이 건 취득세 등의 부과처분이 신뢰보호의 원칙에 위배되는지 여부

[참조결정] 조심2014지0643

[주 문] OOO의 각 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. OOO 조례 제4295호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제1항에 따라 청구법인이 그 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세 등을 면제하였다.
• 나. 처분청은 이 건 토지 중 2012.12.31.부터 2013.12.31.까지 택지로 조성이 완료된 토지 1,739,399.6㎡OOO을 아래와 같이 청구법인에게 부과․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.1.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1)OOO부칙 제3조 제1항에서 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 도세에 대하여는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있는바, 쟁점토지와 같이 개정된 조례의 시행 후에 과세요건이 완성된 경우에도 종전 규정을 적용하여 납세의무자의 정당한 신뢰를 보호하는 것이 타당하다고 할 뿐 아니라 조세심판원 심판결정례(조심 2014지643, 2014.11.3., 같은 뜻임)에서도 건축공사 등을 착공한 후에 지방세 관계법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에는 그 취득시기에 관계없이 납세의무자의 신뢰를 보호하기 위하여 종전 법령을 적용하여 지방세 면제 여부를 판단하여야 한다고 결정하였는바, 설령 쟁점토지의 지목변경일이 2011.12.31. 이후라고 하더라도 쟁점토지의 지목변경 공사착공일이OOO제13조 제1항이 삭제되기 전이라는 사실이 명백하고 청구법인은 쟁점토지의 지목변경에 따른 취득세 등은 면제대상이라는 사실을 신뢰하고 쟁점토지의 지목변경 공사를 착공한 이상, 청구법인의 신뢰에 반하여 과세된 이 건 취득세 등은 취소되어야 한다.

(2) 처분청은 2011.12.26. OOO제85조의2 제1항이 신설되어 쟁점토지의 지목변경에 따른 취득세는 면제 대상이 아니라 100분의 75 감면 대상이라고 보아 이 건 취득세 등을 부과․고지하였으나, 이 건 토지는 1천만㎡가 넘는 대규모 택지개발지구 내 토지로서 모든 택지 조성공사를 동시에 완료하는 것은 사실상 불가능하므로 청구법인은 공사 진척도에 따라 그 준공시기를 1단계부터 5단계로 구분하였을 뿐 2007.10.30.부터 2008.9.18. 사이에 모든 사업 공구(1공구부터 5공구로 택지개발지구를 지역적으로 구분한 것이다)에서 지목변경 공사를 착공하였고, 이에 따라 2011.12.31. 현재 1단계 대상 토지 740만㎡는 사업 준공이 완료되었고, 쟁점토지를 비롯한 2․3단계 대상 토지 약 174만㎡도 사실상 지목변경이 완료되었으나, 형질변경 공사 과정에서 발생한 몇 가지 문제점으로 인하여 그 사업준공일만 2012년으로 미루어진 것인바, 쟁점토지의 사실상 지목변경일은 지목변경 공사가 사실상 완료된 2011.12.31. 이전이라 할 것임에도 처분청이 쟁점토지의 지목변경의 취득시기를 형식상 사업 준공일인 2012.12.31.(2단계) 및 2013.12.31.(3단계)로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 것은 사실상 지목변경이 완료된 날을 지목변경일로 보도록 한지방세법 시행령제20조 제10항을 위반한 처분이므로 취소되어야 한다.

