기준시가로 안분계산하여 쟁점토지의 취득가액을 산정하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

[주 문] OOO세무서장이 2015.5.12. 청구인에게 한 2007년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2006.12.29. 매매를 원인으로 OOO리 981 외 3필지(전 3,884㎡, 이하 “쟁점외토지①”이라 한다)와 같은 리 928-6 및 928-7(전 7,735㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO원에 일괄취득하고, 같은 리 928-8(전 617㎡)의 지분율 617분의 405(이하 “쟁점외토지②”라 하고, 쟁점외토지①과 합하여 “쟁점외토지”라 한다)를 OOO원에 개별취득하여 보유하다가, 2007.5.29. 쟁점토지를 5필지로 분할한 후 OOO원에, 2007.8.13. 쟁점외토지②를 OOO원에 정OOO에게 매도한 후 양도소득세를 신고하지 아니하였다.
• 나. 처분청은 쟁점토지의 토지등기부등본에 나타난 거래가액을 기초로 쟁점토지 및 쟁점외토지①의 일괄취득가액인 OOO원을 기준시가 비율로 안분한 OOO원을 쟁점토지의 취득가액으로 보아 쟁점외토지②의 취득가액과 합산하여 2015.5.12. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2015.7.29. 이의신청을 거쳐 2015.12.10. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점토지 및 쟁점외토지①을 취득할 당시 각 필지별 토지위치 및 양태 등이 유사한 토지로 보아 전체 토지면적을 기준으로 매매계약을 체결한 후, 면적기준으로 실지거래가액을 안분하여 부동산거래신고를 하고 등기부등본에 기재하였으며, 이후 OOO면 일대에 세계요리 음식문화단지 조성을 위한 개발계획이 무산됨에 따라 자금사정 등으로 부득이 취득가액보다 낮게 양도하였다. 그러나, 처분청은 쟁점토지 및 쟁점외토지①의 기준시가가 상이하다는 이유로 청구인의 필지별 부동산거래신고가액, 쟁점토지의 이용현황 및 실지거래가액의 적정여부를 검토하지 않고 필지별 취득가액이 불분명한 것으로 보아 양도소득세를 과세하였다. 쟁점외토지①중 OOO리 981 및 같은 리 981-1은 2012.7.11. 김OOO에게 OOO원에, OOO리 981-2는 2012.9.17. 김OOO에게 OOO원에 양도하여 쟁점토지 및 쟁점외토지 중 OOO리 981-3을 제외한 토지를 모두 양도한 것에 대한 총 양도가액은 OOO원, 취득가액은 OOO원으로 양도차익이 없고, 청구인이 쟁점토지 및 쟁점외토지를 양도한 이후 토지등기부등본에 나타난 실지거래가액을 확인한 결과 처분청이 기준시가로 안분한 가액에 의해 낮게 평가된 쟁점토지가 오히려 높은 가격으로 거래된 사실이 확인된다.

(2) 청구인은 쟁점토지 및 쟁점외토지①에 대한 필지별 실지거래가액의 구분이 정당함을 입증하기 위해 2015.6.22. 2개 감정평가법인에게 취득당시인 2006.12.31. 기준으로 소급감정을 의뢰한바, 청구주장과 같이 토지별 이용현황 등에 의한 감정평가액이 필지별로 유사하게 나온바 있다. 따라서, 청구인이 쟁점토지 및 쟁점외토지①의 부동산거래에 대해 필지별로 신고한 금액은 실지거래가격에 해당하므로 처분청이 필지별로 가액구분이 불분명한 것을 전제로 한 이 건 처분은 위법하고, 청구인이 2개 감정평가법인에게 의뢰하여 산출한 감정가액은 소급감정이라고 하여도 취득당시 필지별로 안분계산의 근거로서 적용가능할 것인바, 면적기준으로 쟁점토지 및 쟁점외토지①의 실지거래가액을 안분한 금액을 인정할 수 없다면 필지별 감정가액으로 안분계산하여 쟁점토지의 취득가액을 산정하여야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 기준시가는 재산세 산정의 기초로 해당토지의 재산적 가치를 평가하는 지표가 되고, 소득세법 제100조 에 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 부가가치세법 시행령제48조의2 제4항에서 정하는 바에 따라 안분계산하도록 되어 있다. 쟁점토지 및 쟁점외토지①의 일괄취득가액인 OOO원에 대하여 필지별 기준시가(2006.1.1.기준)로 안분하여 아래 <표1>과 같이 취득가액을 산정하였다. 쟁점토지와 쟁점외토지①에 대하여 항공사진을 살펴본 결과 쟁점토지의 실제 지목은 임야, 쟁점외토지①은 전인 것으로 확인되고, 기준시가를 살펴보면 실제 지목현황과 유사하게 쟁점외토지①의 기준시가가 쟁점토지의 기준시가보다 현저하게 높은 가액으로 매년 책정이 되고 있는 것을 확인할 수 있다. 부동산거래신고필증상 구분기재된 금액에 대해서는 쟁점토지의 취득과 관련한 매매계약서를 분실하여 소명하지 못하였고 부동산거래신고필증에 기재된 필지별 구분기재된 금액이 면적단위당 거의 같은 금액으로 나타나는 것은 매매계약당시에 감정평가나 객관적인 근거에 의해 합리적으로 필지별 가액을 산정한 것이 아니라 단순히 토지거래신고를 위해 면적기준으로 안분한 것으로 보인다. (2) 부가가치세법 시행령제48조의2 제4항에 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우로서 공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다고 명시되어 있고, 소득세법 시행령제176조의2 제3항 제1호에서 감정가액은 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 적용되며 감정평가기준일이 양도일 전 후 각 3개월 이내에 한한다고 규정하고 있는바, 과세기간이 종료한 이후 소급하여 작성된 감정평가서의 평가액을 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁점

