[요지] 지방세특례제한법제78조 제2항은 그 문언상 산업단지를 조성하면서 분양 또는 임대할 목적으로 취득한 부동산이 모두 포함된다고 해석하여야 할 것이고, 같은 조 제3항에서 산업용 건축물 등에 대하여 별도로 규정하고 있으므로 같은 조 제2항의 부동산을 산업용 건축물로 한정하여 해석하는 것은 해당 조문의 체계상 타당하지 아니한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점아파트에 대하여 취득세 등의 면제대상에 해당되지 아니한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못임
[참조결정] 조심2014지1185
[주 문] OOO의 부과처분은 이를 각 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) (주위적 청구) 청구법인은 산업단지 사업시행자로서 산업단지 내에 직원 임대용 아파트인 쟁점아파트를 신축하고, 임대주택법등 관련 법령에 따라 입주자모집절차를 거쳐 임대를 완료하였으며, 이 과정에서 관할관청의 승인 하에 주택건설사업승인, 착공신고, 준공신고 및 입주자모집공고를 하였고, 입주자모집공고에 따라 청약을 한 각 개별 입주자와 임대차 계약을 체결하여 임대하였는바, 처분청은 지특법 제78조 제2항의 적용대상은 사업시행자가 분양·임대할 목적으로 취득하는 토지와 산업용건축물 등에 한하여 취득세 등의 감면대상으로 보아야 한다는 의견이나, 지특법 제78조 각 항에서 산업단지에 대한 감면대상을 상세히 규정하면서 제1항에서는 사업시행자가 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 감면, 제2항에서는 사업시행자가 산업단지를 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대한 감면, 제3항에서는 산업단지 조성공사가 끝난 후 사업시행자가 직접 사용하기 위하여 취득하는 산업용 건축물에 대한 감면을 각각 규정하고 있는바, 지특법 제78조 제2항에서 사업시행자가 산업단지를 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산을 취득세 감면대상으로 규정하고 있으며, 지방세법제6조 제2호에서 정의하고 있는 것처럼 ‘부동산’이란 용어는 토지 및 건축물을 포함하는 개념으로서,OOO 사업시행자인 청구법인이 산업단지를 개발·조성하여 근로자들에게 임대할 목적으로 취득한 쟁점아파트는 지특법 제78조 제2항의 취득세 및 재산세 감면대상에 해당된다고 보아야 하고, 관련법령 해석사례에서도, 구 안전행정부장관은 지특법 제78조 제2항에서 사업시행자가 산업단지를 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산이라 규정하고 있어 감면대상 부동산을 일정한 산업용 건축물 등으로 한정한다 할 수 없다고 해석(지방세운영-2614, 2011.6.5.)하였고, 법제처의 유권해석에서도 산업단지개발 사업시행자가 일반인에게 분양할 목적으로 건축하는 일반 아파트가 취득세 등의 감면대상 범위에 해당하는지 여부에 대한 질의에 대하여 지특법 제78조 제2항에 따른 취득세 등의 감면대상에 해당한다고 해석(법제처 14-0588, 2014.11.14.)하고 있는 점에 비추어, 처분청이 쟁점아파트에 대하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.
(2) (예비적 청구) 처분청은 쟁점아파트에 대하여 이 건 취득세 등을 부과하면서 무신고가산세 및 납부불성실가산세를 가산하여 부과하였으나, OOO는 2009.2.6. 과세전적부심사 결정에서 이 건과 동일한 소재지인 쟁점아파트의 부속토지에 대한 취득세와 관련하여 임대용 사원아파트는 취득세 감면대상인 ‘산업용 건축물’에 해당한다고 판단하여 과세하지 아니하는 것으로 결정하였고, 청구법인은 이러한 결정을 신뢰하여 그 후 쟁점아파트에 대한 취득세 등을 신고·납부하지 않은 것이며, 쟁점아파트의 취득세 감면신청에 대해서 처분청이 감면결정 통지를 하지 아니하였다면 청구법인은 당시에 불복청구를 통하여 가산세의 부담없이 과세대상인지 여부를 다툴 수 있었을 것이고, 청구법인은 처분청의 세법 해석을 적법한 것으로 신뢰하여 쟁점아파트를 취득세 등의 감면대상으로 판단하고 취득세 등의 신고 및 감면신청을 성실히 이행하였으며, 처분청도 청구법인의 감면신청에 대하여 지특법 제78조 제2항을 근거규정으로 하여 2013.3.19. 취득세 감면 결정을 통지하였다가 현장 확인조사를 통하여 감면대상에 대한 해석이 상이하다 하여 감면대상에서 제외하였는바, 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 청구법인에게 그 신고납부의무 이행의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보아야 할 것이고, 조세심판원 선결정례에서도, “감면된 취득세 등이 추징되는지의 여부에 대한 청구법인의 문의에 대하여 처분청은 이 건 토지를 매각하더라도 추징대상에 해당되지 아니한다고 안내하였다는 사실을 조세심판관회의에 참석한 처분청 담당공무원이 인정하고 있는 이상, 청구법인이 감면된 세액을 기한내에 신고납부하지 못한 정당한 사유가 인정된다 할 것이므로 이 건 가산세 부과처분은 취소하는 것이 타당하다.”고 해석하고 있는 점에 비추어, 이 건 가산세 부과처분은 취소되어야 할 것이다.
