[요지]
① 청구 ① 청구법인이 쟁점부동산에 설치된 기업부설연구소를 폐쇄한 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분의 당부 ② 재산세 과세기준일 현재 기업부설연구소로 인정받지 못한 면적은 감면대상이 아닌 것으로 보아 재산세 등을 과세한 처분의 당부법인은 기업부설연구소를 설치하고 4년 이내에 그 인정이 취소되었고, 취소된 후에 기업부설연구소용으로 사용하였다고 볼 만한 증빙을 제출하지 못하고 있으며, 청구법인 스스로 인정을 취소한 이상 정당한 사유가 있다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 해당 연구소를 설치하고 4년 이내에 정당한 사유 없이 폐쇄한 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 없음. ② 청구법인은 2010년도부터 2013년도까지의 재산세 과세기준일 현재 ○○ㆍ○○캠퍼스 내의 부동산 중 일부에 대한 인정을 받지 못한 점 등에 비추어 인정받지 못한 면적에 대하여 감면대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 재산세 등을 부과한 처분은 잘못이 없음.
[참조결정] 조심2012지0813
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 OOO의 취소 신고는 OOO를 자진하여 취소한 후 해당 공간을 사용하게 된 Convergence 연구소의 면적으로 변경신고를 하려 하였으나 청구법인 담당자가 착오로 OOO의 취소만 하고 Convergence 연구소의 면적 변경신고를 누락한 것에 불과하므로 이는 기업부설연구소의 물리적 폐쇄와 관계 없는 청구법인의 자진 취소로 인한 형식상의 취소로서 사실상 연구소 신고면적의 누락으로 보아야 한다.
(2) 지방세 부과의 실질과세의 원칙, 재산세의 현황부과의 원칙 및 지방세법상 기업부설연구소에 대한 감면 규정의 취지에 의할 때, 사실상의 현황에 의하여 감면규정을 적용하여야 하는 것이고, 기업부설연구소의 감면규정의 입법취지상 일정한 요건을 갖추고 실제 연구소용으로 사용하고 있다면 감면을 적용하여야 하는 것이며, 변경신고의 형식적 완결성을 이유로 입법취지를 도외시 할 수 없고, 대법원은 지방세 면세대상 연구소로 인정을 받던 기업부설연구소가 인적·물적 시설 일체를 그대로 이전하면서 새로이 기업부설연구소로 신고하지 않은 경우, 감면의 입법취지(기업의 과학기술연구를 장려하여 고도의 기술 혁신을 이룩)를 고려할 때 다시 면세대상 연구소로 인정을 받아야 할 필요는 없다고 판단하였는바, 신고의 형식이 아닌 사용의 실질을 기준으로 감면을 적용하고 있음을 알 수 있고, 관련 유권해석 역시 감면의 취지를 고려하여 기업부설연구소의 인정 이후 변동에 관한 신고가 미비하더라도 실질적으로 연구소용으로 사용하였다면 여전히 감면 규정이 적용된다고 해석한바 있으며, 조세심판원도 부동산이 연구소 용도로 물리적으로 사용되지 않는 경우에 취득세 등의 추징을 인정한 것으로 보인다.
(3) 청구법인은 OOO도 사실상 건물 전체를 연구소로 이용 중(연면적 32,285㎡ 중 일부 편의시설 면적을 제외한 31,186㎡를 기업부설연구소로 인정)으로서 이러한 연구소용 건물은 처음부터 연구소용에 적합하도록 설계·시공되고 운영의 효율성을 높이기 위해 유사한 분야의 연구소들을 통합하여 운영하게 되므로 해당 건물이 다른 용도나 목적으로 사용될 가능성이 전혀 없고, 실제 청구법인은 현재까지 건립목적 그대로 건물 전체를 기업부설연구소용으로만 사용해왔는바, 건축물대장 및 등기부등본을 살펴보면, 각 캠퍼스 건물의 용도 및 내역은 ‘연구소’로 등재되어 있고, 청구법인의 홈페이지에도 OOO로 소개되고 있다.
