청구법인이「조세특례제한법」제119조 제2항 제3호에 따른 등록면허세 면제요건을 충족하는지 여부

[주 문] OOO이 2015.2.3. 청구법인에게 한 등록면허세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2014.3.19. OOO을 신고·납부하였다.
• 나. 청구법인은 2014.2.17. OOO를 발급받은 후 조세특례제한법(2015.1.1. 법률 제12853호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119조 제2항 제3호에 따른 등록면허세 면제대상인 벤처기업에 해당하므로 기 납부한 등록면허세 등을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였고, 처분청은 2015.2.3. 경정청구 거부통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.3.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 현행 벤처기업확인제도에서는 법인설립 전에는 “예비벤처기업확인서”를, 법인설립 후에는 “벤처기업확인서”를 발급하고 있는바, 등록면허세는 법인설립 직전에 납부해야 하기 때문에 등록면허세 신고납부 시점에는 “예비벤처기업확인서”만을 제출할 수밖에 없었고, 이에 따라 법인설립 후 “벤처기업확인서”를 다시 발급받아 등록면허세 등을 환급받고자 경정청구를 한 것이다. 이러한 사정으로 보아 처분청은 등록면허세 납부시점에 조세특례제한법제119조 제2항 제3호에 따라 당연히 “예비벤처기업확인서”만으로 등록면허세를 면제해 주었어야 하는 것으로, 그렇지 아니하면 법인설립시에는 “벤처기업확인서”를 제출할 수 없는 제도상의 문제로 인해 해당 조문은 무력화되어 사문화된 법조항이 되며, 대법원에서도 ‘예비벤처기업확인서’에 의해 취득세등 부과처분취소를 인용한 사례도 있다. (2)지방세법제28조 제2항에 따라 청구법인이 과밀억제권역에 법인을 설립함에 따라 중과세되어 납부하여야 할 세액은 등록면허세 OOO이어야 하지만, 처분청이 지방세법에 따른 등록면허세 세율을 잘못 적용하여 최저한세인 OOO을 과세한 것은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 (1)벤처기업육성에 관한 특별조치법, 같은 법 시행령 및 같은 법 시행규칙의 위임에 따라 제정된 중소기업청 고시 제2013-60호 벤처기업의 확인요령(이하 “고시”라 한다) 제2조 제3호, 제4호, 제5호를 보면 벤처기업육성에 관한 특별조치법에 따른 벤처기업을 예비벤처기업와 구분하여 정의하고 있으며, 고시 제6조에서도 확인기관의 벤처기업 요건심사시 벤처기업과 예비벤처기업 간의 심사에 있어 기술성 평가의 지표가 다른 점, 고시 제7조에 따라 벤처기업확인서를 발급시에도 벤처기업의 요건에 해당된다고 확인한 때에는 ‘벤처기업확인서’를 예비벤처기업의 요건에 해당된다고 확인한 때에는 ‘예비벤처기업확인서’를 각각 상이한 서식으로 하여 확인서를 발급하는 점, 예비벤처기업으로 확인받은 기업이 벤처기업으로 확인받기 위해서는 확인기관의 장에게 확인신청하여 벤처요건심사를 다시 거치는 점을 종합하여 볼 때 청구법인은 조세특례제한법제119조 제2항 제3호의 “창업 중에 벤처기업으로 2014년 12월 31일까지 확인받은 중소기업”이라는 요건 규정을 충족하지 못하였고, 청구법인이 제출한 예비벤처기업확인서(제20140101354호)와 2014.6.26. 확인받은 벤처기업확인서(제20140107696호)의 발급번호와 유효기간이 다른 점, 예비벤처기업확인서상 법인의 상호가 미기재 되어 어떤 중소기업이 확인을 받았는지가 판단하기 어려운 점, 예비벤처기업확인서와 달리 벤처기업확인서 상에는 고시 제2조 제5호에 따른 벤처기업임을 명시하고 있는 점을 미루어 볼 때, 예비벤처기업확인서를 발급받은 후 벤처기업확인서를 발급받아 제출하였기 때문에 등록면허세를 면제 받아야 한다는 청구법인의 주장은 해당 규정을 임의로 확대 해석한 것으로 받아들이기 어렵다.

