[요지] 처분청이 적정임차료 산정과 관련하여 비교대상이 되는 유사한 임대실례를 제시하지 못하고 있고, 설사 유사한 임대실례를 발견하지 못한 경우라 하더라도 제반요인이 쟁점토지와 유사한 인근 또는 인접지역 내 토지의 임대실례를 고려하여 적정임차료를 산정함이 타당해 보이는 점, 청구인이 2001년부터 2005년까지 쟁점토지 및 그 지상건물을 특수관계가 없는 제3자에게 임대하였는바, 청구인이 그 기간 동안 얻은 쟁점토지의 연간 평균임대수입금액은 ＊＊백만원이고, ＊＊＊과 임대차계약시 임대료가 가장 큰 2002년을 기준으로 산정한 임대료 ＊＊백만원을 지급받기로 계약한 점 등에 비추어 청구인이 쟁점토지를 저가로 임대한 것으로 보기 어려움
[주 문] OOO이 2005.7.13. 및2015.8.12.청구인에게 한 부가가치세 합계OOO과 종합소득세 합계OOO의 각 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요 가.청구인은 2006.4.1. 서울특별시 OOO 대지 829.9㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 청구인의 OOO에게 월 임대료OOO원을 임대수입금액으로 하여 부가가치세 및 종합소득세를 각 신고·납부하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구인이 1975.12.29. 쟁점토지를 취득하고 1984.9.13. 그 지상에 지하 1층, 지상 3층 연면적 475.2㎡ 근린생활시설을 건축하여 20년 이상 특수관계가 없는 제3자에게 임대하였던바, 쟁점토지와 그 지상의 건물을 임대하면서 청구인이 얻은 수입금액을 연도별로 쟁점토지와 건물의 임대수입을 공시지가와 건물시준시가로 안분한 토지 및 건물의 임대수입금액은 아래 <표1>과 같다.
(2) 청구인이 특수관계가 없는 제3자에게 20년 기간 동안에 임대하면서 받은 쟁점토지의 임대료는 세법에 규정하는 시가에 해당하는 것이고, 이러한 시가를 기준으로 감안하면 청구인의 OOO으로부터 지급받은 연간 쟁점토지의 임대수입금액 OOO원을 시가로 보는 것이 타당하다. 따라서, 청구인이 쟁점토지와 건물을 임대하면서 받은 임대수입금액 중 가장 많은 2002년을 기준으로 쟁점토지의 임대료를 산정하여 지급받았음에도 처분청은 시가가 없거나 불분명한 것으로 보아법인세법 시행령제89조 제4항 제1호에 따라 계산한 금액을 쟁점토지의 임대수입금액으로 보아 과세한 처분은 부당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 소득세법 제41조 [부당행위계산] ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 배당소득(제17조 제1항 제8호에 따른 배당소득만 해당한다), 사업소득 또는 기타소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항에 따른 특수관계인의 범위와 그 밖에 부당행위계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(2) 소득세법 시행령 제98조 [부당행위계산의 부인] ① 법 제41조 및 제101조에서 "특수관계인"이란 국세기본법 시행령제1조의2 제1항, 제2항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인을 말한다.
② 법 제41조에서 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다. 다만, 제1호부터 제3호까지 및 제5호(제1호부터 제3호까지에 준하는 행위만 해당한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우만 해당한다.
1. 특수관계인으로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 경우
2. 특수관계인에게 금전이나 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율 등으로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 직계존비속에게 주택을 무상으로 사용하게 하고 직계존비속이 그 주택에 실제 거주하는 경우는 제외한다.
3. 특수관계인으로부터 금전이나 그 밖의 자산 또는 용역을 높은 이율 등으로 차용하거나 제공받는 경우
4. 특수관계인으로부터 무수익자산을 매입하여 그 자산에 대한 비용을 부담하는 경우
5. 그 밖에 특수관계인과의 거래에 따라 해당 과세기간의 총수입금액 또는 필요경비를 계산할 때 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우
③ 제2항 제1호의 규정에 의한 시가의 산정에 관하여는 법인세법 시행령 제89조 제1항 및 제2항의 규정을 준용한다.
④ 제2항 제2호 내지 제5호의 규정에 의한 소득금액의 계산에 관하여는법인세법 시행령제89조 제3항 내지 제5항의 규정을 준용한다.
(3) 법인세법 시행령 제89조【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.
② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다. 1.부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다. 2.상속세 및 증여세법제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및조세특례제한법제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우상속세 및 증여세법제63조 제1항 제1호 다목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며,상속세 및 증여세법제63조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.
