[요지] 조세특례제한법제69조의 취지는 농촌의 균형발전을 지원하기 위해 자경농민에게 조세정책상 특혜를 주는 규정으로 그 특례를 해석함에 있어 엄격하게 해석하여야 하는바, 쟁점토지는국토이용관리법에 의하여 준도시지역 취락지구로 지정되었을 뿐,도시계획법에 의하여 주거지역으로 지정되었다고 볼 수 없는 점, ㅇㅇㅇ시장은 처분청의 쟁점토지의 주거지역 지정일 조회요청에 대하여 주거지역 편입일이 20XX.X.XX.이라고 공문으로 회신한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) (구)국토이용관리법에 의한 준도시지역 취락지구나, (구)도시계획법에 의한 주거지역 등은 모두 토지의 이용목적이 주거생활로 동일하여 법적 취급에 차별이 있어서는 아니된다.
(2) (구)국토이용관리법제13조의2를 보면 (구)도시계획법은 (구)국토이용관리법의 하위법이면서 절차법이 되므로 상위법 우선의 원칙에 따라서 (구)국토이용관리법에 따라 지정된 준도시지역취락지구는 당연히 (구)도시계획법에 의한 주거지역 등으로 보아야 한다.
(3) 쟁점토지는 용도지역이 주거지역으로 변경되었어도 여전히 농지로 이용되고 있으며, 편입 전후의 토지가치가 상승하거나 변화된 부분이 없다. (4)국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 국토계획법이라 한다) 부칙 제17조 제1항 및 제5항을 보면 용인시에서 2003.1.22. 고시한 제2종일반주거지역 또한조세특례제한법제69조 단서의 시행일(2002.1.1.) 이전의 용도지역을 승계한 것이지 새로 고시한 것으로 볼 수 없다.
3. 심리 및 판단
(1) 조세특례제한법(2001.12.29. 법률 제6538호로 개정된 것) 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상 계속하여 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세·감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 도시계획법에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그 밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 부칙 제1조【시행일】이 법은 2002년 1월 1일부터 시행한다. 부칙 제28조【자경농지에 대한 양도소득세의 면제에 관한 경과조치】① 이 법 시행 당시 도시계획법의 규정에 그 밖의 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입되거나 도시개발법 기타 법률의 규정에의하여 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 농지의 양도에 대한 양도소득세의 면제에 관하여는 제69조 제1항 단서의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
(2) 조세특례제한법 시행령(2001.12.31. 대통령령 제17458호로 개정된 것) 제66조【자경농지에 대한 양도소득세 등의 면제】② 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 토지"라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다(단서 생략).
1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(지방자치법 제3조 제4항의 규정에 의하여 설치된 도·농복합형태의 시의 읍·면지역을 제외한다)에 있는 농지중 도시계획법에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지(단서 생략).
(3) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(2002.2.4. 법률 제6655호로 제정된 것) 부칙제14조【지역·지구 등에 관한 경과조치】 ① 이 법 시행 당시 종전의 국토이용관리법 및 도시계획법에 의하여 결정·고시된 다음 표의 오른쪽 칸의 지역·지구는 이 법에 의한 다음 표의 왼쪽 칸의 용도지역·용도지구 또는 용도구역으로 결정·고시된 것으로 본다. 용도지역·용도지구·용도구역 종전의 지역·지구
1. 관리지역
1. 준도시지역 및 준농림지역
2. 취락지구
2. 도시계획법 제33조 제8호의 규정에 의한 취락지구
(1) 처분청이 제출한 심리자료 등을 보면, 청구인은 쟁점토지를 양도하면서, 양도소득세 신고시 쟁점토지의 취득일로부터 주거지역 편입일까지를조세특례제한법제69조에 의한 8년 이상 자경농지에의한 양도소득세 감면을 적용하여 신고하였다가, 쟁점토지의 주거지역편입일은조세특례제한법제69조 단서의 시행일 이전이므로 쟁점토지보유기간 전체를 감면적용기간으로 보아 기납부된 양도소득세 OOO원을 환급하여 줄 것을 경정청구하였고, 처분청은 쟁점토지의 주거지역 편입일을 2003.1.22.로 보아 청구인에게 이 건 경정청구거부통지를 한 사실이 나타난다. (2)조세특례제한법(2001.12.29. 법률 제6538호로 개정된 것, 이하 “개정법”이라 한다) 제69조 및 같은 법 시행령(2001.12.31. 대통령령 제17458호로 개정된 것) 제66조의 규정에 의한 “8년 자경농지의 양도에 대한 양도소득세 감면” 규정을 적용함에 있어 농지의 양도일 현재 특별시, 광역시(광역시에 있는 군은 제외함) 또는 시(도농복합형태의 시의 읍면지역은 제외함)에 있는 농지 중 도시계획법에 의한 주거지역, 상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난농지는 위 양도소득세 감면규정의 적용을 배제한다고 규정하고 있으며,같은 법 부칙 제28조에서 법 시행일(2002.1.1.) 이전에 주거지역에 편입된경우와 이후에 편입된 경우를 나누어 아래 <표>와 같이 감면 대상기간을달리 적용하고 있다. <표> 조세특례제한법제69조 단서 개정의 경과규정 법시행일 이전 주거지역 편입 법시행일 이후 주거지역 편입 시 지역 이상 소재 농지의 경우 편입일로부터 3년 경과 전까지 양도하는 경우에 한하여 보유기간 전체에 대하여 감면 편입일로부터 3년 경과 전까지 양도하는 경우 보유기간 전체에 대하여 감면 군 지역 등 소재 농지의 경우 양도기한의 제한을 받지 않고 보유기간 전체에 대하여 감면 편입일로부터 3년 경과하여 양도하는 경우 취득일로부터 편입일까지 감면
(3) 용인시장의 쟁점토지 주거지역 지정일 조회 회신문(2015.4.15.)을 보면, 쟁점토지의 관할 지방자치체장인 OOO은 처분청의쟁점토지의 주거지역 지정일 조회 요청에 대하여 쟁점토지의 주거지역편입일이 2003.1.22.이라고 회신한 사실이 나타난다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지는 개정법 시행일(2002.1.1.) 이전에 이미 상위법인 (구)국토이용관리법에 의하여 준도시지역 취락지구로 지정되어 있었고,주거지역 편입 전후의 토지가치가 상승하거나 변화된 점이 없으므로쟁점토지는 개정법 시행일 이전에 주거지역 등에 편입된 경우로 보아야한다고 주장하나,조세특례제한법제69조는 농촌의 균형발전을지원하기 위해 자경농민에게 조세정책상 특혜를 주는 규정으로 그 특례를 해석함에 있어 엄격하게 해석하여야 할 것인바, 쟁점토지는 (구)국토이용관리법에 의하여 준도시지역 취락지구로 지정되었을 뿐, (구)도시계획법에 의하여 주거지역으로 지정되었다고 볼 수 없는 점, 구법을 통합한국토의 계획 및 이용에 관한 법률 부칙 제14조에서 종전 ‘준도시지역’으로 지정된 경우 ‘관리지역’으로 보는 경과규정을두고 있는 점, 처분청의 쟁점토지의 주거지역 지정일 조회 요청에대하여경기도 용인시장이 쟁점토지의 주거지역 편입일이 2003.1.22.이라고회신한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다 하겠다. 따라서, 처분청이 쟁점토지의 주거지역 편입일을 2003.1.22.로 보아청구인에게경정청구 거부통지를 한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로판단된다.
4. 결론 이건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.