(1) 청구법인은 쟁점아파트가 지특법 제78조 제2항의 사업시행자가 산업단지를 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산으로서 취득세 등 감면대상에 해당된다고 주장하나, 지특법 제78조 제2항에서 같은 조 제1항에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제41조에 따른 환수권의 행사로 인한 취득을 포함한다)하는 부동산(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른OOO의 경우에는 같은 법 제45조의13 제1항 제3호 및 제5호의 사업용 부동산을 포함한다)에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있는바, 청구법인의 주장처럼 법문에 명시된 문언대로 해석하여 건축물까지 감면에 포함한다 하더라도 이는 산업단지 개발사업 시행자가 산업단지를 개발·조성하여 일반인(기업)에게 분양 또는 임대하는 부동산에 대하여 감면하는 것으로서, 사업시행자가 자신의 근로자의 후생복지를 위해 건축하여 사용하는 건축물은 지특법 제78조 제2항의 적용대상이 되지 아니하는바, 지특법 제78조 및 같은 법 시행령 제29조에 의거 산업단지 안에는 산업용 건축물인 공장용 건축물과 후생복지를 위한 건축물(아파트)을 건축할 수 있으나, 사업시행자 및 입주업체가 사용하는 건축물은 산업용 건축물만을 감면대상으로 하고, 산업단지의 관리와 입주기업체의 지원 및 근로자의 후생복지를 위한 건축물은 산업입지 및 개발에 관한 법률제30조 제2항에 따른 관리기관이 취득하는 경우에 한하여 감면하도록 명확하게 규정하고 있으므로 관리기관이 아닌 사업시행자인 청구법인이 직원 후생복지를 위하여 신축한 쟁점아파트는 취득세 감면대상에 해당된다고 보기 어렵다. 이 건과 관련하여 OOO가 2014.6.20. 구 안전행정부장관에게 청구법인이 신축한 아파트가 산업용건축물로서 지방세 감면에 해당되는지 여부에 대해 질의하자, 구 안전행정부장관은 “청구법인이 산업단지 관리기관의 지위에서 아파트를 건축하지 않은 점, 임대·분양을 위한 아파트는 기숙사에 해당되지 않는 점, 타 시도의 유사한 사례에 있어서는 취득세 등을 납부하고 있어 이를 감면할 경우 과세 형평성의 문제가 있는 점 등을 들어 지특법 제78조 제2항에 의한 감면대상에 해당되지 않는다고 회신한 점을 감안하면, 쟁점아파트가 지특법 제78조 제2항의 취득세 감면대상에 해당된다는 청구주장은 받아들일 수 없다.
(2) 청구법인은 이 건 취득세 등을 부과하면서 가산세를 가산한 것이 부당하다고 주장하나, 지방세법제20조 제1항에서 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날부터 60일 이내에 신고·납부토록 규정되어 있고, 같은 조 제3항에서는 이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 제1항에도 불구하고 그 사유 발생일부터 30일 이내에 해당 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액[경감 받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다고 규정되어 있으며, 같은 법 제21조 제1항에는 “취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니하면 제10조부터 제15조까지의 규정에 따라 산출한 세액(이하 이 장에서 "산출세액"이라 한다) 또는 그 부족세액에 지방세기본법제53조의2부터 제53조의4까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다고 규정되어 있고, 지방세기본법제53조의2 제1항에는 납세의무자가 법정신고기한까지 지방세법에 따라 산출한 세액을 신고하지 아니한 경우에는 산출세액의 100분의 20을 가산세로 부과한다고 규정되어 있는바, 청구법인은 2009.2.6. 쟁점아파트 부속토지 119,924㎡에 대하여 OOO 과세전적부심사위원회에서 감면대상으로 ‘채택’된 결정을 신뢰하여 쟁점아파트에 대해서도 취득세 등이 면제된다고 판단하고 취득세를 신고·납부하지 않았다고 주장하나, 과세전적부심사결정의 효력은 그 당시의 당해 사건에만 효력이 있는 것이므로 이를 확장·유추 해석해서는 안되며, 과세가 명확한 쟁점아파트까지 취득세가 면제된다고 볼 수는 없는 것이고, 신고납부방식의 조세는 납세자가 법에 정한 방식에 의하여 과세표준과 세액을 신고하면 그 내용대로 확정되는 것에 불과하므로, 납세자 스스로 취득세를 신고하는 과정에서 감면 신청서를 제출함에 따라 처분청이 취득세 납부서 등을 교부하였다는 사정만으로는 과세관청이 취득세 면제요건을 확인하였다고 보기는 어려우며(조심 2014지1185, 2014.10.20. 같은 뜻임), 지방세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로 납세자의 고의·과실은 고려되지 않으며, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당되지 않는다고 볼 수 있고, 안전행정부장관의 질의회신사례(지방세운영과-3640호, 2012.11.12.)에서도처분청이 비과세·감면신청을 그대로 받아 들였다 하더라도 납세의무자가 신고의무를 제대로 이행하였다고 볼 수는 없을 것이고 신고의무 불이행에 대한 정당한 사유가 있다고 보기도 어려우므로 신고불성실가산세 부과는 정당하다”고 해석하고 있는 점과 취득세 등을 감면받은 납세자가 감면요건이 맞지 않아 과세권자가 추징할 때에는 신고불성실 가산세등을 부과하고 있는 점을 종합하면, 처분청이 이 건 취득세 등을 부과하면서 가산세를 가산하여 부과한 처분은 적법하다
