분할신설법인이 회사분할로 인하여 쟁점부동산을 취득한 후 해당 사업연도 기간 중 청구법인에게 합병된 경우 분할등기일이 속하는 사업연도 종료일까지 승계받은 사업을 계속 영위하지 아니한 것으로 보아 취득세 등을 부과한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. OOO 중 제8층, 제9층 합계 2,772㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 분할을 원인으로 취득한 후 법인세법상 적격분할로 인하여 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 등을 면제받았다. 나.OOO을 부과·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.2.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 국세청 유권해석에 의하면 분할등기일이 속하는 사업연도 종료일 이내에 제3의 법인이 분할신설법인을 흡수합병(분할신설법인은 소멸)하여 사업의 계속성이 유지되는 경우에는법인세법제46조 제1항 제3호의 법인세 과세이연 요건을 충족하는 것으로 유권해석하고 있는 점, 합병과 분할에 대한 과세특례 규정은 경제적 실질의 변화 없이 단순한 조직의 변화만 수반하는 적격합병, 분할, 현물출자 등에 대하여 과세문제가 발생하지 않도록 하여 기업의 원활한 구조조정을 지원하는 것에 입법취지가 있는 점, 처분청의 과세논리에 따를 경우 당초에 적격분할·합병한 경우 및 적격분할 후 분할등기일이 속하는 사업연도 이후에 적격합병하는 경우에는 취득세 등이 면제되는 반면, 본 사안의 경우와 같이 분할등기일이 속하는 사업연도에 적격합병하는 경우에만 취득세 등이 부과되는 불합리한 결과가 초래되는 점 등에 비추어 분할등기일이 속하는 사업연도에 분할신설법인을 합병하였다는 사유만으로 취득세 등을 부과한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 분할신설법인은 2009.8.24. 분할법인으로부터 분할된 후 2009.12.4. 청구법인에게 합병되어 소멸되었으므로 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위하였다고 보기 어려운 점, 청구법인이 제시하고 있는 국세청의 유권해석 등은 합병법인이 분할신설법인을 흡수합병하는 경우 사업의 계속성이 유지된 것으로 보아 법인세 과세이연 요건을 충족하였는지 여부에 관한 것인바, 법인세는 일정 기간의 법인소득을 기준으로 과세하는 세목이고 취득세는 취득하는 시점을 기준으로 판단하여 과세하는 세목으로서 각 개별법상의 고유한 목적이 있어 법인세와 관련한 해석을 일률적으로 적용하기 어려워 보이는 점 등에 비추어 청구주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 분할신설법인이 회사분할로 인하여 쟁점부동산을 취득한 후 해당 사업연도 중 청구법인에게 합병된 경우분할등기일이 속하는 사업연도 종료일까지 승계받은 사업을 계속 영위하지 아니한 것으로 보아 취득세 등을 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것) 제119조(등록세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기 또는 등록에 대해서는 등록세를 면제(제13호 및 제28호의 경우에는 100분의 50을 감면)한다. 이 경우 지방세법 제138조 제1항의 세율을 적용하지 아니한다.

10. 법인세법 제46조 제1항 각 호(물적분할의 경우에는 동법 제47조 제1항)의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산에 관한 등기 제120조(취득세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재산의 취득에 대해서는 취득세를 면제(제12호 및 제24호의 경우에는 100분의 50을 감면)한다.

9. 법인세법 제46조 제1항 각 호(물적분할의 경우에는 동법 제47조 제1항)의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산

(2) 법인세법(2009.12.31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것) 제46조(분할평가차익상당액의 손금산입) ① 다음 각 호의 요건을 갖춘 분할(물적분할을 제외한다)의 경우로서 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(대통령령이 정하는 자산에 한한다)의 가액중 당해 자산에 대한 분할평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.