① 일괄취득한 토지의 일부를 기준시가로 안분계산하여 쟁점토지의 취득가액을 산정하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

② 감정평가액을 기준으로 취득가액을 안분계산해야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령 등 (1) 소득세법 제96조 [양도가액] ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 따른다. 제97조[양도소득의 필요경비 계산] ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가

⑦ 제1항 제1호 가목 본문을 적용할 때 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산을 양도한 거주자가 그 자산 취득 당시 대통령령으로 정하는 방법으로 실지거래가액을 확인한 사실이 있는 경우에는 이를 그 거주자의 취득 당시의 실지거래가액으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제100조[양도차익의 산정] ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. (2) 소득세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것) 제163조[양도자산의 필요경비] ⑪ 법 제97조 제7항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법을 말한다.

2. 거주자가 부동산 취득시 공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률 제27조 제1항 에 따른 부동산의 실제거래가격(주택법 제80조의2 에 따른 주택거래신고의 대상인 주택의 경우에는 동법 제80조의2 제1항에 따른 주택거래가액을 말하며, 이하 이 호에서 "실제거래가격"이라 한다)을 기획재정부령으로 정하는 방법에 의하여 확인하는 방법. 다만, 실제거래가격이 전소유자의 부동산양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고시의 양도가액과 동일한 경우에 한한다. 제166조[양도차익의 산정 등] ⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산 한다. 제176조의2[추계결정 및 경정] ③ 법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제98조 제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 해당 가액을 적용하지 아니한다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월이내에 당해 자산(주식등을 제외한다)에 대하여 2이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액 (3) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것) 제48조의2[과세표준의 안분계산] ④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지 및 쟁점외토지①의 등기부등본을 보면, 청구인은 2006.12.29. 쟁점토지 및 쟁점외토지①을 마OOO으로부터 매수하여 OOO리 981 및 981-1은 2012.7.11. 김OOO에게 OOO원에, 같은 리 981-2는 2012.9.17. 김OOO에게 OOO원에 매도하였고, OOO리 928-6은 2007.5.29. 같은 리 928-10(전 1,136㎡) 및 928-9(전 1,136㎡)로, OOO리 928-7은 같은 리 928-11(전 1,193㎡)로 각 분할된 후 정OOO에게 소유권이 이전된 것으로 나타난다.

(2) 쟁점외토지②의 등기부등본을 보면, 청구인은 2006.12.29. 마OOO으로부터 쟁점외토지②의 지분 617분의 405를 매수하여 2007.8.13. 정OOO에게 매도하였고 쟁점토지 및 쟁점외토지에 대하여 2005.12.30. 채무자 김OOO, 채권최고액 OOO원, 근저당권자 OOO조합으로 근저당권이 설정된 것으로 나타난다.

(3) 청구인의 주장 및 관련 증빙은 다음과 같다. (가) 청구인이 쟁점토지 및 쟁점외토지①를 매수한 후 신고한 부동산거래 계약신고필증(2006.12.29.)을 보면, 거래금액은 아래 <표2>와 같다. (나) 주식회사 OOO감정평가법인과 주식회사 OOO감정평가법인에서 2015.6.22. 쟁점토지 및 쟁점외토지①에 대해 2006.12.31. 기준으로 평가한 감정평가서를 보면, 감정평가액은 아래 <표3>과 같다. (다) 그 밖에 정OOO이 청구인으로부터 쟁점토지를 매수하고 신고한 부동산거래 계약신고필증(2007.5.29.), 쟁점토지 등에 대한 양도시기별 기준시가, 실거래가 변동추이자료 및 쟁점토지 등에 대한 등기부등본 등을 제출하였다.

