청구법인이 다른 법인으로부터 주식을 취득하여 과점주주가 되었으나 지주회사요건을 갖춘 경우에 과점주주에 대한 면제대상으로 보아 취득세를 면제하였다가 이를 잘못된 것으로 보아 당초 면제를 취소하고 면제한 취득세를 부과하면서 가산세를 가산한 처분이 적법한지 여부

[주 문] OOO의 부과처분은 가산세를 가산하지 아니하는 것으로 하여 그 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2009.9.10.자본시장과 금융투자업에 관한 법률(이하 ‘자본시장법’이라 한다)에 따라 설립된 투자목적회사로서 2009.10.27. OOO를 모두 취득하여 주식소유비율이 100%인 과점주주가 됨에 따라 취득신고를 하면서, 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제120조 제6항 제8호의 과점주주에 대한 취득세 감면대상에 해당한다고 보아 감면신청을 하여 처분청으로부터 취득세를 면제받았다. 나.처분청은 청구법인이 자본시장법에 따라 설립된 투자목적회사이므로 조세특례제한법제120조 제6항 제8호의 취득세 면제대상에 해당되지 아니하는 것으로 보아 과점주주에 대한 취득세 납세의무 성립일(2009.10.27.) 현재OOO을 2014.3.12. 청구법인에게 부과·고지 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.5.15. 이의신청을 거쳐 2014. 11.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 자본시장법에 따라 설립된 투자목적회사로 2009.10.27. OOO가 소유한 취득세 과세대상물건이 여러 시·군에 분포하고 있는 관계로 과세관청 중 대표적이고 상징적인 OOO에게 감면대상 해당 여부에 대하여 질의를 하자 OOO은 자본시장법에 의해 설립된 회사라도 공정거래법에서 규정하고 있는 지주회사의 요건을 갖춘 경우라면 과점주주 취득세의 납세의무가 없다는 회신(세제과-11455, 2009.8.27.)을 하였고, 이에 따라 청구법인은 처분청에 취득신고를 하면서 감면신청을 하여 취득세를 감면받았으나, 이후 대법원은 2014.1.16. 자본시장법상 투자목적회사는 공정거래법상 지주회사 요건을 충족하더라도 과점주주에 대한 취득세가 면제되지 않는다고 판결함에 따라 처분청은 청구법인에게 면제한 취득세를 추징하면서 가산세를 가산하여 이 건 부과처분을 하였는바, 가산세의 경우 당사자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하여야 할 사정이 있을 때는 가산세를 부과할 수 없다 할 것으로서, 과세관청의 질의회신을 신뢰한 경우와 법규해석상 서로 다른 해석이 가능하다고 인정될 수 있는 경우에는 모두 세법상의 의무를 이행하지 못한 것에 대하여 정당한 사유가 있다고 해석하고 있으며, 청구법인의 경우 OOO의 질의회신의 내용을 신뢰하였고, 그에 따라 취득세 면제신청을 하여 취득세를 면제받았던 점과 자본시장법상 투자목적회사에 대한 취득세 면제 여부에 대하여 서로 다른 해석이 가능하였을 뿐만 아니라, 실제로 서울특별시, 구 행정안전부, 각급 법원 등이 서로 다른 해석을 하였던 점을 감안하여 청구법인과 같은 투자목적회사에 대하여 당초 과점주주 취득세의 면제를 하였던 과세관청 모두가 추징과정에서 정당한 사유를 인정하여 가산세를 부과하지 아니하였음에도, 처분청에서 이 건 부과처분을 하면서 가산세를 가산하여 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 OOO의 질의회신 내용을 신뢰하고 그에 따라 취득세 감면신청을 하여 감면을 받았고, 조세특례제한법제120조 제6항 제8호의 규정과 관련하여 서로 다른 해석이 가능하였던 점 등을 근거로 가산세를 부과하지 아니할 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 주장하나, 취득세와 같은 신고납부방식의 조세는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의해 