(4) OOO만큼 연구소용으로 사용하지 않았다면 각 캠퍼스의 물적·인적 시설에 상당한 변동이 있어야 할 것인데, 각 캠퍼스의 식수, 전력사용량은 동일한 수준으로 계속 유지되었고, 근무인원은 계속하여 증가하고 있으며, 관련 전문연구요원(군 대체복무자) 및 직장민방위대 변동 및 구조변경공사 내역상으로도 연구소로 지속적으로 사용된 사실이 나타나는바, 이는 변경신고에 누락된 면적이라도 여전히 종전과 같이 기업부설연구소용으로 계속하여 사용되었다는 점에 대한 간접적인 증거에 해당한다.
(5) 청구법인은 2014년초 OOO에게 과거 변경신고 누락분에 대하여 정정을 요구하였으나, 거부당하여 과거 누락 부분을 소급하여 변경하지는 못하였으나, 2014.5.9. 기존에 신고 면적을 정정하여 변경신고를 완료하여 전체 연구소 면적을 기업부설연구소로 인정받았는데, 정정신고 당시 누락부분만을 고쳐서 변경신고서를 제출하는 간략한 절차만으로도 전체 면적을 기업부설연구소로 인정받았는바, 이는 청구법인이 실제 계속하여 기업부설연구소용으로 사용해왔기 때문에 가능한 것이다.
(6) OOO로의 변경(6,390㎡ 누락) 및 2011년 3월 OOO 등으로 인해 쟁점면적이 착오로 신고(누락)된 것임이 면적 누락의 경위 및 연구소 공사도면, 병무청 제출자료 등 객관적인 자료에 의하여 확인된다.
(7) 청구법인과 같은 대기업의 경우 매년 대규모의 조직개편을 단행하는 과정에서 위와 같이 각 연구소의 위치, 면적, 명칭 등이 계속하여 변경되고, 이를 OOO에게 신고하는 과정에서 얼마든지 착오에 의한 오류가 발생할 여지가 있는 것인데, 처분청의 논리대로 변경신고에 적시된 면적에 한하여 재산세 등이 감면된다고 보아야 한다면 결국 변경신고 시 착오 여부에 따라 부담 세액이 달라지는 불합리한 상황이 초래되고, 건물 전체를 단일 연구소로 신고하고 내부적으로 연구조직을 나누어 운영하는 경우와 비교할 때, 청구법인과 같이 건물 전체를 연구소로 사용하면서 여러 연구소로 구분하는 경우 신고 오류로 인해 감면이 배제되므로 이는 납세자간 형평 차원에서도 타당하지 않다.
(8) 지방세법은 감면받은 취·등록세의 추징요건으로 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있는데, ‘폐쇄’의 사전적인 의미는 기관 및 시설을 없애거나 기능을 정지하는 것에 해당하고, 지방세법은 폐쇄에 대해 따로 정의하고 있지 않으며, 추징 규정에서 연구소의 폐쇄는 ‘다른 용도로 사용하는 경우’와 병렬적으로 규정되어 있는바, 취득세 등의 추징요건 중 하나인 기업부설연구소의 폐쇄는 해당 연구소를 물리적·기능적으로 사라지게 하여 아예 다른 용도로 사용하는 것에 준하는 정도가 된 것을 의미한다고 할 것이고, 감사원도 연구소를 단순히 공실로 유지하고 있는 것은 추징 사유인 폐쇄에 해당하지 않으며 제반사정에 비추어 볼 때 기업부설연구소용으로 사용할 의지가 없는 것으로 인정될 정도라면 기업부설연구소의 폐쇄에 해당한다고 판단한바 있으므로 OOO는 다른 연구소와의 통합을 위해 폐지신고를 하였을 뿐 여전히 연구인력과 시설을 그대로 유지하고 연구 활동을 수행하여 폐지신고 전과 물리적·기능적으로 동일하였는바, 폐지신고를 하였다는 사실만으로 감면의 추징사유인 폐쇄에 해당한다고 볼 수 없다.
(1) 조세법률주의의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜라 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평주의 원칙에도 부합한다.
(2) 이 건 재산세 과세처분과 관련하여, 지방세법 제282조 및 같은 법 시행령 228조는 과세기준일 현재 교육과학기술부장관의 인정을 받은 기업부설연구소용으로 직접 사용하는 부동산은 재산세를 면제한다고 규정하고 있는바, OOO 결정하였다.