(2) 영리법인의 설립에 대한 등록면허세 세율적용에 있어서 지방세법제28조의 적용관계는 우선 지방세법제28조 제1항 제6호 가목의 세율을 적용하여 세액을 산출하고 그 세액이 OOO으로 적용하고, 그 다음에 동법 동조 제2항에 해당하는 경우에는 그 중과세율을 적용해야 법규의 적용이 합당하다 할 것이므로, 청구법인 설립에 대해서는 지방세법제28조 제1항 제6호 가목을 적용하여 산출한 세액은 자본금 OOO이 적용되고, 청구법인은 대도시인 OOO에 법인을 설립하는 경우에 해당하므로 지방세법제28조 제2항 제1호에서 규정하고 있는 중과세율(100분의 300)을 적용하면 등록면허세는 OOO이 타당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점

① 청구법인이조세특례제한법제119조 제2항 제3호에 따른 등록면허세 면제요건을 충족하는지 여부

② 지방세법제28조 제2항의 대도시내 법인설립에 대한 세율적용이 잘못되었다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령: 〈별지〉기재
• 다. 사실관계 및 판단 (1)청구법인과 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은사실들이 나타난다. (가) 청구법인은 2014.3.19. OOO을 신고·납부하고 같은 날 설립등기하였다. (나) 청구법인은 벤처기업 확인기관인 OOO를 각각 발급받았고, 그 내용은 아래와 같다. (다) 벤처기업확인기관 중 하나인 OOO으로 분류되는 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 조세특례제한법제119조 제2항 제3호에서 벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조의2 제1항 제2호 다목에 따라 창업 중에 벤처기업으로 2014.12.31.까지 확인받은 중소기업이 그 확인을 받은 날부터 1년 이내에 하는 법인설립 등기에 대하여 등록면허세를 면제하는 것으로 규정하고 있는바, 청구법인은 벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조의2 제1항 제2호 다목 괄호의 창업하는 기업으로서 같은 법 제25조 제1항에 따라 벤처기업 해당 여부에 관하여 벤처기업확인기관인 OOO은 같은 법 제25조 제2항에 따라 2014.2.17. 청구법인에게 예비벤처기업확인서를 발급하였던 점, 벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조의2 및 제25조에서 벤처기업의 요건과 확인절차를 규정함에 있어 예비벤처기업과 벤처기업을 구분하고 있지 아니한 점 등에 비추어 청구법인이 2012.12.18.에 한 법인설립 등기는 조세특례제한법제119조 제2항 제3호에 따른 등록면허세 면제 대상에해당된다고 봄이 타당할 것이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은잘못이 있다고 판단된다.

(3) 쟁점②는 쟁점①을 인용하여 심리의 실익이 없으므로 심리를 생략한다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 〈별지〉관련 법령 (1)조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 일부개정되기 전의 것) 제119조(등록면허세의 면제 등)② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기에 대하여는 등록면허세를 면제한다.

3. 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조의2 제1항 제2호 다목에 따라 창업 중에벤처기업으로 2014년 12월 31일까지 확인받은 중소기업이 그 확인을 받은 날부터 1년 이내에 하는 법인설립 등기

(2) 벤처기업육성에 관한 특별조치법(2014.7.15. 법률 제12237호로 일부개정되기 전의 것) 제2조의2(벤처기업의 요건)① 벤처기업은 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다.