④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수없는 경우에는 다음 각 호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.
1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액
⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.
(1) 청구인의 심판청구서 및 처분청의 심리자료 등에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인은 1975.12.29. 서울특별시 OOO 대지 829.9㎡(쟁점토지)를 취득하고 1984.9.13. 쟁점토지 지상에 건물(지하1층, 지상 3층, 연면적 475.2㎡, 건축면적 약 140㎡)을 신축하여 건물임대업을 영위하던 중 2006.4.1. 쟁점토지를 OOO에게 임대하였다. (나) 청구인의 아들 OOO은 청구인과 2006.4.1. 쟁점토지 지상에 자신의 자금으로 건물을 신축하기로 합의하고 2006.4.26. 기존의 건물을 철거한 후 쟁점토지 지상에 건물(지하 2층, 지상 7층 근린생활시설 등 연면적 3,534.1㎡)을 신축한 후 OOO의 명의로 2007.3.14. 소유권보존등기를 한 사실이 건물등기부등본에 의해 확인되며, 2006.3.24. 부동산임대 사업자등록을 하였다. (다) 2006.4.1. 청구인과 OOO원(이하 “쟁점임대료”라 한다), 계약기간 2006.4.1.～2008.3.31.(자동연장 조건)으로 부동산임대차계약을 체결하였다. (라) 청구인이 특수관계자인 OOO에게 쟁점토지를 임대하고 지급받은 임대료와법인세법 시행령제89조 제4항에 따른 시가와의 차액은 아래 <표2>와 같다. (마) OOO이 청구인으로부터 쟁점토지를 임차하고 청구인에게 지급한 임대료와 쟁점토지의 지상에 건물을 신축하고 임차인들로부터 지급받은 임대료의 비교내역은 아래 <표3>과 같다. (바) 청구인은 쟁점토지 소재지에서 1985.1.4.부터 건물임대업을 개시하였고, 2006.3.31.부터 토지의 임대로 업종을 정정하였으며, 2001년부터 심리일 현재까지 부가가치세를 신고한 내역은 아래 <표4>와 같다. (사) 쟁점토지의 임차자인 OOO이 건물임대업에 대한 부가가치세를 신고한 내역은 아래 <표5>와 같다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 부당행위계산부인 규정 적용시 원칙적으로 시가에 따르고, 시가가 불분명한 경우에 한하여 보충적 평가방법을 적용하여 산정한 가액을 시가로 볼 수 있으며, 시가를 산정하기 어려워서 보충적 평가방법을 택할 수밖에 없었다는 점에 관한 입증책임은 과세관청에 있다 할 것인바, 처분청은 청구인이 특수관계자로부터 쟁점토지를 저가로 임대한 것으로 보고소득세법상 부당행위계산부인 규정을 적용하여 이 건 종합소득세 등을 부과하였으나, 과세처분에 대한 다툼에 있어 특별한 경우를 제외하고는 통상 납세자가 신고한 내용 등은 진실한 것으로 추정되므로 과세요건 사실에 대한 입증책임은 일반적으로 과세관청에 있으나, 처분청은 적정임차료 산정과 관련하여 비교대상이 되는 유사한 임대실례를 제시하지 못하고 있고, 설사 유사한 임대실례를 발견하지 못한 경우라 하더라도 제반 요인이 쟁점토지와 유사한 인근 또는 인접지역 내 토지의 임대실례를 고려하여 적정임차료를 산정한 후 이를 쟁점임차료와 비교하여소득세법상 부당행위계산부인 규정의 적용 여부를 판단하여야 하는 점, 청구인이 OOO에게 쟁점토지를 임대하기 직전까지 제3자에게 임대하였던바, 2001년부터 2005년까지 쟁점토지와 건물을 임대하면서 얻은 임대수입금액을 평균하면 쟁점토지의 연간임대가액은 OOO원이고, 청구인이 가장 많이 받은 2002년을 기준으로 임대료를 정하여 임대계약을 체결하고 연간 OOO으로부터 지급받은 사실이 확인되어 쟁점토지를 저가로 임대한 것으로 보기 어려운 점, 처분청이 산정한 쟁점토지의 적정임대료OOO는 OOO이 쟁점토지 지상 건물을 임대하여 얻은 2013년·2014년의 임대수입금액보다 많은 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지의 인근 지역 내에 유사 임대실례가 없다고 하여법인세법 시행령제89조 제4항을 적용하여 산정한 임대료를 기준으로 쟁점임대료가 저가의 임대료에 해당된다고 보아 부가가치세 및 종합소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이라고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.