쟁점토지의 매매 대금 감액 합의가 후발적 경정청구 사유에 해당하여 당초 익금산입한 사업연도로 소급하여 손금산입할 수 없음

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 OOO에서 ‘주식 회사 OOO’이라는 상호로 골프장운영업을 영위하고 있는 법인 으로, 2001.10.25. 청구법인이 소유한 OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)와 골프장사업권을 주식회사 OOO(현재 상호는 주식회사 OOO으로 변경함, 이하 “OOO”이라 한다)에게 양도가액 OOO원에 양도하는 매매계약(특약으로 계약체결일 이후 8월 이내 분묘이전 등 쟁점토지 내 모든 제한을 해소하여 주어야 하고, 청구법인이 위 특약상 의무에 따른 이행지체에 빠지는 경우 OOO은 쟁점토지의 명의이전을 요구할 수 있고 명의이전절차가 완료된 경우 에도 OOO의 부담으로 특약상 의무를 이행하였을 경우 그와 관련된 비용은 매매대금에서 차감하는 조건임, 이하 ‘당초계약’ 이라 한다)을 체결하고 매매계약서 특약에 의해 잔금을 미수령 상태에서 OOO의 요청에 의해 2002년도에 쟁점토지의 소유권을 OOO에 이전하고 2002사업연도 법인세 신고시 쟁점토지 매각에 따른 이익에 대하여 법인세법제40조 및 같은 법 시행령 제68조 제1항 제3호 에 따라 대금청산일과 소유권이전등기일 중 빠른 소유권이전등기일을 기준으로 신 고․납부하였다.
• 나. 그 후 2015.4.9. 처분청에 제출한 2002사업연도 법인세 경정청구서에서 청구법인은 분묘이장 등 쟁점토지에 존재하는 각종 제한을 해소하는 것과 관련하여 청구법인이 2015년 4월 OOO과 체결한 최종 합의(이하 “최종계약”이라 한다)에서 OOO이 쟁점토지 분묘이장등과 관련하여 직접 부담한 비용 OOO원(이하 “분묘이장비 등”이라 한다)이 손금이라는 이유로 기납부한 2002사업연도 법인세 OOO원을 환급하여 줄 것을 요청하였고, 처분청은 당초 계약이 변경됨으로써 양도차익이 일부 소멸된 경우 당초 익금에 산입한 금액은 법인세법 제40조 에 따라 계약이 변경된 날이 속하는 사업연 도(2015년)의 손금에 산입하는 것이므로 당초 사업연도(2002년)의 손금에 산입할 수 없다고 보아 2015.6.25. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.9.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 법원은 일정한 후발적 사유의 발생으로 소득이 실현되지 아니하는 것으로 확정되었다면, 당초 성립하였던 납세의무는 그 전제를 상실하여 원칙적으로 그에 따른 법인세를 부과할 수 없다고 보아야 한다고 판시 하고 있으며, 특히 사업상 정당한 사유로 당초의 매매대금이나 용 역대금을 감액한 경우를 위 후발적 사유로 인정하여 그 감액분을 당초 매매대금이 확정된 사업연도의 소득금액에 포함하여 법인세를 과세할 수는 없다는 입장이다OOO 이 건의 경우 청구법인은 2001.10.25. OOO과 사이에 쟁점토지에 관하여 매매대금 OOO 원에 매각하는 매매계약을 체결하 였는데, 청구법인과 OOO은 매매계약을 체결하면서 청구법인이 쟁점토지에 존재하는 제한(분묘이장 등)을 모두 해소하여 완전한 토지를 OOO 에게 이전하되, 만약 위 의무를 이행하지 못한 채 쟁점토지를 이전하여 OOO이 대신 위 의무이행에 필요한 비용을 지출하는 경우에는 해당 금액을 매매대금에서 차감하기로 약정하였다. 그 후 청구법인은 매매계약에서 정한 의무를 이행하지 못한 채로 2002년 OOO에게 쟁점토지에 대해 소유권이전등기를 경료해주었고, 잠정적인 매매대금을 전액 2002사업연도 익금으로 반영하여 법인세를 신고·납부하였다. 청구법인은 2015.2.경 매매계약에서 정한 의무를 이행 완료하였고, 당초계약상의 약정에 따라 매매대금에서 차감할 정확한 금액을 OOO과 정산하여 이를 매매대금에서 차감하였다. 당초계약에서 약정한 바에 의해 청구법인이 쟁점토지에 대한 의무를 이행 완료한 2015사업연도에 당초계약에서 정한 매매대금이 차감액만큼 감액되었으므로, 감액분에 관하여 2002사업 연도에 성립하였던 납세의무는 그 전제를 상실하여 그에 대한 법인세를 부과할 수 없는 것이며, 따라서 차감액은 당초계약이 발생한 사업연도의 손금(익금불산입)으로 귀속되어야 하므로 처분청의 이 건 거부처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 계약의 변경으로 인하여 발생한 매매대금의 차액은 변경일이 속하는 사업연도의 손익에 산입하는 것이법인세법제40조의 권리의무 확정주의에 부합되는 것으로 판단되고, 계속기업에서 발생하는 수많은 거래를 개별사항별로 법률적 원인에 따라 소급적용하는 경우 재무정보의 신뢰성, 법적 안정성의 저하 및 조세행정의 복잡화 등을 유발할 수 있다는 점 등을 종합적으로 감안하면 계약의 변경으로 인해 발생한 매매대금의 차액은 변경일이 속하는 사업연도의 손익에 반영하는 것이 타당한 것으로 판단된다. 또한, 청구법인이 주장하는 관련 비용은 청구법인의 소유권이전등기일이 속한 2002사업연도에는 발생하지도 않은 비용으로 2002년 이 후에나 발생이 예상되는 미확정비용일 뿐이고, 설령 미래의 지출시 점과 지출금액이 어느 정도 예상가능하여 관련비용이 손금에 해당한다 하더 라도법인세법제40조에서 손익의 귀속시기는 손익이 확정되는 시점이 속한 사업연도 이므로 2002년을 기준으로 미래에 발생될 것으로 예상 되는 비용을 당기의 손익으로 인정할 수 없듯이 현재에 확정된 비용을 과거로 소급하여 손익으로 인정하기도 어려운 것으로 판단된다. 법인세법제40조를 보면, 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손 금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 하는 것이므로 최초 매매대금은 소유권이전등기일이 속한 2002사 업연도의 익금으로, 계약의 변경으로 인해 발생된 차감액의 귀속시기는 최종계약이 체결된 날이 속한 2015사업연도로 봄이 타당하다. 따라서 당초 익금에 산입한 금액은 법인세법 제40조 에 따라 계약이 변경된 날이 속하는 사업연도의 손금에 산입하는 것이므로 당초 사업연도의 손금에 산입할 수 없다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지의 매매대금 감액 합의가국세기본법상 후발적 경정청구의 사유에 해당하여 해당 감액 금액을 당초 익금산입한 사업연도로 소급하여 손금산입할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때 (2) 국세기본법 시행령 제25조의2 【후발적 사유】 법 제45조의2 제2항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우 (3) 법인세법 제40조 【손익의 귀속사업연도】 ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 법인세법 시행령 제68조 【자산의 판매손익 등의 귀속사업연도】① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

