 날부터 유예기간 내에 그 용도에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 처분청이 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로지방세 기본법제123조 제4항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.