이 건 부과처분이 신의성실원칙에 위배되는지 여부

[주 문] OOO의 각 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요 가.OOO은 2014년 3월 청구법인에 대하여 세무조사를 실시한 뒤 그 결과를 처분청에 통보하였고, 처분청은 OOO의 세무조사결과통보에 따라 청구법인의OOO을 2014.6.10. 청구법인에게 각 부과․고지하였다.

• 나. 청구법인은 이에 불복하여 2014.7.25. 이의신청을 거쳐 2014.12.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2005.1.1. 철도산업발전기본법에 따라 철도여객 및 화물운송 등 철도시설의 운영관련 사업과 철도시설의 유지·보수 등 국가로부터 위탁받은 업무를 수행하고 있는 법인으로서, OOO를 두고 그 하부조직으로 철도시설의 유지·보수업무를 수탁받아 시행하는 전기사업소, 시설사업소와 운송사업을 직접 시행하는 승무사업소, 차량사무소, 역 등을 두고 있고, 철도산업발전기본법제19조에서 철도시설의 유지·보수 등의 관리청은 원칙적으로 국가라고 규정하고 있어 그 의무와 책임이 모두 국가에 귀속된다 할 것이며, 같은 법 제38조 단서에서 철도시설의 유지·보수는 청구법인에게 위탁한다고 규정하고 있고, 이를 근거로 일반철도시설에 대하여는 국토교통부장관과, OOO를 청구법인이 수행하고 그 위탁비 등을 국가 등으로부터 지급받고 있는 상황인바, 청구법인은 구 행정자치부장관에게 질의를 하여 철도시설유지·보수업무를 수행하는 사업장의 경우 이는 구 OOO으로서 비과세 및 면제대상에 해당된다는 회신을 받았으며, 이러한 회신에 따라 당해 사업장에 대하여는 지방소득세(구 사업소세) 등을 신고납부하지 아니하였고, 처분청도 이에 대하여 과세하지 아니하다가 소급하여 이 건 지방소득세 부과처분을 한 것은 신의성실의 원칙에 위배되는 처분이며, 조세심판원 선결정례에서도 청구법인과 같은 경우에 신의성실의 원칙에 위배된다고 해석하고 있으므로, 처분청이 청구법인에게 이 건 지방소득세를 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 국가로부터 위탁받은 업무인 철도시설 유지․보수업무와 관련된 사업장에 대하여 행정자치부장관이 실질적인 사업주가 청구법인이 아닌 국가이므로 구 사업소세의 경우 비과세 대상에 해당된다고 회신하였으며, 이에 따라 처분청도 청구법인 설립 이후 이에 대하여 과세하지 아니하다가 이 건 지방소득세 등을 부과한 처분이 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장하므로 이를 살펴보면, 지방세기본법제18조에서는 “납세자와 세무공무원은 신의에 따라 성실하게 그 의무를 이행하거나 직무를 수행하여야 한다”고 규정하고 있고, 같은 법 제20조 제3항에서는 “이 법 및 지방세관계법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 따른 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 따라 소급하여 과세되지 아니한다”고 규정하고 있는바, 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 신의성실의 원칙이 적용되려면, (1) 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, (2) 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, (3) 납세자가 그 견해 표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, (4) 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것이며 지방세기본법제20조 제3항에서의 비과세관행을 적용하기 위해서는 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 할 것으로서, 청구법인은 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하고, 지방소득세(종업원분) 등에 대하여 비과세 및 면제 대상으로 부과되지 않는다는 관행이 성립되었다는 근거로 2005년도 구 행정안전부장관의 질의회신 공문을 제시하고 있으나 신의성실의 원칙이나 소급과세금지의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다고 할 것이고, 그 조항에서의 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고, 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없다 할 것이며, 설령 2005년도 행정자치부의 질의회신을 과세관청의 공적 견해표명이라 보더라도 이는 관련 법령을 잘못 해석·적용한 것으로서 법제처장관의 법령해석사례에서 “위탁사업장에 근무하는 종업원과 고용계약(급여의 지급여부나 명칭ㆍ형식 내용은 불문함)을 체결하고 당해 사업에 종사하게 하는 자는 위탁자가 아니라 실제 당해 사업장을 책임지고 운영하는 수탁자라 할 것이므로 동법상 종업원할 사업소세의 납세의무자 또한 수탁자로 보아야할 것입니다”라고 해석하고 있으며, 행정자치부장관의 수많은 질의회신사례에서도 일관되게 위탁사업장의 경우 수탁자가 지방소득세의 납세의무자가 된다는 유권해석을 견지하고 있으므로, 처분청이 법제처의 법령해석사례 및 변경된 유권해석 이후 납세의무가 성립한 부분에 대하여 새로운 유권해석에 따라 청구법인에게 이 건 지방소득세를 부과한 처분은 법적 안정성․정의․형평 등의 관점에서 합리적인 것으로 판단되므로 이 건 부과처분은 정당하다

