청구법인들이 쟁점주식을 취득하여 이 건 법인의 과점주주가된 것으로 보아 취득세 등을 부과한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. OOO의 이 건 법인에 대한 주식소유비율은 아래의 <표1>과 같이 변경되었다.
• 나. 처분청들은 이 건 법인이 OOO을 흡수합병함에 따라 청구법인들이 2013.1.1. 이 건 법인의 과점주주가 되었으나, 과점주주 취득세 등을 신고납부하지 아니한 것으로 보아 이 건 법인이 처분청들 관내에 소유하고 있는 취득세 과세대상물건의 장부가액에 청구법인들의 주식소유비율을 곱하여 산정한 가액을 과세표준으로 하여 아래의 <표2>와 같이 과점주주 취득세 등을 각 부과고지 하였다.
• 다. 청구법인들은 이에 불복하여 2015.2.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인들 주장 및 처분청들 의견

• 가. 청구법인들 주장 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 아니하는 범위 내에서 입법취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하여야 할 것(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결, 같은 뜻임)인바, 구지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제110조 제4호에서 법인의 합병으로 인한 취득에 대하여는 종전 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 위 규정에 근거하여 행정자치부는 법인간의 합병으로 인해 과점주주가 된 경우에는 과점주주 취득세의 납세의무가 없는 것으로 유권해석(세정-1157, 2005.6.14., 같은 뜻임)을 한 바 있으며, 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정된 것, 이하 같다) 제15조 제1항 제3호 세율의 특례 규정에서 법인의 합병으로 인한 취득에 대하여 종전 취득세율을 제외하고 등록세율에 해당하는 세율을 적용하도록 규정하여 종전과 동일하게 법인의 합병으로 인한 취득에 대하여는 종전 취득세가 과세되지 아니하고 종전 등록세만 과세되도록 하고 있으므로 구지방세법과 비교하여 현행 지방세법의 규정이 실질적으로 개정된 것이 없음에도 불구하고 기존과 다르게 해석하는 것은 타당하지 않고, 법인의 합병으로 인해 과점주주가 되는 경우에는 형식적인 소유권의 취득으로 보아 과점주주 취득세를 과세하지 않는 것이 현행 지방세법 규정 및 그 취지에 부합한다 하겠다. 또한, 조세특례제한법(2013.5.10. 법률 제11759호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제120조 제2항에서 “합병에 따라 양수하는 재산”에 대하여 지방세법제15조 제1항에 따라 산출한 취득세를 면제한다고 규정하고 있는바, 위 조항에서 취득세 면제대상을 규정할 때 “합병에 따라 양수하는 재산”이라고만 규정하고, 누가, 어떤 자산을 취득하는지와 관련한 어떠한 제한도 두고 있지 아니하고, “주주가 합병에 따라 주식을 취득함으로써 필연적으로 발생하게 되는 간주취득”을 “합병에 따라 양수하는 재산”의 범위에서 제외하겠다는 명문의 규정이 없는 이상, 주주의 간주취득에 대해서도 취득세 면제가 이루어지는 것이 타당하며, 이러한 해석은 조세특례제한법제120조 등에서 기업의 원할한 구조조정 및 재무조정을 지원하기 위해 합병 및 분할 등에 대하여 취득세와 제반 조세를 면제해주는 취지에 부합되고, 조세특례제한법 제120조 제1항 제6호의 적용에 있어서도 과점주주 간주취득세가 포함되는 것으로 해석하고 있는 행정자치부의 유권해석과도 부합한다 할 것이다.