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당할 것

• 다. 다음 각각의 요건을 모두 갖춘 기업[창업하는 기업에 대하여는 (3)의 요건만 적용한다]

(1) 기술신용보증기금법에 따른 기술신용보증기금(이하 "기술신용보증기금"이라한다)이 보증(보증가능금액의 결정을 포함한다)을 하거나, 중소기업진흥에 관한 법률 제68조에 따른 중소기업진흥공단(이하 "중소기업진흥공단"이라 한다) 등 대통령령으로 정하는 기관이 개발기술의 사업화나 창업을 촉진하기 위하여 무담보로 자금을대출(대출가능금액의 결정을 포함한다)할 것

(2) (1)의 보증 또는 대출금액과 그 보증 또는 대출금액이 기업의총자산에서 차지하는 비율이 각각 대통령령으로 정하는 기준 이상일 것

(3) (1)의 보증 또는 대출기관으로부터 기술성이 우수한 것으로 평가를 받을 것

② 제1항 제2호 나목 및 다목(3)에 따른 평가기준과 평가방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제25조(벤처기업의 해당 여부에 대한 확인) ① 벤처기업으로서 이 법에 따른 지원을 받으려는 기업은 벤처기업 해당 여부에 관하여 기술신용보증기금 등 대통령령으로 정하는 기관이나 단체(이하"벤처기업확인기관"이라 한다)의 장에게 확인을 요청할 수 있다.

② 벤처기업확인기관의 장은 제1항에 따라 확인 요청을 받으면 산업통상자원부령으로 정하는 기간 내에 확인하여 그 결과를 요청인에게 알려야 한다. 이 경우 그 기업이 벤처기업에 해당될 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 유효기간을 정하여 벤처기업확인서를 발급하여야 한다.

(3) 벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령(2014.3.24. 대통령령 제25272호로 일부개정되기 전의 것) 제2조의3(벤처기업의 요건 등)⑦ 법 제2조의2 제1항 제2호 다목 (1)에서 "대통령령으로정하는 기관"은 중소기업진흥공단을 말한다.

⑨ 법 제2조의2 제1항 제2호 다목 (3)에 따른 기술성 평가기준은 기술의 우수성, 기술의 활용도 등으로 하되, 구체적인 평가기준과 평가방법은 중소기업청장이 정하여 고시한다.

(4) 벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행규칙(2015.1.1. 산업통상부자원부령 제100호로 일부개정되기 전의 것) 제8조(벤처기업 해당 여부의 확인 절차)① 법 제25조 제1항에 따라 벤처기업 해당 여부를 확인받으려는 자는 중소기업청장이 정하여 고시하는 신청서에 법 제2조의2 제1항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당함을 증명하는 서류를 첨부하여 영 제18조의3에 따른 벤처기업확인기관(이하 "벤처기업확인기관"이라 한다)의 장에게 제출하여야 한다.

② 벤처기업확인기관의 장은 제1항에 따라 벤처기업 해당 여부의 확인을 요청받은 경우에는 요청받은 날부터 다음 각 호의 구분에 따른 기간 이내에 확인을 요청한 자에게 그 결과를 알려야 한다. 다만, 부득이한 사유로 그 기간 이내에 알리기 어려운 경우에는 20일 이내의 범위에서 한 번만 그 기간을 연장할 수 있다.

1. 벤처기업 해당 여부의 확인을 요청한 자가 법 제2조의2 제1항 제2호 가목에 해당하는지 여부: 30일

2. 벤처기업 해당 여부의 확인을 요청한 자가 법 제2조의2 제1항 제2호 나목 및 다목에 해당하는지 여부: 45일

③ 그 밖에 벤처기업 해당 여부에 관한 확인 절차 등에 관하여 필요한 사항은 중소기업청장이 정하여 고시한다.

(5) 지방세법(2014.3.24. 법률 제12505호로 일부개정되기 전의 것) 제28조(세율)① 등록면허세는 등록에 대하여 제27조의 과세표준에 다음 각 호에서정하는 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

6. 법인 등기 가.상사회사, 그 밖의 영리법인의 설립 또는 합병으로 인한 존속법인

1. 설립과 납입: 납입한 주식금액이나 출자금액 또는 현금 외의 출자가액의 1천분의 4(세액이 11만2천5백원 미만인 때에는 11만2천5백원으로 한다. 이하 이 목부터 다목까지에서 같다)

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기를 할 때에는 그 세율을제1항 제1호 및 제6호에 규정한 해당 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조에 따른 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 "대도시 중과 제외 업종"이라 한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 대도시에서 법인을 설립(설립 후 또는 휴면법인을 인수한 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)하거나 지점이나 분사무소를 설치함에 따른 등기