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 이 건 부과처분이 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부
• 나. 관련 법령 등

(1) 지방세기본법 제18조(신의성실) 납세자와 세무공무원은 신의에 따라 성실하게 그 의무를 이행하거나 직무를 수행하여야 한다. 제20조(해석의 기준 등) ③ 이 법 및 지방세관계법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 따른 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 따라 소급하여 과세되지 아니한다.

(2) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정된 것) 제85조(정의) 지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “종업원분”이란 종업원의 급여총액을 과세표준으로 하여 부과하는 지방소득세를 말한다.

5. “사업소”란 인적 및 물적 설비를 갖추고 계속하여 사업 또는 사무가 이루어지는 장소를 말한다.

9. “종업원”이란 사업소에 근무하거나 사업소로부터 급여를 지급받는 임직원, 그 밖의 종사자로서 대통령령으로 정하는 사람을 말한다 제86조(납세의무자) ② 종업원분은 종업원에게 급여를 지급하는 사업주에게 부과한다. 제101조(면세점) ① 해당 사업소의 종업원 수가 50명 이하인 경우에는 종업원분을 부과하지 아니한다.

② 제1항에 따른 면세점 적용기준은 대통령령으로 정한다.

(3) 철도산업발전기본법 제2조(적용범위) 이 법은 다음 각 호의 1에 해당하는 철도에 대하여 적용한다. 다만, 제2장의 규정은 모든 철도에 대하여 적용한다.

1. 국가 및 한국고속철도건설공단법에 의하여 설립된 한국고속철도건설공단(이하 “고속철도건설공단”이라 한다)이 소유·건설·운영 또는 관리하는 철도

2. 제20조제3항의 규정에 의하여 설립되는 한국철도시설공단 및 제21조제3항의 규정에 의하여 설립되는 한국철도공사가 소유·건설·운영 또는 관리하는 철도 제19조(관리청) ① 철도의 관리청은 국토교통부장관으로 한다.

② 국토교통부장관은 이 법과 그 밖의 철도에 관한 법률에 규정된 철도시설의 건설 및 관리 등에 관한 그의 업무의 일부를 대통령령이 정하는 바에 의하여 제20조 제3항의 규정에 의하여 설립되는 한국철도시설공단으로 하여금 대행하게 할 수 있다. 이 경우 대행하는 업무의 범위·권한의 내용 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 제20조 제3항의 규정에 의하여 설립되는 한국철도시설공단은 제2항의 규정에 의하여 국토교통부장관의 업무를 대행하는 경우에 그 대행하는 범위안에서 이 법과 그 밖의 철도에 관한 법률의 적용에 있어서는 그 철도의 관리청으로 본다. 제20조(철도시설) ① 철도산업의 구조개혁을 추진함에 있어서 철도시설은 국가가 소유하는 것을 원칙으로 한다.

② (생 략)

③ 국가는 철도시설 관련업무를 체계적이고 효율적으로 추진하기 위하여 그 집행조직으로서 철도청 및 고속철도건설공단의 관련 조직을 통·폐합하여 특별법에 의하여 한국철도시설공단(이하 “철도시설공단”이라 한다)을 설립한다. 제21조(철도운영) ① 철도산업의 구조개혁을 추진함에 있어서 철도운영 관련사업은 시장경제원리에 따라 국가 외의 자가 영위하는 것을 원칙으로 한다.