납세의무가 구체적으로 확정되는 것이고, 또한지방세법에 의한 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납부의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이며, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없고, 또한 납세의무자가 세무공무원의 잘못된 설명을 믿고 그 신고납부의무를 이행하지 아니하였다 하더라도 그것이 관계 법령에 어긋나는 것임이 명백한 때에는 그러한 사유만으로는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 할 수 없다고 할 것(대법원 2002.4.12. 선고, 2000두5944 판결 등, 같은 뜻임)으로서, 청구법인의 대리인이 이 건 부과처분의 권한이 있는 처분청이 아닌 서울특별시장에게 질의를 하여 회신을 받은 것으로서 그 회신내용 및 형식으로 보아 관계법령의 일반적인 해석에 불과하고 이를 모든 지방세 과세관청에 대하여 대외적인 구속력을 갖는 행정규칙이라고 할 수도 없을 뿐만 아니라, 이후 구 행정안전부장관의 유권해석에 따라 결과적으로 서울특별시장의 질의회신이 법령에 반하여 해석되어진 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인의 감면신청을 수용하여 취득세를 감면한 것이 합법성의 원칙을 희생하면서까지 청구법인에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 한 것이라고는 보기 어렵다 할 것이고, 청구법인이 쟁점주식을 취득할 당시 자본시장법 제276조 제1항은 사모투자전문회사 등이 제270조의 사모투자전문회사 재산의 운용방법에 관한 일정 요건을 충족하는 경우에는 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지 공정거래법에 따른 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다고 규정하고 있었던 점, 청구법인이 처분청에 취득세 등에 대하여 감면신청을 할 당시 OOO의 질의회신 이외에 투자목적회사의 과점주주 취득세 면제와 관련하여지방세법유권해석 소관부처인 구 행정안전부장관이 어떠한 유권해석을 한 사실이 없었던 점에서 서로 다른 해석이 존재하였다고 인정하기 어렵고, 구 행정안전부장관은 2009.12.18. 유권해석을 통해 과세관청에 자본시장법상 투자목적회사는 공정거래법상 지주회사의 요건을 충족하더라도조세특례제한법제120조 제6항 제8호에 따른 과점주주 취득세 면제가 적용되지 않는다고 이에 대한 법규해석 및 세정운영 기준을 명확하게 해석하여 통보한 점, 이 건과 유사한 사건들의 소송에서 1심과 2심에서 각기 엇갈린 일부 판결이 있었지만, 대법원 판결에서 일관되게 구 행정안전부의 유권해석과 같은 취지의 판결을 내리고 있는 점 등을 종합해 볼 때, 청구법인과 같은 투자목적회사가 과점주주가 된 경우에 있어서 취득세 감면여부에 대하여 법규상 서로 다른 해석이 가능하였다고 보기 어렵고, 청구법인에 대하여 당초 면제를 결정하였던 과세관청 모두가 면제한 취득세를 추징하면서 정당한 사유를 인정하여 가산세를 부과하지 아니하였다고 하여 청구법인이 지주회사에 해당한다고 잘못 판단하여 과점주주에 대한 취득세 신고납부 의무를 불이행한 것에 대하여 그 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 할 수 없다 할 것이므로, 처분청이 청구법인에게 면제한 취득세를 추징하면서 가산세를 가산하여 이 건 부과처분을 한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 자본시장법에 따라 설립된 투자목적회사가 다른 법인으로부터 주식을 취득하여 과점주주가 되었으나 지주회사요건을 갖춘 경우에 과점주주에 대한 면제대상으로 보아 취득세를 면제하였다가 이를 잘못된 것으로 보아 기 면제한 취득세를 부과하면서 가산세를 가산한 처분이 적법한지 여부
• 나. 관련 법령 등

