국세부과제척 기간이 도과한 이후 양도소득세 감면을 적용하여 직권취소하면서 농어촌특별세를 과세할 수 있는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 기존주택이 재건축됨에 따라 2003.7.8. OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다) 를 취득하고 2006.2.28. 양도하면서 조세특례제한법 제99조의3 규정에 의하여 양도소득금액 전체를 감면대상으로 보고 양도소득세 OOO감면적용하여 신고하고, 농어촌특별세 OOO신고·납부하였다.
• 나. 처분청은 OOO특정감사지시에 따라 쟁점주택의 양도에 따른 감면세액 계산의 적정성을 검토한 바, 기존주택의 양도소득에 대해 감면적용을 배제하고 2012.4.10. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO경정·고지하고 청구인이 기납부한 농어촌특별세 OOO환급하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 이의신청과 심판청구를 거쳐 2013.12.26. 행정소송을 제기하였으며, 2014.12.11. 대법원이 동일 쟁점의 행정소송 사건에 대하여 국가패소 판결을 선고함에 따라 OOO소송계류 중인 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 관련 불복이 진행 중인 부과처분의 직권취소를 지시하였는바, 처분청은 2015.1.7. 당초 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 부과처분을 직권취소하면서 관련 농어촌특별세 OOO경정하고(고지서는 송달하지 아니하였다) 양도소득세 환급세액으로 충당하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2015.4.23. 이의신청을 거쳐 2015.9.8.에 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 2012.4.10. 처분청이 부과한 2006년 귀속 양도소득세 OOO불복하여 이의신청 및 심판청구를 거쳐 현재 행정소송을 제기하였다. 2015.1.7. 처분청은 불복대상인 2006년 귀속 양도소득세 부과처분을 직권취소하고 환급하면서 관련 농어촌특별세에 대해 별도의 납부 고지 절차 없이 OOO임의 충당하고 양도소득세를 환급하였다. 처분청은 농어촌특별세의 부종성을 들어 농어촌특별세의 부과제척기간이 양도소득세의 부과제척기간에 종속되는 것으로 보고 있으나 두 세금은 각각 신고납부의무가 부여된 별도의 세목이고, 무신고시 국세의 부과제척기간은 양도소득세는 5년, 농어촌특별세는 7년이므로 농어촌특별세의 부과제척기간은 양도소득세의 부과제척기간에 당연히 종속되는 것이 아니라 독립적으로 진행된다. 따라서, 양도소득세 부과처분 취소소송은 독립적인 농어촌특별세의 부과제척기간에 영향을 주지 못하므로 별도 소송을 제기하지 않은 농어촌특별세의 부과제척기간은 2012.5.31.로 이미 경과하여 부과할 수 없으므로 농어촌특별세 부과처분은 당연히 취소되어야 한다. 국세기본법 제26조의2 제2항 의 판결확정은 당해 사건에 대한 판결확정을 의미하므로 직권취소일 현재 당해 사건에 대한 확정된 판결이 존재하지 않음에도 직권취소일을 판결확정일로 볼 수 있다고 해석하는 것은 법령을 무시하는 해석이며 각하하는 판결은 대법원 판례(대법 2005.2.25. 선고 2004두11459 판결)에서 보는 바와 같이 특례대상 판결에서 제외되므로 각하된 당해 사건에 대해서는 국세의 부과제척기간 특례규정을 적용할 수 없다. 청구인은 양도소득세 부과처분에 대한 취소소송을 제기하였고, 농어촌특별세는 별도의 소송을 제기하지 않았으므로, 농어촌특별세는 이미 국세의 부과제척기간이 경과되었음으로 양도소득세 감면액에서 농어촌특별세를 충당할 수 없다. 즉, 이 건의 농어촌특별세 부과처분은 2006년 귀속 양도소득세 감면에 대한 것이어서 부과제척기간이 경과함에 따라 국세기본법 제26조의2 부과제척기간 특례에 의하여 고지할 수도 없으므로 양도소득세 환급세액을 차감한 농어촌특별세를 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 납세자가 항고소송 등 불복절차를 통하여 당초의 과세처분을 다투고 있는 경우에 과세관청이 납세자의 불복내용의 전부 또는 일부를 받아들여 당초의 과세처분을 감액경정하거나 취소하는 것은 그 불복절차의 계속 중 언제든지 가능(대법원 2002.9.24. 선고 2000두6657 판결)하므로 당초 2006년 귀속 양도소득세를 부과한 처분은 국세의 부과제척기간이 경과한 후임에도 취소가 가능한 것이며, 쟁점부과처분은 농어촌특별세법제8조에 따라 본세의 경정·징수의 예에 따라 고지된 것이므로 적법하다. 국세기본법제26조의2 제2항에서 특례 제척기간을 규정하고 있는바, 가령 당초 2006년 귀속 양도소득세 부과처분이 판결에 따라 취소되더라도 1년 이내에는 부과처분이 가능한 것이므로 이건 부과처분은 국세의 부과제척기간 경과 후 처분으로 볼 수 없다.