• 나. 처분청들 의견 과점주주 취득세 납세의무는 과점주주에게 있는 것이므로 과점주주 취득세 비과세·감면대상 여부도 과점주주를 기준으로 판단되어야 할 것이고, 과점주주의 간주취득이지방세법 또는 기타 법령의 규정에 의한 비과세 또는 감면요건에 해당하는 경우에 취득세가 비과세·감면되는 것이므로 당해 법인이 부동산 등을 취득하면서 취득세를 면제받았다고 하여 바로 과점주주로 된 자의 취득세 납세의무도 면제되는 것은 아니다 할 것인바, 청구법인들은 2013.1.1. 이 건 법인이 OOO을 흡수합병함에 따라 청구법인들이 이 건 법인의 과점주주가 되었고, 처분청은 과점주주 납세의무성립 당시 이 건 법인의 장부상 부동산등의 총 가액에 청구법인들의 주식소유비율을 곱한 금액을 과세표준으로 하고 지방세법제15조 제2항 제3호 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세 등을 부과고지한 것으로써 청구법인들은 어떤 법인과도 합병한 사실이 없는바, 구지방세법제110조 제4호를 적용한다 하더라도 형식적인 소유권의 취득 등에 대한 비과세 대상이라고 볼 수 없고, 이 건 취득세 등은 청구법인들에게 지방세법제7조에 따른 간주취득세 납세의무 발생에 따라 같은 법 제15조 제2항 제3호 세율을 적용하여 산출된 세액으로써 처분청의 이 건 취득세 등 세액산정 절차에는 아무런 하자가 없다 할 것이므로 구지방세법제110조 제4호의 법인의 합병에 따른 형식적인 소유권의 취득 등에 따라 이 건 취득세 등도 비과세 되어야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다 하겠다. 또한, 청구법인들이 제출한 유권해석의 경우 청구법인의 경우와 사안이 다르다 할 것이므로 청구법인들이 과점주주 취득세 감면대상으로 보기 어려워 보인다. 따라서, 청구법인들이 이 건 법인의 주식을 취득하여 과점주주가 된 것으로 보아 과점주주 취득세 납세의무성립일 현재 이 건 법인이 처분청 관내에 소유하고 있는 취득세 과세대상물건의 장부가액에 청구법인들의 주식소유비율을 곱한 금액을 과세표준으로 하고, 지방세법제15조 제2항 제3호 등의 세율을 적용하여 산출한 이 건 취득세 등을 부과고지한 것은 적법하다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인들은 이 건 법인이 OOO을 흡수합병함에 따라 이 건 법인의 주식을 취득하여 이 건 법인의 과점주주가 되었으므로 과점주주 취득세 등이 면제되어야 한다는 청구주장의 당부 나.관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인들과 처분청들이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 확인된다. (가) 이 건 법인(갑)과 OOO은 2012.10.12. 합병계약서를 작성하여 “갑”이 “을”을 흡수합병하고 “갑”은 존속하며 “을”이 소멸하는 합병계약을 체결하였고 그 내용은 아래와 같다. (나) 이 건 법인은 위 계약에 따라 2013.1.7. 