(1) 지방세법 제105조(납세의무자 등) ⑥ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과 점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다. 다만, 법인설립시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 그러하지 아니하다. 제120조(신고 및 납부) ① 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날부터 30일〔상속으로 인한 경우는 상속개시일부터, 실종으로 인한 경우는 실종선고일부터 각각 6월(납세자가 외국에 주소를 둔 경우에는 각각 9월)〕이내에 그 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다.

③ 이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일이내에 당해 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액〔경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다〕을 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다. 제121조(부족세액의 추징 및 가산세) ① 취득세 납세의무자가 제120조의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제111조 및 제112조의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 “산출세액”이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통 징수의 방법에 의하여 징수한다.

1. 제120조의 규정에 의하여 신고하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액에 미달하는 때에는 당해 산출세액 또는 부족세액의 100분의 20에 상당하는 신고불성실가산세

2. 제120조의 규정에 의하여 납부하지 아니하였거나 산출세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 부족한 세액에 금융기관의 연체이자율을 참작하여 대통령령이 정하는 율(이하“가산율”이라 한다)과 납부지연일자를 곱하여 산출한 납부불성실가산세

(2) 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제120조(취득세의 면제 등) ⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로지방세법제22조 제2호에 따른 과점주주에 해당하게 되는 경우 해당 과점주주에 대하여는 같은 법 제105조 제6항을 적용하지 아니한다.

8. 독점규제및공정거래에관한법률에 의한 지주회사(금융지주회사를 포함한다)가 되거나 지주회사가 동법 또는 금융지주회사법에 의한 자회사의 주식을 취득하는 경우 (3)독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제2조(정의)이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. 1의2. “지주회사”라 함은 주식(지분을 포함한다. 이하 같다)의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서 자산총액이 대통령령이 정하는 금액 이상인 회사를 말한다. 이 경우 주된 사업의 기준은 대통령령으로 정한다.

(4) 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령 제2조(지주회사의 기준) ① 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 "법"이라 한다) 제2조(정의) 제1호의2 전단에서 “자산총액이 대통령령이 정하는 금액 이상인 회사”란 다음 각 호의 회사를 말한다.

1. 해당 사업연도에 새로이 설립되었거나 합병 또는 분할·분할합병·물적분할(이하 "분할"이라 한다)을 한 회사의 경우에는 각각 설립등기일·합병등기일 또는 분할등기일 현재의 대차대조표상 자산총액이 1천억원 이상인 회사

2. 제1호 외의 회사의 경우에는 직전 사업연도 종료일(사업연도 종료일 이전의 자산총액을 기준으로 지주회사 전환신고를 하는 경우에는 해당 전환신고 사유의 발생일) 현재의 대차대조표상의 자산총액이 1천억원 이상인 회사

② 법 제2조(정의) 제1호의2 후단에 따른 주된 사업의 기준은 회사가 소유하고 있는 자회사의 주식(지분을 포함한다. 이하 같다)가액의 합계액(제1항 각 호의 자산총액 산정 기준일 현재의 대차대조표상에 표시된 가액을 합계한 금액을 말한다)이 해당 회사 자산총액의 100분의 50 이상인 것으로 한다.

(5) 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제270조(사모투자전문회사재산의 운용방법) ① 사모투자전문회사(대통령령으로 정하는 방법에 따라 다른 사모투자전문회사와 공동으로 운용하는 경우를 포함한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 사모투자전문회사재산을 운용하여야 한다.

1. 다른 회사(투자회사, 투자유한회사, 투자합자회사, 그 밖에 대통령령으로 정하는 회사를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 10 이상 되도록 하는 투자

2. 제1호에 불구하고 임원의 임면 등 투자하는 회사의 주요 경영사항에 대하여 사실상의 지배력 행사가 가능하도록 하는 투자 제276조(지주회사 규제의 특례) ① 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따른 지주회사에 관한 규정은 사모투자전문회사 또는 투자목적회사가 제270조 제1항 제1호 또는 제2호의 요건을 충족하는 경우 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 적용하지 아니한다