3. 심리 및 판단
① 산업단지 사업시행자가 직원에게 임대할 목적으로 신축한 쟁점아파트를 취득세 및 재산세 면제대상으로 볼 수 있는지 여부
② 가산세를 부과한 처분이 적법한지 여부
(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 OOO 지정승인을 받고 산업단지 조성사업을 하였고, 그 지정승인내역상 토지이용계획은 아래 〈표2〉와 같다. (나) 청구법인은 2006.9.7.OOO을 받아 아래 〈표3〉과 같이 사원 임대용 주택을 신축한 사실이 사업계획승인서 등에서 확인된다. (다) 청구법인은 임대사업자 등록을 하고, 위〈표2〉의 아파트를 OOO에 재직 중인 정규 임직원을 대상으로 입주자 모집공고를 하여 임대한 사실이 입주자모집공고문 등에 나타난다.
(4) 청구법인은 위〈표3〉의 각 아파트를 신축할 때마다 처분청에 감면신청을 하여 처분청으로부터 취득세 등을 감면받은 사실에는 당사자간 다툼이 없다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 지방세특례제한법제78조 제1항 내지 제4항의 규정을 종합하면, 제1항에서는 산업입지 및 개발에 관한 법률제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여, 제2항에서는 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 OOO의 경우에는 같은 법 제45조의13 제1항 제3호 및 제5호의 사업용 부동산을 포함한다)에 대하여, 제3항에서는 사업시행자가 산업단지 조성공사를 끝낸 후 신·증축하는 산업용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물 등에 대하여, 제4항에서는 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지 등에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여 각각 취득세와 재산세를 면제하도록 규정하고 있다. (나) 이러한 지특법 제78조의 감면규정에 대하여 청구법인은 제2항에 따라 쟁점아파트가 감면대상에 해당된다고 주장하고 있고, 처분청은 제2항의 경우 일반인에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산으로서 산업용 건축물 등에 해당하는 경우만을 감면대상으로 한다는 규정이므로 쟁점아파트의 경우에는 이에 해당되지 아니하며, 직원후생복지시설로서의 쟁점아파트의 경우 제3항에 따라 판단하여야 하는 것인바, 산업단지관리기관이 후생복지시설로 건축하는 경우에만 감면대상이 되는 것으로서 청구법인은 산업단지관리기관이 아니므로 쟁점아파트는 감면대상에 해당되지 아니한다는 의견이나,
1. 지특법 제78조 제2항의 문언을 보면, 제1항의 산업단지 사업시행자가 산업단지를 조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득한 부동산이라고 규정하고 있으므로, 조세법률주의의 파생원칙인 엄격해석의 원칙에 비추어 산업단지를 조성하면서 분양 또는 임대할 목적으로 취득한 부동산이 모두 포함된다고 보아야 할 것이고, 처분청은 지특법 제78조 제2항 본문의 OOO에 대한 괄호 규정을 근거로 OOO제45조의13 제1항 제3호 및 제5호의 규정에 따라 후생복지시설로서 직원용 아파트를 취득하는 경우만을 감면대상으로 하는 것으로서 청구법인과 같은 일반 사업시행자가 취득한 직원 임대용 아파트는 면제대상에서 제외되어야 한다는 의견이지만, 당해 규정에서의 괄호는 일반 사업시행자와 달리 OOO이 사업시행자로서 산업단지 개발·조성단계에서 취득한 것인지 여부와 관계없이 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제3호 및 제5호의 사업용 부동산을 취득하는 경우에는 취득세를 면제하는 것으로 보아야 할 것(대법원 2009.8.20. 선고 2008다78262 판결, 같은 뜻임)이며,OOO제30조 제2항 제3호에서 별도로 관리기관으로 보도록 규정하고 있고, 이러한 관리기관이 취득하는 후생복지용 주택에 대하여는 지특법 제78조 제3항에 의하여 별도로 감면대상 여부를 판단하는 것이므로 같은 조 제2항 괄호 규정을 별도로 둘 아무런 실익이 없다는 점에서 처분청의 주장은 타당하다고 보이지 아니한다.