(3) 이 건 취득세 과세처분과 관련하여, 청구법인은 OOO으로부터 2009.4.8. 기업부설연구소로 인정받은 후 2012.4.24. 쟁점부동산에 설치된 기업부설연구소를 자진 폐지신고한 것이 확인되는바, 이 건 재산세 과세처분과 동일한 논리에 의하여 이러한 인정받지 못한 면적의 경우에는 취득세 감면대상에 해당되지 않는 점, 지방세법 제282조 단서 규정의 정당한 사유란 법령에 의한 금지·제한 등 납세자가 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 당해 사업에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함한다 할 것이나, 청구법인이 쟁점부동산에 설치한 기업부설연구소를 폐쇄한 것은 외부적 사유나 행정관청의 귀책에 의한 것이 아니라 변경신고할 사항을 착오로 취소신고한 것이므로 이를 정당한 사유로 인정하기 어려운 점, 관련 법령상 기업부설연구소의 승인을 자진하여 취소하는 경우까지 감면대상 기업부설연구소용 부동산으로 보기 어려운 점 등을 종합하면, 서초캠퍼스 중 쟁점부동산에 해당하는 면적에 대해 기 감면된 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 없다.
3. 심리 및 판단
① 청구법인이 쟁점부동산에 설치된 기업부설연구소를 폐쇄한 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분의 당부
② 재산세 과세기준일 현재 기업부설연구소로 인정받지 못한면적은 감면대상이 아닌 것으로 보아 재산세 등을 과세한 처분의 당부
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) OOO의 건축물대장에 의하면, 청구법인은 1998.12.31. 위 건축물의 소유권을 청구법인 명의로 이전등기를 하였고, 위 건축물은 지하 1층, 지상 3층의 건축물로서 주용도는 교육연구 및 복지시설이며, 연면적은 32,285.28㎡이고, 각 층별 용도는 연구 및 실험실 및 그 부속시설(복도 및 계단실, 식당, 화장실, 창고)로 되어 있다. (나) OOO용 건축물의 건축물대장에 의하면, 위 건축물은 2009.2.20. 청구법인 명의로 소유권보존등기되었고, 지하 5층 지상 25층 건축물로서 연면적은 124,036.93㎡이며, 주용도는 연구소이고, 각 층별 용도는 연구소로 기재되어 있다. (다) 청구법인 OOO용 건축물은 1987년 신축되어 기업부설연구소 등으로 사용 중이고, 기업부설연구소로 사용되고 있는 부분에 대해서는 재산세 등을 감면받고 있었으며, 2010년 이후 기업부설연구소 인정면적 변동현황은 위의 <표1>과 같다. (라) 청구법인 서초캠퍼스용 건축물 등은 2009.1.20. 신축되었고, 청구법인은 2009.2.12. 건축물 연면적 124,036.96㎡중 123,729.06㎡를 기업부설연구소용 부동산으로 감면 신청하여 취득세 및 등록세를 면제받았으며, 307.87㎡은 신축을 원인으로 취득세 및 등록세를 신고·납부하였다. (마) 청구법인은 2009.4.8. OOO으로부터 서초캠퍼스의 건축물 등에 대하여 기업부설연구소로 인정을 받았고, 기업부설연구소로 인정받은 면적은 각 연도의 재산세 등을 감면받고 있었으며, 2010년 이후의 기업부설연구소 인정면적 변동현황은 위의 <표2>와 같다. (바) OOO의 인정이 취소되었고, 취소사유에는 연구활동 중단(자진 취소)으로 기재되어 있다. (사) 처분청은OOO을 부과·고지하였다. (아)처분청은 2010년도부터 2013년도까지의 각 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인 OOO을 부과·고지하였다. (자) OOO로 기재되어 있다. (차) 청구법인은 OOO의 면적 중 연구소 미인정 면적은 실제로 연구소를 폐쇄한 것이 아니라, 청구법인의 전략기획 품목의 변동(핸드폰, 디스플레이 등)에 따라 연구개발 시스템 및 조직의 변동이 이루어져 조직 이동이 있었음에도 불구하고 이를 미처 신고하지 못해 착오로 면적이 누락된 것으로 실제로는 전체 면적을 지속적으로 연구소로 사용하였다며, 청구법인의 연구조직 변동 연혁 및 관련 증빙자료를 제출하였다. (카) 처분청은 이 건 심판청구에 대한 조세심판관회의시 출석하여이 건 취득세 및 재산세를 과세하면서 기업부설연구소의 인정이 취소된 면적에 대하여 실제 사용관계를 확인하기 위하여 청구법인의 기업부설연구소를 방문하고자 하였으나, 청구법인이 승낙하지 아니하여 현장을 확인할 수 없었다고 진술하였다. (타) 청구법인은 기업부설연구소 인정이 취소된 면적도 사실상 계속하여 기업부설연구소용으로 사용하였다고 주장하며 다음과 같은 자료를 제출하였다.