② (생 략)

③ 국가는 철도운영 관련사업을 효율적으로 경영하기 위하여 철도청 및 고속철도건설공단의 관련조직을 전환하여 특별법에 의하여 한국철도공사(이하 “철도공사”라 한다)를 설립한다. 제38조(권한의 위임 및 위탁) 국토교통부장관은 이 법에 따른 권한의 일부를 대통령령으로 정하는 바에 따라 특별시장·광역시장·도지사·특별자치도지사 또는 지방교통관서의 장에 위임하거나 관계 행정기관·철도시설공단·철도공사·정부출연연구기관에게 위탁할 수 있다. 다만, 철도시설유지보수 시행업무는 철도공사에 위탁한다.

(4) 한국철도공사법 제9조(사업) ① 공사는 다음 각 호의 사업을 한다.

1. 철도여객사업, 화물운송사업, 철도와 다른 교통수단의 연계운송사업

2. 철도 장비와 철도용품의 제작·판매·정비 및 임대사업

3. 철도 차량의 정비 및 임대사업

4. 철도시설의 유지·보수 등 국가·지방자치단체 또는 공공법인 등으로부터 위탁받은 사업

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 청구법인의 OOO의 조직현황은 아래 그림과 같다. (나) 위의 조직현황 중 시설관리와 관련된 부분은 대부분 OOO 물내에 사업부별로 사무소를 두고 있는 것으로 처분청의 조사내용에서 나타난다. (다)OOO 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 뒤 청구법인의 OOO본부 종원업 중 기존에 신고한 지방소득세(종업원분)에 포함된 종업원을 제외한 시설사업소, 건축사업소, 전기사업소 등의 인력에 대하여 OOO에 소재한 사업장을 구분하여 각 사업장별로 2009년 4월부터 2013년 12월까지 매월별로 종업원수를 해당 급여를 파악하여 이 건 지방소득세(종업원분)을 부과하도록 처분청에 통보하였고, 이에 따라 처분청이 이 건 부과처분을 한 것으로 세무조사결과보고서 등에서 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 사실관계 등을 종합하여 살펴본다. 지방세기본법제18조에서 “납세자와 세무공무원은 신의에 따라 성실하게 그 의무를 이행하거나 직무를 수행하여야 한다.”고 규정하고 있고, 같은 법 제20조 제3항에서는 “이 법 및 지방세관계법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 따른 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 따라 소급하여 과세되지 아니한다”고 규정하고 있는바, 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하여 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것이며, 지방세기본법제20조 제3항에서의 비과세관행을 적용하기 위해서는 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 할 것으로서, 청구법인의 경우를 보면,철도산업기본법이 2003.10.30. 제정되었고, 청구법인은 2005.1.1. 당해 법률 제21조 제3항에 근거하여 기존의 철도청 및 고속철도건설공단 관련 조직을 전환하여 설립된 법인으로서, 청구법인의 설립으로 인하여 기존에 철도청이 수행하던 국가 소유인 철도시설의 유지·보수업무를 청구법인이 국가로부터 위탁받아 수행하고 있으며, 이러한 국가소유의 철도시설의 유지·보수업무와 관련된 사업장의 경우 청구법인이 구 사업소세의 납세의무자에 해당되는지 여부에 대하여 행정자치부장관에게 질의하자 행정자치부장관은 당해 사업장의 실질적인 사업주는 국가로 보아야 한다는 내용으로 회신하였고, 청구법인은 이러한 질의회신을 신뢰하여 구 사업소세 등을 납부하면서 청구법인이 소유·운영하는 역사시설 등에 대하여만 이를 신고납부하였으며, 처분청도 이에 대하여 청구법인 설립 후 이 건 부과처분이 있기 이전까지 과세를 하지 아니하였던 상태로서, 이와 같이 기존에 국가조직인 철도청이 수행하던 업무를 청구법인이 새로이 설립되면서 위탁형태로 수행하게 됨에 따라 지방소득세(구 사업소세)의 과세문제가 발생되고 이에 대하여 지방세법령을 관장하는 행정자치부장관이 당해 업무와 관련된 사업장에 대하여는 비과세대상이라고 해석하여 이러한 해석이 계속하여 정당한 것으로 인정되어 왔던 것으로 보이고, 장기간 이러한 유권해석이 인정되어 오던 상태에서 처분청이 이 건 부과처분을 하는 것은 신의성실원칙이나 소급과세금지의 원칙에 위배되는 처분으로 보는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 철도시설의 유지·보수와 관련된 사업장에 대하여 이 건 지방소득세를 부과한 처분은 잘못이라고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.