1. 분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 대통령령이 정하는 바에 따라 분할하는 것일 것

2. 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 주주가 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인으로부터 받은 분할대가의 전액(분할합병의 경우에는 제44조 제1항 제2호의 비율 이상)이 주식이고 그 주식이 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 주주가 소유하던 주식의 비율에 따라 배정될 것 3.분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것

④ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 승계받은 사업의 계속 또는 폐지에 관한 판정기준, 손금산입액 및 익금산입액의 계산과 그 산입방법등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3) 법인세법 시행령(2010.6.8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것) 제80조(합병평가차익상당액의 손금산입) ③합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일 이전에 피합병법인으로부터 승계한 사업용 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 승계한 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 법 제44조 제1항 제3호에 해당하지 아니하는 것으로 한다. 이 경우 승계받은 사업(한국표준산업분류에 의한 세분류를 기준으로 하며, 이하 이 조에서 "사업"이라 한다)이 2 이상인 경우에는 각 사업별로 판정하며, 같은 호에 해당하는 사업부문의 자산에 한정하여 제2항을 적용한다.

⑥ 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도개시일부터 3년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 되는 경우에는 제5항에도 불구하고 법 제44조 제2항에 따라 해당 사유가 발생한 사업연도에 일시상각충당금 또는 압축기장충당금의 잔액전액을 익금에 산입한다. 이 경우 승계한 사업이 2 이상인 경우에는 각 사업별로 판정한다.

1. 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 사업용 고정자산가액의 3분의 2 이상을 처분하거나 승계한 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 승계받은 사업을 6월 이상 계속하여 휴업하거나 폐업하는 경우 제82조(분할평가차익상당액의 손금산입) ③ 법 제46조 제1항 제1호에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 분할하는 것"이라 함은 다음 각 호의 요건을 갖춘 것을 말한다.

1. 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것일 것

2. 분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것. 다만, 공동으로 사용하던 자산, 채무자의 변경이 불가능한 부채 등 분할하기 어려운 자산과 부채 등으로서 기획재정부령이 정하는 것의 경우에는 그러하지 아니하다.

3. 분할법인(소멸한 분할합병의 상대방법인을 포함한다)만의 출자에 의하여 분할하는 것일 것

4. 분할합병의 경우 분할합병의 상대방법인이 분할등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인일 것

④ 제80조 제3항 및 제6항의 규정은 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 승계한 자산에 대한 분할평가차익의 손금산입 및 익금산입에 있어서 사업의 계속 또는 폐지의 판정 등에 관하여 이를 준용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래 사실들이 확인된다. (가)분할법인은 2008.9.12. 쟁점부동산을 취득(등기원인: 매매)하였고, 분할신설법인은 2009.8.24. 분할법인으로부터 분할·신설되었다. (나) 분할신설법인은 2009.9.4. 쟁점부동산에 대하여 소유권이전등기(등기원인: 회사분할)를 경료하였는데, 위 쟁점부동산 취득과 관련하여법인세법상 적격분할로 인하여 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 등을 면제받았다. (다) 청구법인은 2009.12.4. 분할신설법인을 합병하였고, 2009.12.21. 쟁점부동산에 대하여 소유권이전등기를 경료하였다. (라)법인등기부상 분할법인, 분할신설법인 및 청구법인의 주요 등기사항은 아래 <표>와 같다.

(2) 한편, 청구법인은 분할신설법인의 합병 이후에도 해당 사업부분(부동산 임대업)은 계속 유지되고 있다고 주장하면서 쟁점부동산에 대한 부동산 임대차 내역 등을 증빙으로 제출하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,분할신설법인이 분할등기일이 속하는 사업연도 종료일 전에 청구법인에게 합병되면서 쟁점부동산이 이전된 것은 전자가 사업을 폐업하면서 후자에게 부동산을 처분하였다고 볼 수 있어 사업의 계속성을 인정하기 어려우므로분할신설법인이 위 사업연도 종료일까지 승계한 사업을 계속 영위하지 아니한 것으로 보아 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.