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2009.9.10. ‘관련 법령에 따라 허용되는 다른 회사의 주식, 지분, 증권, 파생상품 등 투자’ 등을 목적사업으로 하여 OOO 전문회사가 100% 출자하여 설립한 투자목적회사인 사실이 법인등기사항전부증명서 등에서 확인된다. (나) OOO로부터 이러한 계약을 인수하는 합의를 하여 쟁점주식을 취득한 것으로 주식매매계약서 등에서 나타난다. (다) 청구법인의 대리인은 2009.8.20. OOO에게 자본시장법에 의해 설립된 투자목적회사도 공정거래법상 지주회사의 요건을 갖춘 경우 과점주주에 대한 취득세를 감면받을 수 있는지 여부를 질의하여 OOO으로부터 “자본시장 및 금융투자업에 관한 법률에 따라 설립된 투자목적회사라고 하더라도독점규제 및 공정거래에 관한 법률에서 규정하고 있는 지주회사의 요건을 갖춘 경우라면 지주회사가 됨과 동시에 과점주주가 되더라도조세특례제한법제120조 제6항 제8호에 따라지방세법제105조 제6항을 적용 받지 않기 때문에 과점주주로서의 취득세 납세의무가 없다”는 내용의 회신을 받은 사실이 확인된다. (라) 청구법인은 2009.10.27. 쟁점주식을 취득한 후 취득신고를 하면서 공정거래법에서 정한 기준을 충족하여조세특례제한법제120조 제6항 제8호에 따른 과점주주 취득세 감면대상에 해당한다고 보아 감면신청을 하여 2009.12.8. 처분청으로부터 취득세를 감면받은 사실을 처분청의 감면통지 공문에서 알 수 있다. (마) 구 행정안전부장관은 2009.12.18. 투자목적회사에 대한 과점주주 취득세 면제에 관하여 “자본시장법 제276조 제1항 규정에 의하여 공정거래법에 따른 지주회사의 적용이 배제되는 투자목적회사의 경우 공정거래법에 의한 지주회사에 해당한다고 볼 수 없어 조세특례제한법제120조 제6항 제8호 규정에 의한 과점주주 취득세 면제대상에 해당하지 않는다”는 내용의법규해석 및 세정운영 기준을 지방자치단체에 통보하였다. (바) 청구법인이 제출한 투자목적회사의 과점주주 취득세 면제 여부에 대한 각급 법원별 소송 진행 결과는 아래 〈표〉와 같다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 지방세법제121조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에서 취득세 납세의무자가 신고·납부의무를 이행하지 아니하거나 산출세액에 미달하게 신고·납부한 경우에는 신고·납부불성실가산세를 가산하여 부과하도록 규정하고 있고,이러한 가산세는 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상 제재로서, 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 이유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다고 할 것인바, 조세특례제한법제120조 제6항 본문과 제8호와 공정거래법 제2조 제1호의2 및 같은 법 시행령 제2조 제1항 각 호의 규정을 종합하면, 주식의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서 자산총액이 직전 사업연도 종료일 현재의 대차대조표상의 자산총액이OOO 이상인 회사로서 회사가 소유하고 있는 자회사의 주식가액의 합계액이 해당 회사 자산총액의 100분의 50 이상인 지주회사가 자회사의 주식을 취득하여 과점주주가 되는 경우에는 취득세를 면제하도록 규정하고 있고, 청구법인의 경우에도 이러한 공정거래법상 지주회사의 요건을 충족하고 있으며, 이로 인하여 처분청을 포함한 여러 지방자치단체에서 청구법인과 같은 경우에 과점주주에 대한 취득세를 면제하였던 점에서 당초 처분청의 감면결정이 명백히 법령에 어긋나는 잘못된 것이었다고 단정하기 어렵다고 보이고, 자본시장법 제276조 제1항에서 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 공정거래법의 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이러한 자본시장법의 규정으로 인하여 투자목적회사의 경우에는 과점주주에 대한 취득세 감면대상에서 제외되는지 여부에 대하여 해석상의 견해 대립이 생길 수 있었다고 보이고, 실제로 여러 지방자치단체에서 당초 투자목적회사 등에 대하여 취득세를 감면하였다가 구 행정안전부장관의 세정운영기준 통보에 따라 당초 감면을 취소하고 취득세를 부과한 처분에 대한 소송에서 여러 하급심 판결이 서로 엇갈려 판결되었다가 2014.1.16. 대법원에서 최종적으로 청구법인과 같은 투자목적회사의 경우에는 지주회사요건을 충족하였다 하더라도 과점주주에 대한 취득세 면제대상에 해당되지 아니한다고 판결한 점 등의 사정과, 청구법인이쟁점주식을 취득하기 이전에 취득세 과세대상 물건이 소재하는 여러 지방자치단체 중 OOO에게 질의회신을 하여 감면대상에 해당된다는 회신을 받았고, 이에 따라 청구법인이 쟁점주식을 취득한 후 처분청에 감면신청을 하자 처분청도 이를 수용하여 청구법인에게 취득세를 감면하였던 과정을 감안하면, 청구법인이 쟁점주식을 취득하여 처분청에 감면신청을 하여 처분청으로부터 감면을 받고서 그 이후 이를 잘못된 것으로 보아 감면한 취득세에 대한 신고납부의무의 이행을 기대하는 것은 무리가 있다 할 것이다. 따라서, 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과하면서 가산세를 가산한 처분은 잘못이라고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.