쟁점영업권 상당액을 합병평가차익으로 보아 법인세를 과세한 처분은 정당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 코코아제품 및 설탕과자 제조업 등을 영위하는 법인으로, 청구법인의 임가공 거래처인 주식회사 OOO(이하 “피합병법인”이라 한다)를 2009.4.1. 흡수합병하면서 합병대가(신주교부) 중 순자산가액을 초과하여 지급한 OOO원을 영업권(이하 “쟁점영업권”이라 한다)으로 계상한 후, 쟁점영업권을 익금산입의 세무조정을 아니하고 2009사업연도 법인세를 신고하였다.
• 나. OOO지방국세청장은 청구법인에 대한 법인세 사후검증을 실시하여 쟁점영업권을 합병평가차익으로 보도록 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 쟁점영업권을 2009사업연도의 익금에 산입하고 각 사업연도의 감가상각비를 손금에 산입하여 2015.3.26. 청구법인에게 2009사업연도 법인세 OOO원을 경정‧고지하였다(2010사업연도부터 2013사업연도까지의 법인세 합계 OOO원은 환급).
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.6.11. 이의신청을 거쳐 2015.12.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 피합병법인의 자산 및 부채를 모두 장부가액으로 승계 받았기 때문에 합병평가차익이 발생할 수 없는 점, 청구법인이 계상한 쟁점영업권은 승계자산 이외에 피합병법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등 사업상 초과수익을 창출할 수 있는 가치를 별도로 평가하여 그 대가를 지급한 것이 아닌 점, 피합병법인은 사업에 관한 기술력, 거래관계 등 무형의 재산적 가치를 가지고 있지 아니하였던 점, 쟁점영업권은 기업회계기준에 따라 단순히 피합병법인의 순자산가액과 신주교부가액의 차액을 계상한 것으로 법인세법 시행령제24조 제4항의 규정에 따른 감가상각자산인 영업권에 해당되지 아니한 점 등에 비추어 쟁점영업권은 합병평가차익이 아니므로 청구법인에게 법인세를 과세한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 피합병법인에 대한 주식가치를 상속세 및 증여세법에 따라 시가로 평가하여 합병대가를 지급함에 따라 쟁점영업권이 발생한 점, 영업권에 대한 개별적인 평가가 없었다고 하더라도 피합병법인의 주주에게 순자산가액의 시가를 초과하여 합병대가를 지급하는 경우 그 초과금액은 평가된 영업권에 해당하는 점, 합병 후 매출 및 소득이 증가하였고 순자산가액을 초과한 쟁점영업권이 발생하였으므로 피합병법인이 무형의 재산적 가치가 있다고 확인되는 점 등에 비추어 쟁점영업권은 감가상각자산으로서 합병평가차익에 해당하므로 쟁점영업권을 합병평가차익으로 과세한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점영업권을 합병평가차익으로 보아 법인세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 등

(1) 법인세법 (2009.12.31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것) 제17조【자본거래로 인한 수익의 익금불산입】

① 다음 각 호의 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니한다.

3. 합병차익. 다만, 대통령령이 정하는 합병평가차익(이하 “합병평가차익”이라 한다)을 제외한다. (2) 법인세법 시행령 (2009.12.31. 대통령령 제21935호로 개정되기 전의 것) 제12조【합병평가차익 등의 계산】

① 법 제16조 제1항 제2호 가목에서 “대통령령이 정하는 합병평가차익 등”이라 함은 상법제459조 제1항 제3호의 규정에 의한 금액(이하 이 조에서 “합병차익”이라 한다)에 달할 때까지 다음 각 호의 순서에 따라 순차로 계산하여 산출한 제1호·제3호(법 제16조 제1항 제2호 본문의 규정에 해당하는 잉여금에 한한다) 및 제4호의 금액(주식회사 외의 법인의 경우에는 이를 준용하여 계산한 금액을 말한다)을 말한다. 다만, 제14조 제1항 제1호 다목의 규정에 해당하는 경우에는 제1호의 금액으로 한다.

1. 피합병법인으로부터 자산을 평가하여 승계한 경우 그 가액 중 피합병법인의 장부가액(제14조 제1항 제1호 다목의 규정에 해당하는 경우에는 법 제16조 제1항 제5호의 규정에 의한 합병대가의 총합계액에서 승계한 피합병법인의 자산의 장부가액과 부채의 차액을 차감한 금액을 가산한 가액을 말한다)을 초과하는 부분의 가액

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서는 상법제459조 제2항의 규정에 의한 준비금의 승계가 있는 경우에도 그 승계가 없는 것으로 보아 이를 계산한다. 제15조【주식발행액면초과액 등】

② 법 제17조 제1항 제3호 단서에서 “대통령령이 정하는 합병평가차익”이라 함은 제12조 제1항 제1호 및 동조 제3항의 규정에 의하여 계산한 금액을 말한다. 제24조【감가상각자산의 범위】

① 법 제23조 제2항에서 “건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각 호의 고정자산(제2항의 자산을 제외하며, 이하 “감가상각자산”이라 한다)을 말한다.