2. 또한, 처분청과 같이 지특법 제78조 제2항의 부동산의 의미를 산업용 건축물 등으로 해석하는 경우 산업용 건축물 등에 대하여는 지특법 제78조 제3항에서 별도로 규정하고 있으므로 제2항의 규정과 중복되어 제2항이 적용될 여지가 없게 되는 결과를 초래한다고 보이는 점에서 지특법 제78조 제2항 괄호의 OOO에 대한 감면규정을 근거로 지특법 제78조 제2항에서의 ‘부동산’의 의미를 산업용 건축물 등으로 보아야 한다는 처분청의 의견은 타당하지 아니하고, 행정자치부장관이 2014.12.31. 지특법을 개정하면서 제78조 제2항의 ‘부동산’을 ‘산업용 건축물 등’으로 개정하여 감면범위를 축소하였던 점에 비추어 보더라도, 개정 전의 지특법 제78조 제2항의 부동산의 의미는 일반적인 부동산의 의미와 동일하게 해석하여야 하며 개정 전에 취득한 부동산에 대하여 개정 후의 법률을 적용할 수는 없다고 하겠다.
3. 산업단지의 사업시행자에 대한 감면규정의 연혁을 보면, 산업단지 입주기업체가 취득하는 사업용 건축물 등에 대하여 감면하다가 1997.8.30. 지방세법이 법률 제5406호로 개정되면서 산업단지 사업시행자에 대한 감면규정이 신설되어 산업단지 사업시행자가 산업단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산과 산업단지 조성 후 신축하는 산업용 건축물 등, 산업단지를 조성하여 분양·임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대한 감면규정이 신설되어 산업단지 조성 전의 부동산과 산업단지 조성단계에서 취득하는 부동산, 산업단지 조성 후에 취득하는 산업용 건축물 등을 각각 별도로 구분하여 감면대상으로 규정하고 있었고, 2010.3.31. 지특법이 제정되어 종전의 지방세법의 산업단지에 대한 감면규정이 지특법으로 이관되면서 지특법 제78조 제1항에서 사업시행자가 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 감면규정이 신설되었으며, 종전의 분양 또는 임대용 부동산에 대한 감면규정은 종전과 같이 제2항에서 유지되는 형태로 조문정비가 이루어졌는바, 이러한 산업단지에 대한 감면규정의 개정연혁과 조문체계를 보면, 지특법 제78조 제2항의 부동산이 같은 조 제1항의 부동산과 동일하다고 볼 수 없고 같은 조 제3항의 산업용 건축물 등을 의미한다고 볼 수도 없으므로, 지특법 제78조 제2항의 ‘분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산’의 의미를 산업단지에 대한 취득세 등의 면제취지와 법 문언에 비추어 합목적적으로 해석할 수 밖에 없다 할 것인데, 산업입지 및 개발에 관한 법률이 1995.12.29. 법률 제5111호로 개정되면서 종전에는 공업단지개발사업을 공업용지조성사업과 이와 관련된 기반시설조성사업으로 규정하다가 개정 후에는 제2조 제6호 라목에서 산업단지의 기능제고를 위한 주거시설·문화시설·의료복지시설·체육시설·관광휴양시설 등의 용지조성사업 및 공원조성사업을 추가로 신설하여 종전에 공업단지개발사업을 단순히 공업용지를 조성, 공급하던 형태에서 산업단지개발사업으로 변경된 후에는 단순한 용지조성사업뿐만 아니라 산업단지의 기능제고를 위한 건축물 등 시설물의 건축사업까지 포함하는 개념으로 확대되었다고 보이고, 이러한 산업입지 및 개발에 관한 법률의 개정취지에 맞추어 종전의지방세법제276조와 현행 지특법 제78조 제2항에서 산업단지를 조성하는 과정에서 분양 또는 임대할 목적으로 취득한 부동산에 대하여 취득세 등을 면제하는 것으로 개정된 것으로 보인다. (라) 따라서, 처분청이 쟁점아파트에 대하여 산업단지관리기관이 아닌 청구법인이 직원 임대용으로 취득한 부동산이므로 취득세 등의 면제대상에 해당되지 아니하는 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이라고 판단된다.
(3) 쟁점①이 인용되어 쟁점②는 심리의 실익이 없으므로 이를 심리하지 아니한다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.