3. 상품 등 외의 자산의 양도：그 대금을 청산한 날[한국은행법에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 "외화대금"이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)·인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료 등을 보면, 청구법인은 2001.10.25. OOO과 쟁점토 지와 골프장사업권을 양도가액 OOO원에 양도하는 당초 계약을 체결하였고, 2002년도에 잔금을 받지 아니한 상태 에서 특약에 의해 OOO에 소유권을 이전한 후 2002 사업연도 법인세 신고시 쟁점토지 등 매각에 따른 이익을 계상하였으며, 2015.4.9. 처분청에 2015년 4월 쟁점 토지상의 분묘이장비 등을 매매대금에서 차감하였으므로 기납부한 2002사업연도 법인세 OOO원을 환급하여 줄 것을 경정청구 하였고, 처분청은 이 건 거부처분을 한 사실이 나타난다.

(2) 쟁점토지 및 골프장사업권 양도를 목적으로 하여 청구법인과 OOO 간에 체결된 이 건 매매계약의 변경내역은 아래 <표>와 같다. <표> 쟁점토지 및 골프장사업권 매매 계약 변경내역 ◯◯◯

(3) 법인세법제40조 제1․2항과 같은 법 시행령 제68조 제1항 제3호를 보면, ‘내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 하고 상품 등 외의 자산의 양도는 그 대금을 청산한 날[한국은행법에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 "외화대금"이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]로 하되, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)·인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다’고 규정하고 있다.

(4) 한편, 청구법인은국세기본법제45조의2 제2항은 납세자가 후발적 경정청구를 할 수 있는 사유로 제1호부터 제4호로 ‘최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정 되었을 때’(제1호) 등을 규정한 다음, 제5호에서 ‘제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때’를 규정하고 있으며, 그 위임에 따른 같은 법 시행 령 제25조의2는 “법 제45조의2 제2항 제5호 에서 ‘대통령령으로 정하는 사유’란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경 우를 말한다.”고 규정하면서 제1호부터 제3호로 ‘최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세 표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계 약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우’(제2호) 등을 규정하는 한편, 제4호에서 ‘그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우’를 규정하고 있는바, 청구법인은 이에 해당한다고 주장한다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지의 매매대금 감액 합의가국세기본법및 같은 법 시행령에서 규정하는 후발적 경정청구의 사유에 해당하므로 이 건 처분이 부당하다고 주장하나, 청구법인은 쟁점토지와 골프장사업권을 당초계약상 특약에 의해 잔금을 받지 아니한 상태에서 양도하였고, 쟁점토지와 골프장사업권 양도에 따른 이익의 귀속은법인세법제40조 제1․2항과 같은 법 시행령 제68조 제1항 제3호에 의해 소유권 이전등기일이 속한 2002사업연도이며, 2015년 4월 청구법인과 OOO 간의 최종합의에 의한 분묘이장비 등의 손익의 귀속시기는 최종합의된 날이 속한 2015사업연도일 뿐 아니라, 납세자의 권리구제를 위해 예외적으로 마련된 후발적 경정청구의 사유는 엄격하게 해석할 필요가 있어 이 건에 적용하기 어렵다 하겠다. 따라서, 처분청이 청구법인의 경정청구를 받아들이지 아니한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.