합병등기를 마쳤다. (다) 이 건 법인과 OOO의 합병으로 인하여 이 건 법인의 주식변동내역은 <표1>과 같다. (라) 청구법인들이 2013.1.1. 현재 특수관계가 있는 사실에 대해서는 처분청들과 청구법인들 사이에 다툼이 없다. (마) 처분청들은 이 건 법인이 2013.1.1. OOO을 흡수합병함에 따라 청구법인들이 이 건 법인의 과점주주가 되었으나, 과점주주 취득세 등을 신고납부하지 아니한 것으로 보아 이 건 법인이 처분청들 관내에 소유하고 있는 취득세 과세대상물건의 장부가액에 청구법인들의 주식소유비율을 곱하여 산정한 가액을 과세표준으로 하여 <표2>와 같이 과점주주 취득세 등을 부과고지 하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인들은 이 건 법인이 2013.1.1. OOO을 흡수합병함에 따라 이 건 법인의 주식을 취득하여 과점주주가 되었으므로 구 지방세법제110조 제4호에 따른 취득세 등의 비과세 또는 조세특례제한법제120조 제2항에 따른 취득세 등의 면제가 되어야 한다고 주장하나, 취득세 등의 비과세 및 감면은 취득세 등의 납세의무성립일 현재 시행 중인 법령의 감면요건 등을 충족하였는지 여부를 기준으로 판단하는 것이고, 청구법인들은 이 건 법인의 주식을 2013.1.1. 취득하여 과점주주 취득세 등의 납세의무가 성립하였으므로 이 건 과점주주 취득세가 비과세되는지 여부를 판단함에 있어 청구법인들의 과점주주 취득세 납세의무성립일 이전에 이미 개정된 구 지방세법 제110조 제4호의 규정을 적용할 수 없는 점, 지방세법 제15조 제1항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 제11조 및 제12조에 따른 세율에서 중과기준세율을 뺀 세율로 산출한 금액을 그 세액으로 한다고 규정하면서 그 제3호는 법인의 합병으로 인한 취득을 규정하고 있는바, 위 규정에서 합병으로 인한 취득은 합병법인이 합병으로 인하여 취득하는 것을 의미하는 것으로 보는 것이 타당하고 청구법인들은 이 건 법인의 주식을 청구법인들이 합병을 하여 취득한 것이 아니므로 위 규정의 세율 특례를 적용할 수 없다고 보는 것이 타당한 점, 조세특례제한법 제120조 제2항에서 대통령령으로 정하는 합병에 따라 양수하는 재산을 2014년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 지방세법 제15조 제1항에 따라 산출한 취득세를 면제한다고 규정하고 있는바, 청구법인들이 이 건 법인의 주식을 청구법인들이 합병을 함에 따라 취득한 것이 아니어서 지방세법 제15조 제1항의 세율 적용대상에 해당되지 아니하므로 조세특례제한법 제120조 제2항에 따른 취득세 등의 면제대상으로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청들이 이 건 과점주주 취득세 등을 비과세 또는 면제대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제123조 제4항,국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것) 제110조(형식적인 소유권의 취득 등에 대한 비과세)다음 각 호의 1에 해당하는 것에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 4.법인의 합병으로 인한 취득. 다만, 법인의 합병으로 인하여 취득한 과세물건이 합병 후에 제112조의2의 규정에 의한 과세물건에 해당하게 되는 경우에는 그러하지 아니하다.