• 가. 쟁점 양도소득세 부과처분의 취소소송 중 국세부과제척기간이 도과한 이후 양도소득세 감면을 적용하여 양도소득세 부과처분을 직권취소하면서 농어촌특별세를 과세할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법률 (1) 국세기본법 제9조(송달받을 장소의 신고) 제8조에 따른 서류의 송달을 받을 자가 주소 또는 영업소 중에서 송달받을 장소를 대통령령으로 정하는 바에 따라 정부에 신고한 경우에는 그 신고된 장소에 송달하여야 한다. 이를 변경한 경우에도 또한 같다. 제12조(송달의 효력 발생) ① 제8조에 따라 송달하는 서류는 송달받아야 할 자에게 도달한 때부터 효력이 발생한다. 다만, 전자송달의 경우에는 송달받을 자가 지정한 전자우편주소에 입력된 때(국세정보통신망에 저장하는 경우에는 저장된 때)에 그 송달을 받아야 할 자에게 도달한 것으로 본다. 제26조의2(국세 부과의 제척기간) ② 제1항에도 불구하고 제1호에 따른 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호에 따른 상호합의가 종결된 날부터 1년, 제3호에 따른 경정청구일 또는 조정권고일부터 2개월이 지나기 전까지는 해당 결정ㆍ판결, 상호합의, 경정청구 또는 조정권고에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구 또는 행정소송법에 따른 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우 제51조(국세환급금의 충당과 환급) ① 세무서장은 납세의무자가 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부ㆍ이중납부로 인한 환급청구는 대통령령으로 정하는 바에 따른다.

② 세무서장은 국세환급금으로 결정한 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 다음 각 호의 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비에 충당하여야 한다. 다만, 제1호(국세징수법 제14조 에 따른 납기전 징수 사유에 해당하는 경우는 제외한다) 및 제3호의 국세에의 충당은 납세자가 그 충당에 동의하는 경우에만 한다.

1. 납세고지에 의하여 납부하는 국세 (2) 농어촌특별세법 제2조(정의) ① 이 법에서 "감면"이란 조세특례제한법·관세법·지방세법 또는 지방세특례제한법에 따라 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록에 대한 등록면허세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 비과세·세액면제·세액감면·세액공제 또는 소득공제 제3조(납세의무자) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.

1. 제2조 제1항 각 호 외의 부분에 규정된 법률에 따라 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록에 대한 등록면허세의 감면을 받는 자 제8조(부과·징수) ② 제7조에 따라 농어촌특별세의 신고·납부 및 원천징수 등을 하여야 할 자가 신고를 하지 아니하거나 신고내용에 오류 또는 누락이 있는 경우와 납부하여야 할 세액을 납부하지 아니하거나 미달하게 납부한 경우에는 다음 각 호에 따른다.

1. 제3조 제1호의 납세의무자 중 소득세 또는 법인세의 감면을 받는 자와 제3조 제3호·제4호 및 제6호의 납세의무자(같은 조 제3호의 납세의무자 중 물품을 수입하는 자는 제외한다)에 대하여는 세무서장이 해당 본세의 결정·경정 및 징수의 예에 따라 결정·경정 및 징수한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 등기사항전부증명서 확인 결과, 쟁점주택은 2003.6.30. 등기사항전부증명서에 등재되었고, 청구인외 1인은 기존주택을 재건축하여 쟁점주택을 최초로 취득하였으며, 청구인이 쟁점주택을 2006.1.10. 매매거래를 통해 매수인 OOO에게 양도하였음이 나타난다.

(2) 양도소득세 신고서에 의하면, 양도소득세 산출세액(감면세액)이 OOO농어촌특별세액 발생액이 OOO나타난다.

(3) 환급통지서에 의하면, 처분청은 2015년에 기납부한 양도소득세를 직권취소하여 환급하면서, 농어촌특별세에 충당 후 청구인에게 환급금 OOO및 환급가산금 OOO환급 통지하였음이 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 처분청의 농어촌특별세 부과처분이 국세의 부과제척기간 5년을 경과하였으므로 위법하다고 주장하나, 납세자가 항고소송 등 불복절차를 통하여 당초의 과세처분을 다투고 있는 경우에 과세관청이 납세자의 불복내용의 전부 또는 일부를 받아들여 당초의 과세처분을 감액경정하거나 취소하는 것은 그 불복절차의 계속 중 언제든지 가능하다고 보는 것이 타당한 점, 농어촌특별세법제8조 제2항 제1호에서 농어촌특별세는 해당 본세의 결정·경정 및 징수의 예에 따라 결정·경정 및 징수한다고 규정하고 있어 양도소득세의 감액경정에 따른 농어촌특별세의 증액경정은 가능하다고 보는 것이 타당한 점, 양도소득세와 농어촌특별세는 서로 연관된 세목으로 양도소득세를 감액경정 하는 경우에는 국세기본법 제26조의2 제2항 에서 규정하는 필요한 처분의 하나로 이에 대응되는 농어촌특별세의 증액경정이 가능한 점 등에 비추어 청구인이 소송 제기하였던 양도소득세 부과처분을 국세의 부과제척기간이 도과한 이후에 직권취소하면서 농어촌특별세를 과세한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.