(3) OOO은 범 국가적인 사업으로서 건설교통부가 대부분 주관하고 청구법인은 실행만 하였을 뿐이며, 청구법인의 경우OOO제13조 제1항이 향후 폐지될 수 있다는 사실을 모르고 택지개발사업을 진행하다가 택지개발사업이 불가피하게 지연됨에 따라 당초 면제대상으로 신고한 산출세액의 100분의 25를 납부하게 된 것으로서 이러한 사실은 청구법인에게 가산세를 면제할 만한 정당한 사유에 해당된다고 할 것이므로 가산세는 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 (1)OOO부칙 제3조는 2011.12.31. 이전에 취득세납세의무가 성립한 경우 종전의 조례를 적용한다는 의미이고, 쟁점토지의 지목변경에 따른 취득세 납세의무성립일은 각각 2012.12.31. 및 2013.12.31.이라고 할 것이므로 쟁점토지의 지목변경에 따른 취득세 부과에 있어서 2011.12.31. OOO제13조 제1항을 적용하여야 한다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다. (2)지방세특례제한법제85조의2 제1항이 시행되기 전인 2011.12.31. 현재 쟁점토지에 대한 지목변경 공사가 완료되지 않았으므로 2011.12.31. 이전에 사실상 지목변경이 완료되었다는 청구 주장은 받아들기기 어려울 뿐 아니라 쟁점토지와 같은 택지개발사업지구 내 토지의 지목변경일(취득시기)은 건축물 착공 등으로 토지의 지목이 사실상 변경된 날과 토지의 사용승낙일 중 빠른 날이라 할 것이므로 쟁점토지의 지목변경일은 그 준공일인 2012.12.31. 및 2013.12.31.이라고 보아여 할 것이며, 이에 대하여 청구법인은 2011.12.31.이전에 쟁점토지에 건축물을 착공하였다든가 또는 매수인 등에게 토지 사용을 승낙하였다는 사실을 입증하지 못하고 있으므로 처분청이 쟁점토지의 지목변경에 대하여 2012.1.1. 시행된지방세특례제한법제85조의2 제1항을 적용하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 사실관계 및 판단

• 가. 쟁 점

① 이 건 취득세 등의 부과처분이 신뢰보호의 원칙에 위배되는지 여부

② 쟁점토지의 지목변경에 따른 취득세는 사실상 지목변경일 현재시행되고 있는OOO제13조 제1항을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

③ 쟁점토지의 지목변경에 따른 가산세를 면제할 수 있는지 여부

• 나. 관련 법령

(1) 지방세법 제7조【납세의무자 등】④ 선박, 차량과 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다. 제21조【부족세액의 추징 및 가산세】① 취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니하면 제10조부터 제15조까지의 규정에 따라 산출한 세액(이하 이 조에서 “산출세액”이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각 호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다. 1.지방세기본법제53조 제1호에 따른 신고불성실가산세(이하 “신고 불성실가산세”라 한다): 해당 산출세액 또는 부족세액의 100분의 20에 해당하는 금액 2.지방세기본법제53조 제2호에 따른 납부불성실가산세(이하 “납부불성실가산세”라 한다)

(2) 지방세법 시행령 제20조【취득의 시기 등】⑩ 토지의 지목변경에 따른 취득은 토지의 지목이 사실상 변경된 날과 공부상 변경된 날 중 빠른 날을 취득일로 본다. 다만, 토지의 지목변경일 이전에 사용하는 부분에 대하여는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다.

(3) 지방세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11138호로 개정된 것) 제85조의2【지방공기업 등에 대한 감면】①지방공기업법에 따라 설립된 지방공사(농수산물공사 및 도시철도공사를 제외한다)에 대하여는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2013년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.

1. 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75(100분의 75의 범위에서 조례로 따로 정하는 경우에는 그 율)에 지방자치단체의 주식소유비율[해당 지방공사의 발행주식총수에 대한 지방자치단체의 소유주식(지방공기업법제53조 제4항에 따라 지방자치단체가 출자한 것으로 보는 주식을 포함한다) 수의 비율을 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 곱한 금액을 경감한다. 제13조【지방공사 등에 대한 감면】①지방공기업법에 따라 설립된 지방공사 또는 지방공단이 그 고유의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산과 전동차에 대하여는 취득세를 면제하고, 그 법인등기와 구분지상권 설정등기(지하철공사에 한정한다)에 대하여는 등록면허세를 면제하며, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는지방세법제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 면제한다. 다만, 총 자산 중 민간 출자분 또는 민간출연분이 있는 경우 그 부분에 대하여는 그러하지 아니한다. 제13조【사무처리의 위임】이 조례에 따른 도세의 감면에 관한 사무는 시장·군수에게 위임하여 처리한다. 부칙 제1조【시행일】이 조례는 2012년 1월 1일부터 시행한다. 제3조【일반적 경과조치】① 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은지방공기업에 따라 OOO 약 1,130만㎡을 택지로 개발하기 위하여 2007.6.28. 구 건설교통부장관(이하 “국토교통부장관”이라 한다)으로부터 OOO 내의 토지를 택지로 개발하는 지목변경 공사를 착공하여 2011.12.31. 1단계 대상 토지 약 741만㎡(총 부지의 65.5%)를, 2012.12.31. 및 2013.12.31. 쟁점토지인 2단계와 3단계 대상 토지 약 174만㎡를 각각 택지로 전환하는 지목변경 공사를 완료하였으며, 이 건 토지에 포함되지 않은 나머지 215만㎡는 2013년도 이후 지목변경 공사를 완료한 것으로 나타나며, 단계별 토지 준공 현황은 아래와 같다.

