소득처분에 의한 소득세의 부과제척기간 5년이 경과한 후 종합소득세를 과세한 처분이 무효라는 청구주장의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 국제해상화물운송주선업을 영위하는 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)의 대표이사이고, OOO세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 OOO에 대한 법인세 통합조사를 실시하여 2006.1.1.～2012.12.31. 기간 동안 발생한 중개수수료 및 운송주선 수입금액 OOO원을 OOO이 매출에서 누락한 것으로 보아 처분청에 통보하였다.
• 나. 처분청은 이에 따라 2014.6.10. 청구인과 OOO에게 2006년 귀속분 OOO원, 2007년 귀속분 OOO원을 대표자상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.
• 다. OOO은 2014.7.10. 청구인으로부터 2006년 귀속 근로소득세 OOO원, 2007년 귀속 근로소득세 OOO원(합계 OOO원, 이하 “쟁점세액”이라 한다)을 원천징수하여 납부하였고, 청구인은 2014.9.1. 소득금액변동통지에 따라 2006년 및 2007년 귀속 종합소득세를 수정신고한 후, 2015.7.15. 쟁점세액의 부과제척기간이 경과하였다는 사유로 경정청구를 하였으며, 처분청은 2015.8.5. 청구인에게 경정청구 거부통지를 하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2015.10.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 허위세금계산서의 수취, 회계장부 조작, 이중계약서의 작성 등에 대해 소득처분하는 경우, 소득세에 관한 한 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈한 경우에 해당된다고 볼 수 없어 OOO의 매출 누락에 따른 소득처분에 대해 부과제척기간 10년을 적용한 것은 부당하다.

(2) 소득처분에 대한 소득세 납세의무의 성립 시기는 소득처분 시기가 아니라 당해 소득처분금액이 귀속되는 과세기간의 종료일이므로OOO 이미 납세의무가 성립한 조세의 부과제척기간을 새로운 입법을 통해 연장하는 것은 소급입법금지원칙에 위배되므로 처분청의 경정청구 거부처분은 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 (1) 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 규정에 따르면 2012년 1월 1일 이후 소득처분된 인정상여의 경우 국세부과의 제척기간은 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조 에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 하고 있고, 경정청구의 핵심인 국세부과 제척기간 도과문제를 살펴보면, 2006년 사업연도의 소득금액변동 통지관련 국세 부과의 제척기간을 청구인의 주장대로 5년으로 봤을 때 국세부과 제척기간인 2012.6.1.이 만료되지 아니하였으므로 위 국세기본법부과제척기간 개정(제26조의2 제1항 제1호 신설조항)을 적용함이 타당하므로 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 소득처분에 의한 소득세의 부과제척기간 5년이 경과한 후, 종합소득세를 과세한 처분은 무효라는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법률

(1) 국세기본법(2011.12.31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것) 제26조의2【국세부과의 제척기간】① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

(2) 국세기본법(2011.12.31. 법률 제11124호로 개정된 것) 제26조의2【국세 부과의 제척기간】 ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 국세조세조정에 관한 법률 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 한다.

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과 할 수 있는 날부터 5년간 부 칙 제2조【국세 부과의 제척기간에 관한 적용례】 ① 제26조의2 제1항 제1호 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 법인세법제67조에 따라 처분하는 금액부터 적용한다. (3) 법인세법 제67조 【소득 처분】제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여·배당·기타사외유출·사내유보 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다,

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 조사청 조사기록 등 심리자료에 의하면, 처분청은 2006년부터 2012년까지 OOO의 커미션 수입 누락, 운송주선수수료 누락 등을 이유로 대표자인 청구인에게 2006년 귀속분 OOO원 및 2007년 귀속분 OOO원을 상여 처분하여 소득금액변동통지를 하였으며, 청구인은 2015.7.10. 위 상여처분된 금액을 청구인의 종합소득금액에 반영하여 처분청에 수정신고 한 것으로 나타난다. 청구인은 2015.7.15. 부과제척기간 도과를 이유로 위 수정신고된 부분에 대한 감액경정을 청구하였고, 처분청은 부과제척기간이 도과하기 전 개정(2011.12.31.)된 국세기본법제26조의2 제1항 제1호에 의하여 부과제척기간 10년을 적용함이 타당하다고 보아 2015.8.5. 경정청구를 거부하였다.

(2) 2011.12.31. 법률 제11124호로 개정되기 전 국세기본법제26조의2 제1항에 의할 경우 은닉된 법인의 소득이 사외유출되어 그 귀속이 밝혀지지 아니함에 따라 대표자가 당해 법인의 대표자로서 인정상여처분을 받을 것까지 모두 예상하여 그로 인해 부과될 소득세를 포탈할 목적으로 행한 것으로 보기는 어렵다고 보아 5년의 부과제척기간을 적용한 사례가 있고, 2011.12.31. 법률 제11124호로 개정된 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 후단에서 ‘부정행위로 포탈하거나 환급․공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조 에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 한다’고 규정하고, 부칙 제2조에서 그 시행시기를 ‘2012.1.1. 이후 최초로 소득처분하는 금액부터 적용’하도록 하고 있다. (3) 이 건은 2006년, 2007년 귀속분 종합소득세에 관한 것으로서 개정 전 국세기본법에 따른 부과제척기간의 종료일은 각 2012.5.31. 및 2013.5.31.이므로, 개정된 국세기본법의 시행일인 2012.1.1. 이전에 부과제척기간이 도과하지 아니한 것으로 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 그 동안의 대법원 판례와 우리원의 심판결정례가 귀속이 불분명하여 대표자에 대한 상여로 소득처분한 금액에 대한 부과제척기간을 5년으로 해석하여 왔는데, 처분청은 종합소득세 납세의무가 이미 성립한 후에 개정된 국세기본법에 따라 2006년 및 2007년 귀속 종합소득세의 부과제척기간 10년을 적용하여 경정청구를 거부하였으므로 소급과세금지의 원칙에 위배된 처분이라고 주장하나, 2011.12.31. 법률 제11124호로 개정된 국세기본법제26조의2 제1항 제1호 후단에서 ‘법인세법제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 한다’고 규정하고, 부칙 제2조에서 그 시행시기를 ‘2012.1.1. 이후 최초로 소득처분하는 금액부터 적용’하도록 하였는바, 2006년 및 2007년 귀속 종합소득세는 국세기본법제26조의2 제1항 제1호가 개정(2012.1.1. 시행)되기 전에 부과제척기간이 도과하지 아니하였으므로 개정 후 국세기본법에 따라 10년의 부과제척기간을 적용하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 소득세법 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가
• 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

• 가. 제1항 제1호 가목 본문에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액
• 다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 단서, 같은 호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.

• 가. 제1항 제1호 나목에 따른 환산가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의 합계액
• 나. 제1항 제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액 제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액,감정가액,환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액,감정가액,환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. (2) 소득세법 시행령 제163조(양도자산의 필요경비) ⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 “대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액”이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다. 제166조(양도차익의 산정 등) ⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제64조 에 따라 안분계산 한다. 제176조의2(추계결정 및 경정) ② 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조 제1항 및 동조 제2항 제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액

③ 법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용(신주인수권의 경우에는 제3호를 적용하지 아니한다)하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제98조 제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 해당 가액을 적용하지 아니한다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주식등을 제외한다)에 대하여 둘 이상의 감정평가업자가 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

(3) 부가가치세법 시행령 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금액. 다만, 감정평가가액[괄호 생략]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액