(2) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정된 것) 제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써지방세기본법제47조 제2호에 따른 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주는 해당 법인의 부동산등을 취득한 것으로 본다. 다만, 법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다. 제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과)①수도권정비계획법제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점이나 주사무소용 건축물을 신축하거나 증축하는 경우와 그 부속토지만 해당한다)을 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률을 적용받는 산업단지·유치지역 및 국토의 계획 및 이용에 관한 법률을 적용하는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조 의 세율에 1천분의20(이하 “중과기준세율”이라 한다)의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다. 제11조 [부동산 취득의 세율] ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

1. 상속으로 인한 취득

• 가. 농지: 1천분의 23
• 나. 농지 외의 것: 1천분의 28

2. 제1호 외의 무상취득: 1천분의 35. 다만, 대통령령으로 정하는 비영리사업자의 취득은 1천분의 28로 한다.

3. 원시취득: 1천분의 28

4. 신탁법에 따른 신탁재산인 부동산을 수탁자로부터 수익자에게 이전하는 경우의 취득: 1천분의 30. 다만, 대통령령으로 정하는 비영리사업자의 취득은 1천분의 25로 한다.

5. 공유물의 분할 또는 부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률 제2조 제1호 나목에서 규정하고 있는 부동산의 공유권 해소를 위한 지분이전으로 인한 취득(등기부등본상 본인 지분을 초과하는 부분의 경우에는 제외한다): 1천분의 23

6. 합유물 및 총유물의 분할로 인한 취득: 1천분의 23

7. 그 밖의 원인으로 인한 취득

• 가. 농지: 1천분의 30
• 나. 농지 외의 것: 1천분의 40 제15조 [세율의 특례] ①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 제11조 및 제12조에 따른 세율에서 중과기준세율을 뺀 세율로 산출한 금액을 그 세액으로 한다.다만, 취득물건이 제13조 제2항에 해당하는 경우에는 이 항 각 호 외의 부분 본문의 계산방법으로 산출한 세율의 100분의 300을 적용한다. 3.법인의 합병으로 인한 취득. 다만, 법인의 합병으로 인하여 취득한 과세물건이 합병 후에 제16조에 따른 과세물건에 해당하게 되는 경우는 그러하지 아니하다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 중과기준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조 제1항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 300을, 같은 조 제5항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 500을 각각 적용한다. 3.제7조 제5항에 따른 과점주주의 취득. 이 경우 과세표준은 제10조 제4항에 따른다.

(3) 조세특례제한법(2013.5.10. 법률 제11759호로 개정되기 전의 것) 제120조(취득세의 면제 등) ② 대통령령으로 정하는 합병에 따라 양수하는 재산을 2014년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 지방세법제15조 제1항에 따라 산출한 취득세를 면제한다. 다만, 해당 재산이 지방세법 제15조 제1항 제3호 단서에 해당하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 금액을 빼고 산출한 취득세를 면제한다. 1.지방세법 제13조 제1항에 따른 취득 재산에 대하여는 같은 조에 따른 중과기준세율(이하 "중과기준세율"이라 한다)에서 100분의 300의 세율을 적용하여 산정한 금액 2.지방세법 제13조 제5항에 따른 취득 재산에 대하여는 중과기준세율에서 100분의 500의 세율을 적용하여 산정한 금액

⑥ 2014년 12월 31일까지 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 지방세기본법 제47조 제2호에 따른 과점주주(寡占株主)에 해당하게 되는 경우 그 과점주주에 대하여는 지방세법 제7조 제5항을 적용하지 아니한다. 1.금융산업의 구조개선에 관한 법률 제10조에 따른 제3자의 인수, 계약이전에 관한 명령 또는 계약이전결정에 따라 부실금융기관으로부터 주식 또는 지분을 취득하는 경우

2. 금융기관이 법인에 대한 대출금을 출자로 전환함에 따라 해당 법인의 주식 또는 지분을 취득하는 경우

3. 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따른 지주회사(금융지주회사를 포함한다)가 되거나 지주회사가 같은 법 또는 금융지주회사법에 따른 자회사의 주식을 취득하는 경우

4. 예금보험공사 또는 정리금융기관이 예금자보호법 제36조의5 제1항 및 제38조에 따라 주식 또는 지분을 취득하는 경우

5. 한국자산관리공사가 금융회사부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률 제26조 제1항 제1호에 따라 인수한 채권을 출자전환함에 따라 주식 또는 지분을 취득하는 경우 6.농업협동조합의 구조개선에 관한 법률에 따른 농업협동조합자산관리회사가 같은 법 제30조 제3호 다목에 따라 인수한 부실자산을 출자전환함에 따라 주식 또는 지분을 취득하는 경우

7. 제38조 제1항 각 호의 요건을 모두 갖춘 주식의 포괄적 교환·이전으로 완전자회사의 주식을 취득하는 경우. 다만, 제38조 제2항에 해당하는 경우(같은 조 제3항에 해당하는 경우는 제외한다)에는 감면받은 취득세를 추징한다

(4) 조세특례제한법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것) 제116조(지방세 면제)⑦ 법 제120조 제2항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 합병"이란 합병일 현재 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 합병일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 소비성서비스업의 사업별 수입금액이 가장 큰 경우만 해당한다)을 제외한 사업을 1년 이상 계속하여 영위한 법인(이하 이 항에서 "합병법인"이라 한다) 간의 합병을 말한다. 이 경우 소비성서비스업을 1년 이상 영위한 법인이 합병으로 인하여 소멸하고 합병법인이 소비성서비스업을 영위하지 아니하는 경우에는 해당 합병을 포함한다.