쟁점사업의 양도는 사업의 포괄양도로 보는 것이 타당함

OOO이 2015.3.18. 청구법인에게 한 2011년 제2기 부가가치세 OOO원의 환급 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 2001.3.21. 개업하여 OOO 등을 영위하는 사업자로, 2006.5.2. OOO”라 한다)와 충청남도 OOO 88,993㎡ 일대(이하 “이 건 사업부지”라 한다)에서 OOO을 공동으로 시행하기로 하는 공동시행규약을 체결하여 사업을 시행하던 중, 2008.6.26. OOO에게 쟁점사업의 사업권을 OOO원에 양도하기로 하는 계약을 체결하면서 계약금 OOO원을 지급받은 후, 2011.11.24. 잔금 OOO원에 대하여 OOO 소유토지”라 한다)로 대물변제받고 OOO에 쟁점사업의 사업권을 양도한 후, 이를 재화의 공급으로 보아 2011년 제2기 부가가치세 OOO원을 납부하였다가, 쟁점사업의 양도가 사업의 포괄양도에 해당하는 것으로 보아 2014.1.24. 처분청에 기납부한 부가가치세 및 가산세 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.
• 나. 처분청은 쟁점사업의 양도를 재화의 공급으로 보아 2015.3.18. 청구법인에게 경정청구 거부통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.6.11. 이의신청을 거쳐 2015.10.28. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 쟁점사업의 양도·양수계약서에서 확인되는바와 같이, 쟁점사업의 사업내용은 ① 도시개발지구 지정을 받기 위한 업무추진, ② 주택건설사업 계획승인을 위한 업무추진, ③ 이 건 사업부지 중 29,180㎡의 매입을 위한 토지 소유자와의 개별협상추진 등으로 OOO와는 사업시행권 뿐만 아니라 청구법인이 추진하던 이 건 사업부지의 토지매입 등을 포함한 일체를 양도·양수하는 것이므로 이는 재화의 공급이 아닌 사업의 포괄양도에 해당한다. 청구법인은 쟁점사업을 OOO에 양도함이 재화의 공급에 해당하는지, 아니면 사업의 포괄양도에 해당하는지가 불명확하여 먼저 세금계산서를 발행하였고, 추후 과세관청에 의해 사업의 포괄양도에 해당하는 것으로 결정되더라도 가산세만 부담하면 된다고 판단하여 세금계산서를 발행한 것이다. 처분청은 사업양도와 관련하여 잔금으로 대물변제받은 OOO 소유토지가 이 건 사업부지 내의 토지로서 OOO로부터 청구법인에게 직접 소유권이 이전되었으므로 쟁점사업의 권리․의무가 OOO에게 승계된 것으로 볼 수 없다는 의견이나, 청구법인은 쟁점사업을 추진하던 중 사업 여건의 변화 등으로 인하여 더 이상의 추진이 어려워지자, 2008.6.26. OOO와 협의를 통해 쟁점사업의 시행권과 관련된 일체의 권리와 의무를 공급가액 OOO원에 양도·양수키로 하는 계약을 체결하고, 계약일에 OOO원을 지급받았으며, 잔금 OOO원은 2011.11.24. OOO 소유토지로 대물변제받는 것으로 갈음하고, 2011.11.25. 