청구법인이 취득한 쟁점건축물을 종교단체의 종교용도에 직접 사용하였으므로 취득세 비과세 및 재산세가 면제되어야 한다는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2014지0959

[주 문] OOO의 부과처분은 종교단체가 쟁점건축물을 무상으로 해당사업에 직접 사용하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 처분청은 청구법인이 OOO 대지 위에 2009.11.10. 지하 1층 지상 3층 총 연면적 358.85㎡의 건축물 신축허가 신청 및 2009.11.19. 착공신고 후 사용승인 없이 사전 입주하여 사용함에 따라 2010.10.18. 장기미사용승인 위법건축물(이하 “쟁점건축물”이라 한다)로 등재하였고, 청구법인은 2013.7.22 OOO에서 쟁점건축물로 주사무소를 이전하였다.
• 나. 처분청은 쟁점건축물의 위법건축물 등재일인 2010.10.18.을 취득일로 보고 신축에 따른 취득세 등 OOO 청구법인이 주사무소를 쟁점건축물로 이전한 2013.7.22.을지방세법제13조 제1항에 따른 중과세 사유발생일로 보아 대도시내 주사무소용 취득세 중과분 OOO을 2014.11.13. 부과․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.2.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점건축물을 신축한 후 청구법인이 소유한 OOO로 사용하였으므로 종교단체가 종교목적을 위해 쟁점건축물을 사용한 이상 쟁점건축물에 대한 취득세 및 재산세를 면제하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 OOO가 청구법인의 소유라고 주장하나 이들의 법률적 관계가 성립하지 아니하고, 지방세특례제한법제50조에서 감면대상은 취득자가 직접 사용하기 위한 부동산에 한하고 있어 비록 OOO가 종교단체라 하더라도 쟁점건축물의 취득자가 아닌 이상 쟁점건축물에 대한 취득세 및 재산세를 면제할 수 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 쟁점건축물을 종교용도에 직접 사용하였으므로 취득세 및 재산세를 부과한 것이 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법률

(1) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것) 제107조【용도구분에 의한 비과세】다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

(2) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부개정된 것) 제7조【납세의무자 등】① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권 또는 종합체육시설 이용회원권(이하 이 장에서 “부동산등”이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다. 제13조【과밀억제권역 안 취득 등 중과】①수도권정비계획법 제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점이나 주사무소용 건축물을 신축하거나 증축하는 경우와 그 부속토지만 해당한다)을 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 을 적용받는 산업단지·유치지역 및국토의 계획 및 이용에 관한 법률 을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 1천분의 20(이하 “중과기준세율”이라 한다)의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다. 제20조【신고 및 납부】② 취득세 과세물건을 취득한 후에 그 과세물건이 제13조 제1항부터 제7항까지의 세율의 적용대상이 되었을 때에는 대통령령으로 정하는 날부터 30일 이내에 제13조 제1항부터 제7항까지의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 금액을 세액으로 하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.

(3) 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정되기 전의 것) 제50조【종교 및 제사 단체에 대한 면제】① 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.

② 제1항의 단체가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대하여는 재산세(지방세법 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및지방세법 제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 면제하지 아니한다.

(4) 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 것) 제2조【정의】① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. "직접 사용"이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제50조【종교 및 제사 단체에 대한 면제】② 제1항의 단체가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용(종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 제3자의 부동산을 무상으로 해당 사업에 사용하는 경우를 포함한다)하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세(지방세법제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및지방세법제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 법인등기부등본상 청구법인은 2000.12.19. 설립되었고, OOO의 향상과 발전을 도모하고 불교음악인의 지위향상과 권익신장’을 목적으로 다음의 사업을 하는 것으로 되어 있다. (나) 처분청은 쟁점건축물을 2010.10.18. 사전입주 위법건축물로 등재하였다. (다) 청구법인은 2013.7.22. 주사무소를 OOO에서 쟁점건축물로 이전하였다. (라) 처분청 담당공무원은 2013.7.22. 청구법인의 주사무소 이전에 따라 현장조사 후 쟁점건축물 사용현황을 다음과 같이 확인하였다. (2)청구법인은 청구법인의 대표이사인 정OOO이라고 주장할 뿐 청구법인이 OOO를 직접 소유하였는지 여부는 확인되지 않는다. (3)지방세특례제한법제50조 제1항에서 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 한편,지방세특례제한법제50조 제2항(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정되기 전의 것)은 종교 등을 목적으로 하는 단체가 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 부과하지 아니하도록 규정하고 있을 뿐 그 부동산을 소유할 것을 요건으로 규정하고 있지 않았으며, 2014.1.1.지방세특례제한법개정으로 직접 사용의 주체를 원칙적으로 부동산 소유자로 하면서도 종교단체 등의 경우에는 제3자의 부동산을 무상으로 사용하는 경우도 직접 사용한 것에 포함되도록 규정되었다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 청구법인이 소유한 OOO로 쟁점건축물을 사용하였으므로 쟁점건축물에 대한 취득세를 비과세하고, 재산세를 면제하여야 한다고 주장하나, 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것)제107조 제1호에서 취득세 비과세 대상을 종교 및 제사 등을 목적으로 하는 비영리사업자가 해당사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 규정하고 있는바, 취득세 비과세 대상인 종교단체가 아닌 청구법인이 신축하여 취득한 쟁점건축물에 대하여지방세법제107조 규정을 적용하기는 어려우므로 처분청이 청구법인에게 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다. 다만, 쟁점건축물에 대한 재산세 부과처분의 경우,지방세특례제한법제50조 제2항(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정되기 전의 것)은 종교 등을 목적으로 하는 단체가 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 부과하지 아니하도록 규정하고 있을 뿐 그 부동산을 소유할 것을 요건으로 규정하고 있지 않았던 점, 2014.1.1.지방세특례제한법개정시 직접 사용의 주체를 원칙적으로 부동산 소유자로 하면서도 종교단체 등의 경우에는 제3자의 부동산을 무상으로 사용하는 경우도 직접 사용한 것에 포함되도록 규정한 점 등을 고려할 때, 종교단체가 쟁점건축물을 무상으로 해당사업에 직접 사용하였다면 재산세는 면제되는 것으로 보아야 할 것(조심 2014지959, 2015.5.12., 같은 뜻임)이므로, 처분청이 종교단체가 쟁점건축물을 해당사업에 직접 사용하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 재산세 면제 여부를 결정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 지방세기본법제123조 제4항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호‧제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.