1. 청구법인은 각 캠퍼스의 연도별 근무인원 변동현황을 제출하였고, 그 내용은 아래의 <표6>과 같다.
2. 청구법인은 각 캠퍼스별 전기사용량 변동현황을 제출하였고, 그 내용은 아래의 <표7>과 같다.
3. 청구법인은 각 캠퍼스별 식수(食數)인원 변동내역을 제출하였고 그 내용은 아래의 <표8>과 같다.
4. 청구법인 제출한 OOO 구조변경공사도면에 의하면, 18층 및 19층에는 다수의 실험실 등이 설치된 것으로 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점부동산에 설치한 기업부설연구소를 폐쇄한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 과세한 처분이 부당하다고 주장하나, 지방세법 제282조에서 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 면제하되, 다만, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제228조에서 법 제282조에서 “대통령령이 정하는 기업부설연구소”라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 교육과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말한다고 규정하고 있는바, 청구법인은 2009.1.20. 기업부설연구소를 설치하기 위하여 쟁점부동산을 취득하고 2009.4.8. OOO으로부터 쟁점부동산에 설치된 기업부설연구소의 인정을 다시 받은 점, 청구법인은 2012.4.24. 인정이 취소된 후에도 쟁점부동산을 계속하여 기업부설연구소용으로 사용하였다고 주장하나, 이를 직접적으로 확인할 수 있는 증거를 제출한 사실이 없는 점, 청구법인이 쟁점부동산에 설치된 기업부설연구소 인정의 취소를 신청하여 기업부설연구소의 인정이 취소되었으므로 기업부설연구소를 취소한 정당한 사유가 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 청구법인이 쟁점부동산에 기업부설연구소를 설치한 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 재산세 등을 과세한 처분이 부당하다고 주장하나, 지방세법 제282조, 같은 법 시행령 제228조 및 지방세특례제한법(2013.8.6. 법률 제11999호로 개정되기 전의 것) 제46조, 같은 법 시행령 제23조의 규정을 종합하면 기업부설연구소용 부동산으로서 재산세의 감면대상이 되는 부동산은 해당 연도의 재산세 과세기준일 현재(6.1.) 해당 부동산을 사실상 기업부설연구소용으로 직접 사용하여야 할 것과 해당 부동산을 OOO으로부터 기업부설연구소용으로 인정받을 것의 2가지 감면요건을 모두 충족하는 부동산에 한정된다고 보이는 점, 2010년도부터 2013년도까지의 재산세 과세기준일 현재 청구법인의 OOO으로부터 기업부설연구소용 부동산으로 인정받지 못한 사실이 확인되는 점, 청구법인은 기업부설연구소 인정받지 못한 면적도 사실상 기업부설연구소용으로 사용하였다고 주장하나, 그 입증책임은 그 사실을 주장하는 청구법인에게 있는 것으로 보이고 청구법인이 제출한 자료만으로 2010년도부터 2013년도까지의 재산세 과세기준일 현재 기업부설연구소용 부동산으로 인정받지 못한 면적을 기업부설연구소용으로 사실상 사용하였다고 보기는 어려운 점 등에 비추어, 2010년도부터 2013년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인의 OOO 내의 부동산 중 기업부설연구소로 인정받지 못한 면적을 감면대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 재산세 등을 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항, 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.