청구법인 명의로 소유권이전등기를 경료하였는데, OOO 소유토지는 이 건 사업부지와 200m정도 떨어진 이 건 사업부지와 관련이 없는 토지OOO로서, 이 건 사업부지를 다수 소유하고 있던 OOO가 OOO에게 이 건 사업부지 내 자신의 토지를 매도하면서 OOO 소유토지도 같이 매도하기를 희망하여 청구법인과 OOO가 수용하였던 것이며, 이에 따라 쟁점사업의 양도·양수계약서 제5조에 동 사항을 명시하였던 것이다. 또한, 처분청은 OOO로 승계된 청구법인의 종업원이 없고, OOO의 대차대조표상 청구법인과의 거래를 확인할 수 있는 당좌자산 등 자산계정이 확인되지 않으며, 이 건 사업부지의 토지등기가 청구법인과 OOO의 공동소유로 신탁 중이라 하여 사업의 포괄양도를 부인하였는데, 청구법인은 쟁점사업을 수행하면서 대표이사가 직접 수행하여 승계대상 종업원이 존재하지 아니하였고, 청구법인은 거래상대방의 법인장부를 확인할 수 없을 뿐만 아니라 관여할 수도 없는 것이며, 청구법인과 OOO가 쟁점사업을 공동으로 시행하면서 사업지구 내 토지를 용이하게 매입하기 위하여 토지를 2분의 1씩 나누어 매입한 것에 기인한 것으로 사업양도․양수계약일인 2008.6.26. 이후에는 OOO가 단독등기 후 OOO 주식회사에 신탁등기한 사실이 있다. 따라서, 쟁점사업의 양도가 사업의 포괄양도에 해당함에도 불구하고 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 OOO와 계약을 통해, 쟁점사업에 대한 사업시행권 뿐만 아니라 이 건 사업부지의 토지매입 등을 포함한 쟁점사업과 관련된 일체를 양도하는 것이므로 이는 재화의 공급이 아닌 사업의 포괄양도에 해당한다고 주장하나, 청구법인으로부터 OOO로 승계된 종업원이 없는 것으로 확인되고, OOO의 표준대차대조표상 청구법인과의 거래를 확인할 수 있는 당좌자산·재고자산·유형자산 등의 자산계정이 없으며, 쟁점사업의 양도 잔금으로 갈음된 OOO 소유토지를 포함하여 청구법인이 매입을 추진키로 했던 사업장 세부필지의 일부를 청구법인이 소유하거나 OOO와 공동지분 형태로 신탁등기 중인 것으로 확인되는 등의 사실로 보아 청구법인이 영위하던 쟁점사업에 관한 모든 권리와 의무가 포괄적으로 OOO에 승계되었다고 볼 수 없다. 따라서, 처분청이 쟁점사업의 양도를 사업의 포괄양도가 아닌 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점사업의 양도가 사업의 포괄양도에 해당하여 부가가치세 과세대상에서 제외할 수 있는지 여부계결정된 종합소득세를 간편장부에 의해 재경정할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】(2011.12.31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것)

⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것 (2) 부가가치세법 시행령 제17조 【담보제공·사업양도 및 조세의 물납】(2012.2.2. 대통령령 제23595호로 개정되기 전의 것)

② 법 제6조 제6항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 사업장별(상법에 따라 분할 또는 분할합병하는 경우에는 같은 사업장 안에서 사업부문별로 양도하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(법인세법 제46조 제2항 의 요건을 갖춘 분할의 경우, 조세특례제한법 제37조 제1항 각 호의 요건을 갖춘 자산의 포괄적 양도의 경우 및 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 해당 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.

3. 당해 사업과 직접 관련이 없는 토지·건물 등에 관한 것으로서 기획재정부령이 정하는 것

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제시한 심리자료에 의하면, 아래와 같은 사실관계가 나타난다. (가) 청구법인은 2006.5.2. OOO 주식회사(쟁점사업의 시공사임)와 쟁점사업을 공동으로 추진하기 위하여 관련 규약을 체결하였으나, 2008.6.26. 사업여건 변화 등으로 인해 쟁점사업의 시행사로서의 지위에서 탈퇴하고자 이와 관련된 일체의 권리를 OOO에 양도키로 하는 계약을 체결한 후, 2011.11.24. 잔금 OOO원에 대하여 이 건 사업부지 외에 위치한 OOO 소유토지로 대물변제받았으며, 2011.11.25. 청구법인이 공동으로 소유 중인 이 건 사업부지의 소유권을 이전할 것을 약속하는 내용의 확약서를 OOO 주식회사에 제출하고, 부가가치세 신고기한이 지난 2012.1.16. OOO에 전자세금계산서를 발급하여 세금계산서 지연발급가산세 OOO원이 부과됨과 동시에 OOO의 매입세액은 불공제되었다. (나) 천안시장이 2008.12.30.(쟁점사업권 양도계약체결일 이후) 고시한 쟁점사업 관련 주택건설사업계획승인고시상 사업주체는 OOO 단독으로 기재되어 있다. (다) 이 건 사업부지의 토지등기부등본에 의하면, 청구법인과 OOO는 이 건 사업부지 중 충청남도 OOO를 공동으로 취득한 후 각 2분의 1 지분을 보유하다가 약 2개월 후 공유자 전원지분을 OOO 주식회사에 신탁하였으며, 위 사업부지 중 청구법인이 단독으로 소유 중인 토지는 없는 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 승계 종업원 및 OOO의 표준대차대조표상 청구법인과의 거래를 확인할 수 있는 자산계정의 부존재, 쟁점사업의 양수도 잔금으로 갈음된 토지(OOO 소유토지)를 포함하여 청구법인이 매입을 추진키로 했던 사업장 세부필지의 일부를 청구법인이 소유하거나 공동지분 형태로 신탁등기 중인 것으로 보아 청구법인이 영위하던 쟁점사업에 관한 모든 권리와 의무가 포괄적으로 승계되었다고 볼 수 없다는 의견이나, ‘사업의 양도’를 부가가치세 과세대상에서 제외하는 입법취지가 일반적으로 사업의 양도는 그 거래금액과 부가가치세액이 큰 편이어서 사업을 양수한 자는 일시에 거액의 자금부담이 발생하고 동시에 예외없이 환급받을 것임이 충분히 예상되는 점에서 국가입장에서도 사업단위의 거래로 인하여 국고에 아무런 도움없이 부가가치세의 징수와 환급이라는 번거로운 행정절차만 거치는 결과가 됨에 따라 이를 해소하고자 사업의 양도를 부가가치세 과세대상인 재화의 공급에서 제외하도록 하는 데 있다 할 것인바, 이 건의 경우, 청구법인과 OOO가 2008.6.26. 체결한 쟁점사업의 사업권양수도 계약서에서 청구법인의 사업시행자의 지위 및 이와 관련된 일체의 권리를 OOO에 양도키로 하는 내용이 명시되어 있는 점, OOO에서 사업주체가 공동명의가 아닌 OOO 단독으로 기재되어 있는 점, OOO는 쟁점사업 양수 후 이 건 사업부지에서 청구법인이 영위하던 사업과 동일한 사업을 영위하고 있는 점, 청구법인은 쟁점사업을 시행하면서 종업원을 두지 않고 청구법인의 대표이사가 직접 사업을 추진하였으므로 종업원의 승계여부가 사업의 양도 여부 판단에 장애가 될 수 없어 보이는 점, 쟁점사업의 양도 잔금으로 갈음된 OOO 소유토지는 이 건 사업부지 밖의 토지로서 쟁점사업의 양도대상에 포함되지 않았으며 청구법인이 소유권을 유지하고 있는 점, 청구법인이 매입을 추진키로 했던 사업장 세부필지의 일부를 청구법인이 단독으로 소유한 사실이 나타나지 않는 점, 청구법인과 OOO가 공동으로 취득한 이 건 사업부지의 일부가 공동지분 형태로 신탁등기되어 있다 하더라도 향후 쟁점사업이 완료되면 시행사인 OOO로 그 소유권이 이전될 것인 점, 청구법인은 쟁점사업 양수도 계약체결 시 이 건 사업부지 이전에 대한 확약서를 OOO 주식회사에 제출한 점, OOO의 회계처리는 청구법인의 업무관할 밖의 영역이어서 청구법인이 관여할 수 있는 사항이 아닌 점, 쟁점사업의 양도와 관련하여 OOO가 매입세액을 불공제받았고, 청구법인 마저 기납부한 부가가치세를 환급받지 못한다면, 국가는 납세자로부터 부가가치세 OOO원의 부당이득을 취하게 되어 불합리해 보이는 점 등에 비추어 쟁점사업의 양도는 부가가치세법 제6조 제6항 제2호 에 규정된 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 포괄양도로 보는 것이 타당하다 하겠다. 따라서, 처분청이 쟁점사업의 양도를 사업의 포괄양도가 아닌 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.