(4) 처분청의 과세근거 및 관련 증빙은 다음과 같다. (가) 처분청에서 2015.8.18. 쟁점토지의 매도인인 마OOO을 직접 만나 쟁점토지 및 쟁점외토지에 대한 거래사실을 확인한 결과, 청구인과 거래한 사실이 있고 매매대금을 지급받은 경위에 대해서는 양도 당시 청구인으로부터 OOO원 가량의 차입금이 있었으며, 쟁점토지에 대해 OOO원 상당의 근저당권에 대한 채무액이 있어 매매대상 토지의 거래금액을 OOO원 정도로 하여 양도한 사실이 있으나, 청구인과 체결한 금전차용계약서와 토지매매계약서는 보관하지 않고 있다고 진술하였다. (나) 처분청에서 OOO군청에 쟁점토지 및 쟁점외토지①에 대한 부동산매매계약서 사본을 요청하였으나, 부동산거래계약신고시에 부동산매매계약서를 제출받지 않는다고 답변하였고, OOO지방법원 OOO등기소에 등기신청시 제출된 부동산매매계약서 사본교부를 요청하였으나 매매계약서 등 제출된 등기원인증서는 등기의무자에게 반환하였다고 확인하였다. (다) 그 밖에 포털사이트에서 제공하는 쟁점토지와 쟁점외토지①의 2008년 항공사진과 쟁점토지와 연접한 토지의 공시지가 현황 등을 제출하였다.

(5) 이 건 과세처분에 대해 청구인이 제기한 이의신청에 따른 결정서(2015.9.11.)를 보면, 쟁점토지와 쟁점외토지①에 대한 개별공시지가의 차이가 소급감정평가액 차이보다 커서 2015.8.28. OOO군청 종합민원과에 방문하여 그 사유를 확인한 결과 공부상 지목은 쟁점토지 및 쟁점외토지① 모두 전이나 쟁점토지는 1994년부터 2015년 현재까지 토지이용현황을 농지가 아닌 임야(조림지역)로 분류하여 공시지가를 산정하였고, 청구인이 정OOO에게 쟁점토지를 양도한 것에 대한 양도가액인 OOO원과 쟁점토지와 쟁점외토지①에 대한 청구인의 일괄취득가액인 OOO원에 대해서는 청구인과 처분청간에 다툼이 없는 것으로 기재되어 있다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. 처분청은 쟁점토지 및 쟁점외토지①의 필지별 가액구분이 불분명하므로 일괄취득가액을 기준시가로 안분하여 쟁점토지의 취득가액을 산정한 처분은 정당하다는 의견이나, 청구인은 쟁점토지 및 쟁점외토지①을 취득하면서 일괄취득가액 OOO원, 필지별로 각 ㎡당 약 OOO원으로 산정하여 실제거래가액을 구분기재하여 부동산 거래내역을 신고한 점, 청구인이 2007.5.29. 쟁점토지를 정OOO에게 ㎡당 약 OOO원에 양도하였고 쟁점토지보다 기준시가가 높은 쟁점외토지① 중 OOO리 981 및 981-1은 2012.7.11. 김OOO에게, 같은 리 981-2는 2012.9.17. 김OOO에게 각 양도하면서 쟁점토지와 비슷한 금액인 ㎡당 약 OOO에 양도하여 쟁점토지 및 쟁점외토지 중 같은 리 981-3을 제외한 토지를 양도하고 수령한 금액은 합계 OOO원으로 사실상 양도차익이 발생하지 않은 것으로 보이는 점, 쟁점토지와 쟁점외토지①의 지목이나 이용현황 등에 비추어 큰 차이가 없어 보이나 기준시가가 20배 가량 차이가 있어 불합리해 보이는 점, 부동산 등기부등본을 보면 청구인으로부터 쟁점토지를 양수한 정OOO은 그 중 일부OOO를 2007.7.9. ㎡당 약 OOO원에 재차양도한 점 등에 비추어 점 등에 비추어 청구인이 신고한 쟁점토지의 취득가액이 불합리한 것으로 보이지 아니하므로 처분청이 쟁점토지 및 쟁점외토지①의 필지별 실지거래가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 기준시가를 기준으로 안분계산한 가액을 쟁점토지의 취득가액으로 하여 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(7) 다음으로, 쟁점②는 쟁점①의 청구주장이 받아들여져 심리의 실익이 없으므로 그 심리를 생략한다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.