(2) 청구법인이 제출한 이 건 토지의 지목변경 공사 관련 도급계약서․착공계․공사착공 보고서 및 2007년도와 2008년도 사이에 촬영한 것으로 보이는 항공촬영사진 등을 보면, 청구법인으로부터 이 건 토지의 지목변경 공사를 수급한 현대건설주식회사, 가산토건주식회사 등은 2007.10.30.부터 2008.9.18.사이에 사업공구별로 지목변경 공사를 착공하였고, 청구법인은 이와 같은 사실을 국토해양부장관에게 보고한 것으로 나타난다.

(3) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 지방공사 등이 그 고유의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산 등에 대하여 취득세의 면제를 규정한OOO제13조 제1항이 2011.12.26. 경기도 조례 제4295호로 삭제되고, 지방공사가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75에 지방자치단체의 주식소유비율을 곱한 금액을 경감한다는 내용의지방세특례제한법제85조의2 제1항이 신설되었으며,OOO 부칙 제1조는 이 조례는 2012년 1월 1일부터 시행한다고 규정하면서 제3조 제1항에서 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있다. (나) 한편, 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해 표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다고 할 것이다. (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 지방공사 등에 대한 취득세 면제 규정은 1995.1.18. 제정된OOO제13조 제1항이 삭제되기 전까지 조항만 몇 차례 변경되었을 뿐 그 내용은 15년 이상 동일하게 유지되었고 청구법인은 동 조항을 근거로 사업기간이 5년 이상인 OOO제13조 제1항은 지방공사가 2011.12.31. 이전에 취득한 부동산 뿐 아니라 그 이전에 공사를 착공한 건축물 및 토지의 지목변경에 대하여도 그 취득시기에 관계없이 취득세를 면제하겠다는 취지로 볼 수 있는 점, 청구법인은OOO제13조 제1항에 따라 쟁점토지의 지목변경에 따른 취득세가 면제될 것임을 신뢰하고 2007.10.30. 부터 2008.9.18. 사이에 쟁점토지를 비롯한 OOO 내의 토지에 대한 지목변경 공사를 착공하였다고 보이며 여기에 청구법인의 귀책 사유가 있다고 보기 어려운 점(조심 2014지643, 2014.11.3., 같은 뜻임), 2011.12.31. 개정된OOO제13조 제1항이 삭제된 후에 과세요건이 완성된 경우에도 유리한 종전 규정의 적용에 관한 납세의무자의 정당한 신뢰를 보호하기 위하여 종전 규정을 적용할 수 있다는 의미로 해석하여야 하는 점, 처분청은 청구법인의 신뢰와 다르게 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과하였고 이는 청구법인의 이익을 침해한 것이라고 볼 수 있는 점 등에 비추어 쟁점토지의 지목변경에 따른 취득세 면제와 관련한 청구법인의 신뢰는 시․도세 감면조례를 포함한 지방세 관련 법령의 개폐에 불구하고 보호되어야 할 것인바, 처분청이 청구법인에게 부과한 이 건 취득세 등은 신뢰보호의 원칙에 위배되는 처분으로서 잘못이 있다고 판단된다.

(4) 쟁점①이 인용됨에 따라 쟁점②․③은 심리의 실익이 없다고 할 것이므로 이에 대한 심리는 생략한다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로지방세기본법제123조 제4항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.