2. 다음 각 목의 1에 해당하는 무형고정자산

• 가. 영업권, 디자인권, 실용신안권, 상표권

④ 제1항 제2호 가목의 영업권 중 합병 또는 분할의 경우 합병법인 또는 분할신설법인(분할합병의 상대방법인을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)이 계상한 영업권은 합병법인 또는 분할신설법인(분할합병의 경우에 한한다)이 피합병법인 또는 분할법인(소멸한 분할합병의 상대방법인을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인 또는 분할법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 이를 감가상각자산으로 한다. 제72조【자산의 취득가액 등 】① 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

3. 현물출자·합병 또는 분할에 의하여 취득한 자산: 장부에 계상한 출자가액 또는 승계가액. 다만, 그 가액이 시가를 초과하는 경우에는 그 초과금액을 제외하고, 제61조 제2항 각 호의 1에 해당하는 금융기관의 기획재정부령이 정하는 금전채권 등의 경우에는 피합병법인 등의 장부가액으로 한다. (3) 법인세법 시행규칙 (2010.3.31. 기획재정부령 제138호로 개정되기 전의 것) 제12조【감가상각자산의 범위 】① 영 제24조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 영업권에는 다음 각 호의 금액이 포함되는 것으로 한다.

1. 사업의 양도·양수과정에서 양도·양수자산과는 별도로 양도사업에 관한 허가·인가등 법률상의 지위, 사업상 편리한 지리적 여건, 영업상의 비법, 신용·명성·거래선 등 영업상의 이점 등을 감안하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1993.7.1. 개업하여 OOO동 205-1에서 코코아제품 및 설탕과자 제조를 주업종으로 하는 법인사업자로, 2009.2.20. 합병계약 및 2009.2.25. 주주총회를 거쳐, 피합병법인(2004.12.1. 개업하여 식품포장업 영위)을 2009.4.1. 흡수합병하고 청구법인의 발행주식(액면가액 OOO원) 21,000주를 합병대가로 신주교부한 후 아래 <표1>과 같이 쟁점영업권을 계상한 사실이 심리자료에 나타난다. <표1>

(2) 청구법인은 2009.1.1.을 평가기준일로 하여 상속세 및 증여세법 시행령제54조에 따라 청구법인 및 피합병법인의 순자산가액 등을 평가하였는바, OOO회계법인이 작성한 주식평가보고서 주요 내용은 아래 <표2>와 같고, <표2> 또한, 2009사업연도에 쟁점영업권에 대하여 익금산입 등의 세무조정하지 아니하고, 감가상각비(5년, 정액법) OOO원을 손금불산입(기타)의 세무조정하였으며, 2010사업연도부터 2013사업연도까지의 각사업연도 소득금액 계산시 감가상각비 OOO원을 손금불산입(기타)의 세무조정으로 법인세를 각 신고한 사실이 심리자료에서 나타난다.

(3) 처분청은 청구법인이 쟁점영업권 OOO원의 합병평가차익이 발생한 것으로 보아 동 금액을 2009사업연도의 익금에 산입 및 감가상각비 OOO원을 손금에 산입하였고, 쟁점영업권에 대한 감가상각비를 2010사업연도부터 2013사업연도까지의 손금에 산입하여 법인세 합계 OOO원을 각 감액‧경정한 것으로 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 합병평가차익은 법인세법 시행령제12조 제1항 제1호에서 피합병법인으로부터 자산을 평가하여 승계한 경우 그 가액 중 피합병법인의 장부가액을 초과하는 부분의 가액으로, 같은 영 제72조 제1항 제3호에서 합병에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 장부에 계상한 출자가액 또는 승계가액으로 규정하고 있는바, 청구법인이 피합병법인의 주식가치에 대한 평가를 하고 이에 따라 합병신주를 교부하였으므로 쟁점영업권을 평가한 것으로 보이는 점, 회계상 쟁점영업권을 OOO원으로 계상하고 세무조정을 하지 아니하였으므로 피합병법인의 장부가액을 초과하여 평가증액된 부분에 해당하는 점, 청구법인이 쟁점영업권이 사업상 초과수익력을 창출할 가치가 없음을 확인할 수 있는 입증자료의 제시가 없는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점영업권을 합병평가차익으로 보아 2009사업연도의 익금에 산입하여 청구법인에게 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.